운수업 관련 실제 용역제공 없이 가공세금계산서를 수취하였는지 여부

○○세무서장이 2008.12.4. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 8,282,940원의 부과처분과 대표자 상여로 소득 처분하여 2006년 귀속 55,000,000원의 소득금액 변동통지를 한 처분은 이를 취소한다.

• 가. ○○○세무서장은 청구법인의 거래처인 ○○종합물류(주)(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대하여 세무조사를 실시한 뒤 청구법인이 ○○종합물류(주)로부터 수취한 2006년2기 3건의 세금계산서(공급가액 합계 50백만원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 나. 처분청은 과세자료에 따라 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득처분을 하여 2008.12.1.청구법인에게 2006사업연도 법인세 8,282,940원을 경정․고지하고, 2006년 귀속 소득금액변동통지(55,000,000원)를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2006사업연도에 김○○외 2인(이하 “실제거래처”라 한다)과 운송계약을 체결하고 정상적인 거래를 하였으나, 실제거래처의 요구에 따라 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하였던 것으로서, 실제거래처로부터 정상적인 운송용역을 제공받고, 그 대가를 실제 지급한 뒤 손금으로 회계처리 하였다. 처분청은 실제거래처 중 김○○의 차량별 운송현황이 매번 다른 내용이므로 신빙성이 없다고 보았으나, 이는 실제거래처의 단순한 자료작성 상 착오에 불과하며 추가 소명 시에 올바른 내용의 자료를 제출하였고, 김○○의 경우 2006년도 차량별 물품인수증을 제시하지 못하고 있는 점을 문제 삼고 있으나, 차량별 물품인수증의 경우 소규모 운수업체에서는 물품을 인수 한 후 특별한 이상이 없으면 일정기간이 지난 후에는 보관을 하지 아니하는 경우가 많으므로 2년이 경과한 시점까지 보관하기는 사실상 어려운 실정이다. 또한 처분청은 지급한 대금이 매출과 관련된 것인지 여부가 불분명하다고 주장하지만, 실제거래처 중 김○○은 2000.8.1.부터 현재까지 ○○광역시 ○구 ○○동 ○-15에서 “○○운수”라는 상호로 화물운수업을 영위하고 있으며, 이○○는 배우자인 백○○이 ○○광역시 ○구 ○○동 100-7에서 “○○물류”라는 상호로 2003.2.20.부터 현재까지 트럭운수업을 영위하고 있고, 목○○은 2003.2.14.부터 2008.4.30.까지 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○-67에서 운수업을 영위하고 있었는바, 청구법인이 실제 거래처라고 주장하는 자들은 운송업을 영위하는 사업자이고, 지급대상 기간 동안 계속하여 운송업을 영위하고 있는 사실이 확인되므로 청구법인이 실제 거래처에게 지급한 금전이 운송매출과 관련되었다고 보는 것이 타당하다. 처분청은 이○○에게 지급한 금액과 배우자인 백○○에게 지급한 금액을 구분하기 어렵다고 주장하지만, 이○○에게 지급한 금액(매달평균 128만원) 및 지급일(매월 초일 또는 말일)과 ○○물류에게 지급한 금액(매달 평균 397만원) 및 지급일(매월중순)은 많은 차이가 있는 사실이 확인되고 있고, 청구법인이 2006사업연도에 신고한 ○○물류와의 공급대가가 37,1290천원이고, 청구법인이 실제로 지급한 금액이 42,406천원이므로 그 차액 상당액인 5,216천원은 이○○가 별도로 다른 용역을 제공하고 받은 대가라고 보아야 할 것이다. 위와 같이 청구법인이 영위하는 소규모 운송업의 특성상 자료 등의 보관이나 정리가 어려운 경우가 많으며, 거래처(개별운송업자 등)도 마찬가지로 증빙자료의 보관이 곤란한 경우가 빈번하지만 거래의 관행과 대금 지급한 장부기록 등에 의하여 거래의 실질내용을 충분히 확인도 없이 단순히 증빙이 불충분하다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가공거래에 따라 수취한 세금계산서로 보아 공금가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득 처분하여 소득금액 변동통지 한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○종합물류(주)로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 인정하지만 실제거래처가 있었으므로 법인소득금액계산에서 손금으로 인정하여야 한다고 주장하면서 확인서, 예금통장, 용차별 운송현황 등을 제시하고 있으나, 실제매입처 중 1인이라고 주장하는 이○○의 경우 사업자등록이 되어 있지 아니하고, 수출선적 관련 업무를 하고 대금을 월별로 지급받는 개인이기 때문에 세금계산서를 발행하지 못하였다는 확인서를 제시하고 있지만, 부가가치세 신고현황을 확인한 결과 청구법인이 영세율매출을 신고하지 아니한 사실이 나타나며, 금융자료 및 전산자료를 조회한 결과 이○○의 배우자인 백○○이 현재 ○○광역시에서 ○○물류라는 상호로 영업 중에 있으며, 지속적으로 청구법인과 거래를 하고 있으므로 이○○에게 지급하였다고 주장하는 금액이 실제로 지급된 것인지 여부가 불분명하다. 실제거래처라고 주장하는 김○○의 경우 차량운송별 현황자료가 매번 다른 내용이고, 2006년도의 차량별 물품인수증을 요구 하였으나 보관하고 있지 아니하다는 사유로 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 김○○에게 지급한 금액이 청구법인의 매출과 직접적으로 관련되어 있는 매입대금인지 여부가 불분명하다. 실제거래처 중 서울특별시 ○○구 ○○동에서 운수업을 영위하는 목○○에게 지급한 금액도 자료상인 ○○종합물류(주)와 관련하여 지급한 것이라고 인정하기에는 개연성이 부족하고, 당초 과세자료해명안내문 발송 시 제시한 증빙자료와 과세전적부심사청구시 제시한 증빙자료가 서로 상이하여 입증자료로서의 신빙성이 부족하다. 따라서, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금 불산입하여 법인세를 과세한 처분과 공급대가를 대표자 상여로 소득 처분하여 소득금액 변동통지 한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 자료상으로 확인된 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점 세금계산서 상 운송용역을 다른 거래처로부터 실제 제공받았으므로 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득 처분하여 소득금액 변동통지 한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서상 거래내역을 보면 아래 〔표〕와 같다. 〔표〕쟁점세금계산서 (단위:원) 거래일자 공급자 업태/종목 공급가액 2006.10.30

