부동산등기특별조치법에 의해 소유권이전등기를 한 경우 취득시기

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.3.21. ○○○ 45-1번지 답 3,871㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 양도하고, 2008.5.6. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하여 양도소득세 190,099,980원을 납부하였다가 쟁점농지가 청구인이 상속받은 농지로서 8년 이상 자경한 농지에 해당됨을 이유로 2008.11.17. 처분청에 ‘청구인이 신고․납부한 양도소득세 중 양도소득세 감면의 종합한도액 1억원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 상속받았는지 여부가 불분명할 뿐만 아니라, 피상속인이나 청구인이 쟁점농지 소재지에서 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실이 확인되지 않는다 하여 2009.1.19. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점농지는 특별조치법에 의하여 1964.11.30.자로 청구인의 명의로 소유권 보존등기가 되었으나, 조상 대대로 물려받은 농지이므로 청구인의 부 권○○○이 1950.9.20.자로 사망할 당시에 청구인이 상속받은 것으로 보아야 하고, 상속받은 농지는 피상속인과 상속인이 경작한 기간을 합산하여 자경기간을 계산하는 것이므로 쟁점농지는 피상속인과 청구인이 8년 이상 자경한 농지로 보아 양도소득세를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점농지를 사실상 상속받은 것이라고 주장하나, 상속받은 사실을 확인할만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 제출한 사실확인서만으로 피상속인이나 청구인이 쟁점농지 소재지에 거주하면서 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다고 인정하기는 어려우므로 쟁점농지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지로서의 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점농지가 상속받은 농지인지 여부와 피상속인과 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양 보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

○ 부칙 제23조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치】 제66조 제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어 이 영 시행전에 상속받은 농지로서 2008년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제66조 제11항 및 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. ～ 2. (생 략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

○ 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것) 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정된 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. ～ 4. (생 략)

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지의 폐쇄등기부등본에 의하면, 쟁점농지는 1964.11.30. 청구인의 명의로 소유권 보존등기가 접수된 것으로 나타나고, 등기원인은 ‘법률 제1257호에 의함’이라고 등재되어 있다.

(2) 청구인이 제출한 제적등본 및 주민등록초본 등에 의하면, 청구인은 1937.3.7. 출생하여 1968.10.19.까지 쟁점농지의 소재지인 ○○○ 240번지에서 거주하다가 1968.10.20. ○○○ 783-10번지로 이사하였고, 1999.4.22. ○○○ 4가 279번지로 이사한 이래 ○○○ 6가 261번지 등에서 계속 거주하고 있는 것으로 나타나며, 청구인의 부 권○○○은 1950.9.20. 사망하였고, 모 이○○○는 1972.11.17. 사망한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 1937년생으로 쟁점농지 취득일(1964.11.30) 이전인 1961년부터 약 37년간 경찰공무원으로 재직하다가 1998년말에 퇴직하였다고 소명하고 있다.

(4) 청구인이 제출한 ○○○ 노인회장 이○○○과 ○○○ 이장 조○○○ 및 주민 김○○○, 권○○○ 등의 사실확인서에는 다음과 같은 취지의 확인내용이 기재되어 있다. (가) 쟁점농지의 원소유자는 청구인의 아버지인 권○○○으로 쟁점농지 소재지에서 농사를 지으며 살다가 6․25때 사망하였고, 쟁점농지에 대한 등기서류는 6․25때 불타 없어져서 1964년에 특별조치법에 따라 소유권 등기를 하면서 권○○○의 장남인 청구인의 명의로 소유권 보전 등기를 하게 된 것이다. (나) 권○○○ 사망 이후에는 청구인의 모 이○○○가 계속 농사를 지어 오다가 이○○○가 사망한 1972년 이후에는 청구인이 사촌형인 권○○○과 조카인 권○○○의 도움을 받아가면서 농사를 지었다.

(5) 살피건대, 특별조치법에 의한 등기에 있어서 등기원인일을 기재하는 것은 등기부 정리를 용이하게 하기 위한 절차상의 목적일 뿐 그 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수는 없으므로 부동산등기특별조치법에 의하여 소유권 이전등기를 한 경우라 할지라도 등기원인 이외에 다른 내용을 확인하여 그 매매대금의 정산일이 확인되면 대금을 정산한 날을 자산의 취득시기로 보는 것이 타당하다 할 것이지만, 매매대금의 정산일이 분명하지 않는 경우에는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 의하여 그 소유권 이전등기 접수일을 취득시기로 보는 것이 타당할 것이다(국심 ○○○)

(6) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점농지가 선대로부터 상속받은 농지인데 등기서류가 6․25때 불타 없어진 관계로 부동산 등기특별조치법에 의하여 1964년에 청구인의 명의로 소유권 보존등기를 하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 쟁점농지의 폐쇄등기부등본 등에 쟁점농지의 전소유자가 청구인의 부 권○○○이었다는 내용이 등재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 청구인이 주장내용을 뒷받침할만한 객관적이고 신빙성있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 취득시기와 관련한 구체적인 사실관계를 확인하기 어려우므로 청구인이 쟁점농지를 취득한 시기는 소유권 보존등기 접수일인 1964.11.30.로 보는 것이 타당하다고 판단되고, 청구인은 1968.10.20. 부터 쟁점농지 소재지 이외의 지역에서 거주하였으므로 청구인이 쟁점농지 소재지에 거주하면서 쟁점농지를 직접 경작한 기간이 피상속인의 경작기간과 합하여 8년 이상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 쟁점농지의 양도에 따른 소득에 대하여 처분청이 8년 이상 자경농지로서의 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.