무허가 건물이 있는 토지의 비사업용토지 해당여부

○○○세무서장이 2009.2.17. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 254,371,160원의 부과처분은 경기도 ○○○의 면적 중 103.4㎡를 비사업용 토지에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2003.2.11. 상속받은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 393-2 대지 637.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.3.18. 최○○외 1인에게 1,380,000,000원에 양도한 후, 15%의 장기보유특별공제를 적용하고, 누진세율 36%를 적용하여 2008.5.8. 양도소득세 200,229,248원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 지방세법 시행령제131조의2 제1항의 규정에 따라 쟁점토지 위의 무허가 건축물을 제외한 나머지 건축물대장에 등재된 건물 69.64㎡의 시가표준액이 쟁점토지 시가표준액의 3%에 미달하므로 재산세 별도합산과세대상에 해당되지 아니하므로 쟁점토지를 소득세법상 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 60%의 세율을 적용하여 2009.2.17. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 254,371,160원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 관련규정인 소득세법제104조의 3 제1항 제4호 나목에 “지방세법제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세 대상이 되는 토지”는 비사업용 토지에서 제외된다는 규정 이외에 다른 특별한 규정에 없음에도 처분청 담당공무원은 관할구청장이 2006년도 이후부터 계속 별도합산과세대상 재산세 과세한 것을 인정하지 아니하고 또한 관할구청장으로부터 당해 재산세의 경정처분이 없었음에도, 지방세법의 내용을 검토하여 별도합산과세에 해당하지 아니한다고 판정하고는 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 양도소득세를 경정함은 합당한 처분으로 보이지 아니한다. 쟁점토지를 처분하기 전 수차례에 걸쳐 처분청에 문의한 결과 비사업용토지에 해당하지 아니하는 것으로 답변을 들은 바 있어 쟁점토지를 양도한 것이며, 더욱이 청구인이 소유한 쟁점토지 위에 3동의 건축물(2동은 무허가)이 당해 토지 637.5㎡ 중 약 400㎡에 있어 쟁점토지가 비사업용 토지라고 생각한 적이 없었으며, 당해 3동의 건축물 모두 임차인이 사업자등록증이 있고, 청구인도 임대료에 대하여 부가가치세 및 소득세를 신고한 바 실질과세원칙에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 취소함이 타당하다. 설령 쟁점토지 전체를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다 하더라도 지방세법 시행령제131조의2 제1항 및 제2항에 의한 쟁점토지 중 건축물대장에 등재된 건축물의 바닥면적 69.64㎡에 용도지수 4배를 적용한 278.56㎡와 동조 제3항 제6호에 의한 자동차정비사업장용으로 사용한 150㎡(임대차계약서상 50평)를 더한 428.56㎡는 비사업용 토지에서 제외하여 과세함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제104조의3에서 규정하는 “비사업용 토지”는 양도당시를 기준으로 사업에 사용하고 있는지 여부를 판정하는 것이 아니라 당해 토지를 소유하는 기간 동안 법에서 규정한 ‘비사업용 토지의 기간기준’을 충족하고 법에서 규정한 ‘비사업용 토지 범위’에 해당하는지 여부를 가려 판정하는 것이므로 쟁점토지가 사업용 건물의 부속토지로 이용되었다 하더라도 당해 건축물 3채 모두 미등기 건물이고 1채만 건축물대장에 등록되어 있는 무허가 건축물로서 지방세법 시행령제131조의2에 의거 건축물이 있더라도 건축물이 없는 토지에 해당되어 소득세법상 비사업용 토지에 해당한다. 또한 쟁점토지의 2004년 ~ 2008년까지의 재산세 과세현황을 확인한 바, 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지 시가표준액의 3%에 미달하여 지방세법 시행령제131조의 2에 의거 별도합산대상토지에서 제외되는 것임에도 불구하고, 지방자치단체가 특별한 사유없이 2006년도, 2007년도만 별도합산과세(그 외 과세기간은 종합합산과세)를 한 것은 관련 법령에 의하지 아니한 것으로서 쟁점토지를 별도합산대상으로 인정할 수 없으므로 소득세법제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지로 보는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점

