수도권과밀억제권역 외의 A지역에 본점,공장을 이전 후 B지역에 공장을 설립한 경우 B지역 공장소득은 감면대상소득에 해당하지 않은 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1998.2.16. 플랜트 및 기계설비 제작업을 영위할 목적으로 ○○○에서 본점 및 공장을 설립·운영하여 오다가, 2001년 1월 수도권 과밀억제권역 외 지역인 ○○○에 있는 공장(이하 “○○○”이라 한다)으로 본사 및 공장 전체를 이전한 후 당해 공장에서 발생한 소득에 대하여조세특례제한법제63조 제1항에 의하여 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받아 오던 중, 2004년 3월 및 12월에 ○○○”이라 한다)을 신설한 후, 2009.3.31. 동 ○○○에서 발생한 소득에 대하여 2005사업연도 법인세 230,700,090원 및 2006사업연도 법인세 1,174,162,580원을 감면하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 2009.6.19. 2004사업연도에 신설한 ○○○에서 발생한 소득은 위조세특례제한법제63조 제1항에서 규정한 감면대상소득에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 위 경정청구를 거부처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제63조 제1항 및 같은 법 시행령 제54조 제2항에서 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 동일할 것을 전제하면서 “이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여”라고 규정하고 있을 뿐 이전 후의 공장의 규모, 즉 이전 전과 동일한 업종 내에서의 사업의 확대 및 축소에 대해서는 달리 규정 하고 있지 아니한 바, 이는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 업종의 동일성이 유지되는 한, 이전 후의 공장의 규모에 관계없이 모두 감면을 적용한다는 의미이고, 당초 세액감면적용 기간 중 규모의 초과로 중소기업 요건을 벗어나는 경우에 한하여 잔존 감면기간동안 세액감면을 적용할 수 없도록 해석하는 것이다. 또한, 세액감면을 적용함에 있어서 단일공장으로 이전한 후 동일한 수도권 과밀억제권역 외 지역에 소재하는 단일공장으로 재 이전하는 경우 뿐만 아니라 추가로 공장을 설치하여 생산설비를 부분적으로 재이전하고 2개의 공장을 동시에 운영하는 경우에도 2개의 공장에서 발생한 소득에 대하여 세액감면이 적용된다고 해석하고 있고, 동일업종에서 발생한 소득을 감면대상소득으로 규정하면서 타 업종으로 확대시에만 감면을 배제하거나 규모의 과대한 확대 등으로 중소기업의 범위를 초과할 경우 감면대상소득에서 배제할 뿐 이전 전의 업종과 동일한 업종의 품목을 추가로 생산하는 경우 또는 사업이 확대되는 경우에는 세액감면을 적용받을 수 있는 것이며, 세액감면이 적용되던 중소기업이 공장과 본사를 수도권 과밀억제권역 안으로 이전하거나 동일제품을 생산하는 공장을 설치할 경우 감면이 배제되는 것일뿐, 단일공장으로 이전한 후 동일한 수도권 과밀억제권역 외의 지역에 소재하는 단일공장으로 재 이전하는 경우에도 세액감면이 적용되는 데도, 이 건 과세처분을 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제63조 제1항에 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수 도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전하여 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는 바, 이전 후의 공장에서 발생하는 소득이란 과밀억제권역 안에 있던 공장을 과밀억제권역 외 지역으로 이전하여 사업을 개시하고 그 이전한 공장에서 이전 후에 발생하는 소득에 대한 세액을 감면하는 것이 타당하므로 신규로 확장한 ○○○에서 발생한 소득은 감면대상소득에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제63조의 규정에 따라 이전한 ○○○공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 ○○○공장에서 발생한 소득에 대하여도 ○○○공장의 잔존감면 기간내에서 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제63조【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】① 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2005년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때

3. 제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간중에 수도권 과밀억제권역 안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때 제63조의2【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업ㆍ소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2005년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2008년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2005년 12월 31일까지 보유하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (2) 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정된 것) 제54조【공장의 범위 등】② 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의 2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 과세기준자문신청서 등 심리자료에 의하여청구법인의 공장이전 내역을 보면, 청구법인은 1998.2.16. 플랜트 및 기계설비 제작업을 영위할 목적으로 ○○○에서 본사 및 공장을 설립·운영하다가 2001.1.2. ○○○공장으로 본점 및 공장 전체를 이전한 후조세특례제한법제63조 제1항에 따라 ○○○공장에서 발생하는 소득에 대하여 2001~2004사업연도까지 법인세의 100%, 2005~2009사업연도까지 법인세의 50% 감면을 적용받은 사실과

