장기임대주택이 재건축으로 철거된 후 조합원입주권으로 양도된 경우 감면여부

○○세무서장이 2009.3.18. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 140,371,220원에 대한 경정청구 거부처분은 청구인이 2006.3.20 2006.4.1. 2006.6.3. 양도한 ○○시 ○○구 ○○동 1347 △△밍 아파트 101동 103호, 102동 701호, 102동 202호의 조합원입주권 및 동 아파트 101동 701호에 대한 양도소득금액 중 청구인이 1996.9.2l. 취득한 위 같은 동 1347-3 ☐☐지 202호,301호, B01호 및 204호에 대한 주택재건축사업계획승인일(2003.6.30)까지의 청구인의 소유지분(10분의 5)에 해당하는 양도소득금액을 산정하고 그 중 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1.처분개요 청구인은 1996.7.22. ○○시 ○○구 ○○동 1347-3 연립주택 14세대 [청구인의 지분은 10분의 5이고 박AA(10분의 3) 및 정BB (10분의 2)와 공동소유]를 신축하여 그 중 분양 및 증여한 4세대를 제외한 10세대(이하 "종전주택"이라 한다)를 소유하던 중 2004.6.16. 종전주택이 주택재건축사업으로 철거되면서 공동소유자들과 함께 위 같은 동 1347 △△밍아파트의 조합원입주권 10호를 취득하였고, 2006.3.20. 2006.4.1. 및 2006.6.3. 위 입주권 중 3채(101동 103호, 102동 701호, 102동 202호이고, 이하 "쟁점입주권"이라 한다)를 양도 하고, 2006.12.20. 청구인 단독명의로 소유권보존등기한 위 같은 동 1347 △△밍아파트 101동 701호(이하 "쟁점아파트"라 한다)를 2008.12.28. 양도한 후, 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트에 대한 양도소득세 140,371,220원을 예정신고 자진납부 하였다가, 2009.2.10. 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트의 양도에 대하여 조세특례제한법제97조의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당된다 하여 기납부한 양도소득세의 100%를 감면하여 줄 것을 경정청구 하였다. 이에 처분청은 쟁점입주권 및 쟁점아파트의 양도가 양도소득세 감면대상이 아니라고 하여 2009.3.18. 청구인에게 경정청구 거부통지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.24. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 1996.7.22. 종전주택을 신축하여 박AA 및 정BB와 공동(청구인, 박AA 및 정BB 지분은 각각 5/10, 3/10 및 2/10임)으로 소유하면서 주택재건축사업으로 종전주택이 철거될 때(2004.6.16.)까지 8년간 임대주택으로 사용하였으므로 쟁점입주권 및 쟁점아파트를 취득하기 이전에 종전주택은 이미 조세특례제한법 제97조 에 정한 건설임대주택으로서 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면요건을 충족하였다. 처분청은 종전주택이 재건축되어 입주권인 상태에서 양도하였기 때문에 장기임대주택에 대한 감면규정을 적용할 수 없다는 것이나, 청구인은 종전주택을 8년 이상 임대한 후 재건축으로 인하여 본인의 의사와 무관하게 기존주택이 철거됨으로써 그 주택에 대한 등기권리 증을 소멸당하고 그에 상응하는 권리증서로서 입주권을 받은 것으로 이는 기존 주택의 등기권리증에 해당하므로 조세특례제한법상의 주택경기 활성화 조치로 인하여 장기임대한 주택의 양도소득세는 감면한다는 규정의 취지에 부합하고, 청구인이 쟁점입주권을 받을 당시 이미 위 규정에 의한 감면규정에 정한 요건을 충족하였기에 그 이후 입주권 상태로 이를 양도하더라도 감면대상에 해당됨에는 변함이 없다 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점입주권은 임대중이던 종전주택이 재건축으로 인하여 입주권인 상태에서 양도하여 감면대상에 해당되지 아니하고(국세청 서면 4팀 -1046, 2008.4.29.), 쟁점아파트는 국민주택 규모를 초과하며 청구인이 2006.5.15 공동소유자인 박AA(10분의 3), 정BB(10분의 2)의 지분을 취득하여 준공일 이후인 2006.12.28. 양도하였으므로조세특례제한법제97조에 규정한 양도소득세 감면대상 장기임대주택에 해당되지 아니하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단
• 가. 쟁 점 5년 이상 장기임대주택이 재건축으로 철거된 후 조합원입주권 및 신규분양된 아파트로 양도된 경우 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

