주식의 취득가액 계산시 무상감자된 구주식의 취득가액을 양도한 신주식의 취득에 소요된 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인과 곽AA은 2002.4.29. 주식회사 ○○○은행(이하 "○○○"이라 한다)의 유상증자로 취득한 ○○○의 주식 60만주 (청구인 10만주, 곽AA 50만주로 청구인 소유주식수 10만주를 이하 "쟁점 주식"이라 한다)를 2004.1.28. ☆☆(주)에 50억 원에 양도하고 아래 <표1>과 같이 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. ○○세무서장 및 □□세무서장은 청구인과 곽AA이 신고한 주식의 양도가액(1주당 6,000원 및 20,000원)을 부인하고, 주식의 양도가액을 1주당 8,333원(50억 원/60만주)으로, 취득가액을 1주당 5,000원(액면가액)으로 보아 곽AA의 양도소득금액의 신고누락액(1,361백만 원)에 대하여 2005.9.14. 곽AA에게 2004년 귀속 양도소득세 136,128,160원 및 2004년 2월분 증권 거래세 6,416,660원을 경정·고지하고, 청구인의 양도소득금액 신고누락액(329백만 원)에 대하여 2005.8.18. 2004년 귀속 양도소득세 36,687,930원을 경정·고지하는 한편 청구인의 소유지분(16.67%)을 초과하여 수령한 1,166,667천원에 대하여 곽AA이 청구인에게 동 금액을 증여하였다고 보아 같은 날 청구인에게 2004.1.28. 증여분 증여세 395,213,590원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 쟁점주식의 실지 양도가액을 20억 원으로 인정하여야 하며, 금융감독위원회의 지시에 따라 ○○○의 주식 전액이 무상감자되는 동시에 유상증자 되었으므로 무상감자 당시 청구인이 소유하였던 주식 450,151주(당시 지분율 42.61%로 이하 "구주식"이라 한다)의 취득가액도 쟁점주식의 취득가액에 산입하여야 한다는 심판청구를 제기하였는 바, 우리 원은 청구인이 유상증자에 따라 취득한 쟁점주식의 지분 16.67%에 상당하는 구주식의 지분에 대해서만 취득가액에 추가하라는 결정을 하고 나머지 심판청구는 기각하였다.
• 라. 이에 청구인은 행정소송을 제기하였고, 서울고등법원이 쟁점주식의 양도가액을 20억 원으로 봄이 상당하다는 판결에 따라 처분청은 청구인에게 부과한 증여세를 취소하는 동시에 1,166,667천원을 양도가액에 추가하여 2008.9.8. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 89,296,190원을 경정·고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.7. 이의신청을 거쳐 2009.5.20. 심판 청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 곽AA의 유상증자 참여는 별도의 법인을 신설한 것이 아니라 ○○○이 그대로 유지되는 상태에서 구주식의 소유지분 내에서 기존주주만이 유상증자에 참여하도록 되어 있었고 청구인의 형편상 구주식 지분 42.61%만큼 참여하지 못하여 쟁점주식 16.67%(5억 원)만을 인수하였던 것인 바, ○○○의 발행주식 전량을 무상감자하게 된 사유가 회사의 자발적인 의사결정에 의한 것이 아니라 금융감독위원회의 지시에 의한 것으로 구주식의 취득가액이 20억 원이나 되는 점, 주식의 양도차익 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 취득가액은 당해 자산의 취득에 소요된 실지취득가액 및 부대비용을 가산한 금액으로 무상감자를 실시하여 주식수가 감소되었다 하더라도 감소된 주식을 처분한 것이 아니므로 무상감자 실시 후 잔여주식의 취득가액은 무상감자 전 실지취득에 소요된 총금액이 되는 점(국심 2004중3122), 행정법원에서도 구주식과 쟁점주식의 연계성을 인정하여 쟁점주식의 양도가액을 20억 원이라고 함으로써 구주식의 취득가액 2,040백만 