① 사업용 건축물의 부속토지로 사용하고 지방세법상 별도합산과세하였던 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 60% 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지 총 면적 637.5㎡중, 지방세법 시행령제131조 제1항에 따라 쟁점토지위에 건축물대장 등재 면적(69.64㎡)에 용도지역별 적용배율 4배를 적용한 278.56㎡와 동조 제3항 제6호에 의한 자동차정비사업장용으로 사용한 150㎡(임대차계약서상 50평)를 더한 428.56㎡는 비사업용 토지에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 등

○ 소득세법제95조【양도소득금액】 (2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략) 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

○ 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지 (2005. 1. 5. 개정)
• 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

○ 지방세법시행령 제131조의2 【별도합산과세대상토지의 범위】

① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지

• 나. 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다. 용 도 지 역 별 적용배율 도시지역

5배

2. 준주거지역ㆍ상업지역 3배

3. 일반주거지역ㆍ공업지역 4배

7배

4배 도시지역외의 용도지역 7배

③ 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

6. 자동차관리법에 의하여 자동차관리사업의 등록을 한 자가 그 시설기준에 따라 사용하는 자동차관리사업용 토지(자동차정비사업장용ㆍ자동차폐차사업장용ㆍ자동차매매사업장용 또는 자동차경매장용 토지에 한한다)로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

○ 자동차관리법 제53조 【자동차관리사업의 등록 등】

① 자동차관리사업을 경영하고자 하는 자는 국토해양부령이 정하는 바에 의하여 시장․군수 또는 구청장에게 등록하여야 한다. 등록사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.(단서 생략)

② 제1항의 규정에 의한 관리사업은 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 세분할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 의한 자동차관리사업의 등록기준 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 서울특별시․광역시 또는 도의 조례로 정한다.

○ 자동차관리법시행령 제12조 【자동차정비업의 세분】

① 법 제53조 제2항의 규정에 의한 자동차정비업의 종류는 다음 각 호와 같이 세분한다.

○ 경기도 자동차관리사업등록기준 등에 관한 조례 제5조【정비업의 등록기준】 정비업의 등록기준은 다음 각 호와 같다.

1. 별표 1의 시설을 갖출 것 [별표1] (제5조 제1항 제1호 관련) 자동차 정비업 시설기준 업종별 구분 자동차종합 정 비 업 소형자동차 정 비 업 자동차부분 정 비 업 원 동 기 전문정비업 사업장 면 적 작업장․검차장․사무실 부품창고 등의 면적 1천평방미터 이상 400평방미터 이상 70평방미터 이상 300평방미터 이상