• 다. 사실관계

(1) 이 건 과세자료 등에 의하면, 종전주택은 1996.7.22. 신축하여 사용승인 되었고, 1996.9.21. 청구인(10분의 5), 박AA(10분의 3), 정BB (10분의 2)의 공동명의로 소유권보존등기 되었으며, 2003.6.30. 주택재건축사업계획이 승인되어 조합원입주권을 취득하였고, 2004.6.16. 종전 주택이 철거되어 말소등록 되었는 바, 종전주택 내역과 쟁점입주권 및 쟁점아파트 취득 및 양도내역은 아래 <표>와 같고, 쟁점아파트는 2006.5.15. 청구인이 공유자의 지분을 BB하여 2006.12.20. 단독명의로 소유권보존등기한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 증빙자료 중 종전주택의 (말소)집합건축물대장을 보면, 2007.6.l. ○○구청장이 발급한 것으로 ○○시 ○○구 ○○동 1347-3 대지 395.05㎡, 건축연면적 866.31㎡의 지하 1층 지상 4층 연립주택으로, 건축허가일 및 사용승인일은 1995.12.8. 및 1996.7.22.이고, 2004.6.16. 철거에 의해 말소등록 되었고, 등기부등본을 보면, 1996.9.2l. 청구인(10분의 5), 박AA(10분의 3) 및 정BB(10분의 2)의 공동명의로 소유권보존등기 되었으며, 2003.11.12. ◇◇지 건축주택조합에 신탁된 것으로 나타나고, 임대사업자등록증을 보면, 2003.8.28. △△구청장이 청구인, 박AA, 정BB에게 임대주택법제6조에 의하여 종전주택에 대한 임대사업자 등록증을 교부한 것으로 나타나며, 종전주택에 대한 주택임대차계약서 10부를 보면, 청구인, 박AA, 정BB가 1999.8.28. - 2003.6.6. 기간 중 종전주택(10세대)에 대하여 임차인 이CC 외 9명에게 임대보증금을 4천만 원 - 1억 1,200만원으로 하여 임차계약일부터 2년간 임대하는 것으로 임대차계약을 체결한 것으로 되어 있다. 청구인의 주민등록초본을 보면, 청구인은 1990.11.16. - 1992.11.16. 기간 중 ○○시 △△구 △△동 63 △△아파트 6-1203호에서 거주하였고, 1992.12.24. 같은 동 66 ▷▷아파트 2-708호로 전입하였으며, 2003.10.30. 무단전출 사유로 직권말소 되었다가 2003.11.21. 재등록된 후 현재까지 ○○시 ○○구 ○○동 1630-4 ■■빌 301호에서 거주한 것으로 나타나는 바, 청구인은 직권말소된 사유에 대하여 2003년 10월 전출지인 △△동사무소에 전출신고를 한 후 업무상 바빠 전입한 동사무소에 10일 이내에 전업선고를 하지 아니한 관계로 ○○동사무소에서 청구인의 주민등록관련 서류를 다시 전출지인 △△동사무소로 반송함에 따라 △△동사무소에서 단순히 무단전출로 주민등록 말소를 한 것이나, 추후 이를 확인하고 전입신고후 재등록한 것으로 등록말소 기간은 약 1월 정도로 주민등록상 거주지와 실제 거주지가 같음을 사실확인 하고 있다. 청구인이 증빙자료로 제출한 기획재정부 예규(재산세제과 283, 2010.3.29,)를 보면, 2009.10.15. 이 건 심판청구대리인(이DD 세무사)의 질의에 대한 회신으로 그 내용은 " 조세특례제한법 제97조 에 따른 장기임대주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 재건축 등으로 당해 장기임대주택이 조합원입주권으로 전환되어 양도하는 경우에도 위의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 동 주택을 양도함으로써 발생하는 소득은 장기임대주택의 재건축사업계획승인일 현재의 양도차익을 말하는 것입니다"라고 되어있다.

• 라. 판 단

(1) 먼저, 종전주택이 주택재건축사업으로 철거되기 전까지조세특례제한법제97조의 규정에 의한 양도소득세가 감면되는 장기임대 주택으로서 요건을 충족한 것으로 볼 것인지에 대하여 본다. 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 종전주택은 그 면적이 33.26㎡ - 78.57㎡로서, 1996.7.22. 신축되어 1996.9.21. 청구인 등의 명의로 소유권보존등기된 국민주택 규모(85㎡) 이내인 10호의 주택으로 청구인은 그 소유지분이 50%이므로 5호의 주택을 보유한 것으로 볼 수 있고(재정경제부 재산-771, 2006.7.3. 참조), 1996년 9월부터 주택재건축사업으로 철거된 2004년 4월까지 약 7년여 동안 계속하여 임대에 사용한 것은 사실로 보여진다. 다만, 청구인이 종전주택에 대하여 소유권보존등기 이전까지임대주택법에 의한 임대사업자로 등록하지 아니하고 주택재건축 사업계획승인일 이후인 2003.8.28. 임대사업자로 등록한 사실이 확인 되므로 종전주택은 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에 정한 건설 임대주택에는 해당되지 아니한 것으로 보여진다(건설교통부 공동주택 팀-4076, 2007.2.6. 참조). 따라서, 종전주택은 재건축사업계획승인일 당시 위 같은 법 제97조 제1항 본문의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 장기임대주택의 요건을 충족 하였던 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 다음으로, 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 양도소득세가 감면되는 장기임대주택으로서 요건을 충족한 주택이 주택재건축 사업으로 조합원입주권 또는 분양아파트로 전환된 상태에서 양도된 경우에도 양도소득세 감면규정을 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 본다. (가) 살피건대, 조세특례제한법 제97조 는 중산 ․ 서민층의 주거 생활 안정과 장기적으로 소형 임대주택건설을 촉진하기 위하여 1986.12.26. 신설된 규정인 바, 동 규정에 정한 양도소득세 감면요건을 충족한 장기임대주택이 주택재건축사업 등에 따라 조합원입주권 또는 아파트로 전환된 상태에서 양도되는 경우에도 당해 장기임대주택에 대한 주택재건축사업계획 승인일 현재까지 발생한 양도차익에 대하여는 위의 규정에 의한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 동 규정의 입법취지 및 법적안정성 측면에 부합된다고 할 것이다(기획재정부 재산세제과 283, 2010.3.29. 참조) (나) 따라서, 처분청이 쟁점입주권 및 쟁점아파트의 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액 중 청구인이 1996.9.21. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 1347-3 ☐☐지 202호, 301호,B01호 및 204호에 대한 주택재건축사업계획승인일(2003.6.30.)까지의 청구인의 소유지분(10 분의 5)에 해당하는 양도소득금액을 산정하고 그 중 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정 한다.