금융기관에 지급한 수수료의 매입세액 공제대상 여부

심판청구를 기각한다.

청구법인은 자산관리운용 및 처분, 부동산중개 및 컨설팅, 부동산매매 등을 주업으로 하여 2001.7.2. 개업한 법인으로서, 2008년 제1기 과세기간 중 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에 주식취득자금의 대출과 관련하여 대출금채권인수수수료(이하 “쟁점수수료”라 한다)를 지급하고 공급가액 2,880,000,000원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였다. 처분청은 쟁점수수료는부가가치세법상 과세대상거래가 아닌 유가증권매매와 관련하여 지급한 것이라고 하여 관련 매입세액을 불공제하여 2008.11.18. 청구법인에게 2008년 제1기 과세기간 부가가치세 21,532,150원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○○ 도시환경정비사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 추진하던 중, 개발사업지구내에 소재하는 주식회사 ○○○(○○○, 이하 “○○○”이라 한다)를 인수하기 위한 계약을 ○○○의 계약조건이 토지 및 건물이 아닌 ○○○의 주식을 취득하는 방식이어서 이에 필요한 자금을 조달하기 위하여 2008.6.24. 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)과 대출약정을 체결하고 동 은행으로부터 720억원을 차입하였으며, 동 대출약정서에는 ○○○은 ○○○이 청구법인에게 대출한 대출채권을 매입한다는 대출채권매입확약서를 ○○○에 제출하도록 약정하고 있으며, 동 약정에 따라 동일자에 ○○○이 대출채권매입확약서를 ○○○은행에 제출하는 대가로 청구법인이 ○○○에 대출금채권인수수수료(대출채권액의 4%)라는 명목으로 3,168백만원(부가가치세 포함, 이하, “쟁점금액”이라 한다)을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였다. 부가가치세법제17조 제1항에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 또는 수입에 대한 매입세액은 공제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제2호), 면세사업관련 매입세액(제4호) 등과 같이 공제할 수 없는 매입세액을 예시적이 아닌 제한적․열거적으로 규정으로 규정하고 있어, 대출금과 관련하여 제공받은 용역에 대한 매입세액을 사업과 관련이 없는 매입세액이라고 열거하고 있지 않은데도 불구하고 매입세액 불공제하는 것은 조세법률주의 근간을 훼손하는 것이며, ‘면세사업관련 매입세액’이란 면세사업자가 면세사업과 관련하여 발생한 토지관련 매입세액을 불공제하는 것이지 과세사업자가 과세사업과 관련하여 발생한 토지관련 매입세액을 불공제하는 것은 아니다. 마찬가지 논리로 주식관련 매입세액을 원칙적으로 불공제하기 위해서는 주식관련 매입세액을 불공제한다는 규정이 있어야만 하는데 이와 같은 규정이 없다면 주식관련 매입세액의 공제여부는 청구법인의 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이며, 청구법인과 같이 과세사업을 영위하는 사업자가 자기의 사업을 위하여 지출한 주식취득관련 매입세액은부가가치세법제2항 제4호에서 규정하는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하므로 당연히 매출세액에서 공제되어야 하며, 동 매입세액을 매출세액에서 불공제하려면 토지관련매입세액과 같이 주식매입관련 매입세액을 불공제세액으로 한다는 별도규정이 있어야 한다. 매입세액의 공제여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 아니하므로○○○, 과세사업을 위하여 지출한 매입세액은 그것이 설사 면세되거나 과세제외되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 부가가치세법제17조 제1항의 매입세액공제에 관한 원칙적 규정에 근거하여 당연히 이를 매출세액에서 공제하여야 하는 것이다. 처분청은 주식은 부가가치세 과세대상이 아니므로 동 주식취득관련 대출주선수수료는 주식취득비용으로서 자본적지출에 해당되어 주식취득원가에 가산하여야 하므로 불공제하여야 한다는 의견이나, 부가가치세 과세여부는 재화나 용역의 공급이나 수입이 있었을 때에 비로소 문제가 되는 것으로 사업(오피스빌딩 건설 및 시행)의 확장 또는 시너지효과를 도모하기 위하여 주식을 매입하는 것일 뿐이지 주식 그 자체를 공급(매매)하기 위하여 매입하거나 유동화전문회사처럼 그에 대한 과실인 배당금만을 수령하기 위하여 매입하는 것이 아니므로, 주식의 매입단계에서 장래에 있을지도 모르는 그 주식의 공급(매매)을 전제로 하여 부가가치세 과세에 관한 법률관계를 논하는 것은 법인소득계산을 위한 회계처리에 집착한 나머지 매입세액의 사업관련성을 따지는 데 있어 물물대응의 원칙을 적용하자는 것에 불과하다는 대법원 판례○○○의 논지에 비추어 볼 때, 처분청의 불공제 논지는 적절하지 않다.
• 나. 처분청 의견 쟁점수수료는 부가가치세법제1조에서 규정하고 있는 부가가치세 과세대상이 아닌 주식(유가증권) 매매와 관련된 것이며, 법인세법상 유가증권의 취득원가를 구성하는 항목에 해당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주식취득자금의 대출과 관련하여 지급한 대출금채권인수수수료를 과세제외되는 주식의 취득과 관련된 것으로 보아 관련매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 ◯ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.․1의2. (생 략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 3.․3의2. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정된 것)

