급여지급 누락, 정치자금 기부금, 종교단체 기부금 및 의료사고 합의보상금과 임시투자세액공제를 부인한 당초의 처분 중 급여지급 누락분과 임시투자세액 공제를 부인한 당초의 처분은 부당하나, 그 외 경비부인은 정당함
급여지급 누락, 정치자금 기부금, 종교단체 기부금 및 의료사고 합의보상금과 임시투자세액공제를 부인한 당초의 처분 중 급여지급 누락분과 임시투자세액 공제를 부인한 당초의 처분은 부당하나, 그 외 경비부인은 정당함
1. 송파세무서장이 2008.6.12 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 297,977,690원 및 2005년 귀속 종합소득세 48,772,000원의 부과처분은 2004년 지급한 부외경비인 인건비 신고누락분 185,400,000원을 필요경비에 산입하고, 서울병원의 의료기기(MRI)에 대한 임시투자세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다. (2) 소득세법 제33조 【필요경비 불산입】
① 거주자가 당해연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다.
13. 각 연도에 지출한 경비 중 대통령령이 정하는 방에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액 (3) 소득세법 제80조 【결정과 경정】
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (4) 소득세법 제160조의3 【기부금영수증 발급내역의 작정ㆍ보관의무 등】
① 제34조 및 제52조 제6항의 규정에 의하여 기부금필요경비산입 또는 기부금소득공제를 받기 위하여 필요한 기부금영수증(이하 이조에서 “기부금영수증”이라 한다)을 발급하는 자가 연간 100만원을 초과하는 금액을 기부하는 자에게 기부금 영수증을 발급하는 경우에는 대통령령이 정하는 기부자별 발급내역을 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다.
② 기부금영수증을 발급하는 자는 제1항의 규정에 따란 보관하고있는 기부자별 발급내역을 국세청장ㆍ지방국세청장 또는 관할세무서장이 요청하는 경우 이를 제출하여야 한다. (5) 소득세법 시행령 제80조 【지정기부금의 범위】
① 법 제34조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각호의 어느 하나에 해당 하는 것을 말한다.
1. 법인세법 시행령 제36조 제1항 각호의 것 (6) 법인세법 제36조 【지정기부금의 범위】
① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호의1에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업지로 지출하는 기부금
① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월1일부터 2004년 6월30일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. (8) 조세특례제한법 제76조 【정치자금의 손금산입특례 등】
① 거주자가 정치자금에 관한 법률에 의하여 정당(동법에 의한 후원회 및 선거관리위원회를 포함한다)에 기부한 정치자금은 이를 지출한 당해 과세연도의 소득금액에서 10만원까지는 세액공제하고, 10만원을 초과한 금액에 대하여는 소득공제하거나 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금ㅇ맥의 범위안에서 이를 손금에 산입한다. (9) 조세특례제한법 시행령 제23조 【임시투자세액공제】
① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다), 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인의 2004년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다. (10) 조세특례제한법 시행령 부칙【임시투자세액공제】 제1조【시행일】이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 제8조【임시투자세액공제의 범위에 관한 적용례】 제23조 제1항의 개정규정은 이 영 시행후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2004년1월1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월1일 