토지와 건물가액 불분명으로 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 189 토지를 2000.3.23. 증여로 취득하여 2000.6.9. 동 지상에 건물(토지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 합성수지 제조업체인 ○○○○을 운영하다가 2007.10.8. 쟁점부동산을 양도한 후 2007.11.20. 양도가액을 토지가액 400,000천원, 건물가액 750,000천원, 합계 1,150,000천원으로 하고, 토지의 취득가액은 상속세 및 증여세법상 시가로, 건물의 취득가액은 불분명하다고 보아 환산취득가액을 적용하여 토지의 양도소득을 269,983천원, 건물의 양도소득을 △75,881천원으로 산출한 후 양도소득세 51,549천원을 신고 ․ 납부하였다.
• 나. ○○지방국세청장이 쟁점부동산의 양도가액 구분이 불분명하다는 감사지적을 함에 따라 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 양도당시 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 2009.9.14. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 65,093,280원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산 양도당시 부동산중개인, 매수인과 함께 공장신축가액이 대략 평당 약 160만원 정도가 소요됨을 감안하여 평당 160만원에 거래하기로 하고 나머지 가액을 토지의 가액으로 하여 매매계약서를 작성하였고, 쟁점부동산의 양도가액은 등기부등본에 표시되어 있으며, 토지에 대하여는 4억원의 매출계산서, 건물에 대하여는 7억5천만원의 매출세금계산서를 발행 ․ 교부하여 부가가치세를 신고 ․ 납부하였음에도 쟁점부동산의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지의 양도가액 400,000천원은 기준시가 대비 113%인 반면 건물의 양도가액 750,000천원은 기준시가 대비 194%로서 현저하게 합리성이 결여되었고, 쟁점부동산의 양수자인 ○○○이 2007.10.8. 대출과정에서 평가한 한국감정원의 감정평가서(토지 469,100천원, 건물 485,365천원)을 보더라도 청구인이 주장하는 구분가액은 객관적인 가치를 반영하였다고 볼 수 없으며, 또한 2007.10.8. 청구인 ○○시장에게 제출한 검인계약서에는 쟁점부동산의 총 매매대금이 1,150,000천원이라고 기재되어 있을 뿐 토지와 건물의 가액을 구분하여 기재한 사실이 없고, 청구인은 양도소득세 신고시 제출한 계약서에는 “건물 750,000천원, 대지 400,000천원”의 문구를 추가하여 기재하는 등 그 내용이 형식적으로 토지와 건물의 가액을 구분하여 제출한 것으로 판단되므로 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 쟁점 부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도가액 중 토지와 건물가액이 불분명하다고 보아 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실질거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액 ․ 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실질거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ․ 감정가액 ․ 환산가액 등을 포함한다)에 의하여, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실질 거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조 의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실질거래가액에 의한다. 다만, 실질거래가액중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 이는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 양도당시 부동산 중개인, 매수인과 함께 공장신축가액이 대략 평당 약 160만원 정도가 소요된다고 보아 평당 160만원에 거래하기로 하고 매매계약서를 작성하였고, 쟁점부동산의 양도가액은 등기부등본에 표시되어 있으며, 토지에 대하여는 4억원의 매출계산서, 건물에 대하여는 7억5천만원의 매출세금계산서를 발행 ․ 교부하여 부가가치세를 신고 ․ 납부하였음에도 쟁점부동산의 양도가액구분이 불분명하다고 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 토지와 건물가액을 각 400,000천원 및 750,000원으로 구분하여 양도소득세를 신고 ․ 납부한 사실에 대하여 토지와 건물가액이 불분명하다고 보아 아래 <표>와 같이 과세한 사실이 확인된다. (단위: 천원) 구분 청구인 신고 기준시가 경정 내용 토지 건물 토지 건물 토지 건물 양도가액 400,000 750,000 353,067 385,630 549,652 600,347 취득가액 73,973 816,864 73,973 412,760 73,973 642,583 필요경비 8,398 9,017 8,398 12,383 양도차익 317,627 △75,881 467,280 △54,619 양도소득 194,102 342,568 세율 36% 36% 산출세액 67,476 110,724 (나) 쟁점부동산의 양수자인 ○○○이 ○○○○은행 ○○지점으로부터 대출받기 위하여 감정평가의뢰하여 한국감정원이 2007.9.19. 작성한 쟁점부동산의 감정가액 산정내역은 아래 <표>와 같다. (단위: 천원) 종 별 면적 또는 수량 단 가 금 액 비 고 토지 2,469㎡ 190 469,110 건물 1,964.13㎡ 485,365 기계기구 2 15,798 합계 970,273 (다) 2007.10.8. 청구인이 ○○○도 ○○시장에게 제출한 부동산거래계약신고필증에는 쟁점부동산의 총 매매대금이 1,150,000천원이라고 기재되어 있을 뿐 토지와 건물의 가액을 구분하여 기재하지 않은 사실이 부동산매매계약서에 의하여 확인된다. (라) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서를 보면 매매금액 1,150백만원이고 특약사항에 매매대금은 토지분 4억원(㎡당 162천원)이며, 건물분 7억5천만원(㎡당 381천원)이고 건물분 부가가치세 75백만원을 잔금시 매수인이 매도인에게 지불키로 한다고 기재되어 있다. (마) 청구인이 쟁점부동산을 양도하면서 토지에 대하여는 4억원의 매출계산서를, 건물에 대하여는 7억5천만원의 매출세금계산서를 발행 ․ 교부하여 부가가치세를 신고 ․ 납부하였고, 쟁점부동산의 매수자인 ○○○은 건물가액을 750백만원으로 하여 그 매입세액을 부가가치세 신고시 공제받은 후 대차대조표에 계상하여 감가상각을 하고 있는 사실이 건물등감가상각자산취득명세서, 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 소득세법 시행령 제166조 제6항 에서 준용하고 있는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 취지를 보면, 일반적으로 매매계약서상의 매매가액이 실질거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지 ․ 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하도록 하는 것이라 할 것인 바(국심 207광885, 2007.7.13. 외 다수 같은 뜻임), 청구인은 쟁점부동산을 양도하면서 감정평가기관에 감정평가를 의뢰하여 토지가액과 건물가액을 구분하지 않았을 뿐만 아니라 2007.10.8. 청구인이 관할구청장에게 제출한 부동산거래계약신고필증에 토지 ․ 건물가액이 구분기재되어 있지 않고 총액만 기재되어 있는 점, 쟁점부동산의 매매계약서상 총 매매대금에서 토지 및 건물이 차지하는 비율이 각각 35%, 65%인데 비해 매매당시 기준시가에 의한 비율은 각각 48%, 52%이고, 한국감정원이 2007.9.19. 토지 및 건물이 차지하는 비율을 각각 49.1%, 50.9%로 평가한 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서상 구분표시된 가액은 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에 해당한다고 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도가액중 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 양도당시 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2010년 2월 5일