외부감사법인이 국고보조금을 수령한 후 일시상각충당금 설정하지 않아 손금산입 못한 경우 경정청구 가능함

2009.6.2. ○○세무서장이 청구법인의 법인세 2005사업연도분 OOO, 2006사업연도분 OOO, 2007사업연도분 OOO에 대한 경정청구를 거부한 처분은 2005사업연도부터 2007사업연도까지 청구법인이 수령한 국고보조금과 이와 관련하여 설정할 일시상각충당금 및 손금산입대상금액을 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 주식회사의 외부감사에 관한 법률(이하 “외감법”이라 한다)에 의한 외부감사대상 법인으로, 전력산업 연구개발과 관련하여 법인세법 시행령 제64조 제6항 제2호 에 규정된 전기사업법에 근거하여 2004사업연도부터 2007사업연도까지 국고보조금을 지급받았는 바, 법인세법 제36조 제1항 에 의거 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용 자산의 취득 또는 개량에 사용하는 경우 일시상각충당금을 설정하여 과세이연이 가능하였으나, 기업회계기준에 따라 국고보조금 수령시 ‘자산(현금)의 차감’계정으로 계상하였다가 해당 연구과제에 국고보조금을 사용하는 시점에 ‘개발비 차감계정’으로 대체하는 회계처리를 함에 따라 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 국고보조금을 지급받은 시점에 법인세법 제36조 제1항 에 의한 일시상각충당금 설정 및 손금산입은 하지 않았다.
• 나. 그 후 청구법인은 2008사업연도의 법인세 신고시 법인세법 제36조 의 규정을 적용할 수 있는 사업용 자산에는 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목의 규정에 의한 개발비도 포함된다는 국세청 유권해석(서이 46012-10700, 2003.4.3.)에 따라 2008사업연도 법인세 신고분부터는 전기사업법에 근거하여 2008사업연도에 지급받은 국고보조금에 대하여 일시상각충당금을 설정하여 손금에 산입하면서, 경정청구가 가능한 기간인 2005사업연도, 2006사업연도, 2007사업연도 법인세 신고분에 대해서도 소급하여 일시상각충당금을 설정하는 방식으로 손금산입하여 2009.3.31. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 당초 법인세 과세표준 및 세액신고시 법인세법 제36조 및 같은 법 시행령 제64조, 제98조 제2항의 규정에 의하여 국고보조금을 수령한 사업연도에 국고보조금 상당액에 대하여 일시상각충당금을 설정하는 방식으로 손금에 산입할 수 있음에도 불구하고 기업회계기준에서 정한 방식으로 회계처리한 것이므로 청구법인이 신청한 경정청구는 국세기본법 제45조 제2항 제1호 및 제2호의 경정청구대상에 해당하지 않는다고 보아 2009.6.2. 청구법인의 경정청구를 거부처분하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 결산조정사항은 법인이 스스로 기말정리를 통하여 장부상에 수익 또는 비용을 계상하고 결산에 반영하여야 세무상 익금 또는 손금으로 인정되는 세무조정절차를 말하는 것으로, 이는 내부적인 의사결정에 따라 결산상 비용으로 계상할 금액을 조정함으로써 법인이 손금귀속시기를 임의로 선택할 수 있음에 반해, 신고조정사항은 자의적인 조세회피를 방지하기 위하여 당해 사업연도에 귀속시기가 도래한 신고조정사항을 법인세 과세표준 신고시 누락한 경우 신고 이후 사업연도에는 손금으로 공제받지 못하도록 하면서 납세자에게 경정청구권을 별도로 인정하여 납세자의 권리를 보호하고 있는 것(법인 46012-2251, 1998.8.11.)으로, 청구법인은 외감법에 의하여 감사인의 회계감사를 받는 법인으로서 기업회계기준을 준수하여야 하는데, 기업회계기준에서는 일시상각충당금을 결산상 비용으로 반영하는 것을 허용하고 있지 않기 때문에 일시상각충당금을 설정하여 결산에 반영하는 것은 기업회계기준에 위배되는 세무회계와 기업회계의 상충관계가 발생함에 따라 이를 해소하기 위하여법인세법에서 일시상각충당금에 대하여 신고조정을 통하여 손금에 산입할 수 있도록 허용하고 있는 것이고, 세법상 결산조정사항은 “계상한 경우에는 … 손금으로 산입한다”라고 규정하고 있으나, 일시상각충당금에 대하여 법인세법 시행령제98조 제2항은 『‘세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고시 손금에 산입한 경우’ 손금으로 계상한 것으로 본다』라고 규정하고 있어 명시적으로 일시상각충당금이 신고조정사항이라고 규정하고 있다. 