판결에 의한 후발적 사유에 의한 경정청구 사유에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1981.12.10. 개업하여 경기도 ○○시 ○○구 에서 통신서비스업을 영위하는 법인으로, 성남세무서장은 청구법인이 1997년 10월부터 2001년 10월까지 해외통신위성사업자 및 해외통신사업자 및 해외통신사업자에게 지급한 12,127,332.246원이 지급받는 자의 사용료 소득에 해당된다 하여 2002년 10월 청구법인에게 법인원천세 3,445,075,500원을 결정ㆍ고지하였다.
• 나. 청구법인은 위 과세처분에 대하여 불복청구하는 한편, 청구법인이 2002년 10월부터 2004년 4월까지 지급한 금액 4,032,547,100원에 대하여 법인세 1,017,723,910원을 원천징수하여 납부하였고, 청구법인의 지점법인(○○○○○ 및 ○○○○센터)은 2002년 11월부터 2008년 6월까지 지급한 금약 6,661,412,822원 (○○○○○ 2,568,862,373원, ○○○○센터 4,092,550,449원)에 대하여 법인세 305,823,113원(○○○○○ 91,341,777원, ○○○○센터 214,460,336원)을 원천징수하여 납부하였다.
• 다. 이후, 대법원에서 청구법인이 1997년부터 2001년까지 해외통신위성사업자 등에서 지급한 금액이 지급받은 자의 사업소득에 해당된다고 판결(대법원 2008.1.21. 선고 2005두16475 판결 참조)함에 따라 ○○세무서장은 위 법인원천세 3,445,075,500원의 부과처분을 취소하였고, 이에 따라 청국법인은 2008.3.7. ○○세무서장과 □□세무서장(이하 “처분청”이라한다)에게 청국법인과 청구법인의 지점법인(이하 “청구법인”이라 한다)이 원천징수하여 납부한 위 법인원천세 1,017,723,940원과 305,823,113원을 각각 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 라. 이에 대하여 ○○세무서장은 2008.10.6. 청국법인의 환급청구는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 각호에서 규정하는 후발적 경정청구의 요건에 해당하지 않는다고 보고, 납세자 신회보호의 차원에서 청구법인이 2003.11.10.부터 2004.5.10.까지 납부한 세액 974.359,970원(이하“쟁점세액”이라 한다)은 부과제척기간이 경과하였다 하여 환급거부통지하였고, □□세무서장은 청구법인의 지점법인이 원천징수ㅘ여 납부한 세액 중 2005.3.10.부터 2008.7.10.까지 납부한 세액 68,691,170원((○○○○○ 50,102,797원 및 ○○○○센터 187,008,126원)은 경정청구기한 3년이 경과하였다는 이유로 환급거부통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2008.12.3. 이의신청을 거쳐 2009.4.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 (1) 「국세기본법 시행령｣ 제52조의2 제4호 에서 후발적 경정청구의 사유의 하나로 ‘기타 이에 준하는 사유’를 규정하고 있는 점으로 보아 후발적 경정청구의 사유에 해당되는지 여부는 납세자의 재산권 보장이라는 제도적 취지에 비추어 살펴보아야 하는데도, 처분청이 당해 사건에 대한 법원의 판결이 있을 경우에만 후발적 경정청구를 할 수 있다고 본 것은 후발적 경정청구의 입법취지에 반하는 자의적인 해석이며, 청구법인은 과세관청의 공식적인 의사표시에 따라 과거에 납부하지 아니하던 해외위성중계기 사용료에 대한 법인원천세를 원천징수하여 2002사업연도분에 대한 부과고지 이후부터 성실히 납세하였음에도 이로 인하여 오히려 청구법인의 재산권이 보장되지 않는 것은 타당하지 아니하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

