매입세금계산서 경정기관 확인공제 가산세를 적용한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 ○○○에서 “○○○”을 상호로 2007.3.6. 개업하여 부동산임대업을 영위하다가 2008.7.16. 폐업하였고, 2008.8.13. 납부세액을 4,694,604원으로 하여 2008년 제2기 부가가치세 기한후신고서를 제출하였다가 2008.9.26. 기 제출한 기한후 신고서에 대하여 컨설팅 용역대가로 지불한 공급가액 1,700백만원의 매입세액 170백만원을 공제하고 환급세액을 165,305,396원으로 하여 처분청에 경정청구서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 청구인들이 당초 법정신고기한내에 과세표준신고서 및 과세표준수정신고서를 제출하지 아니하여 청구인들이 기한후 신고서에 대하여 한 경정청구가 경정청구대상이 아님에도 불구하고 이에 대하여 직권으로 환급결정함에 있어서, 청구인들이 당초 기한후 신고서 제출시까지 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였다가 기한후신고에 대한 경정청구시 동 합계표를 제출하였으며(부가가치세법제22조 제5항 제2호), 부가가치세 예정신고 및 확정신고시 매입처별세금계산서합계표 제출을 통하여 매입세액을 공제받지 아니하고, 세금계산서를 경정기관(관할세무서장)의 확인을 거쳐 정부(과세당국)에 제출하여 매입세액을 공제받은 경우에 해당한다(같은 법 제22조 제2항 제3호)는 이유로 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 100분의 1에 상당하는 이 건 가산세(17백만원)를 환급세액에서 공제하고, 2008.12.5. 152,145,570원을 환급결정하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2009.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 2008.7.15. ○○○ 소재 임대건물을 양도하면서 ○○○주식회사로부터 컨설팅 용역을 제공받고 지불한 공급가액 1,700백만원의 세금계산서를 수취한 것에 대하여 양도소득세 신고 대상인 것으로 잘못 알고 부가가치세 확정신고시 이를 누락하였다가 기한후 신고를 하였으나,부가가치세법제22조 제2항 제3호에서 대통령령이 정하는 사유라 함은 같은 법 시행령 제60조 제1항 제2호의 규정에 의하여 제출하는 경우를 말하나, 청구인들은 이에 해당되지 아니하므로, 처분청이 이 건 부가가치세를 환급하면서 세금계산서 등 경정기관 확인공제 가산세를 환급세액에 공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법제20조(세금계산서합계표의 제출)는 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시에 매입처별세금계산서합계표를 제출하도록 규정하고 있으며, 청구인들은 2008.7.16. 폐업자로서 2008.8.10.까지 2008년 제2기 부가가치세 확정신고를 하여야 함에도 불구하고, 2008.8.13. 기한후신고서를 제출하였고, 같은 법 제22조(가산세) 제2항 제3호에 의하면, 예정신고 또는 확정신고시에 매입세액을 공제받지 아니하고 같은 법 시행령 제60조 제1항 제2호에 의거 세금계산서를 경정기관(처분청)의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 청구인들은 예정신고 또는 확정신고시 매입세액을 공제받지 아니한 자로서 위 법령에 의하여 가산세 부과대상일 뿐만 아니라, 같은 법 제22조 제5항 제2호에 의하면, 사업자가 예정신고 또는 확정신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에는 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산세로 환급세액에서 공제하도록 하고 있으며, 위 같은 호 단서에서 규정하고 있는 가산세 적용 배제는 같은 법 시행령 제60조 제1항 각 호에서 규정하고 있는 바, 각 호는 매입처별세금계산서합계표를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우(제1호), 동 합계표를 경정청구서와 함께 제출하는 경우(제1의2호), 동 합계표를 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하는 경우(제1의3호) 및 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우(제1의4호)를 말하는 것으로서, 청구인들은 당초 과세표준수정신고서를 제출하지 아니하였고, 기한후 신고서 제출시에도 동 합계표를 제출하지 아니하였다가 경정청구시 동 합계표를 제출하였으나, 청구인들이 한 경정청구는 청구인들이 법정신고기한내에 과세표준신고서 및 과세표준수정신고서를 제출하지 아니한 바, 애초에 경정청구대상이 아니므로 청구인들에 대하여 이 건 부가가치세(가산세)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구인들이 폐업에 따른 확정신고를 하지 아니하여 매입처별세금계산서합계표 및 세금계산서를 미제출한 후, 처분청이 청구인들의 기한후 신고서에 대한 환급 경정청구에 대하여 직권으로 매입세액을 환급결정하면서 ‘매입세금계산서 경정기관 확인공제 가산세’를 적용한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제3조【과세기간】① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음과 같다. 제1기: 1월 1일부터 6월 30일까지 제2기: 7월 1일부터 12월 31일까지