또한, 보험차익에 대한 국세청의 예규(징세 46101-1690, 2000.12.05.)에 의하면 소득세 과세표준 신고시 일시상각충당금을 계상하는 것을 누락하여 세액을 과다하게 납부하였다면 경정청구가 가능한 것으로 해석하고 있고,법인세법과소득세법에서 기술하고 있는 일시상각충당금을 설정하는 방법에 의한 과세이연 규정이 동일한 점에서 법인세법상 국고보조금 수령시 일시상각충당금 계상 누락으로 손금산입하지 않은 경우 경정청구가 가능한지의 판단도 소득세법 시행령과 달리 해석할 사항은 아니라고 할 것이므로 법인세 신고시 일시상각충당금 설정을 누락한 경우에도 소득세법 시행령과 동일하게 경정청구를 통하여 손금산입이 가능하다고 보아야 할 것이며, 유사사례에 대한 대법원 등의 입장을 보면조세특례제한법상 자사주처분손실준비금은 신고조정사항이므로 준비금을 각 사업연도 법인세 신고시 신고조정의 방법으로 손금에 산입한 경우에 이를 허용해야 함은 물론이고 손금에 산입하지 않은 경우라도 경정청구기간 내에 경정청구를 한 이상 신고조정에 의한 손금산입을 인정해야 한다고 판시하고 있고(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결), 특례감가상각비에 대하여도 신고조정사항으로 보아 경정청구를 통하여 특례규정을 적용할 수 있는 것으로 해석하고 있다(기획재정부 재법인-228, 2007.3.30., 국세청 서면2팀-665, 2007.4.13.). 따라서 국고보조금의 수령시 동 액의 일시상각을 인정하는 규정의 취지는 국고보조금 전액을 수익으로 인식하여 과세하면 당해 보조금의 효과를 감쇄시키게 되므로 보조금으로 취득한 당해 사업용 자산의 내용연수에 걸쳐 과세를 이연시켜 주는데 있고 또한 경정청구를 허용하더라도 조세의 일실우려가 있다고 보기는 어려우며, 일시상각충당금의 설정여부는 법인이 선택할 수 있으나 법인이 임의로 손금산입 시기를 조정하는 것이 불가능하다는 점에서 이를 결산조정사항이라고 할 수는 없어 청구법인의 경우와 같이 지급받은 국고보조금이법인세법상 손금산입이 가능한 보조금에 해당된다는 사실을 인지하지 못하여 청구법인이 일시상각충당금 설정을 누락한 경우에는 누락한 법인에게 경정청구권을 인정하는 것이 합리적이라는 점에서 경정청구가 가능한 것임에도 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 “손금의 귀속시기를 임의로 조정하는 것이 가능한 결산조정 사항과는 달리 일시상각충당금은 법에서 정하는 시기에 손금으로 산입해야만 인정받는 신고조정사항이라고 주장하나, 일시상각충당금 설정은 국고보조금 수령일이 속하는 사업연도에 손금산입 후 국고보조금으로 취득한 사업용 자산에 대하여 손금을 계상하면서 당해 사업용 자산의 감가상각비를 이미 설정한 일시상각충당금과 상계하여 익금에 산입함으로 과세 이연의 혜택을 받을 수 있는 제도로, 법인세법제36조【국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산가액의 손금산입】및 법인세법 시행령제64조【국고보조금 등의 손금산입】에 의하여 “손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 일시상각충당금을 계상하여야 한다”라고 규정하고 있고, 법인세법 기본 통칙 19-19-42【세무조정신고의 특례】의 규정에 의하면 “법 및 이 통칙에 특별히 정하는 경우를 제외하고는 일시상각충당금의 설정에 의한 손금은 이를 결산에 반영함이 없이 세무조정계산서에 손금으로 계상할 수 없다.”라고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령제98조【준비금 등에 대한 손금 계상의 특례】제2항에 의하면 “내국법인이 이 영 또는 조세특례제한법 시행령에 의한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 제97조 제3항의 규정에 의한 세무조정 계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입한 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 이 경우 각 자산별로 당해 자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있어 당해 법인의 선택에 의하여 손금의 귀속시기 조정이 가능하고 청구법인이 지급받은 날이 속하는 사업연도에 선택적으로 손금으로 산입하려면 일시상각충당금을 강제적으로 계상하고 일시상각충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하도록 하고 있어 사실상의 결산조정사항이라는 점에서 신고조정사항에 해당한다는 청구법인의 주장을 인정할 수 없고, 또한, 청구법인은 2000.12.5.