1세대1주택의 부수토지로 보아 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용 할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.8.24. 송○○○으로부터 ○○○ 1가 195 대지 5.43㎡, 동소 195-1 대지 249.17㎡ 및 위 지상의 건물 91.64㎡를 취득하였다가, 이○○○에게 위 195-1 대지 249.17㎡ 중 29.12㎡를 양도(1992.7.14.)한 나머지 220.05㎡와 위 195 대지 5.43㎡, 대지 합계 225.48㎡ 및 위 지상의 건물 91.64㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고 위 대지 225.48㎡와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 보유하다가 쟁점건물이 철거된 나대지 상태(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.10.2. ○○○사옥주식회사(이하 “○○○사옥”이라 한다)에게 양도한 후, 2008.10.7. 장기보유특별공제율을 30%로 적용하여 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다. 이 후, 청구인은 쟁점부동산을 취득할 당시에 주택 및 부수토지로서 도시재개발 사업시행인가 후인 1991.1.5. 주식회사 ○○○건설(이하 “○○○건설”이라 한다)에서 쟁점건물을 철거하였으나, 시행사의 부도로 공사가 중단되었다가 ○○○사옥으로 사업시행인가가 변경된 후에 쟁점토지를 양도하였는 바, 이 경우 쟁점토지는 1세대1주택의 부수토지이므로 쟁점토지에 대하여 소득세법 시행령 제159조의2 에 의한 장기보유특별공제율(이하 “1세대1주택 장기보유특별공제율”이라 한다)을 76%(4% × 19년)로 적용하는 것이 정당한 것으로 보아 2008.10.15. 처분청에 경정 등의 청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산은 1989.6.27. 도시재개발 사업시행인가시부터 주용도가 업무시설이었고, 2006.12.5. 청구인이 상가로 분양신청을 하였으며, 2007.10.19. 관리처분계획인가고시 당시에도 용도가 업무시설 및 근린생활시설이었던 점으로 보아 2008.10.2. 청구인이 쟁점토지를 양도한 것은 상가분양권을 양도한 것이므로 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율을 적용할 수 없는 것으로 보아 2008.11.20. 청구인의 경정 등의 청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 재개발사업의 조합원으로 참여하여 도시재개발사업에 의하여 1991.1.15. 쟁점건물을 철거하였고, 2008.10.2. 쟁점토지 양도당시 다른 주택이 없었다. 설령, 쟁점부동산을 도시재개발사업 시행인가 후에 취득하였다고 하더라도 이를 주택이 아니라고 볼 근거규정이 없으므로 쟁점토지의 양도는 1세대1주택 및 그 부수토지의 양도이므로 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)를 적용하여야 한다.

(2) 설령, 쟁점토지를 “부동산을 취득할 수 있는 권리(입주권)”로 보더라도 소득세법 시행령 제166조 의 규정에 따라, 관리처분계획인가 고시전에는 부동산, 고시후에는 입주권으로 보아 양도차익을 계산하는 것이 정당하므로 쟁점토지는 1세대1주택 장기보유특별공제율 적용대상이다.

• 나. 처분청 의견 쟁점부동산은 1989.6.27. 사업시행인가 이후에 취득하여 1991.1.15. 건물이 철거된 후에는 나대지 상태였고, 사업시행인가일부터 2007.10.19. 관리처분인가일까지 건물의 용도가 업무시설이었다. 청구인은 2006.11.30. 상가로 분양신청을 하였다가 2008.9.24. 상가분양을 철회하였고, 2008.10.10. 사용승인된 건물의 용도가 업무시설인 점 등으로 보아 청구인은 주택을 취득하여 보유하다가 양도한 것으로 보기 어려우므로 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제 적용을 배제하여 경정 등의 청구를 거부한 당초 처분은 정당하다. 또한, 소득세법 시행령 제166조 의 규정에 따라 양도차익을 계산하는 것은 주택을 취득하여 보유하다가 얻은 입주권에 대하여 적용하는 것이고 이 건과 같이 주택이 아닌 것을 취득하여 보유하다가 입주권으로 전환된 쟁점토지는 1세대1주택 장기보유특별공제 적용대상이 아니다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점토지를 1세대1주택의 부수토지로 보아 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용 할 수 있는지 여부