(2) 처분청의 부과처분에 따라 청구법인은 당초부터 납세의무가 존재하지도 아니한 해외위성중계기 사용료에 대한 법인원천세를 원천징수하여 납부하였고, 동 납세의무의 부존재 사실이 대법원의 판결에 의하여 확인되었으므로 쟁점세액은 경정청구기간 및 국세부과제척기간 등의 경과 여부에 관계없이 민사상 부당이득의 반환에 관한 법리에 따라 환급하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 「국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제1호 에서 규정하는 ‘판결’이라함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 판결을 의미하는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이며, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것이어서, 동 판결의 직접적인 영향을 받지 아니하는 신고내용에 대하여는 동 규정을 적용할 수 없는 것이므로, 청구법인이 자진 신고ㆍ납부한 쟁점세액에 대하여 후발적 경정청구의 요건이 충족되지 못한 것으로 보아 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

(2) 또한, 청국법인의 쟁점세액 신고ㆍ납부행위를 당연무효로 볼 수 없어 쟁점세액을 「국세기본법｣ 제51조 의 과오납금으로 볼 수 없으므로 경정청구기간 및 국세부과제척기간 등의 경과 여부에 관계없이 민사상 부당이득의 반환에 관한 법리에 따라 쟁점세액을 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점세액에 대한여 「국세기본법｣ 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 볼 수 있는지 여부

② 쟁점세액에 대한 신고ㆍ납부행위가 당연무효이거나 취소할 수 있는 경우에 해당되어 쟁점세액을 환급하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령 (2005.12.29. 개정되기 전의 것)

○ 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만효된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정ㆍ판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 가세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 가세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 가호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 2.~4. (생 략)

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사우가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

○ 국세기본법 제54조 【국세환급금의 소멸시효】

① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5연간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 의한다.

○ 국세기본법 시행령 제12조의3 【국세부과제척기간의 기산일】

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정납부기한의 다음날

○ 국세기본법 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때

3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제1호 에 의하여 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 대에는 그 확정된 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 ‘판결’이라 함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것이다(국심 2007서244, 2007.05.28. 같은 뜻). (나) 이와 같은 취지에서 이 건을 살펴보면, 이 건 대법원 판결(2008.1.21. 선고 2005eb16475 판결)은 청구법인이 1997년부터 2001년까지 해외통신위성사업자 등에게 지급한 금액이 지급받은 자의 사업소득에 해당된다고 본 해당 법인원천세의 부과처분을 취소한 것이지 청구법인의 지점법인이 이후의 과세연도에 지급한 금액에 대하여 해당 법인세를 원천징수하여 납부한 것이 대하여 그 신고ㆍ납부행위를 무효로 보아야 한다거나 이를 취소하여야 한다는 취지는 아니므로 청국법인이 다른 과세기간에 위 법인원천세와 유사한 이유로 원천징수하여 자진납부한 쟁점세액에 대하여는 후발적 경정청구의 요건이 갖추어진 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점세액에 대한 처분청의 이 건 경정 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 신고납세방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이므로 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 흠결이 있지 않는 한 당연무효로 되지 않는 바, 신고행위가 당연무효로 되지 않는 경우에는 동 신고에 의하여 납부된 세약을 부당이득으로 볼 수 없으며, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부는 신고행위의 근거가 되는 법령의 규정 및 하자있는 신고행위에 대한 구제수단과 신고행위에 이르게 된 구체적인 사정 들을 종합적으로 고려하여 개별적인 사안마다 합리적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2003.9.2. 선고 2002다52084 판결외 다수). (나) 이 건의 경우, 청구법인은 조세채무가 존재하지 아니하여 처음부터 납부할 의무가 없는 쟁점세액을 자진하여 신고ㆍ납부하였으므로 동 신고ㆍ납부행위를 무효로 보거나 취소하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점세액을 신고ㆍ납부한 행위는 과세관청의 강요에 의한 것이 아니고, 청국법인이 과세처분을 우려하여 스스로 한 것으로 그 신고ㆍ납부행위데 중대한 하자가 있었다고 하더라도 명백한 흠결이 있었다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점세액을 부당이득의 반환 법리에 따라 당연히 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.