수용된 토지에 대해 비사업용토지라고 보아 경정거부한 처분의 당부

○○○세무서장이 2009.3.17. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2008.1.28. ○○○ 전 281㎡ 및 같은 곳 294-22 전 123㎡, 계 2필지 404㎡(이하 “쟁점토지”라 한다, 청구인 지분은 404분의 200임)에 대해 ○○○과 협의매수(토지수용)예정확인서를 작성하여 양도하고 쟁점토지 중 청구인 지분에 대해 비사업용 토지로 보아 양도소득세율 60%(중과세율)를 적용하여 2008.1.28. 양도소득세 예정신고를 하였다가 2008.9.22. 소득세법 제104조 의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의 14의 규정에 의거 사업용 토지에 대한 일반세율 적용과 조세특례제한법 제77조 제1항 의 규정에 의한 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(10%) 규정을 적용하여 당초 납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 공익사업용 토지의 양도에 대한 감면 규정을 적용하여 2009.3.17. 청구인에게 4,220,300원을 환급하였으나 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 일반세율을 적용하라는 경정청구는 거부(기각)통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 당초 1필지(294-1번지 404㎡로 이하 “종전토지”라 한다)로 건설부고시 제738호(1963.12.24.)로 도시계획시설(도로)로 결정되었으며, ○○○(2004.4.16.)로 실시계획인가 후, ○○○(2007.6.28.) 및 ○○○(2007.10.11.)로 도시계획변경 결정 및 변경인가로 종전토지 중 123㎡를 294-22번지로 분할(이하 “쟁점1토지”라 한다)한 후 도로에 편입시킴으로써 잔여 토지 281㎡(분할 후 294-1번지로 이하 “쟁점2토지”라 한다)를 건축할 수 없는 토지로 만들어 쟁점2토지에 대해서도 확대 보상해 주도록 이의를 제기하여 쟁점토지 전체에 대하여 확대보상(수용)이 된 것이다. 따라서 쟁점토지는 소득세법시행령 제168조 의 14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제3항 제3호의 규정에 의하여 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 특히, 청구인은 종전토지(쟁점토지 전체)에 건축을 하고자 건축허가신청을 하였으나 도시계획시설(도로)이 미집행되었다는 사유 등으로 1997.3.13. 건축허가신청이 반려되어 행정소송을 제기하였으나 대법원에서 패소하였는 바, 이는 소득세법시행규칙 제85조 의 5의 제1항 규정에 해당되어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 수용된 쟁점토지에 대해 소득세법시행령 제168조 의 14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제3항 제3호가 적용되어야 한다고 주장하나, 1필지의 토지 중 일부만 도로예정지로 편입된 경우 나머지 부분은 법령에 의해 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보지 않는 것이므로(○○○, 2007.10.29.) 쟁점토지 중 쟁점2토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 볼 수 없다. 이 건의 경우 쟁점1토지는 ○○○(2007.10.11.)로 고시·도시계획 추가 편입된 토지이고 쟁점2토지는 토지 수용으로 인한 잔여토지로서 2008.1.30. 확대보상된 토지임이 ○○○)로 확인되는 바, 구 소득세법시행령 제168조 의 14 제3항 제3호(2006.2.9. 개정)에서 비사업용 토지에서 제외되는 토지란 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지로 제한하고 있으므로 당초 60% 중과세율을 적용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율 】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준 세율 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법 제104조 의 3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(각 목 생략)

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 소득세법시행령(2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정된 것) 제168조의 14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.(2005.12.31. 신설)

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간

③ 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.(2005.12.31. 신설)

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지(2005.12.31. 신설)

5. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 소득세법시행령(2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정된 것) 제168조의 14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

4. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령이 정하는 기간

③ 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지(2008.12.31. 개정)

○ 부 칙(2008.12.31. 대통령령 제21195호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제4조【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등에 관한 적용례】제168조의 14 제3항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 분부터 적용한다.

