신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 배우자인 김○○○와 2001.10.25. 공동소유(각 1/2 지분)로 취득하여 거주하던 ○○○아파트 804-1301(84.46㎡, 이하 “일반주택”이라 한다)를 2006.5.29. 양도하고 2006.7.31. 양도소득세 22,963,820원을 신고납부하였다가, 당해 일반주택이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되는 것으로 보아 2008.6.27. 경정청구를 하여 신고납부한 양도소득세 전액을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구인이 일반주택 양도당시 일반주택 이외에 소유한 ○○○ 102-1702(전용면적 145.83㎡, 1980.4.11. 취득한 ○○○ 주공아파트 310-103, 22평형을 재건축하여 2005.1.30. 사용승인받은 것이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 소유하고 있었다는 이유로 일반주택을 비과세되는 1세대 1주택이 아닌 것으로 보아 2009.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 24,810,110원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구○○○이 소유한 쟁점주택은조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 “구법”이라 한다) 제99조의3 제1항 제1호 및 같은법 시행령 제99조의3 제2항 제2호에 해당하는 주택으로서 신축주택 감면대상에 해당하고 당해 감면주택 이외의 일반주택을 양도할 경우 주택 수 계산에서 제외되는 주택이므로 일반주택의 양도는 1세대 1주택 비과세의 양도에 해당한다. 또한, 재정경제부에서 발간한 2006년 개정세법책자 주요내용을 보더라도조세특례제한법제99조의3에서 신축주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례제도 일몰 신설에 대한 개정내용은 2007년까지 양도하는 경우에 한해 적용한다고 명시되어 있는데도 처분청이 이 건 과세처분을 한 것은 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것, 이하 “신법”이라 한다) 부칙 제29조 제1항을 보면, 이 법 시행 전구법제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우, 양도소득세의 감면에 관하여신법제99조의3에 종전의 규정을 적용하도록 정하고 있을 뿐, 신축주택이 아닌 다른 소유주택을 양도함으로써 1세대 1주택의 비과세 판정시 신축주택을 거주자의 소유주택에서 제외하여야 하는지에 대하여는 아무런 경과규정을 두지 아니하고 있고, 대법원 판례에서도신법부칙 제29조 제1항이신법제99조의3의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을신법제99조의3 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기 어렵다고 보고 있으므로 청구인이 소유한 쟁점주택이 청구인의 보유주택 수에서 제외되는 주택에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 쟁점주택 이외의 일반주택을 2006.5.29. 양도한 경우, 당해 일반주택이 1세대 1주택 비과세에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 제99조의3 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 제99조의3 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (2002.12.30, 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제99조의3 (2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】① 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

(4) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (4) 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 일반주택 양도당시 일반주택 이외에 쟁점주택을 소유하고 있었다는 이유로 일반주택을 비과세되는 1세대 1주택이 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 청구인에 대한 2006년 귀속 양도소득세 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 일반주택은 전용면적이 84.46㎡로서 청구인과 배우자인 김○○○가 2001.10.25. 공동소유(각 1/2지분)로 취득하여 보유하다가, 2006.5.29. 거래가액 6억원에 양도된 사실이 부동산매매계약서 등에 나타난다.

(3) 쟁점주택은 1980.4.11. 취득한○○○ 주공고층아파트 310-103를 ○○○ 102-1702(전용면적: 145.83㎡)로 재건축된 주택으로서, 청구인은 2001.8.13. ○○○건설주식회사와 쟁점주택 공급계약을 체결하고 2005.1.28. 사용승인(임시사용 승인일: 2003.10.31.)을 받아 2005.3.18. 입주하였고, 당해 재건축조합은 조합원들과 아파트 공급계약을 체결한 후 2002.11.27. 잔여세대를 분양한 사실이 쟁점주택 공급계약서 등에 나타난다. 또한, 쟁점주택은 일반주택 양도당시인 2005.5.29. 현재 기준시가로 가액이 15억 5,500만원인 사실이 국세통합전산망 전산조회자료에 나타난다. (4)신법제99조 제1항은 거주자가 신축주택기간에 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 신법제99조 제1항 단서에서 신축주택이소득세법제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한 것으로 규정하고 있고,같은법제2항은소득세법제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 또한,신법부칙 제29조 제1항은 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보건데, 청구인은 쟁점주택이구법제99조의3 제1항 제1호 및 같은법 시행령 제99조의3 제2항 제2호에 해당하는 주택으로서 신축주택 감면대상에 해당하고, 당해 감면주택 이외의 다른 주택을 양도할 경우 주택 수 계산에서 제외되는 주택이므로 일반주택의 양도는 1세대 1주택 비과세에 해당한다고 주장하고 있으나, 신법부칙 제29조 제1항은 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 양도소득세는 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점과 주택 수의 계산에 있어서신법부칙 제29조 제1항에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 점 등에 비추어 볼 때,신법부칙 제29조 제1항이구법제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을신법시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어려운 것인 바○○○ 이 건의 경우, 청구인이신법시행(2003.1.1.) 이후에 일반주택을 양도하였고 쟁점주택을 양도하지 아니하였으므로, 쟁점주택은신법부칙 제29조 제1항에 따라구법의 기준시가 및 고급주택 기준은 적용되지 아니하고 2003.1.1. 이후 시행된신법의 실지거래가 및 고가주택 기준을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하고, 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하므로,소득세법제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 여부는 일반주택의 양도시기를 기준으로 판정하여야 하는 바, 일반주택의 양도시점에서 보유한 쟁점주택을 주택 수에 포함할지 여부는 고가주택 여부를 판단하여 결정하여야 하는 만큼, 청구인이 쟁점주택을 양도한 것이 아니어서 쟁점주택의 실지 양도가액이 확인되지 아니하여소득세법제114조 제5항에 따라 기준시가(2006.5.29.)로 쟁점주택의 가액을 적용하면 15억 5,500만원으로서 고가주택 기준인 양도가액 6억원을 초과하므로 고가주택에 해당한다 그렇다면, 쟁점주택은 일반주택 양도당시 고가주택으로서신법제99조 제1항 제1호의 양도소득세 감면대상 신축주택에서 제외되어,소득세법제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 판정시 보유주택 수에서 제외되는 신축주택에 해당하지 아니하므로, 처분청이 일반주택 양도시 1세대 1주택을 판정할 때 쟁점주택을 보유 주택 수에 포함되는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.