선의의 거래당사자로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

◎◎세무서장이 2008.12.8. 청구인에게 한 2005년 2기 부가가치세 98,088,490원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 2002.8.1.부터 현재까지 ☆☆시 ◎◎구 ◎◎동 212-1번지 ⒹⒹ타워 909호에서 ‘주식회사 ◆◆’ 라는 상호로 컴퓨터주변기기 도소매업을 영위하고 있는 법인사업자로서, 2005년 2기에 의료법인 ●●의료재단으로부터 공급가액 642.119천원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제하였다. 의료법인 ●●의료재단의 관할인 ○○○세무서장은 의료법인 ●●의료재단이 매출세금계산서합계표를 제출하지 아니하여 불부합이 발생하여 2007년 12월 조사한 결과 의료법인 ●●의료재단은 면세사업자임에도 쟁점세금계산서를 발행하였다 하여 처분청에게 과세자료로 통보하였다. 처분청은 위의 과세자료에 의해 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2008.12.8. 청구인에게 2005년 2기 부가가치세 98,088,490원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 의료법인 ●●의료재단과 거래할 당시 의료법인 ●●의료재단은 ○○도 ＡＡ군 BB읍 CC리 2기번지에서 BB◎◎병원을 운영하고 있는 것과는 별도로 ☆☆시 HH구 HH동에 의료법인 ●●의료 재단 ☆☆지사를 두고 이사장인 임JH과 컴퓨터 영업부분 대표 송○○는 동소에 □□□□ 주식회사{대표이사 박○○(송○○의 처)}라는 상호로 컴퓨터 부품 도매업을 같이 운영하고 있었는 바, 청구인은 본 건을 거래하기 직전인 2005.5.10. ~2005.6.28. 기간 동안 □□□□ 주식회사로부터 118,284천원 상당의 컴퓨터서버 등 부품을 매입한 사실이 있고, 청구인이 □□□□ 주식회사 및 의료법인 ●●의료재단과 거래한 컴퓨터 부품은 대부분 휴○○사의 고가(1개당 수백만 원에서 수천만 원을 호가함)의 컴퓨터 서버이며, 국내에 40~50개 정도의 휴○○딜러 중 하나로 알려져 있는 이들로부터 신속한 대금결제 조건으로 유리(2~3% 정도 저렴)한 가격에 구입하면서 상품대금의 대부분을 □□□□ 주식회사 명의의 계좌로 송금하고 현금으로 지급한 부분에 대해서는 입금영수증을 수령하였을 뿐 아니라, 처분청은 2006.8.10. 본건과 관련하여 청구인에게 세금계산서합계표 불부합자료에 대한 소명자료를 요청하였음에 따라 청구인은 당시 이에 대한 소명자료를 제출하여 정상거래로 인정받은 바 있다. 다른 의료재단들도 대부분 부동산임대, 장의물품판매업, 슈퍼, 식당 등 여러가지 과세사업을 겸영하면서 세금계산서를 발행하고 있고, 세금계산서의 내용(사업자등록번호, 상호, 물품의 내용, 거래 일자 및 금액 등)이 일치하면 정상적인 세금계산서로 인식하는 것이 일반적이며, 법인의 경우 부가가치세 과세용 사업자등록번호와 면세용 사업자등록번호가 구별되지 아니한 채 사용되고 있을 뿐 아니라 청구인이 의료법인 ●●의료재단의 사업자등록 사항을 의료법인 ●●의료재단 관할세무서에 조회한다 하더라도, 관할세무서에서는 국세기본법 제81조의8 (비밀유지) 규정에 의해 당사자가 아닌 청구인에게 의료법인 ●●의료재단의 등록내용을 알려줄 수 없는 처지임에 비추어 볼 때, 청구인은 거래상대방으로서 주의의무를 다한 선의의 거래당사자이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 거래상대방인 의료법인 ●●의료재단으로부터 컴퓨터 부품을 매입하고 대금은 의료법인 ●●의료재단이 운영한 □□□□ 주식회사 계좌에 입금하고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 