고유목적사업준비금 손금산입액을 손금불산입하여 법인세를 부과처분한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 관할세무서장으로부터 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 교회로서 2007사업연도 법인세 신고시 고정자산처분이익 등에 대하여 고유목적사업준비금 490,797,683원을 손금산입하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 주무관청에 등록되지 아니한 청구인이 법인세법 시행령 제36조 제1항 등 관련규정에 따라 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있는 단체에 해당하지 아니한다고 보아 위 고유목적사업준비금을 손금불산입하여 2008.8.8. 청구인에게 2007사업연도 법인세 138,999,530원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.2. 이의신청을 거쳐 2009.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 기부금 및 고유목적사업준비금에 관하여 법인세법 시행령 제36조 제1항 이 모두 적용되나, 고유목적사업준비금의 경우 그 개별종교단체가 주무관청에 직접 등록되어야 한다고 하는 것은 개별 종교단체가 소속한 교파의 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 뜻하는 것으로 해석하는 (기부금 관련) 소득세법예규와 차이가 있고, 개신교의 경우 종교단체로 허가를 받은 사단법인 및 재단법인은 대부분 각 교단 총회이거나, 총회 또는 노회의 유지재단, 기타초교파 선교단체들이다. 2009.2.4. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 규정이 개정되어 고유목적사업준비금 설정이 가능한 단체에 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 외에 그 소속단체까지 포함되었는바, 확인적 규정인 동 조항을 문화관광부장관의 허가를 받은 한국기독교총연합회에 소속된 청구인에게 소급적용하여 고유목적사업준비금을 손금불산입한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 법인으로 보는 단체로서 청구인이 소속된 단체가 주무관청에 등록되어 있다 하여 주무관청에 등록되지 아니한 청구인을 고유목적사업준비금 손금산입 대상 단체로 인정할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 고유목적사업준비금 손금산입 대상단체에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제29조 (고유목적사업준비금의 손금산입) ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조제1항제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자 소득금액 및 동법 제17조제1항제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익

2. 소득세법 제17조제1항제1호 ‧제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립‧운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2) 법인세법 부칙(법률 제9267호, 2008.12.26.) 제1조(시행일)이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다. (3) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제36조 (지정기부금의 범위 등) ①법 제24조제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이 하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

• 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 제56조 (고유목적사업준비금의 손금산입) ①법 제29조제1항 본문중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체

(4) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제36조 (지정기부금의 범위 등) ①법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한정한다.

• 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) 부칙 제2조(일반적 적용례) 이 영은 법률 제9267호 법인세법 일부개정법률 시행 후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하였으나 주무관청에 등록되지 아니한 단체로서, 관할세무서장으로부터 국세기본법제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 비영리법인으로 사업자등록을 하였다.

(2) 청구인은 문화관광부장관의 허가를 받은 한국기독교총연합회에 소속된 청구인에 대하여 고유목적사업준비금을 손금불산입하여 과세한 처분이 부당하다며 소속증명서, 회원교단증명서 등을 제출하였는바, 소속증명서대한예수교장로회(○○) 총회장 문○○2008.4.22.에 의하면 장○○(재직교회○○교회)가 본 총회 산하 ○○○노회에 속한 ○○교회의 목사임을 증명한다고 되어 있고, 회원교단증명서(사단법인 한국기독교총연합회 대표회장 이○○, 2007.9.17.) 위 교단은 사단법인한국기독교총연합회 회원교단임을 증명한다고 되어 있다.

(3) 고유목적사업준비금 관련 규정인 법인세법제29조 제1항, 법인세법 시행령제56조 제1항 및 제36조 제1항 제1호 마목 등의 규정에 의하면, 법인으로 보는 비영리법인의 경우 2001사업연도 이전까지는 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 대상법인의 범위에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 단체를 포함화고 있어, 주문관청에 등록되지 아니한 종교단체도 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있었으나, 2001.12.31. 법률 제6558호 등에 의한 위 법령의 개정으로 2002.1.1. 이후는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하였다. 이후 2009.2.4. 위 법인세법 시행령제36조 제1항 제1호 마목 규정이 “종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 민법 제32조 에 따라 문화체육관광부 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속단체를 포함한다)”로 개정되었으나, 동 시행령 부칙 제2조 등에 의하면 위 조항은 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되는 것으로 되어 있다.

(4) 살피건대, 기부금에 관한 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 규정이 동 시행령 제56조 제1항 제1호 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 경우에도 적용된다고 하더라도 위 양 제도는 적용 대상자가 다른 등 서로 상이한 별개의 제도이고, 2009.2.4. 비영리법인의 소속단체를 포함하는 것으로 개정된 법인세법 시행령제36조 제1항 제1호 마목의 규정은 동 시행령 부칙 등에 의하면 2009.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되며, 2009.2.4. 개정되기 전의 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 등 규정에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하였다. 따라서, 주무관청에 등록된 사실이 없는 청구인의 경우 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 단체에 해당하는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 고유목적사업준비금을 손금불산입하여 과세한 이건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.