이후 투자가 개시된 것중 2004년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여는 제23조 제1항의 개정규정을 적용한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다 (가) 청구인은 2004년에 청구인이 운영하는 서울병원의 의사인 AAA외 4인에 대한 인건비 185,400천원, 정치자금 기부금 9,000천원, 종교단체기부금 6,000천원, 의료사고 합의 보상금 20,000천원을 부외경비로 지출하였으나 2004년 귀속 종합소득세 신고시 이를 필요경비에 산입하지 못하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (나) 청구인은 서울병원 의사인 AAA외 4인에 대한 인건비로 당초 258,600천원을 지급한 것으로 하여 신고하엿으나, 실제 지급된 인건비는 444,000천원으로 185,400천원의 부외인건비를 추가로 지급하였다고 주장하며, AAA외 4인의 2008.9.10 각각 장성한 확인서와 이들에대한 2004년 귀속 근로소득지급조서 및 원천징수이행상황신고서에 대한 수정신고서를 2008.9.11처분청에 제출하였는바, 청구인이 주장하는 2004년 부외인건비 추가지급 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 2004년 인건비 추가지급내역 (단위: 원) 구분 당초신고 수정신고 차 액 (신고누락분) 비고 AAA 72,000,000 102,000,000 30,000,000 BBB 45,600,000 84,000,000 38,400,000 CCC 48,000,000 96,000,000 48,000,000 DDD 45,000,000 72,000,000 27,000,000 EEE 48,000,000 90,000,000 42,000,000 합계 258,600,000 444,000,000 185,400,000 서울병원 의사인 AAA(690806-1)가 작성한 확인서에는 “2004년 중 입사일 기준 매월 28일 현금으로 일금 팔백오십만원씩 일금 일억이백만원(102,000,000원)을 수령하였음을 확인합니다”라고 기재되어있고, BBB(661127-2)이 작성한 확인서에는 “2004년 중 입사일 매월1일에 현금으로 일금 칠백만원씩 일금 팔천사백만원(84,000,000원)을 수령하였음을 확인합니다”라구 기재되어 있으며, 나머지 의사들의 확인서 또한 동일한 취지의 내용을 기재한 것으로 청구인이 이들에게 지급하였다는 부외인건비 185,400천원을 포함한 금액을 매월 급여로 지급받았음을 확인하고 있음이 나타나 있다. 청구인이 제출한 원천징수 이행상황신고서, 근로소득지급조서 등에 의하면, 청구인은 청구인이 운영하는 서울병원에 근무하는 의사들의 2004년 귀속 인건비 185,400,000원에 과소신고하였다 하여 2008.9.11각 의사들의 원천징수분에 대하여 근로소득 수정신고를 한 것으로 나타난다. 살피건대, AAA외 4인은 2004년 당시 전문의 자격증을 보유한 의사들로서, AAA는 2002년부터 서울병원 정형외과 과장으로 재직하였고, BBB 또한 2002년부터 서울병원 방사선과 과장으로 재직하였던 점 등을 감안할 때, AAA외 4인에 대한 2004년 귀속 근로소득 신고금액 258,600천원(의사 1인당 연평균 금액이 5,000만원을 약간 상회하여 월급여 430만원 정도임)보다는 청구인이 수정신고한 금액 444,000천원(의사 1인당 연평균 약8,880만원으로 월급여 740만원 수준임)이 당시의 서울지역 의사들의 평균급여 및 아래<표2>와 같이 서울병원의 2006년부터 2008년까지의 의사별 급여지급 내역 등을 감안할 때 신빙성이 있어 보이고, 서울병원 근무 의사들 또한 청구인이 주장하는 부외인건비 185,400천원을 추가로 지급받았음을 인정하고 있으며, 이에 따라 청구인이 2004년분 근로소득세에 대한 원천징수세액을 수정신고한 사실이 확인되고 있으므로 청구인이 2004년에 AAA외 4인에 대하여 부외인건비로 지급하였다는 185,400천원은 2004년 귀속종합소득세 신고시 필요경비로 산입함이 타당하다고 판단된다. <표2> 서울병원 의사별 급여 지급내역(2006년~2008년) 연도 성명 입사일 퇴사일 주민등록번호 총급여(원) 비고 2006년 AAA ‘06.10.1. 