거래처가 자료상으로 고발되었다 하더라도 모두 가공거래로 볼 수 없음

○○세무서장이 2008.12.8. 청구인에게 한 2002년 제1기 부가가치세 5,528,390원 및 2002사업연도 법인세 6,139,320원, 청구인의 대표이사에게 상여 처분한 2002년 귀속 24,715,460원의 소득금액변동통지는 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○호에서 주식회사 ○○시스템이라는 법인명으로 서비스 소프트웨어개발·공급 업을 영위하는 법인으로서 2002.4.1. ○○ 주식회사 ○○(이하 “쟁점매입처”라 한다) 으로부터 공급가액 22,468,600원의 매입세금계산서(1매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2002년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제하고, 2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고 시 손금산입 하였다.
• 나. ○○세무서장(이하 “당초 조사관서”라 한다)은 쟁점매입처에 대한 자료상 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점매입처로부터 실지 거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 동 공급가액을 손금불산입하여 2008.12.8. 청구인에게 2002년 제1기 부가가치세 5,528,390원 및 2002사업연도 법인세 6,139,320원을 경정고지 하는 한편, 청구인의 대표자 임○○에게 쟁점세금계산서의 공급대가 24,715,460원을 상여처분 하여 2002년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.12. 이의신청을 거쳐 2009.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2003.11.5. 쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서(공급가액 49,301천원)의 거래는 가공거래이나, 쟁점세금계산서의 거래대금은 청구인의 ○○은행 계좌에서 2002.4.30. 11,000,000원, 2002.5.9. 7,715,460원, 최○○(청구인대표자의 처)의 ○○은행 계좌○○에서 2002.4.30. 6,001,600원, 합계 24,717,060원을 쟁점매입처의 계좌에 이체한 사실이 있고, 가공거래가 아닌데도 이 건 과세처분을 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점세금계산서의 거래를 정상거래라고 주장하나, 쟁점매입처는 2007년 12월 자료상으로 관할경찰서장에게 고발된 업체로서 청구인 계좌에서 쟁점매입처의 계좌로 쟁점세금계산서의 거래대금을 계좌이체 한 사실은 확인되나, 이체 후 쟁점매입처의 계좌에서 쟁점매입처 대표자 이○○의 개인계좌로 이체한 다음, 다시 청구인의 대표자 임○○의 개인계좌로 이체된 사실이 있으므로 쟁점세금계산서의 거래는 가공거래이다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서의 거래가 가공거래인지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(이하생략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 2002년 제1기 부가가치세 경정결의서 및 2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서 등에 의하면, 청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 2002년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제하고, 2002사업연도 법인세 신고 시 손금산입한데 대하여, 처분청은 이를 가공거래로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 동 공급가액을 손금불산입하는 등 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 당초 조사관서의 쟁점매입처에 대한 자료상 조사종결복명서를 보면, 청구인과 쟁점매입처간에 2002년 제1기 쟁점세금계산서의 거래금액 22,468천원 및 2003년 제2기 거래금액 49,301천원은 청구인의 ○○은행 계좌○○에서 쟁점매입처 대표자 이○○의 개인계좌로 이체한 다음, 청구인의 대표자 임○○의 계좌로 이체된 것으로 보아 실물거래 없는 가공거래로 확정하고, 2002년 제2기 거래금액 1,050천원은 가공혐의 자료로 통보하며, 쟁점매입처는 자료상혐의자로 2007년 12월 관할경찰서장에게 고발된 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구인의 2002년 ○○은행 계좌 거래내역을 보면, 청구인의 ○○은행 계좌○○에서 쟁점매입처의 계좌○○로 2002.4.30. 11,000,000원, 2002.5.9. 7,715,460원이 계좌이체 되었고, 최○○의 2002년 ○○은행 계좌○○ 거래내역서를 보면, 최○○의 ○○은행 계좌에서 2002.4.30. 쟁점매입처의 계좌○○로 6,001,800원이 계좌이체 되었으며, 청구인이 심리자료로 제출한 외상매입금 계정 원장(거래처 원장) 사본을 보면, 최○○의 ○○은행 계좌에서 쟁점매입처의 계좌로 이체된 금액 6,001,800원은 청구인의 현금지출로 회계처리 되었다.

(4) 청구인의 2003년 ○○은행 계좌 거래내역을 보면, 청구인의 ○○은행 계좌○○에서 쟁점매입처의 계좌○○로 2003.12.30. 54,231,100원이 계좌이체 되었다가 같은 날 52,000,000원이 청구인의 ○○은행 계좌로 회수되었는바, 청구인은 2003년 제2기 거래분(공급가액 49,301천원, 공급대가 54,231천원)은 가공거래라고 스스로 시인하고 있다.

(5) 쟁점매입처 대표자 이○○의 2008.10.10. 확인서(인감증명서 첨부)를 보면, 쟁점세금계산서의 거래대금에 상당하는 물품(DL370서버, SQL-Server, Crystal Report 등)을 청구인에게 납품한 사실이 있고 수회에 걸쳐 수금한 사실을 확인하고 있고, 청구인은 납품받은 위 물품을 주식회사 ○○에 매출하였다고 하면서 2002.2.25. 표준계약서, 2002.3.20. 거래명세표 및 매출세금계산서 (각 1매, 공급가액 25,900천원) 사본을 제시하였다.

(6) 처분청은 청구인과 쟁점매입처간에 2002년 제1기에 쟁점세금계산서 거래금액 22,468천원 및 2003년 제2기 거래금액 49,301천원은 청구인의 ○○은행 계좌에서 쟁점매입처 대표자 이○○ 개인계좌로 이체한 다음, 청구인의 대표자 임○○의 개인계좌로 이체되었다고 하였으나, 2002년 제1기 거래금액의 경우, 거래대금은 청구인의 ○○은행 계좌에서 쟁점매입처 대표자 이○○의 개인계좌로 이체된 것이 아니라, 쟁점매입처의 계좌로 18,715,460원(2002.4.30. 11,000,000원, 2002.5.9. 7,715,460원)이 이체되었고, 최○○의 ○○은행 계좌○○에서 2002.4.30. 쟁점매입처 계좌로 6,001,800원이 이체되었으며, 쟁점매입처의 계좌로 이체된 금액이 다시 청구인의 계좌나 청구인의 대표자 임○○의 개인계좌로 이체된 사실은 발견되지 않았으며, 또한, 청구인은 쟁점세금계산서의 물품을 주식회사 ○○에 매출하였다고 하면서 2002.2.25. 표준계약서, 2002.3.20. 거래명세표 및 매출세금계산서 (각 1매, 공급가액 25,900천원) 사본을 제시하고 있는 것으로 비추어 보아, 쟁점세금계산서의 거래가 정상거래라는 청구인의 주장은 이유가 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.