청산소득금액을 계산함에 있어 합병대가에 포합되는 포합주식의 가액 평가

심판청구를 기각한다.

• 가. 주식회사 ○○○은 1996.4.22. 개업하여 ‘소프트웨어 개발업’을 영위하고 있는 법인으로 2008.1.4. ‘인터넷방송 서비스업’을 영위하고 있는 주식회사 ○○○(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병한 후, 2008. 1.17. 법인명을 주식회사 ○○○(이하 “청구법인”이라 한다)으로 변경하였으며, 2008.4.4. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 신고하면서 합병대가에 포함되는 포합주식(합병전 2년 이내에 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식으로 ○○○ 656,938주, 기타주주 2,327,963주, 이하 “포합주식”이라 한다)의 가액을 123억3천만원으로 평가하여 청산소득금액을 △9억5,200만원으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 ○○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 2008.10.1.부터 2008.11.2.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라 위 포합주식의 취득가액을 154억6,200만원으로 평가하는 등 청산소득금액을 35억9,400만원으로 재계산하여 2009.12.18. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 1,041,953,230원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 피합병법인의 청산소득금액 계산시 합병대가에 포함되는 포합주식의 평가와 관련하여 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목에 근거하여 ○○○으로부터 취득한 주식 656,938주(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 대가는 전액 합병법인이 발행한 신주(1,204,653주)로 지급하였으므로 주식의 재취득 비율을 100%로 보아 그 취득가액을 액면가액으로 평가하고, 기타주주로부터 취득한 주식은 그 대가를 주식과 현금으로 지급하여 주식의 재취득 비율이 약 40%로 계산되므로 그 취득가액을 실지거래가액으로 평가하였는 바, 청구법인이 쟁점주식의 취득가액을 합병시 교부한 신주의 액면가액으로 계산하지 아니하고, 합병전에 취득한 주식의 액면가액으로 계산한 것은 잘못이나, 쟁점주식은 주식의 재취득 비율이 100%이므로 그 취득가액은 합병시 교부한 주식의 액면가액으로 평가하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 포합주식의 평가와 관련하여 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목의 요건 충족여부를 주주별로 판단하였으나, 위 요건 충족여부는 주주 전체를 기준으로 판단하여야 하여야 하는데, ‘쟁점주식을 포함하여 피합병법인의 주식을 청구법인에게 양도한 전체 주주가 취득한 합병법인의 신주가 이 건 포합주식 총양도금액의 56.9%에 상당하는 경우에는 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하였다고 볼 수 없다’는 것이 국세청 과세기준자문위원회의 의견이므로 동 의견에 따라 쟁점주식을 포함하여 이 건 포합주식 전체의 취득가액을 실지거래가액에 의하여 계산한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청산소득금액을 계산함에 있어 합병대가에 포합되는 포합주식의 가액 평가 시 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목의 요건 충족 여부를 개별 주주별로 판단하여야 하는지, 아니면 주주 전체를 기준으로 판단하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제16조【배당금 또는 분배금의 의제】① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 "피합병법인"이라 한다)의 주주등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병후 존속하는 법인(이하 "합병법인"이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 "합병대가"라 한다)이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액 제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 제80조【합병에 의한 청산소득금액의 계산】① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년이내에 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 "포합주식등"이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식등을 교부한 경우에는 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.

③ 제79조 제3항․제4항 및 제6항의 규정은 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 이를 준용한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 합병대가의 총합계액의 계산등 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2008.6.5. 대통령령 제20799호로 개정되기 전의 것) 제122조【합병에 의한 청산소득금액의 계산】① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액

2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액. 다만, 다음 각목의 요건을 충족하는 경우에는 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인 주식가액(주식의 취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액을 기준으로 계산한 가액을 말한다)에 포합주식 양도금액중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 합병법인이 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합주식등(이하 이 조에서 "포합주식등"이라 한다)을 피합병법인의 주주등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것
• 나. 피합병법인의 주주등이 포합주식등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것
• 다. 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건

3. 합병법인이 납부하는 다음 각목의 1에 해당하는 금액의 합계액

• 가. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세
• 나. 지방세법에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세

② 법 제80조 제2항 후단의 규정을 적용함에 있어서 교부한 주식등의 가액은 제14조 제1항 각호의 규정에 의하여 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제80조 및 법 제81조의 규정에 의하여 법인의 합병․분할에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병․분할시 합병법인 등에게 승계되는 세무조정사항중 손금불산입금액을 차감하고 동 세무조정사항중 익금불산입액을 가산하여 계산한다.