690806-1 24,000,000 3개월 BBB 661127-2 90,000,000 CCC ‘06.7.31. 591009-1 50,504,370 7개월 DDD ‘06.10.21. 720127-1 83,949,600 10개월 EEE 670413-1 90,000,000 2007년 AAA ‘07.1.31. 690806-1 8,000,000 1개월 BBB 661127-2 95,224,000 EEE ‘08.1.10. 591009-1 94,860,000 2008년 FFF 730123-1 92,514,920 GGG 720517-1 92,933,590 HHH 711110-1 90,425,560 BBB 661127-2 94,862,470 III 680703-2 88,522,390 JJJ 701003-1 100,481,580 KKK 721127-1 94,812,980 청구인은 2004년 4월 민주당 마포갑위원장으로 총선에 출마한 정형호에게 정치자금 기부금으로 9,000천원을 지출하였다고 주장하며 2008년 9월 정형호가 작성한 확인서를 제출하였으나, 선거관리위원회의 확인을 거치지 아니하고 후원회의 명칭도 없이 정형호 개인의 임의 확인만 거친 것이므로 이는 공제대상인 기부금으로 보기 어렵다고 판단된다. 또한, 청구인은 2004.12.3. 조계종 성불회 법지사에 기부금으로 지출한 6,000천원을 필요경비로 인정하여 달가고 주장하며 조계종 성불회법지사 명의의 영수증 사본을 제출하였으나 동 영수증은 2008년 9월 청구인의 부탁으로 영수증을 소급작성한 것으로 처분청에서 확인된 점을 비추어 이를 필요경비로 산입하기 어렵다고 판단된다. 청구인은 2004.1.16 발생한 김영자(430820-2)의 수술건에 대하여 20,000,000원의 의료사고 합의금을 지급하였는바, 청구인과 김영자간2004.5.13 작성된 합의서를 그 증빙서류로 제출하며 동 합의금을 필요경비로 인정하여 달라고 주장하고 있으나, 동 금액은 청구인의 2004년 귀속 종합소득세 신고시 잡비계정에 필요경비로 산입되어 있음을 처분청에서 확인한 것으로 나타나므로 청구인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 지이메디칼시스템코리아주식회사로부터 2003년 6월 의료기기(MRI 기기로서 이하“쟁점의료기기”라 한다)를 공급대가 730백만원에 구입계Dir을 체결하였으나, 리스구입계약(계약일자 2003.12.19)으로 조건을 변경하였고, 2003.12.15 세금계산서를 수취한 후 2004.1.20을 설치완료일로하여 2004년 및 2005년 귀속 종합소득세 신고시 각 4천만원씩 합계 8천만원을 임시투자세액공제를 적용하여 신고하였다. (나) 처분청은 청구인의 임시투자세액공제에 대하여 쟁점의료기기는 2003년4월 일본에서 제조되어 2003.10.7교부된 신제품으로 구입처인 지이메디칼시스템코리아주식회사에 구체적인 계약일자 및 설치일자를 확인한 결과 2003년 6월에 최초 계약을 체결하였고, 리스구입으로 조건을 변경하여 2003.10.31.설치완료(청구인은 2003.11.7 서명)한 사실을 확인하였고, 청구인의 쟁점의료기기 사용기록부를 검토한 바 2004.1.2부터 정상적으로 사용되었음이 나타나므로 쟁점의료기기의 판매처에서 확인한 2003.10.31을 쟁점의료기기의 설치완료일로 보아 청구인이 신고한 임시투자세액공제를 부인한 사실이 심리자료에 나타난다. (다) 청구인은 처분청에서 쟁점의료기기의 설치완료일은 2003.10.31이라고 보아 임시투자세액공제를 부인한 처분에 대하여 쟁점의료기기를 2003.10.31 설치하였으나 당해 기기의 시험가동에서 오작동이 발생하여 계약해지를 요구하였고, 이에 대한 쟁점의료기기의 판매처인 지이메디칼시스템코리아주식화사의 판매대행사(2003.7.16 판매대행계약 체결)인 주식회사이메드가 정상작동을 할 수 있도록 하겠다고 하여 2003.12.19까지 재설치를 하였으며, 이후 1개월의 시험가동을 하여 정상작동이 되면 설치완료된 것으로 보고 그 때부터 시설대여회사에 리스료를 지급하고, 정상가동이 되지 아니하면 계약을 해지하기로 하였는바, 2004.1.2이후 오류발생이 미미하여 2004.1.20 청구인과 주식회사이메드가 설치완료를 결정하고 최초 리스료를 2004.2.15 지급(1회분부터 3회분까지 일괄지급)하였으므로 쟁점의료기기의 설치완료일은 2004.1.20로 보아야 하며, 따라서 쟁점의료기기에 대한 투자분은 임시투자세액공제 대상이라는 주장이다. 