4. 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) ◯ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① ․② (생 략)

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정된 것).

1. 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다(1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정된 것).

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다(1991. 12. 31. 대통령령 제13542호로 신설된 것). ◯ 소득세법 시행령 제78조 【업무와 관련없는 지출】 법 제33조 제1항 제13호에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물 등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자

4. 사업자가 사업과 관련없이 지출한 접대비 4의2. 사업자가 공여한 형법에 따른 뇌물 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법상 뇌물에 해당하는 금전과 금전 외의 자산 및 경제적 이익의 합계액

5. 제1호 내지 제4호의 2에 준하는 지출금으로서 기획재정부령이 정하는 것 ◯ 법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】

① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

• 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우: 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.
• 나. 가목 외의 경우: 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다. ◯ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

• 가. 서화 및 골동품. 다만, 장식ㆍ환경미화 등의 목적으로 사무실ㆍ복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.
• 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차ㆍ선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차ㆍ선박 및 항공기를 제외한다.
• 다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산

② (생 략)

③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. ◯ 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

① 법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조 에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다. (2008. 2. 22. 개정)

2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다) 또는 출연자인 임원 또는 그 친족(국세기본법 시행령 제20조 제1호 부터 제8호까지의 규정에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

형법 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체 외의 지배주주등과 특수관계에 있는 자는 제외하며, 이하 "소액주주등" 이라 한다)을 말한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 자산관리운용 및 처분, 부동산중개 및 컨설팅, 부동산매매 등을 주업으로 하는 법인으로서, 2008년 제1기 과세기간 중 ○○○에 주식취득자금의 대출과 관련하여 쟁점수수료를 지급하고 공급가액 2,880,000,000원 상당의 쟁점세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였으나, 처분청은 쟁점수수료는부가가치세법상 과세대상거래가 아닌 유가증권매매와 관련하여 지급한 것이라고 하여 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 경정․고지한 