중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1999.10.29. ○○○(이하 “쟁점법인”이라 한다)설립당시 15,440주를 출자한 후 무상증자와 액면분할 등을 통하여 1,981,536주의 주식을 보유하던 중 2008.3.24. 210,000주를 양도(유상취득분 136,600주, 무상증자분 73,400주로서 이하 “쟁점주식”이라 한다)하고 2008.5.30. 양도소득과세표준을 신고·납부(납부액 219,634,200원)한 후, 2008.9.18. 쟁점주식의 양도소득이조세특례제한법제14조(중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례) 제1항 제4호에 해당하여 양도소득세 비과세대상이므로 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 내용으로 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점법인 설립당시 대표자 및 최대주주(38%)로서 당해 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있으므로조세특례제한법제14조에서 규정하는 요건을 충족하지 아니한다고 보아 2008.11.13. 청구인이 제기한 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.4. 이의신청을 거쳐 2009.6.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 출자당시 쟁점법인은 벤처기업이어서 조세특례제한법 시행령제12조 제1항 제1호의 요건에 부합하며, 청구인은 쟁점법인 설립 당시 쟁점법인의 대표자나 최대주주가 아니어서 같은 조 제1항 제2호의 요건에 부합함에도 처분청은 쟁점법인이 출자당시 예비벤처기업이었고 청구인이 쟁점법인과 특수관계에 있다는 사유로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점법인의 주식발행초과금을 재원으로 하는 무상증자에 따라 취득한 무상주 73,400주는 최초 유상출자에 의하여 이미 성립한 주주권의 행사로 인한 주식취득으로서 “출자에 의하여 취득한 주식”에 포함되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점법인의 대표자 및 최대주주로서 법인세법 시행령제87조 제1항 제1호의 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족”에 해당되어 청구인은 특수관계에 있다. 따라서, 쟁점주식은조세특례제한법제14조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제12조 제1항에서 규정하고 있는 대통령령이 정하는 주식에 해당하지 아니하므로 양도소득세 비과세대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인의 쟁점법인에 대한 출자가 중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례요건을 충족하여 쟁점주식의 양도소득이 양도소득세 비과세대상인지 여부(법인설립시 출자분 136,600주에 대하여 양도소득세 비과세규정을 적용하는지 여부)

② 무상증자에 따라 취득한 73,400주는 최초의 유상출자에 따라 이미 성립한 주주권의 행사에 의하여 취득한 주식으로서 “출자에 의하여 취득한 주식”에 포함되는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제13조(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것)【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】① 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다) 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. 중소기업창업투자회사가 중소기업창업지원법에 의한 창업자(이하 “창업자” 라 한다) 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 신기술사업금융업자가 신기술사업금융지원에 관한 법률에 의한 신기술사업자(이하 “신기술사업자”라 한다) 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 제14조의 규정에 의한 중소기업창업투자조합 또는 신기술사업투자조합을 통하여 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합 및 신기술사업투자조합을 통하여 다음 각호의1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

1. 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법

4. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법 제14조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는소득세법제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2) 조세특례제한법 시행령 제12조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

소득세법 시행령제98조 제1항 또는 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30” 으로 본다. (3) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법제401조의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 당해 법인이독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조【정 의】① 이 법에서 “벤처기업”이라 함은 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 당해 기업의 자본금 중 다음 각목의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 대통령령이 정하는 기준이상인 기업

• 가. 중소기업창업지원법 제2조 제4호 의 규정에 의한 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)
• 나. 중소기업창업지원법 제2조 제6호 의 규정에 의한 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)
• 다. 여신전문금융업법 제2조 제14호 의 규정에 의한 신기술사업금융업을 영위하는 자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)
• 라. 여신전문금융업법 제41조 제3항 의 규정에 의한 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)
• 마. 제4조의2의 규정에 의한 한국벤처투자조합

4. 다음 각목의 1에 해당하는 기업으로서 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 것으로 평가받은 기업

• 가. 창업중인 기업이거나 자체개발한 기술을 응용하여 사업화하는 기업
• 나. 의장권(의장등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)을 이용하여 사업화하는 기업
• 다. 제3호 가목 내지 다목에 해당하는 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 미달하는 기업 (5) 상법 제401조의2 【업무집행지시자 등의 책임】① 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 지시하거나 집행한 업무에 관하여 제399조ㆍ제401조 및 제403조의 적용에 있어서 이를 이사로 본다.

