단순경비율로 신고하였으나 실지조사 결정한 경우 부당과소신고가산세를 적용할 수 없음

1.○○세무서장이 2008.9.16. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 705,817,080 원의 부과처분은 소득세법 시행령제164조 제4항의 산식에 따라 취득가액을 산 정하고, 부당과소 신고가산세(20%)가 아닌 소득세법제81조 제1항 제2호 나목 의 규정에 의한 과소 신고가산세(10%)를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.6.21. ○○○ 대 251㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다) 및 동 지상소재 건물(이하 “기존건물”이라 한다)을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가, 2006년 4월 기존건물을 멸실하고 다세대주택 8채를 신축(이하 “신축주택”이라 한다)하여 분양한 후, 2006년 귀속 종합소득세 신고 시 분양수입금액인 2,290,900,000원에 단순경비율(83.9%)을 적용한 368,834,900원을 주택신축판매업 관련 소득금액으로 하였다.
• 나. ○○국세청장은 청구인에 대한 개인사업자 통합조사를 실시하여 주택신축판매업 관련 소득금액을 장부 기타 증빙에 의하여 산정하여야 하고, 실제 지출 필요경비가 토지매입비용 11,306,290원 등 413,031,295원이라는 내용의 통보를 처분청에게 하였던바, 이에 따라 처분청은 2008.9.16. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 705,817,080원(부당 과소 신고가산세 103,501,329원 포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 소득금액 산정방식에 대한 주장 소득세법 시행령제55조 제1항 제2호 전단에 의하면 주택신축판매업의 경우 “양도 당시의 장부가액”을 필요경비로 보아야 한다고 규정하고 있고, 쟁점토지의 경우는 당초부터 사업(부동산임대업)용으로 사용되다가 주택신축판매업 용도로 사용되었으므로 같은 호 후단이 적용되지 아니한다 할 것이며, 이러한 경우에는 양도당시 장부가액이 불분명하다고 보아 소득금액을 추계로 산정해야 함에도, 같은 호 후단을 적용하여 취득당시 토지등급가액으로 취득가액을 산정하여 필요경비를 산정함은 위법하고, 이와 같이 판단하는 경우 주택신축판매업에서 가장 중요한 토지취득가액이 매출액의 0.49%에 불과하여 실질과세 원칙에도 위배된다.

(2) 부당 과소 신고가산세에 대한 주장 소득세법 시행령제146조 제3항 각호는 부당 과소 신고가산세가 적용되는 경우에 대하여 부당행위계산부인, 총수입금액 고의누락, 가공 필요경비 계상으로 한정하여 규정하고 있고, 청구인의 이 건 추계신고는 소득금액을 고의로 과소 신고한 것도 아닐 뿐만 아니라 위 각호의 어느 경우에도 해당하지 아니함에도 부당 과소 신고가산세를 적용하여 중과세율(20%)의 가산세를 부과함은 위법하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 소득금액 산정방식에 대한 답변 거주자의 과세표준과 세액은 소득세법제80조 제3항에 따라 장부 기타 증빙서류를 근거로 실지조사에 의함이 원칙이고, 주택신축판매업자의 과세표준과 세액을 경정함에 있어 건축비와 기타 비용 등이 장부 및 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에는 토지의 취득가액을 같은 법 시행령 제89조 제1항 제3호에 의하여 계산하였다는 사유만으로 추계조사 경정할 수 없으며, 주택신축판매업자가 개별공시지가가 고시되기 전에 토지를 취득한 경우 당해 토지의 취득가액은 구상속세법 시행령(1990.5.1. 대통령령 제12993호로 개정되기 전의 것) 제5조에 따른 취득 당시의 시가에 취득세·등록세 상당액을 가산한 금액으로 함이 타당하므로(○○○, 2008.7.28.), 쟁점토지의 취득당시 시가를 이 건 주택신축판매업의 필요경비로 산정하여야 한다.

(2) 부당 과소 신고가산세에 대한 답변 실지 조사하여 결정한 소득금액이 당초 신고한 추계소득금액의 400%에 이르는 점, 분양수입금액·토지원가·기타 필요경비에 의하여 소득금액을 산정할 수 있음에도 고의적으로 소득금액을 과소 신고한 점 등을 종합하였을 때 부당 과소 신고가산세(20%)를 적용하여야 한다.

• 가. 쟁 점

① 청구인의 쟁점 토지 취득당시(1985.6.21.) 개별공시지가를 이 건 주택신축사업 관련 필요경비로 볼 수 있는지 여부

② 부당 과소 신고가산세 대상이 되는지 여부 쟁점① ․ ②세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속 연도 등】① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제81조【가산세】① 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니한다.

2. 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 소득금액(당해 과세기간에 공제할 수 없는 이월결손금을 당해 과세기간의 소득금액에서 공제한 금액 등 대통령령이 정하는 소득금액을 제외한다)을 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

• 가. 그 미달하게 신고한 금액이 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소 계상함에 따라 총수입금액에 산입되는 금액 등 대통령령이 정하는 부당 과소신고 금액에 해당하는 경우에는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 종합소득금액ㆍ퇴직소득금액 또는 산림소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(미달하게 신고한 소득금액에 대하여 소득세가 원천징수된 경우에는 당해 원천징수세액을 공제한 금액)의 100분의 20에 상당하는 금액
• 나. 가목외의 경우에는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 종합소득금액ㆍ퇴직소득금액 또는 산림소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(미달하게 신고한 소득금액에 대하여 소득세가 원천 징수된 경우에는 당해 원천징수세액을 공제한 금액)의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 소득세법 시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

