운송용역 관련 실물거래없는 가공세금계산서에 해당하는지 여부

○○○세무서장이 2008.10.14. 청구법인에게 한 2001년 제1기 부가가치세 10,136,500원, 2001년 제2기 부가가치세 22,806,710원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

• 가. 청구법인은 1999.3.1.부터 ○○○에서 사료, 건초 도매업을 영위한 법인으로서, 2001년 제1기 부가가치세 과세기간에 ○○○로부터 매입세금계산서 3매 38,800천원 및 2001년 제2기 부가가치세 과세기간에 ○○○로부터 매입세금계산서 6매 90,410천원(공급가액, 이하 ○○○와 안산운수를 “쟁점거래처”라 하고, 쟁점거채러로부터 수취한 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여, 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았으며, 2001사업연도 법인세 신고시 이를 손금에 산입하여 법인세과세표준 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 과세자료 처리와 관련하여 ○○○국세청장으로부터 감사시정사항을 통보받고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입을 하여, 2008.10.14. 청구법인에게 2001년 제1기 부가가치세 10,136,500원, 2001년 제2기 부가가치세 22,806,710원, 2001사업연도 법인세 63,127,600원을 각각 경정·고지하였고, 2008.11.17. 처분청에 이의신청을 제기하여 법인세 부분은 손금으로 인정받았다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농가용 조사료를 수입하여 전국 농가 등에 운송하기 위한 화물차를 직접 소유하고 있지 않은 까닭에 차량운송 대행업체인 쟁점거래처와 운송용역 공급을 받기로 하였고, 쟁점거래처에 소속된 개인차주들이 운송용역을 담당하였으며, 운송대금은 직접 개인차주들에게 지급하였고, 부가가치세는 쟁점거래처로 송금하였으며, 이와 같은 거래형태는 영세한 차량운송업계의 오랜 관행으로 청구법인이 대금의 총액을 쟁점거래처에 지급하지 않은 것은 단순히 대금의 흐름을 생략한 것일 뿐 쟁점세금계산서는 실제 거래사실을 바탕으로 발행된 것이므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 실지거래에 근거하여 쟁점세금계산서를 수취하였다 주장하며 제시한 매출매입장, 농가 등과의 거래명세표, 개량증명서, 입금표를 살펴보면, 쟁점거래처로부터 수취한 입금표는 임의작성이 가능한 증빙으로 청구법인이 수차례에 걸쳐 개인차주들에게 직접 운송료를 지급하였음에도 쟁점거래처로부터 고액 단위의 입금표와 세금계산서를 수취한 점, 입금표 이외에는 실지거래를 입증할 수 있는 객관적인 거래증빙이 없는 점으로 보아 쟁점거래처와 실지거래를 하였다는 청구법인의 주장은 인정하기 어려우므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 경정·고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제16조 (세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 (납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조 (결정 및 경정) ① 사업장관할세무서장·사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2008.9. 처분청의 감사결과 과세예고통지서를 보면, 감사결과 처분지시 내용란에 쟁점거래처와의 매입거래를 부인하는 것으로 되어 있고, 감사시정사항을 보면 청구법인에 대한 자료상혐의자료 처리시 과세기간별 자료금액이 1억원 미만인데도 조사과 인계자료로 활용후 미통보하여 부가가치세 32,348천원, 법인세 71,720천원을 고지누락한 것으로 되어 있다.

(2) 청구법인은 화물운송을 위하여 쟁점거래처에 운송을 의뢰하였고, 쟁점거래처가 중량을 계량하고 화물을 운송한 사실이 계량증명서, 거래명세서, 운송차량의 번호 등에 의해 확인되고, 처분청에서도 실제 사료 등을 운송하는 용역을 제공받은 것으로 판단하여 법인세 부분은 손금산입한 사실이 있음에도, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 2002.11.7. 처분청이 청구법인에게 한 ○○○에 대한 거래사실 소명자료 제출 안내(○○○)에 대하여, 2002.11.22. 청구법인이 입금표 및 2001.7.~2001.12. 운반비내역을 첨부하여 처분청에 회신한 사실이 나타난다. (나) 쟁점거래처인 ○○○와 ○○○에 대한 사업자기본사항 조회내역을 보면, ○○○는 2000.2.1. 개업(2002.3.31. 폐업)하여 화물운송주선업을 영위한 것으로 되어 있고, ○○○는 1998.1.1. 개업(2002.3.31. 폐업)하여 특수화물운송업을 영위한 것으로 되어 있으며, 사업장소재지는 ○○○로 동일한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 제시한 매입매출장, 거래명세표, 계량증명서, 운반비내역서 등을 보면

1. 매입매출장에는 구입자명, 거래품목, 단가, 금액이 기재되어 있고, 매월 단위의 운송료가 기재되어 있다.

2. 거래명세표에는 품목, 수량, 단가, 공급가액이 기재되어 있고, 차량번호, 연락처, 이름이 기재되어 있다.

3. 계량증명서에는 거래처, 차량번호, 운송차량의 총중량, 공차, 실중량이 기재되어 있고, 연락처 및 이름이 기재되어 있다.

4. 월별로 작성된 운반비내역서에는 일자별, 거래처별 운반비가 기재되어 있다.

5. 청구법인은 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서와 입금표를 제시하고 있으며, 청구법인이 제시한 농협중앙회 보통예금계좌(100084-51-*)를 보면,○○○ 대표자인 신○○○에게 2001.8.9. 3,014천원, 2001.11.10. 3,508천원, 2001.12.22. 1,356천원, 2002.1.21. 1,252천원이 지급된 것으로 나타난다.

6. 청구법인의 대표자가 이메일을 통하여 진술한 내용을 보면, 운송회사들이 영세하여 기사들이 일을 하고도 운임을 받지 못하는 경우가 자주 발생하다보니 기사들이 현장에서 운임을 받기를 희망하고, 건초작업처럼 어려운 여건의 일은 후불로써 차량을 사용할 수 있는 상황이 아니어서 운임지불은 현장에서 각각 지불이 되고 매 월말에 운송회사와 확인 작업이 끝난 후 부가세를 지불하고 세금계산서를 발급 받은 것으로 진술하고 있다.

(3) 2008.12.10. 처분청의 이의신청결정서를 보면, 쟁점거래처와의 거래는 인정하기 어려우나, 실제 사료 등을 운송하는 용역을 제공받은 것으로 판단하여 운송비용에 대한 법인세를 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단하고 있다.

(4) 살피건대, 과세관청의 조사 등에 의하여 재화나 용역을 공급한 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자와의 매입거래가 가공거래가 아니라는 사실 또는 선량한 관리자의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다는 사실은 그 사업자로부터 매입거래에 따른 세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제하여 신고한 납세의무자가 입증하는 것이 원칙이라 할 것인바, 이 건의 경우, 지입회사인 쟁점거래처는 지입차량으로 운송용역을 제공한 것으로 보이나, 청구법인이 제시한 쟁점거래처 명의의 세금계산서, 관련 입금표 및 청구법인이 작성한 거래명세표, 계량증명서, 운반비지급내역서 등 거래관련 서류 및 청구법인 대표자의 진술 내용 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 이 건 운송용역의 공급자가 쟁점거래처인 것으로 믿을 수 밖에 없었고, 이에 관해 의심이 있다 하여도 현실적으로 어는 지입차주의 지입차량인지를 확인하기도 어려운 점 등을 종합적으로 감안할 때, 청구법인을 선량한 관리자의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서는 그 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.