1세대2주택 보유자라 하여 장기보유특별공제가 배제함은 소급과세원칙에 위배된다는 주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인이 1976.5.11. 취득한 ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 소유하던 중 1999.1.14. 서울특별시 ○○○을 추가로 취득하여 1세대 2주택이 된 상태에서 2007.2.9. 쟁점주택을 양도한 후 양도소득 과세표준신고를 하지 아니하자, 처분청은 청구인으로부터 쟁점주택을 양수한 양수자인 변○○○에게 양도가액을 확인하고 1세대 2주택자가 1주택을 양도한 이 건에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 100분의 50의 양도소득세율을 적용하여 2009.2.5. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 135,334,730원을 결정고지 하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 취득한 후 30년 이상을 보유하다가 양도하였는데, 2005.12.31. 1세대 2주택자에 대하여는 양도소득의 산정 시에 장기보유특별공제를 배제하도록소득세법이 개정되었는바, 국세기본법제18조 제2항에서 “국세를 납부할 의무가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”고 규정하여 소급과세를 금지하고 있고, 이는 취득당시에는 예측할 수 없는 법률을 양도당시 적용하는 것은 법적 예측가능성을 침해하는 것이기 때문이며, 양도차익은 양도당시 형성된 것이 아니라 보유기간동안 발생한 것이라는 점에서 법률 개정 이전에 발생한 양도차익에 대하여 개정된소득세법의 규정을 적용하는 것은 소급과세에 해당된다. 장기보유특별공제는 부동산의 장기보유를 유도하고 물가상승으로 인하여 발생한 명목소득을 양도차익에서 공제함으로써 실질소득을 초과하는 양도차익에 대하여 과세하는 모순을 방지하기 위한 목적에서 도입된 제도라고 보아야 할 것인데, 다주택 보유자라는 사유만으로 장기보유특별공제를 배제하는 경우 재산의 원본을 잠식하는 결과를 초래할 수 있으므로 법률 개정 이전에 보유한 기간에 대하여 만큼은 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것이다.

(2) 다주택 보유자에 대하여 중과세하는 것은 부동산 투기억제를 위하여 주택가격의 상승으로 인한 차익을 국가가 환수하여 주택의 효율적 이용을 유도하기 위한 목적이 있다고 할 수는 있지만, 이 경우 다주택 보유자에 대하여 중과세를 하기 위해서는 부동산 투기를 유발할 만한 특별한 이유가 있어야 한다는 전제조건이 성립되어야 하는데, 주택가격이 상승하였다 하더라도 물가상승 등을 감안할 때 중과세할 만한 이유가 존재하지 아니하는 경우까지 단지 다주택 보유자라는 사실만으로 장기보유특별공제를 배제하고 징벌적 세율체계에서나 적용될 수 있는 고율의 양도소득세율로 과세하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 헌법에서 보장된 재산권을 침해하게 된다.

• 나. 처분청 의견 1세대 2주택자는 2005.12.31. 개정된소득세법제95조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하면서 2007.1.1. 이후부터 시행하도록 부칙에서 정하고 있고, 같은 법 제104조 제1항 제2호의5에서 100분의 50의 양도소득세율을 적용하도록 규정하고 있는 만큼, 1세대 2주택자인 청구인이 2007.2.9. 쟁점주택을 양도하였기 때문에 개정된 법률에 따라 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 100분의 50의 양도소득세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 적법․타당하다.

• 가. 쟁점 2005.12.31.소득세법이 개정되면서 30년 이상 장기간 1주택을 소유하다가 1세대 2주택 보유자가 되어 양도한 쟁점주택에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제한 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부 및 고율(100분의 50)의 양도소득세율을 적용하여 중과세하는 처분이 과잉금지의 원칙에 위배되어 헌법상 보장된 개인의 재산권을 침해하는 것인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기 양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

(2) 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기 양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50

(4) 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 부칙 제1조【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제156조의4의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의 4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 제3조 【양도소득세에 관한 일반적 적용례】 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. (5) 소득세법 시행령 제167조의5 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 5에서“대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (6) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1976.5.11. 매매를 원인으로 하여 쟁점주택을 소유권이전등기하여 보유하다가 2007.2.9. 변○○○에게 이를 양도하였다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도하고 양도소득 과세표준신고를 하지 아니하였기 때문에 양수자인 변○○○으로부터 쟁점주택에 대한 매매사실 확인서와 매매계약서를 제출받아 양도가액을 확인한 후 청구인이 1세대 2주택자이므로 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 100분의 50의 양도소득세율을 적용하여 산출한 2007년 귀속 양도소득세 135,334,730원을 결정․고지하였다.

(3) 먼저, 청구인은 2005.12.31. 법률 제7837호로소득세법이 개정되면서 장기간 1주택을 소유하다가 1세대 2주택 보유자가 되어 양도한 부동산에 대하여 장기보유특별공제의 적용대상에서 배제하도록 규정한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가)소득세법제95조 제2항이 2005.12.31. 개정되면서 같은 법 제104조 제1항 제2호의5에 해당되는 자산의 경우에는 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 개정된 법률 부칙 제1조에서 개정 법률은 시행일(2007.1.1.)후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 청구인이 시행일 이후인 2007.2.9. 양도한 쟁점주택은 장기보유특별공제의 적용대상에 해당되지 아니한다 하겠다. (나) 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력이 발생 전에 이미 종결한 과세요건사실에 대하여는 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실관계나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것으로서, 청구인의 경우와 같이 장기간 1세대 2주택을 보유한 자가 1주택을 양도하는 경우에 있어서 양도일 이전에 관련법령이 납세의무자에게 불리하게 개정되었다 하더라도 개정된 법령에서 특별히 이에 대하여 경과규정을 두고 있지 아니한 이상, 양도소득세의 경우 납세의무가 성립되는 양도당시의 법령을 적용하여야 하는 것이고, 단순히 개정법령이 납세의무자에게 불리하다 하여 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다 하겠다.

(4) 다음으로 청구인은 이 건 처분 시 1세대 2주택 보유자에 대하여 고율의 양도소득세율을 적용하여 재산권을 침해한 것은 과잉금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 헌법 제111조 제1항 및헌법재판소법제2조에서 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로 규정하고 있고,국세기본법제55조 제1항에서는 조세심판청구의 대상에 관하여 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다. (나) 위 관련법령 등을 종합해 보면, 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로, 헌법재판소는 이 건 심판청구일 현재까지 1세대 2주택 보유자에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 100분의 50의 양도소득세율을 적용하는 것이 헌법에 위배된다고 결정한 사실이 없어 위 관련 법률은 유효한 것이므로 처분청이 적법한 절차에 따라 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다 하겠다.

(3) 따라서, 처분청이 1세대 2주택 보유자인 청구인이 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 100분의 50의 양도소득세율을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 결정․고지한 처분은 적법․타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.