○○ 종합물류(주) (--) 운수/화물자동차운송주선사업 19,000,000 2006.11.30 17,500,000 2006.12.30 13,500,000 합계 50,000,000

(2) 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 거래가 있었다고 주장하며 처분청에 제시한 증빙자료는 아래와 같다. (가) 2006년 10월부터 2006년 12월까지 입금표 (단위:원) 지급일자 지급액 2006.10.02 400,000 2006.10.09 15,230,000 2006.10.17 300,000 2006.10.24 1,200,000 소계 17,130,000 2006.11.07 300,000 2006.11.17 200,000 2006.11.22 140,000 2006.11.23 200,000 2006.11.26 18,580,000 소계 19,420,000 2006.12.01 300,000 2006.12.06 300,000 2006.12.20 290,000 2006.12.24 300,000 2006.12.29 5,000,000 소계 6,190,000 합계 42,740,000 (나) 청구법인이 조사당시 처분청에 제출한 2006년 용차별 운송현황에는 10월분 155회 운행/19,000,000원, 11월분 167회 운행/17,500,000원, 12월분 116회 운행/13,500,000원을 각각 운송료로 지급한 것으로 나타나며, 청구법인은 쟁점거래처에게 2006.1.1.부터 화물운송을 위임한다는 수출화물운송계약서를 증빙자료로 제시하였다.

(3) ○○○세무서장이 쟁점거래처에 대하여 세무조사를 실시한 후 작성한 자료상혐의자 조사종결복명서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 쟁점거래처는 2005.4.1. 경기도 ○○시 ○○동 ○○○-○에서 개업하였으나, 대표자와의 연락이 두절되고 사업장을 무단 전출한 사유로 2007.5.31. 직권폐업 조치하였고, 현지 확인 출장조사 한 결과 최○○이 소유하는 주택의 부수토지상에 가건물을 설치하고 이를 사무실로 운영한 것으로 조사되어 있다. (나) 매입처에 대한 조사에서 ○○주유소 이○○이 세금계산서를 발행하고 거래한 사실이 없다고 진술함에 따라 가공거래로 확정하였고, ○○화물은 쟁점거래처의 대표이사인 최○○의 개인사업체이므로 해당 거래분은 가공혐의 자료로 분류하였다. (다) 매출처에 대한 조사에서 ○○분재산업 외 6개 사업자와의 거래를 가공거래 자료로 확정하였고, 청구법인을 포함한 16개 사업자와의 거래는 가공거래 혐의 자료로 분류하였다.

