공사대금을 수령하지 못하였다하여 수정세금계산서를 발행하고 매출세액에서 차감하여 부가가치세를 신고한 것이 정당한지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006년 주식회사 ○○○○○○(이하 “청구외법인” 이라 한다)과 공급가액 1,250백만원의 공장신축 공사계약을 체결하여 공사진행 중 청구외법인이 추가공사와 관련하여 공급가액 402,000백만원 상당의 세금계산서 발행을 요청하여 공급가액 합계 1,652백만원의 세금계산서를 발행 ․ 교부하고 2006년 2기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 청구외법인은 청구법인이 추가공사를 원할히 진행하지 않았다하여 청구법인을 상대로 ○○고등법원에 손해배상청구의 소를 제기하였고, 청구법인 또한 추가공사비 반환 소송을 제기한 결과, 청구법인의 공사비 지급주장 및 청구법인이 공사를 중단함으로서 발생한 청구외법인의 손해배상청구 주장에 대하여 서로 이유 없다 하여 받아들이지 아니하고 각자 소를 포기하도록 조정되었으며, 청구법인은 공사대금을 수령하지 않았다고 주장하는 공급가액 418,363,630원 상당의 공사비에 대한 감액 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발행하여 감액세액을 매출세액에서 차감하여 2008년 1기 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 처분청은 쟁점수정세금계산서를 청구법인이 일방적으로 발행된 부적법한 세금계산서라 하여 감액세액을 매출세액에 가산하여 2008.10.8. 청구법인에게 2008년 1기 부가가치세 41,836,630원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인법은 이에 불복하여 2008.11.18. 이 건 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 청구외법인과의 공사도급계약을 체결하여 공급가액 1,250백만원을 초과하여 1,652백만원의 세금계산서를 발행하면서 이에 대한 부가가치세를 납부하였는 바, 쟁점수정세금계산서 발행분에 대한 공사대금을 청구외법인으로부터 수령하지 않았음에도 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○고등법원의 조정내용은 청구법인 및 청구외법인 및 청구외법인의 의무불이행 등으로 인하여 발생한 손해배상금 및 공사대금 지급 의무를 서로 인정하고 쌍방간 권리 ․ 의무를 상계처리한 것에 불과하고 당초 공사대금에 대하여 감액을 결정하는 것으로 볼 수 없으므로 단순히 공사대금을 받지 못하였다는 사유로 인하여 일방적으로 발행한 쟁점수정세금계산서의 감액세액을 매출세액에서 차감하여 신고한 것은 정당하지 않다.

• 가. 쟁점 청구법인이 청구외법인으로부터 공사대금을 수령하지 못하였다하여 쟁점세금계산서의 감액세액을 매출세액에서 차감하여 부가가치세를 신고한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손 ․ 훼손 또는 멸실된 재화의 가액

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금(貸損金) ․ 장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세 ․ 개별소비세 ․ 주세 ․ 교육세 ․ 농어촌특별세 및 교통 ․ 에너지 ․ 환경세의 합계액으로 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지 외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면 청구법인은 2006년 청구외법인과 공급가액 1,250백만원의 공장신축 공사계약을 체결하여 공사진행 중 청구외법인이 추가공사와 관련하여 공급가액 402백만원 상당의 세금계산서 발행을 요청하여 공급가액 1,652백만원의 세금계산서를 발행 ․ 교부하고 2006년 2기 부가가치세를 신고하였고, 청구법인은 추가공사대금을 받지 못하였다 하여 쟁점수정세금계산서를 발행하고 감액세액을 매출세액에서 차감하여 2008년 1기 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점수정세금계산서를 청구법인이 일방적으로 발행한 부적법한 세금계산서라 하여 이 건 경정고지한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 청구외법인과의 공사도급계약을 체결하여 공급가액 1,250백만원을 초과한 1,652백만원의 세금계산서를 발행하면서 이에 대한 부가가치세를 납부하였으나, 초과발행된 402백만원에 대한 공사대금을 받지 못하였고 청구외법인이 부가가치세를 환급받았음에도 처분청이 이건 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인과 청구외법인간에 약정된 건설공사도급계약서(2006년)에 의하면 2006년에 주식회사 ○○○○○○ ○○공장 신축공사를 착공하여 공사계약금액은 부가가치세는 별도로 하여 공금가액 1,250백만원(부가가치세 별도)에 약정한 사실이 나타난다. (나) ○○고등법원 제00민사부 조정조서(2008나31784, 2008나31791, 2008.6.25.)에 의하면, 청구법인의 청구외법인에 대한 추가공사비 지급 주장 및 청구법인이 추가공사를 중단함으로서 발생한 청구외법인의 손해배상청구를 각각 받아들이지 아니하여 각자 소를 포기하는 것으로 조정된 사실이 확인된다. (다) 청구법인의 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 2006년 2기에 청구외법인에 교부한 세금계산서의 공급가액 1,652백만원에서 실지 공사대금으로 수령한 금액을 차감한 공급가액 418,363,640원의 상당의 감액 수정세금계산서를 발행하여 당해 과세기간의 매출세액에서 차감하여 신고한 사실이 확인된다. (라) 종합하건대, 부가가치세법 제16조 의 제1항의 규정에 의하여 사업자가 세금계산서를 교부한 후 법원의 조정결정판결 등으로 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 같은법 시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 조정결정일에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것인 바,

○○고등법원의 조정내용은 청구법인이 청구외법인에 대한 추가공사비 지급주장 및 청구법인이 추가공사를 중단함으로서 발생한 청구외법인의 손해배상청구 등에 대한 이의를 제기하지 않고 서로 소 청구를 포기하도록 조정한 것으로 나타나고 있어 당초 공사대금을 감액 결정한 것으로 볼 수 없으며, 청구법인이 공급가액 1,652백만원의 세금계산서를 발행하여 청구외법인이 이에 대한 매입세액을 공제받은 것으로 나타나는 사실 등에 비추어 보아 처분청이 쟁점수정세금계산서를 청구법인이 일방적으로 발행한 부적법한 세금계산서라 하여 감액세액을 매출세액에 가산하여 이 건 과세한 처분은 정당하다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.