주상복합건물에 대하여 용도별(주택,상가,토지) 안분계산한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.6.15. ○○○ 주상복합건물 725.65㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 20억원에 양도하고 2007.8.31. 쟁점부동산의 양도가액을 주택부분 및 상가부분의 건물기준시가와 토지 개별공시지가에 의해 안분 계산하여, 상가부분에 대하여 양도소득세를 신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 주택부분은 건물 기준시가가 아닌 개별주택 공시가액을, 상가부분은 건물 기준시가 및 토지 개별 공시지가를 적용하고, 상가부분의 양도가액을 재계산하여 양도소득세 19,401,830원을 추가로 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 주상복합건물에 대한 양도가액 안분 계산시 주택부분은 국토해양부가 고시한 개별주택 공시가액을, 상가부분은 국세청이 고시한 건물기준시가와 토지의 개별 공시지가를 적용하여 안분계산하였으나, 이는 고시하는 정부기관도 서로 다르고 고시하는 고시시점도 일치하지 아니하는 서로 다른 방식의 고시가액을 기준으로 안분계산하였으므로 합리적인 방법이 아니다. 또한, 안분계산근거가 되는 소득세법 제100조 제2항 의 규정도 안분계산 방법을 같은 법 시행령 제166조 제6항에 위임하였고, 동 시행령에서 또 다시 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서에 규정한 방법으로 안분 계산한다고 규정하고 있는 바, 안분 계산방법이 규정된 최종적인 법률인 부가가치세법 시행령의 규정은 부가가치세가 면세되는 토지와 부가가치세가 과세되는 건물의 가액을 안분 계산하는 방법으로서 주택과 상가를 안분하는 계산방법으로는 적합하지 아니하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정은 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우 기준시가에 의하여 안분계산한다는 것으로서 당초 신고시 청구인도 동 법률의 요지와 같이 기준시가에 의해 안분계산하고 있어 동 법률 적용에 대하여는 처분청과 달리 이견이 없다 할 것이다. 청구인은 동일한 건물에 대하여 다른 방식의 고시가격을 기준으로 안분 계산하였기 때문에 합리적이지 아니하다고 주장하나, 소득세법 제100조 제2항 에 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분 계산한다고 규정하고 있고, 소득세법 제99조 제1항 에서는 토지, 건물, 오피스텔 및 상업용건물, 주택에 대하여 서로 다른 기준에 의하여 기준시가를 산정하도록 규정하고 있는 바, 동일 건물이라 하더라도 동 규정에 따라 토지, 건물과 주택에 대하여는 각각의 기준에 따라 기준시가를 산정하여야 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주상복합건물에 대하여 용도별로 주택부분은 개별주택 공시가액으로, 상가부분은 국세청 건물기준시가 및 토지의 개별공시지가로 양도가액을 안분 계산한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 소득세법 제99조 (기준시가의 산정)

① 제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수 등을 감안하여 대통령령이 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)에 대하여는 건물의 종류·규모·거래상황·위치 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2007.6.15. 쟁점부동산을 20억원에 양도하고, 2007.8.31. 쟁점부동산의 양도가액을 주택부분과 상가부분의 건물기준시가와 토지 개별공시지가에 의해 안분 계산하여, 상가부분에 대한 양도소득세를 신고 납부하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 주택부분은 건물 기준시가가 아닌 개별주택 공시가액을, 상가부분은 건물 기준시가 및 토지 개별 공시지가를 적용하고, 상가부분의 양도가액을 재계산하여 양도소득세 19,401,830원을 추가 고지한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점부동산의 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 지하1층에서 지상3층까지는 다방, 소매점, 사무실 등으로 사용되고 지상4층 및 5층은 주택으로 사용되어, 근린생활시설과 주택으로 함께 사용되는 주상복합건물로 나타나며, 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 양도가액은 20억원으로 나타나고 주택부분과 상가부분의 양도가액이 구분되어 나타나지 아니한다. 쟁점부동산의 주택부분은 2005.1.1.부터 단독주택 공시가격이 국토해양부에서 결정 공시되고 있는 바, 2007.4.30. 3억5,000만원으로 공시되고 있으며, 쟁점부동산 중 토지의 개별공시지가는 2007.5.31. 453만원/㎡으로 나타나고 있고, 쟁점부동산 중 건물의 기준시가는 매년 국세청장의 건물기준시가 고시에 의하여 산정하는 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 동일건물에서 주택부분과 상가부분을 별개의 기준으로 안분계산하여 과세한 것이 고시하는 정부기관도 서로 다르고 고시시점도 서로 다르기 때문에 부적합하며, 안분계산근거가 되는 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 위임받은 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정은 부가가치세가 면세되는 토지와 부가가치세가 과세되는 건물의 가액을 안분 계산하는 방법으로서 주택과 상가를 안분하는 계산방법으로는 적합하지 아니하다고 주장한다. (4) 소득세법 제100조 제2항 은 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제1호는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항에 따라, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 안분 계산하도록 규정하고, 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 양도차익을 계산함에 있어 토지 및 건물뿐 아니라 주택 및 상가도 양도가액의 구분이 불분명할 때에는 소득세법 제100조 제2항 및 관련 위임법령인 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항의 규정을 적용하여 안분 계산할 수 있으며, 쟁점부동산 중 주택부분은 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의하여 개별주택가격이 공시되고 있고, 주택 이외의 건물과 부수토지는 같은호 가목 및 나목 규정에 의하여 기준시가가 공시되고 있으므로, 비록 담당부처와 공시일자가 다르다 하더라도 이를 적용하는 것이 타당하다(조심 2008중2611, 2008.10.29. 같은 뜻)할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도가액에 대하여, 주택부분은 공시된 개별주택가격을, 상가부분은 일반건축물 기준시가와 개별공시지가(주택외부분 부속토지)를 기준으로 안분 계산하여 과세한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.