(4) 청구법인의 장부상 2006사업연도에 실제 거래처에 지급하였다고 기장한 운송료 지급내역은 아래 〔표〕와 같다. (단위:원) 거래처명 계정과목 지급액 백

○○ 선급금 2,145,000 외상매입금 38,764,000 김

○○ 주․임․종 단기채무 15,185,000 목

○○ 주․임․종 단기채무 4,900,000

(5) 청구법인이 실제거래처라고 주장하는 김○○외 2인에게 법인의 예금계좌(○○은행 -037961-01-)와 대표이사 예금계좌(○○은행 -02856-03-*)에서 자금이체한 내역은 아래와 같다. (단위:천원) 거래처 입금일자 금액 지급방법 거래점포 비고 김

○○ 2006-02-01 985 인터넷(대전)

○지점 대표이사 통장 2006-03-02 375 인터넷(대전) 2006-04-01 1,375 인터넷(김

○○) 2006-05-02 2,150 인터넷(김

○○) 2006-06-01 2,195 인터넷(김

○○) 2006-07-03 2,225 인터넷(김

○○) 2006-08-03 2,040 인터넷(대전) 2006-09-01 2,925 인터넷(대전) 2006-11-01 915 인터넷(대전) 소계 15,185 2006-10-02 2,935 인터넷(대전개별) 법인명의 통장 2006-12-01 2,354 인터넷(대전) 2006-12-30 2,524 인터넷(대전) 소계 7,813 2007-02-01 2,442 인터넷(대전개별) 2007-03-02 1,765 인터넷(대전) 2007-04-02 1,518 인터넷(대전개별) 2007-05-02 1,364 인터넷(대전) 소계 7,089 합계 30,087 **농협 법인명의 통장 이

○○ 2006-06-01 1,232 인터넷(이

○○) 2006-06-30 1,340 인터넷(이

○○) 2006-07-31 1,168 인터넷(이

○○) 2006-08-31 1,733 인터넷(핸드링) 2006-09-30 1,350 인터넷(부산9작업) 2006-11-01 922 인터넷(부산작업) 2006-11-30 1,034 인터넷(부산10월) 2006-12-30 1,200 인터넷(부산) 소계 9,979 2007-01-31 978 인터넷(부산) 2007-02-28 1,807 인터넷(작업비) 2007-03-30 1,218 인터넷(3789) 소계 4,003 합계 18,587 (단위:천원) 거래처 입금일자 금액 지급방법 거래점포 비고 목

○○ 2006-06-09 1,200 수표

○ 지점 대표이사 통장 2006-08-05 400 현금

○ 지점 2006-09-02 300 현금

○지 점 2006-10-25 1,310 현금

○ 지점 2006-11-17 1,400 수표

○ 점 2006-12-27 300 현금

○ 점 합계 4,910 이

○○ 2006-03-31 1,015 인터넷(이

○○)

○은행 대표이사 통장 2006-07-31 1,170 인터넷(이

○○) 합계 2,185 쟁점거래처 2006-02-10 665 인터넷(강산)

○○ 법인명의통장 2006-03-16 1,056 인터넷(강산)

○○ 2006-12-10 290 인터넷(강산

○○)

○○○ 2006-12-29 500 인터넷(강산

○○)

○○○ 합계 7,011 총계 76,146 (6) 청구법인이 실제 거래처 중 이○○의 동창원농협 영곡지점 예금계좌(000000-52-***) 에 입금한 내역은 아래와 같다. (단위:원) 입금일 입금액 비고 2006-01-18 2,930,000 2006-02-16 2,590,000 2006-03-18 4,910,000 2006-04-01 2,232,000 2006-05-17 4,660,000 2006-06-01 1,232,000 청구법인 명의 통장상 이체내역과 통일 2006-06-30 1,340,000 “ 2006-07-18 4,605,000 “ 2006-07-31 1,168,000 “ 2006-08-16 4,772,000 “ 입금일 입금액 비고 2006-08-31 1,733,000 청구법인 명의 통장상 이내역과 통일 2006-09-16 4,500,000 “ 2006-09-30 1,350,000 “ 2006-10-16 5,320,000 “ 2006-11-01 922,000 “ 2006-11-16 3,105,000 “ 2006-11-30 1,034,000 “ 2006-12-15 5,750,000 “ 2006-12-30 1,200,000 “ 2006년 합계 55,353,000 “ 2007-01-22 4,800,000 “ 2007-01-26 916,000 “ 2007-01-31 978,000 “ 2007-02-15 2,540,000 “ 2007-02-28 2,000,000 “ 2007-02-28 1,807,000 “ 2007-03-16 4,630,000 “ 2007-03-30 1,218,000 “ 2007년 합계 18,889,000 “ 총계 74,242,000 “