(2) 설령, 쟁점토지를 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보더라도 소득세법 시행령 제166조 에 따라 관리처분계획인가 고시전에는 부동산으로 보아 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2008.3.21. 법률 제8911호로 개정된 것)제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 16 5년 이상 6년 미만 100분의 20 6년 이상 7년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 28 8년 이상 9년 미만 100분의 32 9년 이상 10년 미만 100분의 36 10년 이상 11년 미만 100분의 40 11년 이상 12년 미만 100분의 44 12년 이상 13년 미만 100분의 48 13년 이상 14년 미만 100분의 52 14년 이상 15년 미만 100분의 56 15년 이상 16년 미만 100분의 60 16년 이상 17년 미만 100분의 64 17년 이상 18년 미만 100분의 68 18년 이상 19년 미만 100분의 72 19년 이상 20년 미만 100분의 76 20년 이상 100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 개정)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정된 것)제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비)×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금)÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액］

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산과 관련된 사실관계는 아래와 같다.

○ 1983.9.30. 도시재개발사업구역 지정○○○

○ 1984.4.27. 사업계획결정○○○

○ 1989.6.27. ○○○건설에서 사업시행인가○○○

○ 1989.8.24. 청구인이 쟁점부동산 취득(재개발사업에 동의)

○ 1990.12.14. 사업시행변경인가○○○

○ 1991.1.15. ○○○건설에서 쟁점건물철거

○ 1991.8. ○○○건설 부도로 공사중단

○ 1995.1. 청구인 ○○○아파트 취득

○ 2005.4.19. ○○○사옥이 사업시행권인수

○ 2005.7.28. 사업시행인가변경○○○

○ 2006.6.15. ○○○ 2구역 제3지구 도시환경정비구역 변경지정○○○

○ 2006.10.13. 사업시행인가변경○○○

○ 2006.12.5. ○○○사옥에서 공사착공, 청구인 분양신청

○ 2007.10.19. 관리처분계획인가 고시○○○

○ 2008.7.18. 관리처분계획변경수립총회

○ 2008.9.24. 청구인 ○○○아파트 양도

○ 2008.10.2. 도시환경정비사업 관리처분계획 변경인가고시○○○

○ 2008.10.2. 청구인 쟁점토지 양도

○ 2008.10.7. 쟁점토지 양도소득세 신고

○ 2008.10.15. 쟁점토지 양도 건에 대한 경정청구 접수 (2) 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 신고 및 경정 등의 청구 내역은 아래와 같다.

○○○

(3) 처분청의 과세근거는 아래와 같다. (가) 쟁점토지 매매계약서에는 청구인과 ○○○사옥이 2008.9.3. 쟁점토지의 매매대금을 105억원으로 하고, 잔금은 2008.10.1. 5억원을 지급하는 것으로 하여 매매계약을 체결한 것으로 기재되어 있고, 잔금 5억원은 법원에 공탁되어 2008.10.2. 소유권이전등기가 경료되었다. (나) 쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물대장 등에는 쟁점부동산은 청구인이 1989.8.24. 송○○○으로부터 취득하여 2008.10.2. ○○○사옥에게 양도한 사실과, 쟁점건물은 취득시부터 영업용임이 표시되어 있고, 1991.1.15. 멸실된 것으로 확인되나, 청구인이 쟁점부동산에 거주한 사실은 확인되지 않는다. (다) ○○○구청장이 2007.10.19. ○○○구 고시 제2007-50호로 고시한 내용에는 ○○○ 2구역 제3지구 도시환경정비사업의 건축시설은 업무시설 및 근린생활시설로 기재되어 있다. (라) 도심재개발사업 시행자에게 제출한 분양신청서에는 2006.12.5. 청구인은 쟁점부동산을 권리내역으로 분양신청한 것으로 되어 있으나, 의견서에 ‘청구인의 분양신청의 내용은 ① 지하상가 1,302㎡를 분양신청하되 이는 ○○○ 주식회사(○○○사옥에서 상호변경된 회사)가 분양신청대상을 지하상가로 국한시켜 청구인이 업무시설을 선택할 수 없기 때문이고 ② 청구인은 종전시행사와의 분양계약서 내용처럼 업무시설 23층 1,500㎡를 분양신청하는 바이니, 이를 기초로 관리처분을 해주고 ③ 후술하는 바와 같이 비용을 추가로 부담하고 건물을 추가로 분양받을 의사가 있다’라고 기재되어 있다.

