매출누락액 중 부가가치세 상당액을 제외한 나머지 금액만을 가산하여 법인세 및 부가가치세의 과세표준을 경정하는 것이지만, 그렇다고 하여 법인으로부터 사외유출되어 대표자 개인에게 현실적으로 귀속된 소득금액을 계산함에 있어서까지 위 부가가치세 상당액이 당연히 공제되어야 하는 것은 아니라고 할 것임
매출누락액 중 부가가치세 상당액을 제외한 나머지 금액만을 가산하여 법인세 및 부가가치세의 과세표준을 경정하는 것이지만, 그렇다고 하여 법인으로부터 사외유출되어 대표자 개인에게 현실적으로 귀속된 소득금액을 계산함에 있어서까지 위 부가가치세 상당액이 당연히 공제되어야 하는 것은 아니라고 할 것임
○○○세무서장이 2009.2.27. 청구법인에게 한 2001년 제2기부터 2004년 제1기까지의 매출부가가치세와 관련된 경정청구에 대한 거부처분은
1. 2001년 제2기부터 2002년 제2기까지의 매출부가가치세와 관련된 경정 거부처분에 대한 불복청구는 이를 각하한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 본안심리에 앞서, 처분청은 2003.12.30.자국세기본법제45조의2 제4항의 개정내용으로 볼 때, 청구법인이 쟁점상여처분액 중 2002~2003사업연도 상여처분액에 대하여 근로소득세 원천징수이행상황신고서를 제출하였다고 하더라도 이는 과세표준이나 세액을 확정하는 신고로 볼 수 없어 경정청구의 대상이 될 수 없다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.
(1) 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
(2) 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정된 것) 제45조의2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
④ 제1항부터 제3항까지의 규정은소득세법제73조 제1항 제1호부터 제8호까지에 해당하는 소득이 있는 자,소득세법제119조 제4호부터 제8호까지, 제11호 및 제12호에 해당하는 소득이 있는 자 또는법인세법제93조 제4호부터 제6호까지, 제9호 및 제10호에 해당하는 국내원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법제164조ㆍ제164조의 2 및법인세법제120조ㆍ제120조의 2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자" 로, 제1항 각호외의 부분 중 “법정신고기한 경과후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과후”로，제1항 제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액" 은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액" 으로 본다.
소득세법 제146조 및 제156조의 규정에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 동법 제164조 또는 제164조의 2의 규정에 따라 지급명세서를 제출기한내에 제출한 경우 부칙(2003.12.30. 법률 제7008호) 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제4조【경정 등의 청구에 관한 적용례】제45조의2 제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
(1) 청구법인은 2004년 제2기 부가가치세 확정신고시 ○○○세관에서 발행된 수정수입세금계산서에 대하여 2005.2.17. 부가가치세 수정신고를 하였으나, 처분청은 2005.3.9.부터 2005.3.25.까지 청구법인에 대하여 부가가치세 환급조사를 실시하여 ○○○세관에서 발행된 수정수입세금계산서에 대응되는 매출누락액을 확인하고, 청구법인의 부가가치세와 2002~ 2004사업연도 법인세를 경정하는 한편, 2005.6.16. 쟁점상여처분액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였으며, 이에 청구법인은 2005.7.11. 갑종근로소득세를 원천징수하여 납부하였다가 2008.7.10. 이 건 경정청구를 하였다. (2)국세기본법제45조의2 제4항이 2003.12.30. 법률 제7008호로 신설되기 전에는 소득금액변동통지에 따라 근로소득세를 원천징수하여 납부하고,소득세법제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 자라고 하더라도국세기본법제45조의2 제1항 소정의 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로 볼 수 있는 규정이 없었는 바, 법인이 과세관청의 소득금액변동통지를 근거로 소득세 원천징수이행상황신고서(소득세징수액집계표)를 제출하였더라도 이는 과세표준이나 세액을 확정하는 신고로 보기 어렵다 할 것이므로 경정청구의 대상이 아니라 할 것이며, 따라서 그 경정청구에 대한 거부처분은 불복청구의 대상이 되지 아니한다고 할 것이다(○○○, 2007.9.13. 같은 뜻). 그런데, 2003.12.30. 법률 제7008호로 개정된국세기본법은 제45조의2 제4항의 규정을 신설하여 연말정산 또는 원천징수의 방법으로 소득세를 납부하고소득세법제164조에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자에게 경정청구권을 인정하면서 동 개정규정은 동 법률의 시행일(2003.12.30.)이 속하는 과세연도분 부터 적용하도록 하였음을 알 수 있다. 따라서, 이 건 청구법인이 한 경정청구 중 2001년 제2기부터 2002년 제2기까지의 매출부가가치세와 관련된 경정청구는 관련법령상 경정청구의 대상이 아니므로 그 거부처분을 불복청구의 대상으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다(○○○, 2005.6.27. 외 다수 같은 뜻).