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인이 제시한 재산세납세고지서 및 영수증에 의하면, 쟁점토지 소재 관할구청장인 ○○○이 쟁점토지에 대하여 부과한 재산세 과세내역은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지에 대한 ○○구청장의 재산세 부과내역 년도 재산세 과세표준 납부세액 비고 2004년 종합합산 230,628,375원 1,294,398원 2005년 종합합산 362,737,500원 1,563,687원 2006년 별도합산 420,750,000원 1,062,250원 2007년 별도합산 478,125,000원 1,234,375원 (나) 청구인은 쟁점토지 지상에 3동의 건물이 있고 ○○○ 등에게 각각 임대하였다고 주장하며, 제시한 임대차 계약서에 의하면, ○○○의 경우, 임대인은 청구인의 배우자 유○○○으로, 임차인은 ○○○로 하여 보증금 2,000,000원, 월세 300,000원에 임대면적은 약 50평으로 하여 2000.6.10. 계약 체결하였으며, ○○○의 경우도 임대인이 청구인의 배우자 유○○○이며, 임차인은 김○○○으로 하여 보증금 없이 월세 100,000원에 임대면적은 약 40평으로 하여 2000.12.28. 체결한 것으로 나타나고 나머지 ○○○도 임대인은 청구인의 배우자 유○○○이며, 임차인은 윤○○○으로 하여 보증금없이 월세 150,000원에 임대면적은 약 50평으로 하여 월, 일의 기재없이 2004년에 체결한 것으로 나타난다. <표2>쟁점토지의 임차인 명세 구분 @@카센타 # $$사무용가구 사업등록번호 135-01-##### 135-08-##### 135-04-##### 성 명 구 @@ 김 @@ 윤 @@ 임 차 면 적 약 50평 약 40평 약 50평 사업 개시일 1997.7.28 2001.2.1 2004.3.23 ※임대면적은 임대차계약서상 면적임. (다) 청구인은 배우자 유○○○으로부터 쟁점토지를 2003.2.11. 상속을 원인으로 하여 2006.11.27. 청구인 명의로 소유권 이전한 것으로 쟁점토지 등기부등본에 나타나며, 쟁점토지 지상위 건물은 유○○○과 이○○○가 층별 1층, 구조 경량철골조, 용도 수리점, 면적 69.64㎡, 사용승인일 2000.6.9.로 하여 각각 2분의 1씩 소유하고 있는 것으로 일반건축물대장에 나타난다. (라) 지방세법제131조의 2 제1항에서 건축물의 부속토지의 경우 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지의 경우 별도합산대상으로 보도록 규정하고 있고 청구인인 제시한 쟁점토지 “토지이용계획”에 의하면 쟁점토지는 ‘일반주거지역’에 해당하는 것으로 나타나며, 이 경우 동법 제2항에서 건축물 면적에 곱할 적용배율은 4배로 규정되어 있다. (마) 처분청이 쟁점토지 및 건축물의 시가표준액에 대하여 관할자치단체인 ○○○에게 문의한 결과에 따르면 <표3>과 같이 쟁점토지 지상의 건축물 중 사용승인받은 69.64㎡의 건축물의 시가표준액이 쟁점토지 토지시가표준액 3%에 미달하는 것으로 나타난다. <표3> 쟁점토지 및 지상건축물의 시가표준액(수원시 ○○구청장) 과세년도 건축물시가표준액 토지시가표준액 비율(건물/토지) 2004 10,097,800원 592,875,000원 1.70% 2005 27,020,320원 725,475,000원 3.72% 2006 21,240,200원 765,000,000원 2.77% 2007 22,354,440원 796,875,000원 2.80% 2008 23,259,760원 847,875,000원 2.74% (바) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건데, 소득세법제104조의 3 제1항 제4호 나목에 의하면 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지는 비사업용 토지에 제외토록 규정하고 있고, 지방세법제182조 제1항 제2호에서 ‘별도합산과세대상’은 “과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”로 규정하고 있으며, 지방세법 시행령제131조의 2 제1항에서 별도합산과세대상토지의 범위에 “건축법등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다” 라고 규정하고 있고, 동항 제2호 나목에서 “건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지” 또한 별도합산과세대상에서 제외토록 규정하고 있는 바, 쟁점토지 지상 위 건축물 중 66.64㎡는 2000.6.9.