(4) 청구인이 제시한 증빙은 아래와 같다. (가) 쟁점부동산의 전 소유자의 며느리 백○○○, 이웃주민 이○○○, 사업시행사인 ○○○개발주식회사의 대표이사 손○○○의 확인서에는 쟁점건물은 “ㄷ” 자 모양의 목조 기와집으로서 철거시 주거용으로 사용되었다는 내용으로 기재되어 있다. (나) 청구인이 2008.9.24. 서명한 분양신청 철회서에는 청구인은 2006.11.30. 이의를 유보하고 지하 근린생활시설 1,031㎡를 분양받기를 희망한다는 내용으로 분양신청을 한 사실이 있고, ○○○사옥은 2007.10.18. 청구인에게 1층 근린생활시설 723.27㎡를 분양해 주는 것을 내용으로 하는 관리처분계획을 작성한 사실이 있으며, 이에 청구인은 도시 및 주거환경정비법 제47조 (분양신청을 하지 않는 자 등에 관한 조치) 제2호에 따라 종전에 한 분양신청을 철회하므로 동호의 규정에 따라 현금으로 청산받기를 희망한다라고 기재되어 있다. (다) 청구인이 2008.9.25. 서명한 분양권(입주권) 포기각서에는 청구인은 본인 소유의 쟁점토지를 ○○○ 제2구역 제3지구 도시환경정비사업시행자에게 매각하고 이에 따라 도시 및 주거환경정비법 제47조 의 규정에 의거 지하 1층의 분양받을 입주자로 선정된 지위를 포기하고 현금으로 청산받기를 희망한다라고 기재되어 있다.

(5) 위와 같은 사실관계하에서 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구인은 쟁점토지의 양도는 1세대1주택 및 그 부수토지를 양도한 것이어서 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%) 적용대상이라고 주장하나, 쟁점부동산은 도시재개발사업 인가시 업무용으로 인가되었고, 청구인은 도시재개발사업 인가 후에 쟁점부동산을 취득하였으며, 더욱이 쟁점부동산에 거주한 사실도 없으므로 청구인은 쟁점부동산을 거주목적으로 취득한 것으로 보기 어려운 점, 그리고, 쟁점토지는 관리처분인가시에 상가로 관리처분되었고, 청구인은 관리처분인가일 후에 쟁점토지를 양도하여 양도당시 주택을 양도한 것으로 보기 어려운 점 등으로 보아 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율(76%)을 적용하기는 어렵다고 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 청구인의 경정 등의 청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구인은 쟁점토지를 “부동산을 취득할 수 있는 권리(입주권)”로 보더라도 소득세법 시행령 제166조 의 규정에 따라, 관리처분계획인가 고시전에는 부동산, 고시후에는 입주권으로 보아 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제166조 의 규정에 따라 양도차익을 계산하는 것은 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우에 적용되는 것이고, 이 건과 같이 도시재개발사업으로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 것에 대하여는 소득세법 등에 규정되어 있지 않으므로 쟁점토지의 양도에 대하여 같은 법 시행령 제166조의 규정에 의한 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.