10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1993.11.1. 개업하여 ‘정밀기계 제조업’을 주업으로 영위하는 법인으로 청구법인이 보유하던 공장용지○○○에 아파트형 공장(대지 12,375㎡, 건물 51,248㎡이며, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양할 목적으로 ‘건축공사업’등록을 하고, 아파트형 공장을 신축함에 있어 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 ○○○ 소재 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)으로부터 내부마감공사 용역을 제공받은 것으로 하여 공급가액 42억원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 공제하고 법인소득금액 계산상 이를 손금에 산입하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하고, 청구법인이 공사원가로 계상한 공사비 42억원을 손금불산입하는 한편, 건축자재 매입비 등 부외공사원가 36억원을 손금산입하여 2009.3.9. 청구법인에게 2002년 제2기분 부가가치세 1,013,395천원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건물의 내부마감공사를 수행함에 있어 마감공사비로 지급한 일용노무비 등을 회계처리할 수 없어 ○○○으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 마감공사비로 회계처리한 것으로, 처분청은 그 중 36억원을 마감공사비로 인정하고, 나머지 6억원은 인정하지 아니하였는 바, 장부의 보존기간(5년) 및 부과제척기간(2008.1.25.)이 모두 경과한 상태라서 청구법인이 동 마감공사비에 대한 금융자료 등은 제시하지 못하였지만 나머지 6억원도 공사비로 인정하여야 하고, 청구법인은 증빙자료의 수취가 어려운 부외공사비를 회계처리하기 위하여 쟁점세금계산서를 교부받은 것일 뿐, 가공원가를 계상하기 위하여 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 아닌 점에 비추어 청구법인이 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 조세를 포탈하거나 매입세액 등을 공제받은 것으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용함은 부당하므로 부과제척기간(5년, 2008.1.25.)이 경과된 이후인 2009.3.9.에 한 이 건 부가가치세 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 조사 과정에서 쟁점세금계산서를 대체하는 42억원의 공사원가에 대한 입증자료를 제시하였고, 처분청이 이를 검토하여 장부에 미반영된 공사원가 36억원을 인정한 사실을 근거로 ‘사기 기타 부정한 행위’가 아닌 단순한 허위신고이고 조세포탈의 의도가 없었다고 주장하나, 청구법인은 쟁점건물의 신축과 관련하여 ○○○의 대표이사 ○○○로부터 면허만 대여받고, 청구법인이 직접 내부마감공사를 진행한 후 청구법인의 현장소장 ○○○이 ○○○ 명의의 쟁점세금계산서를 직접 발행한 것으로 확인되었고, 동일 과세기간에 ○○○주식회사로부터 29억원의 가공세금계산서를 교부받았다가 수정신고한 사실이 있으며, ○○○에 대한 공사비도 모두 가공으로 수수하는 등 조세포탈의 적극적인 의도가 있었다고 보이므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 매입세액을 공제받은 것으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 국세기본법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 【국세부과제척기간의 기산일】

① 법 제26조의2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

○ 부가가치세법(2003.5.29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법(2003.5.29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제31조【기장】

① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령이 정하는 바에 의하여 장부에 기록하고 사업장에 비치하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기록한 장부와 제16조 및 제32조의 규정에 의하여 교부하거나 교부받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날로부터 5년간 보존하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제60조 【과세표준등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 2002년 제2기부터 2003년 제2기까지의 부가가치세 조사(조사기간: 2008.3.20.～2003.5.13.)를 실시하는 과정에서 청구법인이 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 ○○○으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 조사하였는 바, 조사과정에서 확인한 내용은 아래와 같다. (가) ○○○은 2002년 제2기 이전에는 과세기간별로 3억～6억원의 규모로 부가가치세 신고를 하던 법인인데, 2002년 제2기에는 42억원의 매출신고를 하고, 부가가치세 무납부하여 ○○○세무서장이 2003.3.26.에 2003.1.26.자로 직권폐업 조치하였다. (나) 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급대가 46억2천만원 중 39억2천만원을 ○○○의 ○○○은행 및 ○○○은행 계좌로 입급하였는데, ○○○의 ○○○은행 계좌는 2002.9.26. 개설되었다가 2003.1.14. 해지된 계좌로, 입금액 41억5천만원이 당일 또는 익일에 자기앞수표 등으로 출금되었으나, 금융기관 문서보존기간 5년 경과로 금융추적조사가 불가하다. (다) 청구법인과 청구법인의 대표이사 ○○○의 계좌 입출금내역을 검토한 바, ○○○의 계좌에서 현금이나 자기앞수표로 출금된 금액이 청구법인의 계좌 또는 ○○○의 계좌로 입금된 사실이 확인된다. (라) 한편, 청구법인이 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 ○○○주식회사로부터 교부받은 공급가액 29억원의 세금계산서에 대하여는 2003년 7월에 실시된 ○○○세무서장의 ○○○주식회사에 대한 자료상 혐의자 추적조사 과정에서 가공자료임이 확인되어, 청구법인이 2003.7. 28.자로 부가가치세 수정신고를, 2003.9.8.자로 법인세 수정신고를 각각 한 사실이 있다.

