실제취득가액 및 8년 자경 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1986.10.22. ○○광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 537 답 2,050㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득한 후 2008.3.19. 당해 농지가 ○○도시공사에 수용됨에 따라 2008.5.9. 취득가액을 환산가액으로 하고 양도가액은 보상금 수령액으로 하여 산출세액을 계산한 뒤, 쟁점농지가조세특례제한법제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제1항에서 규정하는 8년 이상 자경농지에 해당된다고 보아 감면세액(1억원)을 차감하여 양도소득과세표준 예정신고를 하고, 2008년 귀속 양도소득세 45,196,600원을 신고⋅납부한 후 2009.6.1. 양도소득과세표준 확정신고를 하면서 취득가액을 실제 매매계약서상 취득가액으로 하고 감면세액의 한도를 2억원으로 보아 이미 납부한 세액의 환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점농지에 대하여 현장확인조사를 실시한 뒤 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니하여 당해 농지가조세특례제한법제69조에서 규정한 8년 이상 자경한 농지가 아니라고 보아 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고, 환산한 가액을 취득가액으로 적용하여 2009.8.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 90,674,970원을 경정⋅고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 부산도시공사에 쟁점농지가 수용된 후 양도가액인 보상금으로 655,897,500원을 수령하고 취득가액은 환산한 가액으로 산정하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액(1억원)을 차감한 세액으로 양도소득과세표준 예정신고 및 납부를 하였다가, 보상금 조정에 의하여 추가로 15,580,000원을 지급받고, 소득세법의 개정으로 인하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액의 한도가 2억원으로 상향되어 양도소득과세표준 확정신고를 하면서 양도가액을 보상금 수령액으로 하고 취득가액을 실제 취득가액으로 하여 계산한 세액에서 감면세액 2억원을 차감하여 이미 납부한 세액에 대한 환급신고를 하였다. 처분청이 양도소득세 신고내용을 조사하면서 농지원부와 영농관계 서류만으로는 자경한 것으로 인정하기에 부족하다고 보아 추가로 자경사실을 확인할 수 있는 증빙자료의 제출을 요구하였고, 청구인은 쟁점농지는 채소농지이므로 농사를 전업으로 하지 아니하는 도시거주자도 충분히 경작할 수 있으며, 청구인의 주소지에서 쟁점농지소재지까지의 거리가 10킬로미터 정도에 불과하므로 부동산임대업을 영위하는 청구인이 자경하였다는 취지로 소명을 하였으나, 청구인이 쟁점농지를 취득한 이후부터 최○○이 실제 경작하고 있어 당해 농지는 8년이상 자경농지에 해당되지 아니한다고 보아 처분청이 양도소득세를 부과한 처분은 다음과 같은 점에서 부당하다.

(1) 청구인은 양도소득세 예정신고를 하면서 취득가액을 환산하여 산정하였으나 확정신고를 할 때에는 실제 매매계약서를 제출하여 실지취득가액인 26,040,000원으로 신고하였음에도, 처분청이 매매계약서의 진위여부에 대하여 사실확인조사를 하지 아니한 채 환산한 취득가액인 9,877,898원을 취득가액으로 하였다.