○ 소득세법시행규칙 제83조 의 5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의 14 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제12조 의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1990.10.26. 종전토지(404㎡) 중 101㎡(청구인 지분 면적)를 취득하고, 1996.7.24. 종전토지의 99㎡지분을 추가로 취득하여 종전토지 중 청구인 지분 면적은 200㎡가 되었다. (나) 종전토지는 2007.9.4. 쟁점1토지가 분할되어 잔여토지는 쟁점2토지로 되었는 바, 2008.1.28자 ○○○이 발행한 쟁점토지관련 토지수용(협의매수)예정 확인서에 의하면, 수용근거 란의 사업사행자가 서울특별시장, 사업명이 ○○○중학교간 도로개설공사로 되어 있고, 국토의계획및이용에관한법률 제88조 에 의한 사업인가일(변경인가일자)이 2007.10.11., 고시번호가 ○○○호, 근거법령이 국토의계획및이용에관한법률 제88조 로 되어 있다. (다) 청구인은 2008.1.28. 쟁점토지를 양도(수용)하고 당초 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 양도소득세 예정신고 및 납부를 하였다가, 2008.9.22. 쟁점토지에 대해 공익사업용 토지의 양도에 대한 양도소득세 감면(10%, 조세특례제한법 제77조 제1항) 적용 및 소득세법 제104조 의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의 14의 규정에 의하여 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다고 보아 일반세율을 적용하여 당초 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였다. (라) 처분청은 공익사업용 토지의 양도에 대한 양도소득세 감면(10%)은 적용하여 이에 상당하는 세액을 환급하였으나, 소득세법시행령 제168조 의 14의 규정에 의해 비사업용 토지에서 제외되는 토지란 사업인정고시일이 2006.12.31.이전이어야 하나, 쟁점토지의 경우 사업인정고시일이 2007.10.11.로 확인된다는 이유로 일반세율 적용을 배제하여 경정거부 처분을 하였다. 한편, 2008.10.31.자 ○○○이 처분청에 회신한 쟁점토지관련 사업인정변경고시 의견회신에 대한 공문(토목과-12125호)에 의하면, 쟁점1토지는 ○○○(2007.10.11.자 서울시보)로 고시되었으며 도시계획 추가 편입된 토지로 종전토지에서 분할된 토지이고 쟁점2토지(분할 후 잔여토지)는 도시계획에 포함되지는 않으나 쟁점1토지의 수용으로 인한 잔여토지로서 2008.1.30. 확대 보상한 토지로 회신하였다.

(2) 쟁점토지에 대해 비사업용 토지에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 이에 대하여 본다. (가) 쟁점토지 중 쟁점1토지는 도시계획(도로)에 추가로 편입된 토지로 서울특별시에 수용되었고, 쟁점2토지는 도시계획에 포함되지는 않았으나 수용으로 인한 잔여토지로서 확대(수용)보상된 토지인 점, 사업인정고시일이 2007.10.11.인 점, 양도일이 2008.1.28.인 점에 대하여는 처분청과 청구인 간에 이견이 없다. (나) 처분청은 소득세법시행령 제168조 의 14 제3항 제3호(2006.2.9. 개정)의 규정에 의거 비사업용 토지에서 제외되는 토지는 공익사업법 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지로 제한하고 있고 쟁점토지의 경우 사업인정고시일이 2007.10.11.로 2006.12.31. 이후에 해당되어 중과세율을 적용하는 것이 타당하다는 의견이다. (다) 그러나, 2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정(신설)된 소득세법시행령 제168조 의 14 제3항 제3호에서 사업인정고시일로부터 5년 이전에 취득한 토지를 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하면서, 동 부칙 제4조에서 그 적용대상을 2008.1.1.이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 2007.10.11. 사업인정고시일로부터 5년 이전(11년~17년)에 취득한 토지로서 2008.1.28. 협의매수 또는 수용된 토지에 해당하므로 2008.12.31. 대통령령 제21195호로 개정(신설)된 소득세법시행령 제168조 의 14 제3항 제3호 및 동 부칙 제4조에 의거 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다 할 것이므로, 처분청이 쟁점토지에 대해 비사업용토지에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.