자료상 혐의(가공매출세금계산서를 교부)로 고발된 청구인이 신고한 매출액을 차감하면서 기납부세액이 매출세액을 초과하는 경우 이를 환급할 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2009.6.19. 청구인에게 한 부가가치세 2004년 제2기분부터 2008년 제1기분까지의 경정청구에 대한 거부처분은 2004년 제2기분부터 2005년 제2기분까지에 대하여는 이를 각하하고, 2006년 제1기분부터 2008년 제1기분까지는 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2004.7.19. ○○○란 상호로 개업하여 서비스업(소사장제)을 영위하는 사업자로 해당 과세기간별 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. ○○○국세청장은 (주)○○○에 대한 세무조사에서 김○○○가 청구인의 명의를 빌려 사업자등록을 위장등록하고 2004년 7월부터 2008년 8월까지 706,335천원 상당의 가공세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 청구외법인에 교부하는 방법으로 자료상행위를 한 사실을 확인하고 청구외법인 및 청구인에 대한 관련 제세를 추징·환급하도록 과세자료를 통보하고, 2009.2.18. 김○○○ 및 청구인을 조세범처벌법 제11조의2 제4항 제1호 (세금계산서 교부의무 위반) 위반으로 ○○○검찰청에 고발하였다.
• 다. 청구인은 2009.6.5. 청구인 명의로 2004년 제2기~2008년 제1기 과세기간 중 쟁점세금계산서에 대하여 신고·납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 2009.6.19. 위 경정청구에 대하여 자료상행위자가 수수한 쟁점세금계산서에 대하여는 기 신고·납부한 부가가치세를 환급할 수 없다 하여 거부통지를 하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 가공매출한 706,335천원에 대하여 기 신고·납부한 종합소득세 11,268,490원을 국세기본법 제45조의2 및 제51조의 규정에 의하여 이천세무서장으로부터 환급받은 사실이 있고, 청구외법인은 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액 불공제 및 가산세를 부과처분 받은 사실이 있으며, 처분청은 청구인이 청구외법인에 교부한 쟁점세금계산서를 가공으로 확정하였는 바, 당초 신고한 매출액을 차감하면 기납부세액이 매출세액을 초과하여 환급세액이 발생한 것으로 이는 오납액 또는 초과납부액에 해당하므로 청구인이 기 신고·납부한 부가가치세는 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 경정청구를 할 수 있으나 세금계산서만을 수수한 자료상행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세는 환급대상으로 볼 수 없으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 가공으로 확정된 세금계산서에 대하여 당초 신고·납부한 부가가치세를 환급할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때 (3) 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다. (4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 조사복명서, 고발서 등 심리자료에 의하면, 청구외법인은 대표자가 김○○○로 1994.1.1. 설립된 이래 제조업(의류 등)을 영위하고 있으며, 김○○○는 청구외법인의 부외비용을 법인자금으로 지급하기 위하여 청구인의 주민등록등본 등을 이용하여 청구인 명의로 ○○○세무서에 사업자등록을 하고○○○ 금융기관에 예금계좌를 개설하여 해당 월에 청구외법인이 지급할 부외비용 상당액에 대해 임가공용역을 제공하지 아니한 청구인 명의의 아래 표의 쟁점세금계산서를 청구외법인에 교부하게 한 것으로 조사되었으며, ○○○국세청장은 이와 같이 조사한 내용을 청구외법인 및 청구인 관할세무서장에게 과세자료 통보하여 이에 따른 과세조치가 이루어지게 하였고, 2009.2.18. 청구외법인의 행위자 김○○○ 및 청구인을 검찰에 고발한 것으로 되어 있다.

(2) 청구인이 처분청에 한 부가가치세 신고·납부 및 경정청구 내역은 아래 표와 같고, 2006년 제2기 세금계산서는 77,198,000원으로 위 (1)의 ○○○국세청장이 조사한 80,198,000원과 3,000,000원의 차이가 나는 것으로 나타난다.

(3) 청구인의 주소지인 ○○○으로부터 통보받은 과세자료에 근거하여 2009.4.23. 직권으로 청구인이 신고·납부한 해당 과세기간의 종합소득세를 아래 표와 같이 환급하면서 환급가산금을 지급한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점세금계산서에 의하여 과다 신고·납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 처분청이 이를 거부 하여 이에 대하여 살펴보면, (가) 처분청은 자료상 행위자가 가공세금계산서를 수수하고 이에 근거하여 신고ㆍ납부한 부가가치세는 환급할 수 없다는 입장이나, 이는 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 그 결정일로부터 30일내에 환급하도록 규정하고 있는 국세기본법 제51조 의 규정을 위반한 해석이라고 하겠다. (나) 따라서, 청구인이 당초 신고한 2004년 제1기부터 2008년 제1기분 부가가치세는 쟁점세금계산서 공급가액 및 매입세액을 과세표준 및 매입세액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이므로 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하지 않은 것으로 판단된다. (다) 다만, 납세자가 국세기본법 제45조의2 에서 규정하고 있는 경정청구기한을 경과하여 경정청구를 한 경우에는 정당한 경정청구로 인정될 수 없는 바, 이 건의 경우 같은 법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2에서 규정하는 후발적 사유에 해당한다고 볼 수 없어 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구를 하여야 하나, 2004년 제2기부터 2005년 제2기까지의 과세기간은 청구인이 법정신고기한으로부터 3년 이상이 경과되어 경정청구를 하여 정당한 경정청구로 볼 수 없고, 처분청이 거부통지를 하였다 하더라도 이는 민원회신에 불과한 것으로 이를 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다 할 것인 바, 처분청이 부과제척기간내의 과세기간분에 대하여는 직권으로 경정하는 것은 별론으로 하더라도 이를 각하하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구 중 일부는 부적법한 심판청구에 해당하고 일부 는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.