③ 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 한다.(단서 생략) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제18조【예정신고와 납부】① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 “예정신고기간”이라 한다)의 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.(단서 생략) 제1기분 예정신고기간: 1월 1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월 1일부터 9월 30일까지 제19조【확정신고와 납부】① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제20조【세금계산서합계표의 제출】① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표”라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다.(단서 생략) 제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

제22조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

3. 제32조의2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등을 교부받아 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하는 때에 정부에 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 대통령령이 정하는 사유로 매입세액을 공제받는 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.(단서 생략)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만，대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

⑧ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항ㆍ제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다. 제32조의2【신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등】③ 사업자가 대통령령이 정하는 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표 등을 교부받은 때에는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에 그 부가가치세액은 제17조 제1항 및 제26조 제3항의 규정에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

1. 대통령령이 정하는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출할 것

2. 신용카드매출전표 등을 제31조 제3항의 규정을 준용하여 보관할 것. 이 경우소득세법제160조의2 제4항 또는법인세법제116조 제4항에서 규정하는 방법에 따라 증빙자료를 보관하는 경우에는 이를 보관하고 있는 것으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의 2 제1항의 규정에 의한 신용카드매출전표등의 수취명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함하며, 이하 “신용카드매출전표등수취명세서”라 한다)를 국세기본법 시행령제25조 제1항의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법 시행령제25조의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 1의3. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법 시행령제25조의 4의 규정에 의한 기한 후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 1의4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우 제70조【결정ㆍ경정기관】① 법 제21조의 규정에 의한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액의 결정ㆍ경정은 각 사업장 관할세무서장이 행한다.(단서 생략) 제70조의3【가산세】③ 법 제22조 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 제60조 제1항 제2호의 규정에 의하여 제출하는 경우를 말한다.

⑥ 법 제22조 제5항 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제60조 제1항 제1호 및 제1호의2 내지 제1호의4의 경우를 말한다.

(3) 국세기본법(2008.12.26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 제45조의3【기한후 신고】① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다.(단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산임대업을 영위한 청구인들이 2008.7.15. 임대하던 “○○○”을 양도하고, 같은 해 7.16. 폐업한 후 25일 이내인 같은 해 8.10.까지 2008년 제2기 부가가치세 확정신고를 하지 아니하였으며, 같은 해 8.13. 기한후신고시에도 매입처별세금계산서합계표 및 세금계산서를 제출하지 아니하였다가 같은 해 9.26. 기한후신고서에 대한 경정청구시 동 합계표 및 세금계산서를 제출한 사실이 있으며, 이에 대하여 처분청은국세기본법상 경정청구는 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 경우에 한하는 것으로서 청구인들이 한 기한후신고에 대한 경정청구가 적법한 경정청구대상이 아님에도 불구하고 직권으로 환급경정하면서, 공급가액의 100분의 1에 상당하는 이 건 매입세금계산서 경정기관 확인공제 가산세를 공제한 사실에 대하여는 청구인들과 처분청이 이를 다투지 아니한다.

(2) 처분청의 이 건 부가가치세 경정결의서상의 경정내역은 아래 표와 같으며, 이 건 가산세는 공급가액의 100분의 1에 해당하는 17백만원이다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 폐업자인 청구인들이 부가가치세 확정신고시 매입처별세금계산서합계표 및 세금계산서 등을 제출하지 아니하는 경우에는 매입세액이 공제되지 아니하고, 매입세액으로 공제되지 아니하면 동 합계표 미제출가산세(공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액) 등도 부과되지 아니하는 것이나, 이 건은 청구인들이 기한후 신고시까지 동 합계표를 제출하지 아니하였다가 기한후 신고서에 대하여 한 경정청구시 동 합계표와 세금계산서를 제출한 것에 대하여 처분청이 매입세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표에 의하여 직권으로 매입세액을 공제하여 준 경우로서, 부가가치세법제22조 제5항 제2호, 같은 법 시행령 제60조 제1항 제1호 내지 제1호의4 및 제70조의3 제3항에 의하면, 납세의무자가 확정신고시 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있는 바, 처분청이 2008.12.5. 청구인들에게 이 건 부가가치세(가산세) 17백만원을 환급세액에서 공제하고 한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.