(3) 상법(2009.1.30. 법률 제9362호로 개정되기 전의 것) 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 피합병법인이 체결한 합병계약서(2007.10.10.) 등에 의하면, 청구법인은 2007.12.31.을 합병기일로 하여 피합병법인을 흡수합병하였으며, 2008.1.4. 합병등기를 하고, 2008.1.23. 합병신주를 교부한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 이 건 합병등기일 이전인 2007년 5월경 피합병법인의 경영권을 확보하기 위하여 피합병법인의 기존 주주들로부터 피합병법인의 총발행주식 5,565,000주 중 53.6%에 해당하는 주식 2,984,901주를 총매매가액 23,618,017,300원(1주당 평균 7,912원)으로 평가○○○하여 취득하였으며, 그 대가는 2007.6.7. 유상증자를 통하여 발행한 청구법인의 주식 3,019,764주(1주당 4,090원, 12,350,834,760원)와 현금 11,267,182,540원 등으로 아래 <표1>과 같이 지급하였다. <표1> 청구법인의 피합병법인 발행주식 취득내역 이 과정에서 청구법인에게 피합병법인의 주식을 양도한 주주 중 ○○○은 그 대가의 95%이상을 합병법인의 주식으로 받았으나, 나머지 주주들은 그 대가의 약 40%만 합병법인의 주식으로 받았으며, 주주 전체가 합병법인의 주식으로 받은 대가는 전체 양도금액의 52.3%에 상당하는 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 2007년 10월경 합병에 따른 자금확보 등의 목적으로 위 취득주식(2,984,901주) 중 1,039,800주를 ○○○외 5인에게 매매대금 6,238,800,000원(1주당 6,000원)에 매각하였다.

(4) 청구법인은 이 건 합병당시 피합병법인의 주식을 보유한 주주들 중 청구법인을 제외한 주주들에게 합병비율을 1: 1.1740398로 하여 합병신주 4,249,904주(1주당 500원, 평가액 2,124,952,000원)를 아래 <표2>와 같이 교부하였고, 별도의 합병교부금은 지급하지 아니하였으며, 청구법인이 소유한 주식 1,945,101주는 합병시 소각한 것으로 확인된다. <표2> 피합병법인의 주주에 대한 합병법인의 주식 교부내역

(5) 청구법인은 2008.3.31. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 신고하면서법인세법제80조 제2항에 의하여 합병대가에 포함되는 포합주식(합병전 2년 이내에 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식)의 가액을 아래 <표3>과 같이 12,330,204,924원으로 계산하였다. <표3> 청구법인의 포합주식의 가액 계산내역 즉, 청구법인은 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 중 합병시 소각된 주식 1,945,101주를 주식양도자를 ○○○과 기타주주로 구분하여 ○○○은 청구법인에게 양도한 주식의 대가를 전액 청구법인의 주식으로 교부받았다 하여 합병대가에 포함되는 포합주식의 가액을 액면가액으로 계산하였고, 기타주주로부터 취득한 주식은 그 실지 취득가액으로 계산하였다.

(6) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(2,984,901주) 중 합병시 소각한 주식 1,945,101주의 실지 취득가액 15,462,647,100원(총취득가액 23,618,017,300원×1,945,101주/2,984,901주)을 합병대가에 포함하였고, 합병 전에 ○○○ 등에게 양도된 주식 1,039,800주의 취득가액은 그 포합주식의 취득가액이 합병대가에 이미 포함되어 있다고 보아 별도로 합병대가에 포함하지 아니하였다.