선의의 거래대상자라고 주장하나, 일반적으로 의료법인은 컴퓨터도매업을 운영하지 아니하는 것이 상식이고 의료법에서도 의료법인 설립은 시도지사의 허가를 득하여야 하는 등 엄격하게 규정하고 있으며, 의료법의 부대사업 범위에 컴퓨터 도매업은 열거되어 있지 아니하고 있을 뿐 아니라, 고액의 거래금액(공급 가액 642백만 원)을 입금하면서 의료법인 ●●의료재단이 실제 컴퓨터 사업부를 설립하였는지 또는 □□□□ 주식회사를 합병 하였는지를 확인하지 아니한 것은 일반적인 거래당사자의 의무를 다하지 못한 것으로 판단된다. 또한 대금지급 관계가 정상적으로 이루어지지 아니한 거래라면 거래 상대방인 의료법인 ●●의료재단이 면세사업자인지 세금계산서를 교부할 수 있는 사업자인지 여부를 사업자등록증만 확인하더라도 면세법인의 경우 사업자등록상 면세법인사업자로 표기되어 면세사업자인지 여부를 알 수 있는 바, 청구인이 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 따라 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 의료법인 ●●의료재단으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건을 처분한 데 대하여 청구인은 선의의 거래당사자라고 주장하면서 그 에 따른 증빙으로 금융거래내역과 법원판결문 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점세금계산서를 발행한 의료법인 ●●의료재단의 등기부등본과 국세통합전산망자료를 보면, 의료 법인 ●●의료재단은 2001.4.9. ○○도 ＡＡ군 BB읍 CC리 2기 번지에서 개업하여 2006.8.4. 해산등기한 것으로 설립목적은 비영리의료법인으로서 의료기관을 설치운영하고 보건의료에 관한 연구개발 등을 통하여 국민보건 향상에 기여함을 목적으로 하며 목적을 효율적으로 달성하기 위하여 의료기관의 설치운영 지역영세민 구료 및 무의촌 순회진료, 기타 목적달성에 필요한 부대사업으로 명시되어 있고, 이사장 임JH은 2005.6.17. 취임하여 2006.7.26. 말소되었으며 이사장 임JH의 주소지가 □□□□ 주식회사 사업장 소재지인 ☆☆시 HH구 HH동 1좌5-4로 기재되어 있다. (나) 쟁점세금계산서와 대금지급 증빙은 아래 표와 같은 바, 의료법인 ●●의료재단은 쟁점세금계산서를 청구인에게 발행하였고 청구인은 2005.8.5. ~2006.8.1. 기간 동안 청구인 명의의 ○○○은행 계좌에서 536,200천원을 □□□□(주)의 ○○○은행 계좌로 이체하였음이 금융거래 증빙으로 확인되며, 청구인은 2005.11.11. ~ 2006.6.23. 기간 동안 청구인 명의의 계좌 4개에서 170,200천원을 현금으로 인출하여 대금으로 지급하고 □□□□(주) 명의의 입금표 6매를 수취하였다고 주장한다. (다) 청구인의 매입원장과 거래처원장을 보면, 청구인은 2005년 1기부터 의료법인 ●●의료재단으로부터 서버 등 컴퓨터 주변기기를 계속적으로 외상매입한 후 수시 결제한 것으로 기재되어 있다. (라) 청구인이 송○○로부터 받은 명함을 보면, 송○○는 서울시 HH구 HH동에 소재한 ‘□□□□ 주식회사 이사’와 ‘◆◆의료재단(●●의료재단의 종전 명의) ☆☆지사 영업대표’라고 기재된 명함으로 청구인 등과 거래하였는 바, 의료법인 ●●의료재단과 □□□□ 주식회사가 동일한 경영주체에 의해 운영되고 있음을 대외적으로 표명하면서 거래한 것으로 나타난다. (마) 청구인이 증빙으로 제시한 의료법인 ●●의료재단(이사장 임JH)의 변제각서와 판결문에 의하면, 의료법인 ●●의료재단 (이사장 임JH)과 연대보증인인 ‘송○○’는 2006.4.17. 컴퓨터 주변기기 공급업체인 현○DS, 네○텍(주), L○○, 윈○○스템에게 대한 변제할 금액은 2006.4.12.