쟁점부동산을 증축・분양하면서 지출한 20억99백만원을 쟁점부동산의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인이 주주로 등재되어 있던 ○○○(부동산임대업, 1983.6.29. 개업, 이하 “○○○”라 한다)는 1984.3.28. ○○○ 소재 동북시장내 대지 2,992㎡ 및 근린생활시설 건물 3,819.58㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 10억940만원에 취득하고 2001.4.30. ○○○에게 72억5,000만원에 양도한 것으로 하여 2001사업연도 법인세와 특별부가세를 신고·납부하였다. 나.○○○국세청장은 2002년 12월 ○○○를 조사한 결과, 쟁점부동산의 양도가액을 79억5,000만원으로 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2003.1.4. ○○○에게 2001사업연도 법인세와 특별부가세 3,035,616,330원을 부과하면서 ○○○ 주주 43명에게 각 지분율에 상당하는 금액을 한도로 하여 제2차 납세의무자로 지정하였다.
• 다. ○○○는 쟁점부동산의 실질적 소유자가 ○○○의 주주로 등재되어 있던 43명의 상인들(이하 “상인들”이라 한다)이고, 상인들이 각자 실제 소유자로 등기할 수 없어 명의신탁한 것에 불과하므로 쟁점부동산의 실제소유자를 상인들로 보아 법인세를 취소해 달라는 취지로 2003.6.4. 행정소송을 제기하여 2007.6.28. 대법원에서 승소하였다. 라.처분청은 위 대법원의 판결내용에 근거하여 2007.8.24. ○○○의 법인세 부과를 취소하고, 쟁점부동산의 실제소유자였던 상인들에게 양도소득세를 부과하라는 과세자료를 상인들의 주소지 관할 세무서장에 통보하였으며, 쟁점부동산 중 청구인 지분에 대한 양도차익을 기준시가로 계산하여 2008.6.30. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 30,868,120원을 과세하겠다는 과세예고통지를 하였다.
• 마. 청구인은 2008.7.18. 과세전적부심사청구를 제기하여 실지거래 가액으로 과세하여야 한다고 주장하였고, 처분청은 2008.8.1. 과세전 적부심사결과 재조사 결정에 따라 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2009.1.4. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 43,289,330원을 결정·고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.18. 이의신청을 거쳐 2009.6.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점부동산의 양도차익을 산출함에 있어 자본적 지출액 1,681,097,194원만을 필요경비로 인정하고 쟁점부동산을 증축·분양하면서 실제 지출된 관리비 등 2,099,387,108원을 인정하지 아니하였으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 증축·분양비용 2,099,387,108원을 추가 필요경비로 인정 하여야 한다고 주장하나, 위의 비용은 수익적 지출비용에 해당하여 필요경비로 인정할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 증축·분양하면서 지출한 2,099,387,108원을 쟁점 부동산의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부 나 관련 법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래 가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 ○○○국세청장이 2002년 12월 ○○○의 법인세 조사하면서 쟁점부동산과 관련하여 지출한 3,780,484,302원을 필요 경비나 손금으로 인정하였으므로 양도소득세에서도 위 금액 전체를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청의 심리자료를 보면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 필요경비 내역 등을 구체적으로 제시하지 못한다는 이유로 ○○○가 쟁점부동산을 양도하고 법인세 신고시(2001사업연도) 제출한 특별부가세 과세표준 및 세액계산명세서상 증축과 관련된 경비 3,780,484,302원 중 자본적 지출액에 해당하는 1,681,097,194원(증축공사비 1,500,000,000원, 설계비 65,000,000원 등)만을 필요경비로 인정한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 필요경비 내역을 아래 <표>와 같이 제시하고 있는 바, <표> 쟁점부동산의 필요경비 내역 (단위: 원) 비목 금액 비고 증축공사비 1,500,000,000 기 인정 설 계 비 65,000,000 기 인정 분양수수료 23,700,000 지급이자 696,000,000 관리비등 경비 994,784,302 적자부채 200,000,000 고도제한 판공비 50,000,000 매매사기 피해액 100,000,000 가 설계비 41,000,000 일부 인정 분양사기 피해액 50,000,000 불량배 비용 60,000,000 계 3,780,484,302 처분청이 쟁점부동산의 필요경비로 인정하지 아니한 관리비 등은 소득세법상 소정의 양도소득세 필요경비 항목에 해당한다고 보기 어렵다.

(3) 따라서, ○○○가 쟁점부동산을 부동산임대업으로 사용하면서 지출된 항목 중 증축공사대·설계비 등 자본적 지출액 1,681,097,194원은 소득세법상 양도소득세 필요경비에 해당한다고 보여지나, 나머지 관리비 등은 법인세법상 손금항목에 포함되지만 양도소득세의 필요경비 대상항목에 포함된다고 보기 어려우므로, 처분청이 동 금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.