(7) 청구법인은 다음과 같은 이유로 이 건의 쟁점이 되고 있는 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목의 요건충족여부는 피합병법인의 전체 주주가 아닌 주주별 및 포합주식의 양도(취득)시기별 등 개별적으로 가려야 한다고 주장한다. (가) 동 나목은 법문에서 포합주식의 양도자를 “피합병법인의 주주가”로 명시하고 있을 뿐, 동 조항 어디에도 “포합주식은 그 전체가 액면가액 적용요건을 충족하여야 포합주식의 취득가액을 액면가액으로 계산할 수 있다”는 취지로 규정하고 있지 아니한 바, 동 규정의 해석은 엄격하게 하여야 한다.[이 건 합병등기일은 2008.4.4.인 바, 합병당시에 적용될 규정(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정된 것)에는 “피합병법인의 주주등이”로 되어 있음] (나) 동 나목의 요건충족여부를 전체 주주로 판단할 경우에는 합병 전 2년 이내의 기간 중 어느 시기에 피합병법인의 주주가 포합주식을 양도하였다고 하더라도 7일 이내에 합병법인의 증자가 없다면 포합주식의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인의 주식이 교부되는 사례는 발생할 수 없는 바, 동조 제2호의 단서규정은 사문화하는 결과를 가져온다. (다) 포합주식 양도대금의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인의 주식이 전체 주주에게 교부된다면 피합병법인의 경영권을 가진 주주가 합병절차에 관여하게 되어 합병법인이 피합병법인의 경영권을 양수하여 합병을 하는 경우에 대한 과세특례를 규정한 입법취지에 반한다. (라) 동조 다목은 “같은 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건”을 충족하도록 규정하고 있는 바, 동 제2호는 합병등기일 즉 합병시의 합병대가에 관한 규정이며, “합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95 이상일 것”이라 한 바, 이 건 쟁점인 동조 나목과는 주식등의 가액을 평가하는 기준시점이 다르다. (8)법인세법제80조 제1항은 합병에 의한 피합병법인의 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함하도록 하였고, 주식등을 교부한 경우에는 포합주식의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 합병대가에 포함(가산)하도록 규정하는 한편, 같은 법 제16조 제1항 제5호에서 규정하는 위 합병대가는 합병으로 인하여 피합병법인의 주주들이 받는 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액을 말하고, 이 때 교부받은 주식은 시가(취득가액)로 평가하는 것이 원칙이나, 같은 법 시행령 제122조 제1항 제2호 다목은 같은 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 과세특례요건을 충족하는 경우에는 주식의 취득가액(시가)이 액면가액보다 클 경우 액면가액을 기준으로 주식가액을 계산하도록 규정되어 있으며, 동 과세특례요건 중 제2호는 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것을 규정하고 있다.

(9) 살피건대, 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호에서 제2호 각목의 요건을 모두 충족하는 경우에는 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인의 주식가액(주식의 취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액)에 포합주식의 양도금액 중 합병법인의 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 포함(가산)하도록 하였는 바, 이는 피합병법인의 주주가 합병 전에 주식의 양도대가로 합병법인이 새로이 발행한 주식을 취득(주식교환)하는 경우에는 합병시점에서 피합병법인의 주주가 합병대가로 합병법인의 주식을 교부받는 것과 사실상 차이가 없으므로 합병 시 청산소득 계산방식과 동일하게 합병법인의 주식가액을 액면가액으로 계산하도록 한 것이나(법인세법제44조 제1항 제2호는 합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95 이상일 것을 요건으로 규정), 이는상법상 자회사 주식을 100% 취득하는 경우에만 인수기업과 피인수기업간의 주식의 직접 교환이 인정되는 점을 감안하여(상법제360조의2 참조) 피합병법인 주식의 매매 및 합병법인 주식의 신주발행이라는 형식을 통하여 사실상 주식교환과 동일한 결과를 발생하는 경우 세제지원 요건을 갖춘 합병과 동일하게 지원하겠다는 의미로 해석되므로(2001 간추린 개정세법, ○○○), 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 나목의 요건 충족 여부도 주주별로 판단할 것이 아니라 주주 전체를 기준으로 판단하여야 할 것이라고 해석된다. 따라서, 이 건 청구법인과 피합병법인의 합병은 법인세법 시행령제122조 제1항 제2호 각목의 요건을 충족한 합병으로 볼 수 없으므로 청구법인이 ○○○으로부터 취득한 주식을 포함하여 합병당시 신주를 교부하지 아니하고 소각한 포합주식에 대하여 처분청이 액면가액을 합병대가에 포함하지 아니하고 실지취득가액을 합병대가에 포함한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.