현재 314,903,660원이고, 이를 2006.6.15.까지 4차례에 걸쳐 상환하는 것으로 약정하였음에도, 의료법인 ●●의료재단이 위 금액을 상환하지 아니함에 따라 채권자인 현○DS, 네○텍(주), L○○, 윈○○스템은 2006.7.7. 의료법인 ●●의료재단과 연대보증인인 송○○를 상대로 ⒻⒻ지방법원에 민사소송을 제기하였음에 따라 ⒻⒻ지방법원은 2008.5.30. 의료법인 ●●의료재단(이사장 임JH)과 ‘송○○’에게 위 금액을 상환하라는 판결을 한 것으로 나타난다. (바) □□□□(주)의 ○○은행 계좌 및 송○○의 사실확인서(2006.8.25. 작성)를 보면, 의료재단 ●●의료재단은 과다채무에 따라 계좌가 압류될 것을 우려하여 병원의 수입과 지출을 □□□□(주) 명의의 ○○은행 계좌를 통해 이루어졌고, 송○○는 □□□□(주)의 재정악화와 사업방향 전환을 위해 2005년 6월 사업장을 휴업하고 ◆◆의료재단(현재 ●●의료재단)에 합병하는 조건으로 기존 채권, 채무 그리고 그에 수반되는 일체 관계를 의료재단 ●●의료법인(이사장 임JH)에게 양도한 후, 의료법인 ●●의료재단이 병원 정상화에 실패하고 □□□□(주) 인수와 관련한 법인 양도 ㆍ 양수 편입절차가 불가능한 상태가 되어 청산 절차를 들어갔으며, 송○○와 재단 이사장인 임JH 그리고 송○○가 섭외한 매입처 간에 대금지급과 관련한 민사소송이 진행 중에 있음을 확인하고 있다. (사) 한편, ○○○세무서장이 2007년 12월 쟁점세금계산서와 관련한 자료처리 검토조서를 보면 면세사업자인 의료법인 ●●의료재단은 사업용인 컴퓨터 하드웨어 소프트웨어 등 전산장비를 컴퓨터 주변기기 도소매업체인 청구인에게 매각하여 매출세금 계산서를 교부하고 청구인은 동 세금계산서로 매입세액을 공제 받았음에도 의료법인 ●●의료재단이 매출세금계산서합계표를 제출하지 아니하여 불부합이 발생한 것으로 조사되었다.

(2) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면 의료법인 ●●의료 재단의 이사장 임JH과 송○○는 의료법인 ●●의료재단의 사업자 등록 변경 없이 ☆☆시 HH구 HH동 에 ‘의료법인 ●●의료재단 ☆☆지사와 □□□□ 주식회사’라는 하나의 간판 아래 청구인을 비롯한 다른 거래처 (현○DS, 네○텍(주), L○○, 윈○○스템 등)로부터 컴퓨터부품과 주변기기 등을 거래하면서 의료법인 ●●의료재단과 □□□□ 주식회사가 동일한 경영주체에 의해 운영되고 있는 하나의 회사임을 대외적으로 표명하였고 의료법인 ●●의료재단과 □□□□ 주식회사가 실제 동일한 주체에 의해 경영되었음이 청구인이 증빙으로 제시한 거래처원장, 대금지급증빙, 송○○ 명함, 의료법인 ●●의료재단 등기부등본 의료법인 ●●의료재단의 결제 계좌, 다른 거래처의 의료법인 ●●의료재단에 대한 소장과 판결문 및 송○○의 사실확인서 등에 의해 구체적으로 확인되는 바, 이들과 거래한 자들(청구인, 현○DS 등)은 의료법인 ●● 의료재단과 □□□□ 주식회사가 동일한 회사로 인식하여 거래할 수 밖에 없었던 것으로 보여지고, 청구인이 이 건을 거래함에 있어 거래상대방에 대한 신분과 거래장소 ㆍ 결제계좌내역 등을 확인한 후 계속 거래를 한 점 또한 법인사업자의 경우 실제 실무적으로 부가가치세 과세용 사업자등록번호와 부가가치세 면세용 사업자등록번호가 구별되지 아니한 채 사용되고 있어 공급받는 자인 청구인에게 과세재화 공급시 공급자에 해당하는 법인이 부가가치세 면세사업자인지 또는 부가가치세 과세겸업사업자인지 여부를 구별하거나 쟁점세금계산서 거래가 과세거래이므로 공급자 에게 그에 따른 적절한 조치(사업자등록 정정신청후 세금계산서 교부)를 취할 것을 기대하기는 일반 사회통념상에 비추어 볼 때 무리라고 보여지는 점 등으로 보아 청구인은 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.