2. 부동산의 양도당시의 장부가액(주택신축판매업과 부동산매매업의 경우에 한한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조의 규정을 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다. 제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제146조【신고불성실가산세】③ 법 제81조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당 과소 신고금액”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제41조의 규정에 의한 부당행위계산에 의하여 부인된 금액

2. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소 계상한 금액과 그 밖에 총수입금액을 고의로 누락한 금액

3. 실물 거래없이 필요경비를 가공으로 계상한 금액 (3) 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】④ 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다. 1990년 1월 1일을 기준으로 취득 당시의 시가표준액 한 개별공시지가 × --------------------- 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전 에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액 (4) 소득세법 시행규칙 제48조 【시가의 계산】영 제89조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 시가”라 함은 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (5) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수 관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수 관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다. (6) 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법제27조, 제39조 제2항, 같은 법 시행령 제55조 제1항 제2호, 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제48조, 법인세법 시행령제89조, 상속세 및 증여세법제61조 제1항에 의하면 주택신축판매업의 필요경비를 산정함에 있어 “거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액”으로 하고, 당해 자산의 매입가액을 산정함에 있어 “부동산의 양도당시의 장부가액”을 당해 사업의 각 연도별 총수입금액에 대응하는 필요경비로 보며, 이 경우 “부동산의 양도당시의 장부가액”이라 함은 토지의 경우상속세 및 증여세법제61조 제1항 소정의 “부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가”를 의미한다 할 것이다 (나) 청구인이 제출한 심판청구서, 처분청이 제출한 답변서 등 관련 심리자료에 의하면 청구인은 1985.6.21. 쟁점 토지 및 기존건물을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2006년 4월경에 신축주택을 분양 양도한 사실이 확인되는바, 쟁점토지의 취득가액은 취득당시(1985.6.21.) 개별공시지가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 산정하여야 하므로, 소득금액을 추계로 산정해야 한다는 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 보인다. (다) 다만, 취득당시의 개별공시지가에 대하여 직권으로 살펴본다. 1) 소득세법 시행령제164조 제4항은 1990.5.1.이전에 취득한 토지의 취득당시 기준시가는 1990.1.1.자 개별공시지가를 기준으로 환산한 가액(1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 시가표준액 / 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액)으로 한다고 규정하고 있다.

2. 한편, 처분청이 제출한 결의서 등 심리자료에 의하면 처분청은 위와 같은 규정에도 불구하고 청구인이 1990.5.1.이전인 1985.6.21. 취득한 쟁점토지의 취득당시 토지등급가액 10,767,900원{42,900원(188등급) × 251㎡}으로 쟁점토지의 개별공시지가를 산정하였음이 나타나는바, 위에서 살펴본바와 같이 쟁점토지의 취득당시 개별공시지가는 소득세법 시행령제164조 제4항 소정의 환산가액에 의하여 산정함이 타당하다고 보인다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법 제81조 제1항 제2호 가목은 “신고하여야 할 소득금액에 미달하게 소득금액을 신고한 경우 미달하게 신고한 금액이 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소 계상함에 따라 총수입금액에 산입되는 금액 등 대통령령이 정하는 부당 과소 신고금액에 해당하는 경우에는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 종합소득금액ㆍ퇴직소득금액 또는 산림소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액”을 결정세액에 가산하고, 소득세법 시행령제146조 제3항에 의하면 “부당 과소 신고금액이라 함은 소득세법제41조의 규정에 의한 부당행위계산에 의하여 부인된 금액(1호), 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상한 금액과 그 밖에 총수입금액을 고의로 누락한 금액(2호), 실물 거래없이 필요경비를 가공으로 계상한 금액(3호)”을 의미한다 할 것이다. (나) 청구인이 제출한 심판청구서, 처분청이 제출한 답변서, 결의서, 개인사업자 조사종결보고서 등 관련 심리자료에 의하면 청구인은 2006.9.15. 주택신축판매업으로 사업자등록을 하였고, 2007.5.31. 주택신축판매업 관련 수입금액을 2,290,900,000원으로 산정하였으나, 소득금액을 단순경비율(83.9%)로 추계하여 368,834,900원으로 하여 2006년 귀속 종합소득세를 신고한 사실, 처분청은 2008.4.29.~5.27. 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 장부 기타 증빙에 의하여 필요경비를 계산하여 소득금액을 1,877,868,705원으로 산정 하였을뿐 주택신축판매업 관련 수입금액을 부인하지는 아니한 사실이 확인되는바, 청구인의 이 건 미달신고 소득금액이 소득세법 시행령제146조 제3항 각호 소정의 부당 과소 신고금액에 해당한다고 보이지는 아니하므로, 소득세법 제81조 제1항 제2호 나목의 일반 과소 신고가산세(10%)가 아닌 같은 호 가목의 부당 과소 신고가산세(20%)를 적용함은 위법하다 할 것이다.

(3) 따라서, 이 건 과세처분은 쟁점토지의 취득가액을 취득당시(1985.6.21.) 개별공시지가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 산정한 부분은 적법하나, 쟁점토지의 개별공시지가를 소득세법 시행령제164조 제4항 소정의 환산가액이 아닌 취득당시 토지등급가액 등을 기준으로 산정하고, 소득세법 제81조 제1항 제2호 나목의 일반 과소 신고가산세(10%)가 아닌 같은 호 가목의 부당 과소 신고가산세(20%)를 적용한 부분은 위법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.