자 보험차익에 대한 소득세 예규를 제시하면서 일시상각충당금은 신고조정에 의한 손금산입 항목이므로 경정청구가 가능한 것으로 주장하고 있으나, 2009.6.2.자로 경정청구 거부 통지 공문에 게재한 국세종합상담센타의 국고보조금과 관련된 법인세 예규를 보면법인세법제36조【국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산 가액의 손금산입】과 법인세법 시행령제64조【국고보조금등의 손금산입】, 법인세법 시행령제98조【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】규정 및국세기본법제45조 제2항의【경정 등의 청구】규정 등 법적 요건을 검토하여 청구법인의 경정청구를 거부한 것이라는 점에서 청구법인이 제시한 2000.12.5.자 소득세 예규를 이 건의 직접적인 행정해석으로 인정할 수 없다. 따라서 청구법인은 국고보조금 등을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용 자산의 취득 또는 개량에 사용한 경우 국고보조금등에 상당하는 금액을 일시충당금으로 설정하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있었음에도 불구하고 일시상각충당금을 설정하지 않고 국고보조금으로 취득한 사업용 자산(연구개발비)에 대한 감가상각비를 계상하여 손금에 산입하는 방법을 선택한 이상국세기본법제45조의2 제2항의 경정청구 사유에 해당되지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 국고보조금 수령한 사업연도에 일시상각충당금을 설정 및 손금산입하지 않은 경우 국세기본법 제45조의2 에 의한 경정청구를 통하여 일시상각충당금을 설정하는 방법으로 손금산입이 가능한 것인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정 신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청․심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고․결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 경과 후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(2) 법인세법 제36조 【국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산가액의 손금산입】 ① 내국법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률ㆍ 지방재정법 그밖에 대통령령이정하는법률에의하여보조금등의자산(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금 등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 국고보조금 등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 종료된 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다. 제61조【준비금의 손금계상 특례】① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제64조 【국고보조금등의 손금산입】 ①법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용 자산”이라 함은 사업용 고정자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 사업용 자산별로 당해 사업용 자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, 지방재정법 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률에 의한 보조금 등(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산: 일시상각충당금

