총괄납부 승인을 받지 않은 상태에서 공장귀속분 매입세액을 본점 사업장에서 공제받을 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.10.11.부터 ○○시 ○○구 ○○동 000-00에서 전분 등의 도•소매업(이하 “본점사업장”이라 한다)을 영위하는 법인으로서 ○○도 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 000에 공장(이하 “○○공장”이라 한다)을 설치하고, 2004년 2기∼2006년 2기 과세기간중 ○○공장을 공급받는 자로 하여 교부받은 세금계산서(공급가액 562,075,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액 56,207,500원을 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 총괄납부 승인을 받지 않은 상태에서 ○○공장 명의로 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 본점사업장 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다 하여 동 매입세액을 불공제하고 세금계산서합계표불성실가산세 및 신고•납부불성실가산세를 적용하여 2008.3.24. 청구법인에게 부가가치세 2004년 제2기분 8,749,240원, 2005년 제1기분 43,380,390원, 2005년 제2기분 10,019,310원, 2006년 제1기분 4,950,650원, 2006년 제2기분 14,541,680원 합계 81,812,270원을 경정고지하였다. 청구법인이 2008.8.19. 처분청의 쟁점세금계산서에 대한 매입세액불공제 및 가산세부과에 대한 고충민원을 신청한 결과, 처분청은 납부불성실가산세를 취소하는 것으로 경정감하였는 바, 이에 청구법인은 ○○공장이 본점사업장으로의 매출액에 대하여 본점사업장의 매입세액을 공제하여 2009.1.7. 과세표준과 세액을 경정청구하였으나 처분청은 2009.2.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○공장에서 매입세액 공제를 인정받지 못한 것은 공급의제 규정에 따라 본점사업장에서 매입세액 공제가 인정된다는 고려에 기인한 것이나 처분청은 세금계산서가 발행되지 않았다는 사정만을 앞세워 매입세액 공제를 부정하고 있는 바, ○○세무서장과 처분청 어디에서도 매입세액 공제는 전혀 이루어지지 않았으므로 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제4조 에서 부가가치세는 사업장마다 신고 납부하여야 하고, 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 ①주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있으며, ②일정요건을 갖춘 경우 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고 납부할 수 있다고 규정하고 있다. 청구법인은 부가가치세 총괄납부 및 사업자단위 과세 승인을 받지 않았으므로 사업장마다 부가가치세 신고 및 납부를 하여야 하며, 쟁점세금계산서는 적법하게 수취한 세금계산서이므로 공급받는자를 청구법인의 본점사업장으로 교부받을 수 없고, 매출세액에서 공제되는 매입세액은 교부받은 세금계산서에 공급받는자의 사업자번호가 기재된 사업장의 매입세액으로 공제하여야 하는 것이므로 청구법인 본점 사업장의 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 총괄납부 승인을 받기 전, 본점사업장의 매입세액으로 불공제한 ○○공장 명의 쟁점세금계산서상의 매입세액을 ○○공장의 매입세액으로 인정하고, ○○공장에서 본점사업장으로의 매출누락액을 경정한 것에 대하여, 본점사업장의 매입세액으로 공제받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조 【신고·납세지】(2006. 12. 30, 법률 제8142홀 개정되기 이전의 법률)

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고·납부할 수 있다. 이 경우 당해 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고·납부와 관련한 이 법(제5조·제16조·제32조·제33조 및 제35조의 규정을 제외한다)의 적용에 있어서 각 사업장으로 본다.