(2) 청구법인은 처분청으로부터 ‘쟁점세금계산서를 가공으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 원가 계상된 공사비 42억원을 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세하겠다’는 취지의 세무조사결과 통지를 받고, 2008.7.31. 과세전적부심사청구를 하였는 바, 처분청이 동 과세전 적부심사 과정에서 확인한 내용 및 동 과세전적부심사 결정내용은 아래와 같다. (가) 조사관서는 청구법인이 ○○○에 대한 공사비로 회계처리한 자금이 청구법인 또는 대표이사의 개인계좌에 재입금된 사실에 의하여 쟁점세금계산서상의 거래를 가공거래로 판단하였으나, ○○○ 대표이사 ○○○가 쟁점건물의 내부마감공사와 관련하여 청구법인에게 면허를 대여하고, 가공세금계산서를 발행한 사실을 확인하고 있으며, 쟁점건물의 내부마감공사를 수행하였다는 ○○○이 ○○○의 명의를 빌어 쟁점세금계산서를 발행하였다고 확인하고 있어(2008.11.28. 확인서 제출), 청구법인이 이 건 거래사실을 입증하기 위하여 공사대금을 ○○○의 계좌에 입금하였다가 이를 청구법인의 대표이사 개인계좌로 재입금한 것으로 보여지므로 이러한 사실만으로 이 건 거래를 가공거래로 볼 수는 없다 할 것이다. (나) 또한, 쟁점세금계산서상의 공사대금 42억원을 공사원가에서 제외할 경우, 평당 건축비는 110만원으로 한국감정원의 아파트형공장의 표준건축비 137만1천원 대비 80%에 불과하고, 마감공사의 총공사비가 9억8,600만원으로 전체 공사비의 5.05%에 불과하여 청구법인과 같은 아파트형공장을 신축분양한 동종업체의 총 공사원가 중 마감공사비가 차지하는 비율 20%를 상회하는 것으로 나타나는 점에 비추어, 쟁점세금계산서를 가공으로 보기는 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 쟁점세금계산서를 가공자료로 본 이 건 세무조사결과 통지는 청구법인이 증거자료로 제시하고 있는 대표자의 금융계좌의 출금액에 대하여 동 금액이 공사대금 지급에 사용되었는지 여부 등을 ‘재조사’하여 그 결과에 따라 위장거래 여부 등을 판단함이 타당하다.

(3) 위 과세전 적부심사 결정에 따라 처분청은 2009.1.12.부터 1.21.까지 쟁점세금계산서상의 거래가 가공거래인지 여부에 대하여 재조사를 실시하였는 바. 처분청이 동 재조사 과정에서 확인한 내용 및 처분내용은 아래와 같다. (가) ○○○은 과세전적부심사 과정에서 내부마감공사를 본인이 42억원(부가가치세 별도)에 도급받아 공사하고, 거래증빙으로 ○○○ 명의의 세금계산서를 발행하였다고 확인서를 제출하였으나, 실제 공사여부 확인을 위하여 면담한 바, ○○○은 고등학교 20년 선배인 청구법인 대표이사 ○○○의 부탁으로 2002년 7월부터 공사현장 관리책임자로 있으면서 내부마감공사에 대한 인력관리 및 공정별 작업진행상황 관리를 하였을 뿐이며(청구법인으로부터 월 2～3백만원의 급여 수령), 청구법인에서 직접 노임을 지급하고 공사자재도 직접 구매․대금을 지급하였고, ○○○은 친구 ○○○가 대표이사인 ○○○ 명의의 세금계산서를 청구법인이 수취할 수 있도록 하였고, ○○○의 부가가치세 등 신고를 위하여 노임대장과 ○○○ 명의로 수취한 자재비에 대한 세금계산서를 ○○○에 전달하여 제세 신고를 하도록 하였다고 진술하고 있다.(2009.1.19. ○○○의 문답서 징취) (나) 결과적으로 쟁점세금계산서상의 매입액 42억원은 실물거래없이 수취한 가공매입세금계산서로 확인되므로 매입세액 불공제하여 부가가치세를 경정하되, 청구법인이 ○○○의 명의로 수취한 세금계산서 671,438천원, 장부에 미반영된 일용노무비 2,436,986천원, 전기․통신공사비 481,818천원 합계 3,590,242천원은 이를 추가공사비로 인정하여 법인세를 경정한다.

(4) 청구법인은 이상의 사실에 기초하여 이 건 2002년 제2기분 부가가치세와 관련된 세무조사가 장부의 보존기간(5년) 및 부과제척기간(2008.1.25.)이 이미 종료된 2008.3.20.에 있었고, 조사결과에 따른 과세처분이 2009.3.9.에 있었으므로 조사당시는 물론 그 이후에도 청구법인이 충분한 입증자료를 제시하기 어려운 상태에 있었으며, 조사결과 청구법인이 실질적으로 지출된 내부마감공사비를 손비처리하기 위한 것일 뿐, 조세를 회피하거나 부당하게 환급공제 받기 위한 목적은 아니므로 쟁점세금계산서상의 거래를 ‘사기 기타 부정한 행위’로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은 부당하다고 주장한다.

(5) 살피건대, 쟁점세금계산서에 대한 처분청의 세무조사가부가가치세법상으로는 장부의 보존기한 및 부과제척기간 경과 후에 개시되었고, 청구법인이 ○○○으로부터 실제 용역을 제공받지 아니하고 건설업 면허만을 대여받아 공사한 것에 대하여 사실과 다른 쟁점세금계산서를 교부받은 사실이 확인되는 바, 처분청이 이를 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 국세를 포탈한 경우에 해당한다고 보아 쟁점세금계산서에 대하여 국세부과제척기간을 10년으로 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.