내용이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 공제할 수 없는 매입세액을 규정하고 있는 부가가치세법제17조 제2항은 예시적규정이 아닌 제한적․열거적규정으로서 주식관련 매입세액을 토지와 같이 관련매입세액을 불공제한다고 열거하고 있지 않으며, 같은 조 제1항에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화․용역 또는 수입에 대한 매입세액은 공제한다고 규정하고 있어 주식매입의 목적이 주식을 공급(매매) 또는 배당수익을 목적으로 취득한 것이 아닌 사업(신규호텔 및 오피스빌딩 신축 분양 또는 임대 등)을 위한 것이라면 공제되어야 한다고 주장하면서 사업약정서, ○○○이 작성한 사업타당성 검토보고서, 개발환경분석․건축계획 평면도 및 입체도(칼라 소책자), (주)○○○와 ○○○의 소유주(주식 100% 소유)인 ○○○간에 체결한 주식매수계약서(2008.6.24.자 및 2008.9.29.자) 및 양수도계약서, 2008.6.24. 차주인 청구법인과 대주인 ○○○은행간에 체결한 대출약정서 및 대출채권 양도인인 ○○○은행과 양수인인 ○○○간에 체결한 대출금채권 등 양․수도계약서를 제시하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 사업약정서를 보면, 청구법인과 ○○○주식회사(이하 “○○○”이라 한다)간에 2008년 4월에 ○○○ 일대에 청구법인이 추진 중인 도시환경정비사업에 대하여 청구법인은 시행자의 지위를 가지며, ○○○은 시공자의 지위를 가지고 이 건 사업의 성공적인 추진을 위하여 각자 상호협력에 필요한 제반사항을 규정하고 있다. (나) 청구법인과 ○○○간에 2008년 7월에 타당성 검사용역계약을 체결하고 2008.8.29.자로 작성된 사업타당성 보고서에 의하면, “Project Overview: 본 프로젝트는 ○○○ 일대에 호텔 1동과 오피스 2동을 개발하여 매각하는 프로젝트로서, 사업시행자인 (주)○○○는 청구법인을 통하여 (주)○○○의 지분을 100% 인수하여 당 사업부지에 위치한 ○○○을 일정기간 운영한 후 개발을 추진할 예정입니다.”, 프로젝트의 개요 ‘사업명: ○○○구역 복합개발 프로젝트’, ‘위치: ○○○ 일원’, ‘용도: 호텔 & 오피스 빌딩 개발사업’, ‘사업기간: 2008.6.1.～ 2013.11.30.’, ‘사업시행자: (주)○○○’, “Project Structure: 본 프로젝트는 사업시행자인 회사 또는 청구법인은 대주단으로부터 유입된 PF자금으로 (주)○○○를 인수한 후 동 부지에 오피스 및 호텔을 개발하여 투입자금을 회수하고 사업이익을 실현할 계획입니다. 본 프로젝트의 예상구조 및 PF Loan의 예상 금융조건은 아래와 같습니다.”, “○○○, 수익성 개선을 위한 운영방안: 회사는 신규호텔에 대하여 오피스와 함께 일괄매각하거나 회원권을 분양하여 회원제로 운영하는 것을 고려하고 있으며 각각의 경우에 대한 상세내역은 아래와 같습니다.” 등으로 되어 있다. (다) 개발환경분석․건축계획 평면도 및 입체도(칼라 소책자)를 보면, 개발1안과 개발2안으로 구분되어 있고, 개발1안의 경우 27층 업무시설을 증축하고, 컨벤션센터는 리노베이션하는 것으로 되어 있고, 개발2안의 경우 24층의 ○○○과 27층의 업무시설을 증축하고 컨벤션센타를 리노베이션하는 것으로 나타난다. (라) 2008.6.24. (주)○○○와 ○○○의 소유주인 ○○○간에 체결한 주식매수계약서를 보면, ○○○ 총주식발행수량 719,200주에 대한 총매매가액 468,620,680,692원(주당 651,586,041원), 계약금 580억원, 중도금과 잔금을 구분하지 않고 계약금을 제외한 금액을 2008.9.30.(거래종결일)까지 일시 지급하고, 총매매가액은 거래종결일로부터 90일 이내 조정가능하고<3.4 (b)조>, 매수인인 (주)○○○는 매도인에게 서면통지후, 본 계약상 자신이 가진 권리를 매수인의 계열사인 청구법인 또는 (주)○○○에게 양도할 수 있다(13.5조)고 규정하고 있고, 2008.9.29.에 (주)○○○와 ○○○간에 체결한 주식매매계약서를 보면, 거래종결일을 당초 2008.9.30.에서 2008.11.28.로 연장함과 동시에 2008.6.24.자 주식매매계약서의 3.4. (b)조에 근거하여 매매가액이 10억원이 추가되어 총매매가액이 469,620,680,692원으로 변경된 사실이 나타나고 있고, 2008.11.26. (주)○○○는 2008.6.24.