(7) 청구법인이 증빙자료로 제시하고 있는 이미자가 2008.10.25. 작성한 거래사실 확인서에는 이

○○ 가 부산부두에서 수출품 현품과 서류들을 입고시키고, 청구법인으로부터 그 대금을 월별로 지급받고 있으며, 개인이기 때문에 세금계산서를 발행하지 못하였고, 법인예금통장에서 2006년 8,779,000원, 2007년 4,003,000원을 지급받았다는 내용이 기재되어 있고, 또한 김

○○이 2008.10.25. 작성한 거래사실 확인서에서는 ○○광역시에서 간이과세자로 운송업을 영위하고 있으므로 청구법인으로부터 의뢰를 받아 운송을 하고 운송료를 월말에 지급받았으며, 2006년 합계 22,998,000원, 2007년에 합계 7,089,000원을 지급받았다는 내용 등이 나타난다. (8)거래처원장에는 청구법인이 2006사업연도에 이○○의 배우자 백○○에서 35,247,000원의 운송료를 지급한 것으로 기장되어 있다.

(9) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인이 실제거래처와 거래를 하면서 2006사업연도에 지급한 금액의 합계가 83,261천원(김○○ 22,998천원, 이○○ 55,353천원, 목○○ 4,910천원)이고, 그 금액에서 이○○의 농협계좌에 입금되었으나 청구법인이 거래처원장상 백○○에게 지급한 것으로 계상된 금액 35,247천원을 차감한 금액이 48,014천원으로 쟁점세금계산서상의 공급가액에 상당하며, 처분청은 실제거래처 중 이○○에게 지급한 금액이 청구법인의 매출과 관련이 있는지 여부가 입증되지 아니한다는 의견이나, 청구법인이 2006사업연도에 이○○에게 지급한 금액이 55,353,000원이고, 거래처원장 상 이○○의 배우자인 백○○에게 지급한 금액이 35,247,000원이므로 20,106,000원의 차액이 발생하는 점을 고려하면, 청구법인이 이○○의 예금계좌에 이체한 금액중에는 이○○의 용역제공에 대한 대가가 포함되어 있는 것으로 보이며, 청구법인이 이○○의 예금계좌에 입금한 내역을 보면, 월초나 월말에 지급한 금액과 매월 중순에 정기적으로 지급한 금액간에 상당한 차이가 발생하고, 상거래관행 상 그 금액이 모두 백○○에게 지급한 운송대가라면 비승한 금액을 지급하는 것이 정상적이고, 월초나 월말 및 월중에 지급하는 금액간에 차이가 있을 이유가 없다 할 것이다.

(10) 또한 처분청은 청구인이 주장하는 실제거래처 중 김○○과 목○○에게 지급한 금액도 쟁점세금계산서와 관련성이 있다고 보기는 어렵다는 의견이지만, 청구법인이 김○○과 목○○에게 지속적으로 거래대금을 지급한 사실이 예금계좌, 법인장부 등에 의하여 확인되고 있으며, 김○○외 2인은 세금계산서를 발행하지 아니하는 간이과세자인 사실, 김○○과 목○○은 개별화물운송업자이므로 청구법인의 업무와 연관성이 있는 사실 등을 감안할 때, 이들과의 거래에서 발생한 대금을 처리하기 위하여 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취할 만한 필요성과 개연성이 있다고 보이며, 차량별 운송현황과 관련하여 처분청은 당초 제시한 자료와 불복청구시 제출한 자료가 상이하고, 차량별 물품인수증을 제시하지 못하므로 신빙성이 부족하다는 의견이나, 세무조사시에 제시한 차량별 운송현황은 쟁점세금계산서가 부가가치세법상 가공세금계산서가 아니며

○○ 종합물류(주)와 거래한 사실을 입증하기 위한 것인 반면, 불복청구 시 제출한 차량별 운송현황은 쟁점 세금계산서 상 거래를 위장거래로 인정하지만 실제 매입거래는 있었다는 사실을 증명하기 위한 것이므로 자료를 제출한 목적이 상이하며, 당해 거래처가 소규모 간이과세자인 점을 고려할 때, 차량별 물품인수증을 제시하지 못한다 하여 청구법인과 실제거래처간의 거래자체를 부인하기는 어렵다고 하겠다.

(11) 그렇다면, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분 및 공급대가를 대표자 상여로 소득처분 하여 소득금액 변동통지 한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.