(2) 청구인이 쟁점농지를 취득하기 전부터 경작하고 있던 최○○에게 청구인이 쟁점농지를 경작할 목적으로 취득하였으므로 농사를 하는데 도움을 받고 경작물의 일부를 주기로 하였고, 최○○이 이를 승낙한 후 함께 경작을 하였으나, 1990년 최○○이 청구인의 승낙 없이 쟁점농지의 일부를 수산물(미역 등) 건조장으로 사용하기에 경작을 하지 못하도록 하였다가 2005년부터 다시 최○○과 함께 경작을 하였지만 쟁점농지가 동부산개발계획부지에 포함되어 수용대상이 됨에 따라 최○○ 단독으로 경작하도록 하였고, 쟁점농지의 수용 후 영농보상비를 지급받아 도의적인 책임상 최○○에게 이를 지급하였던 것에 불과하며, 처분청은 청구인이 농작물의 경작에 상시 종사하였는지 여부, 농작업의 2분의 1 이상을 청구인의 노동력으로 하였는지 여부, 최○○이 소작한 것이라면 농지임대차계약서가 존재하는지 여부나 소작료를 지급하였는지 여부, 소작인이 영농한 내용, 수확물을 처분한 내역 등을 조사하여 최○○이 쟁점농지를 임차하여 단독으로 경작하였는지 여부를 확인하여야 하며, 최○○은 쟁점농지의 수용 당시에는 부산도시공사에 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 진술하였음에도 세무조사 당시에는 최○○이 소작하였다고 진술한 내용만을 근거로 하여 쟁점농지가 8년 이상 자경농지에 해당되지 아니한다고 판단하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 양도소득세 확정신고시 실제 매매계약서라고 제시한 매매계약서에는 양도물건이 명시되어 있지 아니하고, 매매계약서상 계약일이 1986.10.6.이고 잔금지급일이 1986.11.6.로 기재되어 있으나 등기부등본에는 등기원인일이 1986.10.21.이고 등기접수일이 1986.10.22.이므로 서로 상이하며, 대금지급에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 당해 매매계약서상의 취득가액을 실시취득가액으로 인정할 수 없으므로 취득가액을 환산하여 산정한 것은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점농지를 자경한 증빙서류로 2007.10.16. 최초로 작성된 농지원부와 영농손실내역서 등을 제시하고 있을 뿐이고 조합원증명서, 농약⋅비료 등의 구입내역이나 수확관련 자료 등 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 현지확인조사한 결과 부산도시공사가 영농손실내역서상의 보상금 6,812,000원을 청구인에게 지급하였으나 청구인이 이를 다시 최○○에게 지급하였고, 농지경작과 관련된 지장물보상금 2,062,500원은 실제 경작자인 최○○에게 지급하였음이 확인되며, 최○○은 1986년부터 본인이 쟁점농지를 실제 경작하였다고 일관되게 진술하고 있고, 쟁점농지의 인근에 거주하는 마을주민들도 최○○이 쟁점농지를 경작하였다고 진술한 점 등을 감안하면, 사업자인 청구인이 최○○과 함께 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다는 주장은 사실상 인정하기 어려우므로 당해 농지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 감면을 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 실지취득가액이 확인됨에도 환산한 취득가액으로 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

② 쟁점농지가 8년 이상 자경한 농지에 해당되는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련 (가) 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 시행령 제89조【자산의 취득가액 등】

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세⋅등록세 기타 부대비용을 가산 한 금액 제163조【양도소득의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 취득당시의 기준시가 제1호의 매매사례가액 또는 × 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지⋅건물 및 부동산 취득 할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우 에는 동항의 규정에 의한 양도 당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빈성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

(2) 쟁점② 관련 (가) 구 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세⋅감면 및 소액부징수대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역⋅상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나도시개발법그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133호【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (나) 구 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라함은 8년[괄호 생략] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시⋅군⋅구(자치구인 구를 말한다. 이하 이항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시⋅군⋅구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시⋅광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도⋅농복합형태의 시의 읍⋅면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역⋅상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 각 목의 어는 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인이 2007.1.2. 작성하여 ○○도시공사에 제출한 영농사실확인서에 ○○광역시 ○○구 ○동 1321 ○○아파트 101동 401호에 주소지를 두고 있는 청구인이 쟁점농지를 전으로 경작하였으며, ○○광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 459-2에 거주하는 최○○이 청구인이 경작한 사실을 연대보증하는 것으로 기재되어 있다. (나) 청구인이 실제 매매계약서로 제시한 계약서에 1986.10.6.이 계약일이고, 매도인은 박○○이며, 매매대금 26,040,000원은 계약금 2,700,000원을 지급하고 잔금은 1986.11.6. 지급하되 잔금지급일 전이라도 등기이전서류가 완비되면 언제라도 지불한다고 약정되어 있고, 청구인이 당초 처분청에 실제 매매계약서라 제출한 계약서에는 매매부동산이 표시되어 있지 아니하나 심판청구시 제출한 매매계약서에는 표시되어 있으며, 글씨체, 인장의 위치, 내용 등을 보면 사실상 동일한 매매계약서이고 당초 제출한 매매계약서는 사본을 생성하는 과정에서 마지막 부분이 누락된 것으로 보인다. (다) 등기부등본에 의하면 청구인이 쟁점농지를 취득한 등기원인일은 1986.10.21.이고 등기접수일은 1986.10.22.이며 2008.3.19. ○○도시공사에게 소유권이전등기된 사실 등이 확인된다. (라) 청구인은 2008.5.9. 쟁점농지의 양도가액을 655,897,500원으로, 취득가액을 환산가액인 9,648,705원으로 산출한 양도소득세액에서 1억원을 차감한 세액 45,196,602원을 납부세액으로 하여 예정신고를 하였고, 2009.6.1. 쟁점농지의 양도가액을 671,477,500원으로, 취득가액을 26,040,000원으로 하여 산출한 양도소득세액 150,050,250원 전액을 감면세액으로 하여 확정신고를 하면서 청구인이 예정신고시 납부한 양도소득세에 대한 환급신고를 하였다. (마) 청구인은 심판청구시 제출하는 쟁점농지 매매계약서가 실제계약서이며 그 매매대금이 실지취득가액이라 주장하나, 위 계약서상매매계약일과 등기부등본상 등기원일일이 상이한 점으로 보아 청구인은 별도의 매매계약서를 작성하여 소유권이전등기를 한 것으로 보이므로 위 매매계약서를 실제 계약서로 인정하기는 어렵고 그 매매대금을 실지취득가액으로 적용할 수 없기 때문에 환산한 가액을 취득가액으로 하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인의 주민등록상 주소지 변동내역은 아래와 같다. 변동일자 주 소 지 1984.3.11.