2. 제1호외의 자산: 압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑥ 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법률”이라 함은 다음 각호의 법률을 말한다.

1. 농어촌 전기공급사업 촉진법

2. 전기사업법 (2005. 2. 19. 개정)

⑦ 법 제36조 제2항 후단에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우

2. 공사를 시행할 장소의 미확정 등으로 공사기간이 연장되는 경우

3. 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 발생한 경우

⑧ 법 제36조 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 국고보조금등 상당액 손금산입조정명세서(국고보조금등 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제98조 【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】 ① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

② 내국법인이 이 영 또는 조세특례제한법 시행령에 의한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 제97조 제3항의 규정에 의한 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고시 손금에 산입한 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 이 경우 각 자산별로 당해 자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 연구과제별 국고보조금 협약 및 집행절차 등을 보면, 일반적인 국고보조금과는 달리 국책연구과제 개발과 관련하여 정부기관으로부터 국고보조금 수령대상자로 선정되는 경우 연구과제별로 보조금지급기관(예를 들면 지식경제부 장관, 산업자원부 장관 등)과 협약서를 체결하게 되며, 총 협약(개발)기간은 일반적으로 4년～6년으로 해당 연구과제에 대해 지급하기로 한 국고보조금은 협약기간 초기에 일시에 지급되는 것이 아니라 연도별로 일정금액을 정기적으로 지급하고 이를 연도별로 정산하는 방식이고, 또한 연도별 정산시에는 지급기관에서 위탁한 회계법인에서 사용실적명세서를 검토하고 연차별로 수령한 국고보조금 중 개발비에 사용하지 않은 잔액에 대해서는 과제완료 연도까지 이월하여 사용할 수 있으며, 과제완료 연도까지도 미사용한 국고보조금은 지급기관에 반납하는 것으로 협약된 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 주장하는 연도별․연구과제별 국고보조금 수령 및 집행 주장내역을 보면, 〈표1〉과 같이 2005사업연도에 OOO 등 10개의 국책연구과제를 수행하면서 전력기반조성사업센터 등 정부기관으로부터 약 OOO을 수령하고 장부상 개발비로 약 OOO을 사용하였으며, 2006사업연도에는 ‘차세대화력발전 주기기설계 및 제작기술 개발’ 등 8개의 국책연구과제를 수행하면서 OOO 등 정부기관으로부터 약 OOO을 수령하고 장부상 개발비로 약 OOO을 사용하였고, 2007사업연도에는 OOO 등 17개의 국책연구과제를 수행하면서 정부기관으로부터 약 OOO을 수령하고 장부상 개발비로 약 OOO을 사용하였으며, 2008사업연도에는 OOO 등 14개의 국책연구과제를 수행하면서 정부기관으로부터 약 OOO을 수령하고 장부상 개발비로 약 OOOOO을 사용한 것으로 진술하고 있다. OOOOOOOOOOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOO (OO: OO)

(3) 청구법인이 제시한 2005사업연도부터 2007사업연도까지 국고보조금과 관련한 회계 및 세무처리에 의하면, 청구법인이 각 사업연도의 국고보조금 수령시에는 아래①과 같이 차변에 현금, 대변에 ‘해당자산(현금)의 차감계정’으로 국고보조금을 기표하였다가 국고보조금 사용시에는 아래②와 같이 사용금액을 차변에 임시계정인 자산 또는 비용계정으로 처리한 후 개발비로 사용된 국고보조금은 기업회계기준등에관한해석 [61-71]에 따라 당기에 발생한 연구관련 지출을 당기비용부분과 자산(개발비)부분으로 구분하여, 당기비용부분 중 정부부담비율에 상당하는 국고보조금을 당기비용으로 인식할 금액에서 차감하고, 자산(개발비)으로 계상할 금액 중 정부부담비율에 상당하는 국고보조금은 자산(개발비)의 차감항목으로 회계처리 함으로써 전기사업법에 근거한 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도에 법인세법제36조 제1항에 의거 일시상각충당금을 설정하여 과세이연이 가능했으나, 각 사업연도의 법인세신고시 국고보조금을 익금산입하여 유보로 소득처분하였을 뿐 일시상각충당금을 설정하지 않음에 따라 손금산입하지 않은 것으로 나타난다.

① 국고보조금 수령시 현금 ××××× 국고보조금(현금차감) ×××××

• 기업회계기준상 국고보조금은 해당 자산의 차감계정으로 기표하여야 함(B/S상 현금성자산의 차감계정으로 기표됨)

② 국고보조금 사용시 자산 또는 비용계정 ××××× 현금 등 ××××× 개발비 ××××× 자산또는 비용계정 ××××× 국고보조금(현금차감) ××××× 국고보조금(개발비차감) ×××××