자 주식매매계약서 제13.5조에 근거하여 주식매매계약서상 모든 권리와 의무를 청구법인에게 양도한다는 내용의 통지문을 ○○○와 청구법인에게 발송하고, (주)○○○(양도인)과 양수인인 청구법인은 주식매매계약서상 모든 권리와 의무를 양도․양수하는 양수도계약을 체결한 사실이 나타나고 있다. (마) 2008.6.24.자 대출약정서를 보면, 대출금채권 양수인은 ○○○, 이자지급보증인은 ○○○, 전문내용은 대주는 차주에게 금 720억원을 대출하고 대출금채권, 대출약정상 지위, 권한 일체를 대출금채권양수인에게 양도한다고 규정하고 있고, 주요조문은 다음과 같이 규정하고 있다. 제1조(정의) 제(1)항 제2호: “대여계약”이라 함은 차주가 본 약정에 따른 대출금을 청구법인이 ○○○에 등기된 본점을 두고 있는 주식회사 ○○○의 발행주식 100%를 양수하기 위한 계약금으로 사용하도록 대여하여 주는 계약을 말한다. 제4조(이자, 수수료 및 비용) 제(3)항: 차주는 대출실행과 동시에 대주에게 대출취급수수료를 금 3,000만원, 대출금채권양수인에게 대출금채권인수수수료로 대출약정금의 4.0%에 해당하는 금액인 금 2,880백만원 및 이에 대한 부가가치세액을 지급하기로 한다. 제5조(원금상환) 제(1)항: 차주는 2008.9.24.에 대출금을 일시 상환한다. 제7조(인출선행조건) 대주의 차주에 대한 대출의무는 차주 및 연대보증인이 다음 각호의 서류를 대주에게 제출하는 것을 선행조건으로 한다. 제4호: 기타 대주가 합리적으로 요구하는 서류들 (바) 2008.8.29. 체결한 대출금채권 등 양․수도계약서를 보면, 차주는 청구법인, 양도인은 ○○○은행, 양수인은 ○○○으로 되어 있고, 양도대상자산의 범위를 규정하고 있는 제2조에서 ⅰ) 양도인이 차주에 대하여 보유하는 대출금채권, ⅱ) 양도대상담보권, ⅲ) 양도대상지위, ⅳ) 기타 이에 부수하는 일체의 권리 및 권한을 양수인에게 양도하고 양수인은 양도인으로부터 이를 양수한다고 규정하고 있다. (사) 우리 원에서 이 건 사업의 진행상황 및 대출금 720억원의 사용처를 조사한 바에 의하면, 2010년 6월 현재, 총매매가액 4,696억원 중 계약금 580억원을 제외한 4,116억원은 PF자금 조성이 되지를 않아 지급하지 못하고 있고, 차입금 720억원은 이자지급보증인인 ○○○이 2008.12.1. 210억원, 2008.12.5. 100억원, 2008.12.16. 300억원, 총 610억원을 상환하였고 미상환잔액 110억원은 ○○○이 만기일이 2010.9.24.인 자산유동화기업어음(ABCP)을 발행한 상태이며, 청구법인은 추후 이 건 사업과 관련한 구체적인 자금계획 및 사업계획 등을 제시하지 못하고 있고, 대출금 72,000백만원은 주식매매대금(계약금)으로 58,000백만원, 선급이자로 3,610백만원(2008.6.24.부터 2008.6.24.까지 6개월간), 대출금채권인수수수료로 4,752백만원(쟁점수수료 3,168백만원 포함), 특수관계법인인 (주)○○○에 대한 대여금으로 990백만원, 변호사수수료․임직원 급여 등 법인운영자금으로 532백만원, 총 67,884백만원을 사용하고 4,116백만원을 미사용한 것으로 조사되었고, 대출금채권인수수수료 4,752백만원 중 쟁점수수료 3,168백만원은 2008.6.24.자 대출약정서에 근거한 수수료이며, 나머지 1,584백만원은 2008.9.24.에 새로운 대출약정서를 체결하고 대출원금상환일을 2008.12.24.로 연기하면서 발생한 수수료로서, 2008.9.24.자 대출약정서에 근거한 대출금채권인수수수료 1,584백만원을 지급하고 교부받은 세금계산서의 관련매입세액은 2008년 제2기 예정 부가가치세 신고시 ‘불공제’로 자진신고한 것으로 확인된다. (3)부가가치세법제17조에서, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 및 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 2008.6.24.자 차주인 청구법인과 대주인 ○○○은행과 체결한 대출약정서의 목적이 차주인 청구법인이 동 대출로 발생된 대출금으로 주식회사 ○○○의 발행주식 100%를 양수하기 위한 계약금에 사용하기 위한 것임이 대출약정서에 명시되어 있는 점, 청구법인이 ○○○에게 대출약정금액의 4%인 쟁점수수료를 지급하는 사유가 대주인 ○○○은행이 청구법인에게 있는 이 건 대출금채권(720억원)을 ○○○이 인수하기 때문인 점 등으로 보아, 청구법인이 ○○○에 지급한 이 건 쟁점수수료는 청구법인의 과세사업과 직접 관련된비용이라기보다는 주식회사 ○○○의 주식매수에 따른 취득관련 수수료에 해당한다고 보이므로 처분청에서 쟁점수수료관련 매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.