에 사용승인을 받고 건축물대장에 등재된 사실이 확인되며, 이외에 건축물이 무허가건축물인데 대하여는 서로 다툼이 없고, 처분청에서 쟁점토지 관할 지방자치단체인 ○○○에 쟁점토지 및 지상 건물의 시가표준액을 문의하여 회신한 공문○○○에 의하면 건물의 시가표준액이 토지의 시가표준액의 3%에 미달하는 것으로 확인되므로, 쟁점토지는 지방세법 시행령 제131조 의 2 제1항에 의한 별도합산과세대상토지로 볼 수 있는 건축물의 부속토지에는 해당되지 아니하는 것으로 보인다. 그럼에도, 쟁점토지 관할 자치단체장인 경기도 ○○○이 쟁점토지에 대하여 2006년 및 2007년 재산세를 부과하면서 “별도합산” 대상으로하여 재산세를 부과한 처분은 착오에 의한 것이거나 관련법령에 따르지 아니한 잘못이 있는 처분으로 보인다. 따라서, 처분청이 관련법령에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상토지로서 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 우리 원에서 경기도 ○○○에 문의한 결과에 의하면, 쟁점토지 임차인인 ○○○는 2003.1.8. 자동차관리사업 중 자동차부분정비업으로 등록되어 쟁점토지 양도일 현재까지 사업을 영위하였으며, 당시 사업계획서상의 등록 면적은 103.4㎡로 기재되어 있음이 나타난다. (나) 경기도 자동차관리사업등록기준 등에 관한 조례 제5조에 의하면 자동차부분정비업의 최소면적은 70㎡로 규정하고 있음이 확인된다. (다) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하면, 청구인은 지방세법 시행령제131조의2 제1항 제2호에 따라 쟁점토지 지상 위에 사용승인을 받은 69.64㎡에 용도지역별 적용배율 4배를 곱한 278.56㎡와, 동조 제3항에 의한 자동차관리법에 의하여 등록한 자가 사용하는 면적, 즉 ○○○에 임대한 150㎡를 합하여 428.56㎡를 비사업용토지에서 제외하여 달라는 주장이나, 지방세법 시행령제131조의2 제1항 제2호에 의하여 동조 제2항에서 규정한 용도지역별 배율을 곱한 면적을 별도합산과세대상토지로 보기 위하여는 같은 법 시행령 제131조의2 제1항 본문 규정에 따라 건축물의 부속토지 지상에 무허가 및 사용승인을 받지 아니한 건축물이 있는 경우에는 제외되는 것이며, 같은 항 제2호 나목에 따라 “건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지 또한 별도합산과세대상이 되는 건축물의 부속토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점토지 지상에 무허가 또는 사용승인을 받지 아니한 건축물을 제외한 69.64㎡에 대하여 처분청이 쟁점토지 관할 자치단체인 ○○○에 문의하여 회신받은 결과에 의하면, 건물의 시가표준액이 토지의 시가표준액의 3%에 미달하는 것으로 나타나므로, 쟁점토지의 경우에는 지방세법 시행령제131조의2 제1항 제2호에 의한 용도지역별 적용배율을 곱할 수 있는 대상이 되는 건축물이 없음이 관련법령에 의하여 알 수 있음에도 사용승인 받은 69.64㎡에 용도지역별 적용배율 4배를 곱한 278.56㎡를 별도합산과세대상토지로서 비사업용토지에서 제외되어야 한다는 청구주장은 관련법령을 잘못 해석한 데서 비롯된 것으로 보인다. 다만, 지방세법제182조 제1항 제2호에서 ‘별도합산과세대상’은 “과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”로 규정하고 있고, 지방세법 시행령제131조의 2 제3항 제6항에서 자동차관리법에 의한 자동차관리사업의 등록을 한 자가 시설기준에 따라 사용하는 자동차관리사업용토지로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적이내의 토지는 별도합산과세대상토지로 볼 수 있도록 규정하고 있는 바, 우리 원에서 ○○○에 문의한 결과, 쟁점토지 임차인인 ○○○는 2003.1.8. 자동차관리사업 중 자동차부분정비업으로 등록되어 있고, 당시 사업계획서상의 등록 면적은 103.4㎡로 확인되며, 자동차관리사업용 토지에 대한 그 시설의 최저면적을 규정한 경기도 조례에 의하면 자동차부분정비업의 최저면적기준은 70㎡로 규정되어 지방세법 시행령 제131조의2 제3항 제6호 에 따라 최저면적기준의 1.5배인 105㎡이내에서 별도합산과세대상으로 볼 수 있어, ○○○의 임차면적 150㎡ 전부를 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려우나, 쟁점토지 지상의 임차인이 실제 자동차관리사업용토지로 등록된 면적(103.4㎡)이 한도(105㎡)를 초과하지 아니하는 바, 쟁점토지 지상에 자동차관리사업용토지로 등록된 103.4㎡에 대하여는 지방세법제182조 제1항 제2호에 따라 별도합산과세대상 토지로서 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 의하여 비사업용 토지에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.