• 국고보조금 사용금액을 ‘개발비’계정의 차감으로 계정대체함

③ 개발비 상각시 개발비 상각 ××× 개발비 ××× 국고보조금(개발비 차감) ××× 개발비 상각 ×××

• 해당 개발과제에 대한 내부완료보고 후 월할 상각함

④ 법인세 신고시(세무조정신고) 익금산입 금액 소득처분 손금산입 금액 소득처분 국고보조금수령액 ××××× 유보 국고보조금반납액 ××× 유보 국고보조금상각 ××× 유보

⑤ 경정청구 내역(일시상각충당금 설정 및 손금산입조정) 익금산입 금액 소득처분 손금산입 금액 소득처분 당초신고내용과 동일 일시상각충당금설정액 12,149,258,000 유보

(4) 청구법인은 2008사업연도 이전에 수령한 국고보조금에 대하여는 위 (3)에서와 같이 기업회계기준에 근거하여 국고보조금 수령일이 속하는 사업연도에 익금산입한 후 반납 또는 상각 사업연도에 손금산입하는 방식으로 회계처리 및 법인세 신고하였다가 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목 규정에 의한 개발비도 법인세법 제36조 의 규정을 적용할 수 있는 사업용자산에 포함된다는 국세청 유권해석(서이 46012-10700, 2003.4.3.)에 따라 2008사업연도 법인세 신고분부터전기사업법에 근거하여 지급받은 국고보조금에 대하여 신고조정방식으로 익금산입과 동시에 일시상각충당금을 설정하여 손금에 산입하면서 2009.3.31. 현재국세기본법제45조의2 제1항 규정에 의한 경정청구 가능기간인 2005사업연도, 2006사업연도, 2007사업연도 법인세 신고분에 대하여 〈표2〉및〈표3〉과 같이 일시상각충당금을 설정하는 방법으로 변경하여 해당 금액을 손금에 산입하여 각 사업연도의 과세표준과 세액의 경정을 구하는 경정청구를 처분청에 제기한 것으로 확인된다. OOOOOOOOO OOOOO OOOO OO OO OO (OO: OO)

(5) 처분청은 법인세법제36조 및 같은 법 시행령 제64조, 제98조 제2항의 규정에 근거하여 청구법인이 국고보조금을 수령한 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 신고함에 있어 당초에 청구법인이 일시상각충당금을 설정하는 손금산입방식을 선택하여 신고가 가능하였음에도 불구하고 청구법인이 법인세 과세표준 신고시 손금에 반영하지 않는 방식을 선택한 것이므로,국세기본법제45조의2 규정에 의한 경정청구에 의하여 국고보조금을 수령한 당해 사업연도의 손금으로 산입할 수 없는 것이라는 행정해석(관련 예규 법인 22601-642, 1988.3.4., 인터넷 질의답변 2009.3.5., 2009.5.14., 2009.5.25. 참조)을 근거로 청구법인이 신청한 경정청구는국세기본법제45조의2 제2항 제1호 및 제2호 규정에 해당하지 않는다고 보아 2009.6.2. 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

(6) 국고보조금 등으로 취득한 사업용 자산가액의 손금산입방법을 정한법인세법제36조에 의하면, 제1항에서 내국법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률ㆍ 지방재정법 그밖에 대통령령이 정하는법률에 의하여 국고보조금 등을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용 자산의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용 자산의 가액 중 그 사업용 자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 제2항에서 국고보조금 등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용 자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금 등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있고, 위 법에서 위임받은 법인세법 시행령제64조를 보면 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용 자산”이라 함은 사업용 고정자산과 석유류로 정의하고 있고, 제2항에서 손금에 산입하는 금액은 개별 사업용 자산별로 당해 사업용 자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, 지방재정법 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률에 의한 국고보조금 등에 상당하는 금액으로 하며, 제3항 및 제4항에서 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 감가상각자산은 일시상각충당금으로, 감가상각자산 이외의 자산은 압축기장충당금으로 계상하며, 손금으로 계상한 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계하고, 다만 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입하도록 규정하고 있으며, 같은 령 같은 조 제8항에 의하면, 법 제36조 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 국고보조금등 상당액 손금산입조정명세서(국고보조금등 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있으며, 이는 국고보조금과 관련된 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 손금산입은 본래 법인의 임의에 맡겨져 있는 사항이므로 원칙적으로는 결산조정사항이나 외감법 적용대상 법인의 경우 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 계상은 기업회계기준에 위배되기 때문에 법인세법에서 임의 신고조정방법도 허용한 것으로 보인다(국세공무원 교육원 발행 2008년 “법인세법” p459 참조).