3. 다음으로, 쟁점부가가치세 중 본안심리의 대상이 되는 2003년 제1기부터 2004년 제1기까지의 매출부가가치세를 대표자 상여처분 대상에서 제외할 수 있는지에 대하여 살펴본다.
(1) 청구법인 주장 법인세법제67조(소득처분)에 의하면, 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하도록 규정되어 있고, 부가가치세의 매출세액은 같은 법 제18조(평가차익 등의 익금불산입) 제5호에 규정하는 익금불산입 대상이며, 쟁점부가가치세는 처분청의 법인세 조사 전에 청구법인의 부가가치세 수정신고·납부에 의하여 그 금액이 이미 국고에 귀속되었음에도 불구하고, 처분청이 법인세법 기본통칙을 들어 이 건 쟁점부가가치세를 소득금액에 가산하여 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다.
(2) 처분청 의견 법인세법 시행령제106조 제4항에 의하면, 법인이 법인세 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 그 소득처분은 사내유보로 할 수 있으나, 세무조사에 착수한 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 한 경우에는 그러하지 아니하는 바, 청구법인은 처분청의 경정결정 이전에 법인세 수정신고를 한 사실이 없으며, 부가가치세 매출세액이 익금불산입 대상이기는 하나, 법인세 과세표준 및 세액 경정결정시 쟁점부가가치세를 익금산입하여 상여처분함과 동시에 소득금액조정합계표상 손금산입 기타로 소득처분하여 각 사업연도의 소득금액에는 영향을 미치지 아니하는 바, 부당하게 사외유출된 금액에 대하여 이를 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분한 것은 정당하다.
(1) 쟁 점 청구법인이 2003년 제1기부터 2004년 제1기까지의 매출부가가치세(이하 “쟁점부가가치세①”이라 한다)를 적법하게 회수한 것으로 보아 그 소득처분을 대표자 상여처분이 아니라 사내유보로 할 수 있는지 여부
(2) 관련법률 (가) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제18조【평가차익 등의 익금불산입】 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.
제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (나) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전 의 것) 제106조【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 (다) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것) 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 부칙(2005.2.19. 대통령령 제18706호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제7조 【소득처분에 관한 적용례】제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.
(3) 심리 및 판단 (가) 청구법인은 2005.2.17. ○○○세관에서 발행된 수정수입세금계산서에 대하여 부가가치세 수정신고를 한 사실이 있으나, 처분청이 쟁점부가가치세를 포함한 쟁점상여처분액에 대하여 2005.6.16.자로 대표자 상여처분 및 소득금액변동통지한 것에 대하여국세기본법제45조의 수정신고기한내에 사외유출된 쟁점부가가치세①을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 법인세 신고를 한 사실은 없다. (나) 청구법인은 2005.2.17.자 부가가치세 수정신고시 쟁점부가가치세를 납부하였다고 주장하나, 부가가치세 수정신고의 시기와 그 내용 및 쟁점매출누락액에 대한 소득금액변동통지의 시기로 보아 청구주장을 사실로 인정하기 어려운 점이 있다. (다) 이 건 과세요건 성립 당시의 법인세법 시행령제106조에 의하면법인세법제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당·이익처분에 의한 상여·기타소득·기타 사외유출 등으로 소득처분하고, 사외에 유출되지 아니한 것이 분명한 경우에는 사내유보로 소득처분하도록 하였는 바, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준 신고시 누락된 법인의 매출수입금액 등에 법인이 거래징수한 부가가치세 상당액이 포함되어 있을 경우에는 그 매출누락액 중 부가가치세 상당액을 제외한 나머지 금액만을 가산하여 법인세 및 부가가치세의 과세표준을 경정하는 것이지만, 그렇다고 하여 법인으로부터 사외유출되어 대표자 개인에게 현실적으로 귀속된 소득금액을 계산함에 있어서까지 위 부가가치세 상당액이 당연히 공제되어야 하는 것은 아니라고 할 것이다(○○○ 판결 참조). (라) 이 건의 경우, 처분청은 쟁점부가가치세를 익금(상여)에 산입함과 동시에 손금(기타)에 산입하여 법인소득금액 계산시에는 익금불산입하고, 다만 상여처분액에 포함하여 소득금액변동통지를 하였는 바, 청구법인이 쟁점부가가치세① 상당액을 회수하고 이를 반영하여 법인세 수정신고를 한 사실이 없을 뿐만 아니라, 쟁점부가가치세①이 적법하게 회수되었다고 볼 증거가 없으므로 쟁점부가가치세에 대한 소득처분을 대표자 상여로 할 것이 아니라 사내유보로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 일부 부적법하고, 일부는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.