1. 당해 사업자가 각 사업장의 물류흐름 및 재고를 관리할 수 있는 대통령령이 정하는 전산시스템설비를 갖추고 있을 것

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것

○ 부가가치세법 시행령 제15조 【자가공급의 범위】

② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항을 적용할 때 제5조제4항에 따라 총괄납부승인을 받은 사업자 또는 사업자단위과세사업자가 총괄납부 또는 사업자단위과세의 적용을 받는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 총괄납부승인을 받은 사업자가 법 제16조에 따른 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조에 따라 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부가가치세 총괄 납부 승인 이전에 ○○공장 명의로 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 본점사업장의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고하였으나, 처분청은 2008.1.18. 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 세금계산서합계표불성실가산세 및 신고•납부불성실가산세를 부과한 사실이 경정결의서 등에 의하여 아래와 같이 나타난다. <쟁점세금계산서의 공급가액 및 매입세액 공제내역> (단위: 원) 구분 04.2기 05.1기 05.2기 06.1기 06.2기 합계 공급가액 56,817,000 290,205,000 71,241,000 35,976,000 107,836,000 562,075,000 매입세액 5,681,700 29,020,500 7,124,100 3,597,600 10,783,600 56,207,500 <부가가치세 경정내역> (단위: 원) 구분 매입세액 불공제 가산세 고지세액 04.2기 5,681,700 3,067,540 8,749,240 05.1기 29,020,500 14,359,890 43,380,390 05.2기 7,124,100 3,066,210 10,190,310 06.1기 3,597,600 1,353,050 4,950,650 06.2기 10,783,600 3,758,080 14,541,680 합계 56,207,500 25,604,770 81,812,270 청구법인은 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하거나 가산세부과는 부당하다고 2008.8.19. 고충민원을 제기하였는 바, 처분청은 납부불성실가산세를 취소하는 것으로 경정감한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 ○○공장에서 매입세액 공제를 인정받지 못한 것은 공급의제 규정에 따라 본점사업장에서 매입세액 공제가 인정된다는 고려에 기인한 것이나 처분청은 세금계산서가 발행되지 않았다는 사전만을 앞세워 매입세액을 공제하지 아니하는 것은 부당하다고 주장한다.

(3) 부가가치세법제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 신고•납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2항은 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제15조 제2항은 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있고, 같은조 제3항은 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의 3 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인 또는 사업자단위 신고•납부 승인을 얻은 사업자가 총괄납부 또는 사업자단위 신고․납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

(4) ○○세무서장은 청구법인의 ○○공장 명의 쟁점세금계산서상의 매입세액 경정청구에 대하여, ○○공장의 매입세액으로 공제하면서 ○○공장에서 본점사업장으로 반출한 전분 등 공급가액 541,068,000원(이하 “쟁점매출액”이라 한다)에 대해서는 매출 누락한 것으로 보아 아래와 같이 경정 결정한 사실이 나타난다. <경정청구에 대한 경정내역> (단위: 천원) 구분 청구인 경정청구 경정결정 차액 매출과표 매입과표 납부세액 매출과표 매입과표 납부세액 04.2기

• 56,819 △5,681 48,893 56,819 △303 5,378 05.1기

• 289,663 △28,959 271,833 289,663 942 29,901 05.2기

• 106,719 △10,650 94,000 106,719 △331 10,318 06.1기

• 35,979 △3,597 31,348 35,979 △149 3,448 06.2기

• 107,837 △10,783 94,994 107,837 △334 10,449

○○세무서장의 ○○공장의 쟁점매출액 누락에 대한 경정결정과 관련하여, 청구법인이 우리원에 심판청구한 결과, 쟁점매출액을 ○○공장의 매출누락액으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 결정하였다(조심2008중0000, 2009.0.0.).

(5) 살피건대, 부가가치세법 제4조 제1항 은 사업장별로 부가가치세를 납부하도록 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제15조 제2항의 규정은 총괄납부 개시전에 특정사업장에서 생산한 재화를 판매목적으로 다른 사업장으로 이동하는 것은 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있는 바, 총괄납부 승인일(2008.1.17.)이전에 청구법인의 ○○공장이 본점사업장으로 반출한 쟁점매출액에 대하여 본점사업장에게 세금계산서를 교부하여야 하며, 이 경우 쟁점매출액은 ○○공장의 매출액이 되는 동시에 본점사업장의 매입액이 되므로, ○○공장은 쟁점매출액을 부가가치세 과세표준으로 하여 신고납부하여야 하고, 동시에 본점사업장에서도 쟁점매출액과 관련된 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고 납부하여야 한다(국심 2003서0000, 2003.6.00. 같은 뜻). 청구법인은 본점사업장에서 매입세액 불공제된 ○○공장 명의로 수취한 쟁점세금계산서상의 매입세액은 ○○공장에서 매입세액 공제된 점, ○○공장이 본점사업장으로 반출하였으나 세금계산서를 교부하지 아니하고 쟁점매출액이 누락되어 경정된 점 등을 종합하면, 청구법인의 본점사업장은 ○○공장으로부터 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우에 해당하므로 쟁점매출액을 매입세액으로 공제받을 수 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.