(7) 국세기본법제45조의2에 규정된 경정청구제도는 조세법률관계의 조기 안정을 통한 원활한 조세행정의 수행이라는 공익과 ‘정당한 또는 진실한’ 세액의 결정 또는 경정을 구할 기회를 납세자에게 부여하고자 신설된 규정으로, 같은 조 제1항에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년[다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구] 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(8) 위 사실을 종합하여 살피건대, 고정자산은 원래 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙이나, 국고보조금에 대하여 일시상각충당금의 설정 및 손금산입을 허용하는 취지가 공익사업에 해당하는 전기설비의 국고보조금을 익금에 산입하여 일시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 보조금 지급취지인 고정자산 등의 취득에 지장이 초래되므로 국고보조금을 수령한 사업연도에 법인세가 일시에 징수되는 것을 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산 등에 대한 감가상각비와 상계처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는데 있다할 것이라는 점,법인세법또는조세특례제한법에 규정된 일시상각충당금을 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입한 경우에는 그 금액을 손금에 산입한 것으로 보는 것으로 규정하고 있고 이와 같이 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 이와 같은 일시상각충당금은 실제 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 일시상각충당금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있다는 점(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조), 법인세법 시행령제98조 제2항에 의하면 국고보조금을 수령시 손금산입방법으로 결산조정방법(통상의 감가상각으로 처리방법)과 신고조정방법(일시상각충당금을 손금산입방법)이 모두 인정되고 있고 이 때 일시상각충당금을 손금으로 산입할 것인지 아니면 통상의 감가상각으로 처리할 것인지 여부는 전적으로 당해 법인의 선택에 달려있다 할 것이나 기업회계기준에서는 일시상각충당금을 단순히 조세지원의 수단으로 계상한 손금일 뿐 비용이 될 수 없다고 보아 손금계상을 인정하지 않음에 따라 청구법인과 같이 외감법 적용대상법인이 국고보조금에 대하여 결산조정방법에 의하여 세무조정을 할 수 없어 임의 신고조정에 의하여 손금산입할 수 밖에 없고, 해당 법인이 국고보조금 등을 수령하였으나 그 수령한 날이 속하는 사업연도에 일시상각충당금을 설정 및 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출하였다 하더라도 국고보조금 손금산입방법이 반드시 임의 신고조정사항이 아닌 결산조정사항으로 확정되는 것이 아니라는 점, 일반적으로 경정청구제도는 조세법률관계의 조기 안정을 통한 원활한 조세행정의 수행이라는 공익과 ‘정당한 또는 진실한’ 세액의 결정 또는 경정을 구할 기회를 납세자에게 부여하고자 한 규정으로, 일시상각충당금 또는 압축기장충당금 설정대상이 되는 국고보조금 등을 수령하고 그 수령한 날이 속하는 사업연도에 이를 손금에 산입하지 아니하고 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는국세기본법제45조의2의 규정에 의하여 법인세 과세표준 및 세액 신고기한 경과 후 3년 이내에 국고보조금 등에 대한 일시상각충당금을 손금산입하고 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 일시상각충당금을 손금에 산입할 수 있다고 보는 것이 입법취지에 부합한다는 점(조심 2009서3724, 2011.5.11., 대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조) 등으로 볼 때 처분청이 청구법인이 국고보조금을 수령한 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 신고함에 있어 청구법인이 일시상각충당금을 설정하는 손금산입방식으로 신고하지 않았다는 사유만으로 청구법인이 신청한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 청구법인의 주장하는 2005사업연도부터 2007사업연도까지 수령한 국고보조금의 금액과 이와 관련된 손금산입대상금액의 정확한 금액이 불분명하므로 처분청이 이를 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 보인다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.