○○광역시 ○구 ○동 148 ○○아파트 5-406 1995.12.18.

○○광역시 ○구 ○동 148 ○○아파트 215-1202 2000.3.7.

○○광역시 ○○대구 ○동 1321 ○○아파트 101-401 (나) 청구인은 쟁점농지가 ○○도시공사에 수용되면서 2008.2.22. 55,897,500원, 2009.3.20. 15,580,000원, 합계 671,477,500원을 토지보상금으로, 6,812,000원을 영농손실보상금으로 각각 수령하였고, 영농손실내역서상 작물명은 채소(작물 없음)이며, 한편 쟁점농지의 농지원부는 2007.10.16.에 최초로 작성된 것이다. (다) 처분청이 2009년 4월 현지확인조사를 실시한 뒤 작성한 보고서상 ① 청구인은 ○○광역시 ○○구 ○동 6-2 지하1층, 지상 3층 건물을 임대하는 임대사업자이며, ② 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 아니하고 소작농인 최○○이 취득 당시인 1986년 10월부터 양도일까지 채소를 경작하였고, ③ 농지소유자인 청구인 명의로 ○○도시공사로부터 영농손실보상금 6,812,000원을 수령하였으나 실제로 경작한 최○○에게 지급하였으며, ④ 실제 경작자인 최○○이 부산도시공사로부터 쟁점농지 경작에 필요한 농막, 우물, 전기시설, 농업용자재등의 지장물에 대한 보상금 2,062,500원을 수령하였고, ⑤ 최○○의 조카이며 마을이장이었던 정○○ 및 주민 5인이 20년 전부터 최○○이 쟁점농지를 경작하였다고 진술한 내용 등이 조사되어 있다. (라) 최○○이 2009.4.27. 작성한 확인서에는 1986년부터 20년 동안 파, 배추, 상추(채소)를 경작(소작)하였으며, 쟁점농지를 경작(소작)한 관계로 청구인으로부터 영농손실보상금 6백만원을 받았고, ○○도시공사로부터 쟁점농지 경작에 필요한 창고, 우물, 기계 등의 지장물에 대한 보상금을 1백만원 정도를 수령하였다는 내용이 기재되어 있다. (마) 청구인의 사업자등록 변동내역을 보면 아래와 같다. 사업자등록번호 사업장 소재지 상호 개업일자 폐업일자 605-04-＊＊

○시 ○구 ○동 19 1988.10.11. 1989.9.30. 605-04-＊＊ 상동 로댕 1983.4.1. 1989.10.9. 617-13-＊＊

○시 ○구 ○동 2 제일모직○○ 1990.8.20. 1994.12.31. 617-13-＊＊

○시 ○구 ○동 6-2 1990.5.24. 1996.6.29. 617-15-＊＊

○시 ○구 ○동 175-1 신세계백화점○○ 1994.3.14. 1994.7.31. 617-26-＊＊

○시 ○구 ○동 6-2 1990.5.24. (바) 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다 주장하나, ① 농지원부가 2008.3.19. 쟁점농지를 양도하기 5월전인 2007.10.16.에야 비로소 작성된 점, ② 이전에 농업을 영위한 사실이 없는 청구인이 2,050㎡의 농지를 직접 경작한다는 것은 사회통념상 인정하기 어려운 점, ③ 쟁점농지의 경작과 관련하여 종자, 비료 등을 구매한 내역을 제시하지 못하고 있는 점, ④ 쟁점농지를 수용한 ○○도시공사가 청구인에게 지급한 영농손실보상금을 소작농인 최○○에게 지불한 점, ⑤ 영농과 관련한 지장물에 대한 보상금도 최○○이 수령한 점, ⑥ 최○○과 주민들이 일관되게 최○○이 쟁점농지를 경작하였다고 진술하고 있는 점, ⑦ 청구인이 사업자등록을 하고 사업을 영위한 점 등을 감안하면, 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 인정하기는 사실상 어렵다 하겠다.

(3) 그렇다면, 처분청이 쟁점농지의 실지취득가액이 불분명하다고 보아 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010. 4. 21.