토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 의한 양도소득금액 계산시 판매수수료를 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○○ 6층에 소재하는 법인으로 2007년 사업연도 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 계산시 부동산 양도금액 총액에서 양도비용인 판매수수료 4,577백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)과 장부가액을 차감한 4,423백만원을 양도소득으로 하여 산출한 세액으로 법인세를 신고하였다.
• 나. ○○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사시 쟁점금액을 양도금액에서 차감할 대상이 아니라 하여 이를 불공제하는 등 과세표준을 재산정하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2008.11.1. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 1,597,317,390원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.30. 이의신청을 거쳐 2009.5.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 법인세법제55조의2 제6항에서 “토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다”라고 규정하였기 때문에 쟁점금액이 불공제 대상이라고 하나, ① 양도소득은 당해 부동산 등의 양도로 인하여 발생하는 소득이므로 양도소득 계산시 양도가액에서 양도비용을 당연히 공제하여야 하고, ② 소득세 법령에서는 사업용자산이든 비사업용자산이든 구분없이 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 양도비용으로 공제하도록 하고 있으므로 법인세법에서도 소득세법규정과 달리 해석할 이유가 없으며, ③ 비사업용부동산의 보유를 규제하고자 한 구 법인세법상의 특별부가세의 경우도 양도차익 계산시 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 공제하도록 규정하고 있었는 바, 이 건과 같은 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 양도소득 계산시에도 직접 지출한 양도비용을 불공제할 이유가 없고, ④법인세법제55조의2 제6항에서 규정한 양도금액은 협의의 양도금액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 양도비용을 포함하는 광의의 양도금액으로 해석하거나 아니면 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 양도비용을 양도소득을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제하여야 할 장부가액에 포함시켜서 해석하여야 하며, ⑤ 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용이 장부가액에 포함되지 않는다면 비사업용 토지 등에 대한 양도소득이 과다하게 계산되어 법인세가 과다하게 부과되는 결과가 되는 바, 그와 같이 계산할 하등의 이유가 없을 뿐 아니라 헌법에서 보장한 재산권을 침해하는 결과가 되므로 쟁점금액을 양도가액에서 공제하지 아니한 이 건 처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제55조의2 규정은 2001.12.31. 특별부가세를 폐지하면서 투기재발 등 부동산시장변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 ‘토지 등 양도소득에 대한 중과제도’를 신설한 특례규정으로서 같은 조 제6항에서 “토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액”으로 규정하고 있는 바 이에 근거하여 과세한 이 건 처분은 조세법률주의에 충실한 적법한 처분이다.

• 가. 쟁 점 법인세법 제55조의2 (토지 등 양도소득에 대한 과세특례)에 의한 양도소득금액 계산시 판매수수료를 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제125조 의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007사업연도 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 계산시 부동산 양도가액에서 쟁점금액을 장부가액과 함께 차감하여 과세표준을 산정하였으나, 처분청은법인세법제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)에서 판매수수료인 쟁점금액을 차감하도록 규정하지 아니하였다는 이유로 쟁점금액을 과세표준에 추가하여 이 건 처분을 한 것으로 나타나며, 청구법인은 이 건 심판청구에서 소득세(양도소득세)의 양도차익을 계산하는 경우 등과 같이 쟁점금액을 양도에 따른 지출비용 등으로 보아 과세표준에서 차감하여야 한다고 주장하고 있다. (2) 법인세법 제55조의2 가 2001.12.31. 신설된 이유에 대하여 살펴보면, 정부는 ‘과세대상의 상당액이 감면되고 있어 제도로서의 실효성이 미약한 특별부가세를 폐지하여 기업의 상시구조조정을 뒷받침’하기 위하여 법인의 토지·건물 등 양도차익에 대하여 과세하는 특별부가세제도를 2001.12.31. 폐지하는 동시에, 부동산 투기의 재발을 방지하고 부동산 가격안정을 위하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역에 소재하는 토지 및 건물·국내에 소재하는 주택을 법인이 양도하는 경우 일반 법인세 이외에 추가로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세할 수 있는 제도를 마련하기 위하여 특례규정으로 법인의 토지·건물 양도소득에 대한 특례제도로법인세법제55조의2를 신설하였는 바, 구 특별부가세 규정에서는 과세표준 계산시 양도가액에서 취득가액 및 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용도 함께 공제하도록 규정하였으나 신설개정된법인세법제55조의2에서는 양도가액에서 양도당시 법인의 장부가액을 차감하도록 규정하였다.

(3) 따라서, 위와 같이 특별부가세제도를 폐지하면서 법인세법 제55조의2 를 신설한 취지와 동 규정에서 장부가액만을 차감하도록 규정한 점에 비추어 보면, 판매수수료 등인 쟁점금액을 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.