1. 회사에 대한 자신의 영향력을 이용하여 이사에게 업무집행을 지시한 자

2. 이사의 이름으로 직접 업무를 집행한 자

3. 이사가 아니면서 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 회사의 업무를 집행할 권한이 있는 것으로 인정될 만한 명칭을 사용하여 회사의 업무를 집행한 자

② 제1항의 경우에 회사 또는 제3자에 대하여 손해를 배상할 책임이 있는 이사는 제1항에 규정된 자와 연대하여 그 책임을 진다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 출자당시 쟁점법인은 벤처기업이고 청구인은 당해법인 설립 당시 최대주주가 아니어서 조세특례제한법 시행령제12조 제1항 제2호(양도소득의 비과세)의 요건에 부합한다고 주장하면서 청구인은 그에 대한 증빙자료로 주식변동상황명세서, 법인등기부등본, 벤처기업확인서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (나) 청구인은 쟁점법인의 설립당시 발기인(15,440주, 설립당시 지분율 38.6%)이고 설립된 후 현재까지 최대주주이며, 2008.3.24. 쟁점주식(유상증자 취득분 136,600주와 무상증자 취득분 73,400주)을 양도한 사실이 심리자료에 나타나고, 청구인의 주식변동내역 및 쟁점주식의 취득유형별 내용은 아래〈표1〉및〈표2〉와 같다. <표1〉청구인의 주식변동내역 (단위: 주) 연도 1999 2000 2001 2002 2004 2007 2008 기초 15,440 15,440 172,928 168,128 165,128 1,651,280 1,981,536 변동내역 157,488 △4,800 △3,000 액면분할 330,256 △210,000 기말 15,440 172,928 168,128 165,128 1,651,280 1,981,536 1,771,536 변동사유 무상증자 (1,020%) 우리사주조합/제3자양도 우리사주조합출연 액면분할 5000원→500원 무상증자 (20%) 제3자 양 도 <표2〉쟁점주식의 취득유형별 내용 (단위: 주, 천원) 취득유형 주식수 취득가액 (천원) 취득일자 양도가액 양도차익 최초출자 136,600 68,300 1999.10.29. 1,639,200 1,565,163 무상증자 73,400 0

2000. 3. 6. 880,800 877,717 합계 210,000 68,300

• 2,520,000 2,442,880 (다) 청구인은 쟁점법인의 대표자이자 출자지분이 38.6%인 최대주주로서 당해법인 설립 당시 주주명부는 아래〈표3〉과 같다. 〈표3〉쟁점법인 설립당시 주주명부

○○○ (라)조세특례제한법제14조 및 같은 법 시행령 제12조에 중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례로 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업(창업후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자)에 대하여 행한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우소득세법제94조(양도소득) 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니하되, 다만, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다고 규정하고 있다. (마)조세특례제한법제14조에서 중소기업창업투자회사 등이 벤처기업에 대하여 행한 자본금을 증가시키는 투자행위에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한다는 입법취지는 중소기업창업투자회사 등이 벤처기업의 사업상 위험을 부담하고 벤처기업의 자본금을 순증시키는 출자를 하여 그 과정에서 취득한 주식에 대하여 과세특례를 주는 것이며, 위 같은 조와 같이 중소기업창업투자회사 등에 대한 규정으로서 이 조항보다 앞에 규정하고 있는조세특례제한법제13조 제2항에 “출자”의 정의를 보면 “출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합 및 신기술사업투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자 지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.”고 규정하고 있다. (바) 청구인은상법의 규정상 최초 출자 또는 법인설립 당시에는 개인으로서 쟁점법인과 특수관계자가 아니므로 그에 대한 입증을 처분청이 하여야 한다고 주장하고 있으나, 기관투자자가 특수관계없는 벤처기업의 육성·발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 것이조세특례제한법제14조의 입법목적임에 비추어 볼 때, 쟁점법인의 발기인이자 최대주주로서 법인세법 시행령제87조 제1항 제1호의 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족”에 해당되는 청구인은 쟁점법인과 특수관계에 있으므로 쟁점주식을 조세특례제한법 시행령제12조 제1항에 의한 대통령령이 정하는 주식으로 받아들이지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점법인의 주식발행초과금을 재원으로 하는 무상증자에 따라 취득한 무상주 73,400주는 최초 유상출자에 의하여 이미 성립한 주주권의 행사로 인하여 취득한 주식으로서 조세특례제한법 시행령제12조 제1항에서 양도소득세 비과세 대상으로 규정하고 있는 “출자에 의하여 취득한 주식”에 포함되어야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점주식 중 유상출자에 의하여 취득한 주식 136,600주가 조세특례제한법 시행령제12조 제1항에 의한 대통령령이 정하는 주식에 해당하지 아니하므로 쟁점법인의 주식발행초과금을 재원으로 하는 무상증자에 따라 취득한 73,400주도 동 규정상의 출자에 의하여 취득한 주식이 아니라고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분 또한 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.