원과 쟁점주식 취득가액 5억 원 합계 2,540,000,000원을 취득가액으로 인정하였다고 볼 수 있고, 양도가액 20억 원이 청구인과 곽AA의 양도가액 50억 원 중 40%에 해당하여 청구인의 구주식 지분율 42.61%에 근접하는 점, 조세심판원에서도 구주식과 쟁점 주식의 연계성을 인정하였던 점 등으로 보아 금융감독기관의 명령에 의해 무상감자당하고 유상증자에 참여하였다가 추후 자신의 투자금액에도 못 미치는 금액으로 쟁점주식을 양도하여 손실을 보았으므로 쟁점 주식의 취득가액을 2,540,000,000원으로 하는 것이 실질과세의 원칙에 부합하고 소득이 없었으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세심판원의 결정(국심 2005서4471. 2006.6.30,)에서 쟁점주식의 취득 가액은 구주식 중 유상증자 후의 쟁점주식의 보유비율(16.67%)에 해당 하는 176,066주의 취득비 용 880백만 원 (176,066주 x 1주당 5,000원)과 쟁점 주식의 유상증자 취득비용 5억 원으로 계산하라고 결정하였으며, 2007.11.13. 서울고등법원에서도 취득가액에 대하여 판단한 사실이 없으므로 이 건 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식의 취득가액 계산시 무상감자된 구주식의 취득가액을 양도한 신주식(쟁점주식)의 취득에 소요된 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) ○○○은 금융감독위원회로부터 부실금융기관으로 통보되어 경영개선명령을 받고 2002.2.20. ~ 2002.5.3.까지 영업 정지되었다가 납입자본금 100%를 무상감자하고 선규로 30억 원의 유상증자를 실시 한다는 경영개선계획서를 제출·이행하여 영업이 재개되었다. (나) ○○○은 2002.4.29. 청구인소유 450,151주, 곽AA 소유 39,923주, 곽후섭 등 주주 8인 소유 566,376주 등 총 발행주식 1,056,400 주를 모두 무상감자(소각)하고, 같은 날 30억 원의 유상증자를 실시하면서 신주 60만주(1주당 5천원)를 발행하였으며 곽후업 등 주주 8인은 유상 증자에 참여하지 아니하고 실권하였고 곽AA은 25억 원 50만주, 청구인은 5억 원 10만주를 유상증자에 참여하여 취득하였다. 그 결과 ○○○의 주주변동 내역은 아래 <표2>와 같다. 위 <표2>에서 보듯이 무상감자하기 전인 2001.8.29. 540백만 원, 2001.11.22. 1,200백만 원, 합계 1,740백만 원의 유상증자를 실시하였으나 다른 주주들은 모두 실권하고 청구인이 단독으로 유상증자에 참여함으로써 쟁점주식의 유상증자를 포함하여 2001.8.29. - 2002.4.29. 기간 동안 청구인은 2,240백만 원, 곽AA은 2,500백만 원의 유상증자에 참여하였고, 2002.4.29. 100% 소각(무상감자)후 청구인과 곽AA만 참여한 유상증자(1주 당 5,000원)로 소유지분이 청구인 16.67%(10만주), 곽AA 83.33%(50만주)로 변동되었다. (다) 청구인과 곽AA은 2004.1.28. (매매계약일) ○○○ 소유주식 전부(60만주)를 ☆☆(주)에 총 양도대금 50억 원에 양도하기로 매매 계약을 체결하고 주식(경영권 포함)을 양도하였으며, 그 후 ○○○ 은행에서 분당○○○으로 상호가 변경되었다. (라) ☆☆(주)는 2004.2.12. 주식의 양수대금으로 50억 원을 곽AA의 예금계좌로 송금하였고, 같은 날 곽AA은 위 주식대금(50억 원) 중 18억9천만 원을 청구인의 예금계좌로 송금하였다. (마) 청구인은 쟁점주식의 양도에 대하여 양도가액을 1주당 2만원인 20억 원, 취득가액을 1주당 25,404원인 2,540,400천원(무상감자 당한 구주식의 가액 중 재평가적립금의 무상증자 주식 44,471주의 가액을 제외한 나머지 주식의 가액을 포함)으로 한 실지거래가액으로 양도차익을 산정<표1> 참조)하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 위 선고한 실지거래가액을 부인하고 양도가액은 총 양도대금(50억 원)을 소유지분(16.67%)으로 안분한 833,333,333원(1주당 8,333원)으로, 취득가액은 구주식의 취득가액을 포함 하지 아니하고 유상증자한 주식 10만주의 취득가액인 5억 원(1주당 5천원, 액면가액)으로 보아 양도소득세를 과세하고 청구인의 소유지분을 초과 하여 수령한 양도대금(1,167백만 원)에 대하여는 곽AA이 청구인에게 동 금액을 증여하였다고 보아 증여세를 과세하였다. (바) 청구인은 2005.11.7. 