또한, 청구인은 쟁점의료기기의 판매대행사인 주식회사이메드가 2009.1.20 작성한 확인서를 제출하였는 바, 그 주요내용을 살펴보면 “당초 2003.10.31 설치를 하였던 것이나 해당 의료기기가 전산장애를 일으켜 정상 가동을 할 수가 없다면 청구인으로부터 계약해지 및 의료기기 철수를 요구하여 우리회사는 기술진을 동원하여 전산장애의 원인이 지하철 운행에 있음을 확인해 내고 새로운 부품들을 공급하여 2003.12.19 설치를 하였습니다. 그러나 청구인측은 1개월간의 시험가동을 거쳐 정상가동여부를 결정하고자하여 시험가동 결과 2003.12.31이전에는 일부 오류가 발생하였으나 2004.1.2부터는 오류발생이 미미하여 2004.1.20 쌍방이 설치완료를 결정하였습니다. 리스료는 설치가 완료된 후에 지급하기로 하여 설치완료일인 2004.1.20후인 2004.2.15받도록 판매대행을 맡은 우리회사에서 책임지고 조정하였습니다.”라는 내용이 기재되어 있다. 임시투자세액공제에 대한 조세특례제한법령의 관련규정을 살펴보면, 2003.12.30 대통령령 제18176호로 조세특례제한법 시행령제23조 제1항의 개정으로 “의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업”이 임시투자세액공제 대상으로 추가되었고, 동 개정규정의 적용시기는 2004.1.1 이후 투자를 개시한 분부터 적용하되, 2004.1.1 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년7월1일 이후 투자가 개시된 것 중 2004.1.1이후의 투자분에 대하여는 제23조 제1항의 개정규정을 적용(부칙 제8조)한다고 규정되어 있어 쟁점의료기기의 설치완료일이 2003.12.31 이전의 경우에는 쟁점의료기기의 투자에 대하여 임시투자세액공제 대상이 되지 아니하는 것이고, “설치완료일”이라 함은 당해의료기기를 그목적에 실제로 사용한 날로 보는 것이 타당할 것이 바, 쟁점의료기기가 2003.10.31 설치된 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 이견이 없으나 처분청은 쟁점의료기기를 청구인에게 설치한 2003.10.31이 설치완료일이라는 의견인 반면, 청구인은 설치도니 쟁점의료기기에 오류가 발생하여 시험가동을 거쳐 실제로 사용이 가능하게 된 2004.1.20이 설치완료일이라는 주장이다. (라) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점 의료기기는 2003년 6월 지이메디칼시스템코리아주식회사와 의료기기매매계약 체결이후 시설대여회사를 통한 리스구입으로 변경되었고, 2003.12.19 시설대여회사인 지이캐피탈코리아주식회사와 시설대여(리스)계약을 체결하였음이 관련 계약서에 나타나는 바, 시설대여 회사는 청구인과의 시설대여(리스) 계약일인 2003.12.19쟁점의료기기의 매매대금을 전액 지이메디칼시스템코리아주식회사로 입금하여 2003.12.19 이전에 쟁점의료기기가 청구인에게 설치되었다고 본 것으로 보여지나, 청구인은 리스계약일 체결된 이후에도 리스료를 납부하지 아니하다가 2004.2.15에 리스료 1회분부터 3회분까지 일괄납부한 사실이 있음에 비추어 쟁점의료기기가 설치된 2003.10.31부터 당해 기기가 그 목적에 실제로 사용되었다고 보기는 어렵다고 판단된다. 또한, 처분청에서 제시한 쟁점의료기기에 대한 청구인의 사용 기록부에는 2004.1.2부터 2004.1.31까지 124회 사용한 사실이 기록되어 있으나 2003년도 사용기록은 나타나지 아니하고, 2003년 6월 청구인과 지이메디칼시스템코리아주식회사간에 체결된 의료기기 매매계약서(제4조)상 장비의 설치완료일자는 을(지이메디칼시스템코리아주식회사)이 설치확인서를 제기하여 갑(청구인)이 확인하거나 또는 환자 10명을 진단하였을때로 한다고 규정되어 있으므로 쟁점의료기기가 설치된 이후 그 목적에 실제 사용하기 위하여는 일정기간 시험가동기간이 필요할 것이라고 보이고, 이 기간동안 쟁점의료기기에 대한 오류가 발생하여 판매대행사가 수리를 하였다는 청구인 및 판매대행사인 주식회사 이메드의 확인서는 신빙성이 있어 보이므로 청구인의 쟁점의료기기에 대한 설치완료가 2003년에 이루어진 것으로 보아 임시투자세액공제를 부인한 처분청의 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.