공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서를 수취하였으나, 이후 수정세금계산서를 교부받아 수정신고하였으므로 이에 대한 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. ○○○, ○○○(이하 “청구인들”이라 한다)은 2008.9.18. ○○○건물 465.49㎡(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 취득하여 2008.12.30.부터 부동산임대업을 영위하는 공동사업자로, 2008년 제2기 과세기간에 쟁점사업장의 리모델링 공사를 이○○(미○○)와 체결하고 세금계산서는 아래 <표>와 같이 이○○(미○○) 및 이△△(제일○○○) 등 3인(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 각각 공급가액 111,000,000원의 세금계산서 1매 및 공급가액 89,036,270원의 세금계산서 4매, 합계 공급가액 200,036,270원의 세금계산서 5매를 교부받아 부가가치세를 신고하고 이에 대한 매입세액 20,003,627원을 환급 신청하였다. 공급자(상호) 매수 공급가액 세액 비고 이○○(미○○) 1 111,000 11,100 정상거래 인정 이△△(제○○○) 2 31,000 3,100 쟁점세금계산서 이☆☆(경○○○) 1 30,000 3,000 김○○(유○○○) 1 28,036 2,803 계 5 200,036 20,003

• <표> 세금계산서 수수내역 (단위: 천원)

• 나. 처분청은 청구인들이 이△△(제○○○) 외 2인으로부터 교부받은 공급가액 89,036,270원의 세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인들이 환급신청한 부가가치세 매입세액 20,003,620원 중 9,319,270원을 제외하여 2009.2.10. 환급통보하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2009.4.8. 이의신청을 거쳐 2009.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 쟁점사업장의 리모델링 공사와 관련하여 이○○(미○○)와 공사계약을 체결하고 세금계산서는 이△△(제○○○) 외 2인으부터 교부받았으나, 청구인들은 이○○(미○○)의 잘못으로 인한 선의의 피해자로 이○○(미○○)가 청구인들에게 매출세금계산서를 수정발행하고 관할세무서장에 수정신고하였음에도 쟁점세금산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 환급거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 쟁점사업장의 리모델링 공사와 관련하여 이○○(미○○)와 공사계약을 체결하고 세금계산서는 이△△(제○○○○)외 2인으부터 교부받았으므로 사실과 다른 세금계산서를 수취하였으며, 이○○(미○○)의 수정세금계산서는 처분청의 경정결정통지일 이후에 이루어진 것으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 환급거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 한 환급거부 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구인들은 쟁점사업장의 리모델링 공사와 관련하여 쟁점거래처로부터 공급가액 200,036,270원의 세금계산서 5매를 교부받아 2008년 제2기 부가가치세를 신고하고 이에 대한 부가가치세 매입세액 20,003,627원을 환급 신청하였으나, 처분청은 이△△ 외 2인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인들이 환급신청한 부가가치세 매입세액 20,003,620원 중 9,319,270원을 제외하여 2009.2.10. 환급통지하였다.

(2) 청구인들은 쟁점사업장의 리모델링 공사와 관련하여 이○○(미○○)와 공사계약을 체결하고 세금계산서는 착오로 이△△(제○○○) 외 2인으로부터 교부받았으나, 공급자인 이○○(미○○)가 청구인들에게 매출세금계산서를 수정발행하고 관할세무서장에 수정신고하였으므로 부가가치세 매입세액에 대한 환급거부 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인들이 제시한 공사견적서(2008.9.28.)에 의하면, 청구인들은 이○○(미○○)와 쟁점사업장의 리모델링 공사를 공급가액 202,062,645원에 체결한 것으로 나타난다. (나) 이○○(미○○)의 확인서(2009.2.9.)에 의하면, 쟁점사업장의 리모델링 공사를 시행하고 공사대금으로 220,039,896원(공급가액)을 수령하였으나, 위 공사대금 중 89,036,270원은 이△△(제○○○) 외 2인에 하도급을 주어 공사를 하고 공사대금은 통장 및 현금으로 결제한 사실을 확인하고 있다. (다) 이△△(제○○○) 외 2인은 공급받는 자를 청구인들에서 이○○(미○○)로 변경하여 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발행하였고, 이에 따라 이○○(미○○)는 청구인들을 공급받는 자로 하여 수정세금계산서를 교부하고 2009.2.18. 관할세무서장에게 수정신고 하였으며, 청구인들도 2009.2.24. 처분청에 매입처별세금계산서합계표상의 공급자를 이○○(미○○)로 수정하여 신고하였다. (라) 종합하건대, 청구인들은 쟁점사업장의 리모델링 공사와 관련하여 이○○(미○○) 와 공사계약을 체결하고 쟁점세금계산서는 이△△(제○○○) 외 2인으로부터 교부받아 공급자가 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것인 바, 사업자가 부가가치세법제15조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는부가가치세법제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 교부할 수 있는 것이나, 청구인들의 수정신고에 따른 세금계산서 교부일(2009.2.18.)은 처분청의 경정결정통지일(2009.2.10) 이후로 나타나고, 청구인들이 이○○(미○○)와 쟁점사업장의 리모델링 공사계약을 체결하고 공사대금을 이○○(미○○)의 예금계좌에 입금하고 세금계산서는 이△△(제○○○) 외 2인으로부터 교부받은 점 등에 비추어 보아 청구인들이 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당된다고 보기도 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.