1,167백만 원을 증여가 아닌 양도대금으로 보아야 하고, 구주식의 취득가액을 쟁점주식의 취득가액에도 산입하여야 한다는 요지로 조세심판원에 심판청구(2005서4471)를 제기하였는 바, 조세 심판원은 쟁점주식의 지분(16.67%)에 상당하는 구주식 지분 16.67%에 대하 여만 취득가액으로 인정하고 나머지 청구주장은 기각하였다. (사) 이에 청구인과 곽AA은 행정소송을 제기하였고, 서울고등법원이 1,167백만 원을 증여가액이 아닌 양도가액으로 보아야 한다고 판결함에 따라 처분청은 증여세를 취소하였고 동 금액을 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 취득가액의 변경 없이 이 건 양도소득세 과세처분을 하였다.

(2) 위 (사)의 서울고등법원의 판결(2007누31203)의 일부 내용에 의하면, "청구인이 ○○○의 주식 450,151주(총 2,250,755,000원 상당)를 소유하였다가 모두 무상감자당하였고, 주식의 양도과정에서 감독기관의 지시에 따라 무상감자당한 구주식의 가액이 반영되어야 할 것임을 주장 하여 양도대금 협상을 하였던 점, 청구인은 당초 상호저축의 대표이사였고, 매매대금 20억 원은 사실상 청구인의 투자금에 미치지 못하는 금액인 점, 곽AA은 청구인의 외삼촌으로서 ○○○을 살리기 위하여 유상증자에 참여하여 25억 원을 투자하였을 뿐이며, 30억 원이면 기왕의 무상감자 당한 구주식의 가액을 고려한다 하더라도 투자금을 회수하기에 충분한 금액인 점, 계약당시 청구인 및 곽AA과 주식 양수인 측이 매매대금의 총액을 결정한 경위, 청구인이 계약이전에 매수인측으로부터 매매대금에 상응하는 금액을 미리 송금받아 사용하기도 하였던 점 등에 비추어 보면, 비록 계약당시 주식양수도계약서에 매매대금 총액으로 50억 원을 기재하였을 뿐이고 청구인과 곽AA 소유의 각 주식에 대한 매매대금을 구분하여 기재 하지 아니하였다고 해도 청구인 소유주식의 양도가액은 20억 원으로 봄이 상당하므로 청구인이 곽AA을 통하여 지급받은 20억 원은 자신 소유의 주식 매매대금을 수령한 것에 불과하고, 청구인 소유주식의 양도가액을 833,333,333원으로 보아 곽AA이 청구인에게 이를 초과하는 1,166,666,667원 을 무상으로 이전하였다거나, 곽AA의 기여에 의하여 재산의 가치가 증가 하였다고 볼 수는 없다"라는 내용이다.

(3) 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 양도가액이 변경됨에 따라 취득 가액 계산시 무상감자된 구주식 전부의 취득가액(2,040백만 원)을 쟁점 주식의 취득에 소요된 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 법원의 판결에 따라 쟁점주식의 양도가액이 증액되었다고 하여 구주식 전부의 취득가액을 변경시킬 특별한 사유가 새로이 발생되었다고 볼 연관관계가 없는 것으로 판단되고, 이전의 심판청구(국심 2005서4471, 2006.6.30.)에서 결정한 바와 같이 무상감자 당한 구주식 중 쟁점주식과 연계된 지분율(16.67%)에 상당하는 구주식 176,066주(무상감자당시 총 발행주식의 16.67%)만을 취득하는데 소요된 실지거래가액(880백만 원, 1주당 5천원)을 취득가액에 포함함이 합리적이라고 하겠으므로 취득가액의 변경 없이 양도가액만을 증액하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.