5년 이상 보유하다 양도한 신축주택의 감면세액 계산의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.10.11. 서울시 ○○○(건물면적 92.2㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득한 후 5년 이상 보유하다가 2008.12.23. 양도하고, 2009.2.28. 양도소득세 예정신고시 쟁점아파트의 양도로 인한 소득이조세특례제한법제99조의 3에서 규정한 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 대상’이라 하여 쟁점아파트의 취득일부터 양도일까지의 소득금액(이하 “전체소득금액”이라 한다)에서 쟁점아파트의 취득일로부터 5년간 발생한 소득금액(이하 “감면소득금액”이라 한다)을 직접 차감하는 방법으로 감면세액을 계산하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점아파트의 양도로 인한 감면세액을 양도소득세 산출세액에다 감면소득금액이 포함된 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하여야 함에도 전체소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법으로 감면세액을 잘못 계산하였다 하여 2008년 귀속 양도소득세 2,947,300원을 경정하여 2009.6.8. 청구인에게 이를 고지하였다(별지<표> 청구인 및 처분청의 양도소득세 감면세액 계산내역 참고).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 2002.10.11. 쟁점아파트를 취득하여 2008.12.23. 양도한 경우로서조세특례제한법제99조의 3 제1항에서 “당해 신축주택을 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년 간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”고 규정하고 있으므로 청구인이 전체소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법으로 감면세액을 계산한 것은 적법하다. 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분은 경정함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제90조에서는 “제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 이외의 법률에서 규정하고 있는 감면소득이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 감면한다”고 규정하고 있으므로 쟁점아파트의 취득일부터 양도일까지의 산출세액에다 감면소득금액이 포함된 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산한 것은 적법하다. 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분을 경정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 5년 이상 보유하다가 양도한 신축주택(쟁점아파트)의 감면세액을 ‘감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 세액공제 하는 방법’으로 계산할 것인지 아니면, ‘전체소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법’으로 계산할 것인지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 및 이하생략)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

○ 조세특례제한법시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

○ 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

○ 소득세법 제93조 【양도소득세액계산의 순서】 양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 양도소득산출세액을 계산한다.

2. 제1호의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제를 하여 양도소득결정세액을 계산한다. 이 경우 제90조의 규정에 의하여 감면되는 세액이 있는 때에는 이를 공제하여 결정세액을 계산한다.

3. 제2호의 규정에 의하여 계산한 결정세액에 제115조 및국세기본법제47조의 2부터 제47조의 5까지의 규정에 따른 가산세를 가산하여 양도소득총결정세액을 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점아파트가 양도소득세 감면대상인 신축주택으로서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제99조의 3 제1항 본문에서 규정한 바와 같이 전체소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법으로 감면세액을 계산하여 양소소득세 415,400원을 납부한 반면, 처분청은소득세법제90조를 근거로 청구인이 양도소득세 과세대상소득금액에서 제외한 감면소득금액을 양도소득과세표준에 포함시킨 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산함에 따라 청구인에게 이 건 양도소득세 2,947,300원을 고지하였다.

(2) 청구인은 쟁점아파트의 양도소득은조특법제99조의 3에서 규정한 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 대상’이고, 동조 제1항 본문에서 감면소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로, 처분청이소득세법제90조를 근거로 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산한 것은 잘못이라고 주장한다.

(3) 이를 바탕으로 하여, 거주자가 5년 이상 보유하다가 양도한 신축주택(쟁점아파트)의 감면세액을 ‘감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하는 방법’으로 계산할 것인지 아니면, ‘전체소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법’으로 계산할 것인지 여부를 살펴본다. (가)조특법제99조의 3 제1항 본문에서는 “거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고, 또 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”고 규정하고 있다. 위 조항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항에서는 “법 제99조의 3 제1항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며, 그 준용규정인 제40조 제1항에서는 “감면대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액에다 전체보유기간의 양도차익(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가) 중 5년간 양도차익(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있다. (나) 그리고,소득세법제90조에서는 “제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 있다. (다) 위와 같이조특법제99조의 3 제1항 본문의 전단부는 신축주택 취득자의 5년간 발생한 양도소득에 대한 세액을 감면한다는 내용이고, 후단부는 5년 이상 보유한 신축주택 취득자의 양도소득 중 5년간 발생한 양도소득을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다는 내용이며, 같은 법 시행령 제99조의 3 및 제40조는 5년간 발생한 양도소득금액을 감면하기 위하여 전체소득금액 중 5년간 발생한 양도차익이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다는 내용이고, 소득세법 제90조 는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액상당액을 계산한다는 내용이다. (라) 그렇다면, 5년 이상 보유하다가 양도한 쟁점아파트의 감면세액은 양도소득세 과세대상소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하는 방법으로 계산할 것이 아니라 조세특례제한법 시행령제99조의 3과 제40조 및소득세법제90조에서 규정한 바와 같이 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득이 차지하는 비율을 곱하여 세액을 공제하는 방법으로 계산하는 것이 적법하다 할 것이다○○○. (마) 따라서, 처분청이 쟁점아파트의 감면세액을 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에다 양도소득과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 것은 적법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] <표> 청구인 및 처분청의 양도소득세 감면세액 계산내역 구 분 청구인 처분청 양도소득금액 81,140,640원 81,140,640원 과세표준 78,640,640원 78,640,640원 세율 27% 27% 산출세액 16,732,972원 16,732,972원 감면세액 16,271,253원 12,587,122원 주1 총결정세액 461,179 4,145,850원 기납부세액 1,198,550원 납부할세액/고지세액 (원미만절사) 415,540원 2,947,300원 주1: [16,732,973원×(59,156,214원/78,640,640)]=12,587,122원