○○○공장으로 본사 및 공장을 이전을 완료한 후 2004년 3월 및 12월에 아래 <표>와 같이 ○○○을 각각 설치·운영한 사실이 나타난다. 구분 소재지 토지 건물 비고 취득일 면적(㎡) 사용승인일 면적 1공장 00 22-3번지 03.07.07 8,676.6 04.03.19 4,122.28 신설 2공장 00 22-2번지 04.06.09 10,954.4 04.12.31 7,573.15 추가신설 00공장 00-22-1번지 05.06.30 4,200.0 05.06.30 2,879.77 기존공장 인수 계 23,830.0 14,575.2

• 주) 최초 1공장 신설시 지점으로 설치신고 후 2007.4.3 울산공장을 본점으로 변경 과 동시에 본점(안산공장)을 지점을 변경

(2) 청구법인의 결산서 등을 보면, ○○○의 제품생산내역은 아래 <표>와 같은 바, ○○○이 동일한 업종으로 동일한 제품을 제조·생산하고 있다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. 구분 제작생산품 사업구분 안산공장 -타워(tower) 또는 칼럼(column) -열교환기(heat exchanger) -반응기(reactor) -저장용기류(vessel) -pi[e & fiftting -bolt/nut 제작기반시설 등으로 중ㆍ소형장비 및 부품을 생산 울산공장 -타워(tower) 또는 칼럼(column) -열교환기(heat exchanger) -반응기(reactor) -저장용기류(vessel) 운송의 편의성 등으로 중ㆍ대형장비류를 생산

(3) 청구법인의 대차대조표 등에 의하여 ○○공장 및 ○○공장의 연도별 제품생산실적을 보면, 아래 <표>와 같다. 구분 2004년 2005년 2006년 2007년 2008년 계 안산공장 36,363 42,247 41,035 49,235 109,547 278,427 울산공장 19,737 43,104 76,242 87,657 112,805 339,545 계 56,100 85,351 117,277 136,892 222,352 617,972 (단위: 백만원)

(4) 청구법인의 법인세신고서 등에 의하여 ○○○의 세액감면과 임시투자세액공제의 적용 여부를 보면, 각 사업장별로 구분경리하는 경우,조세특례제한법제127조 제4항의 규정에 관계없이 동일한 과세연도에 각 사업장별로 세액감면과 임시투자세액공제(이하 “세액공제”라 한다)를 각각 적용받을 수 있고, 청구법인은 구분경리를 통하여 ○○○공장에서 대하여만 세액감면을 적용하고 ○○○공장에 대해서는 세액감면을 신청하지 아니하다가 ○○○공장에 대하여도 아래 <표>와 같이 2005사업연도 및 2006사업연도에 세액감면을 신청한 사실이 나타난다. 사업연도 안산공장 울산공장 2003년 세액감면 적용 세액공제 적용 2004년 〃 〃 2005년 〃 세액감면 적용(이 건 경정청구) 2006년 〃 〃 2007년 〃 세액공제 적용 2008년 〃 〃

• 주) 세액공제가 『조세특례제한법』제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용 또 는 결손금의 발생으로 인해 이월된 경우에는 동일 과세연도에도 최저한세 의 범위내에서 세액감면과 동 이월공제액은 중복적용이 가능함

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 청구법인은 2001년 1월에 수도권 과밀억제권역 외 지역인 ○○○공장으로 이전을 완료한 후 사업확장을 위하여 2004년에 ○○○공장을 설치하였는 바, ○○○공장의 설치는 동일제품을 생산하는 공장을 증설한 경우에 해당하므로 ○○○공장에서 발생한 소득에 대해서도조세특례제한법제63조 제1항에 의하여 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받아야 한다고 주장하나, 이 건의 경우, 청구법인은 2001년 1월 본점과 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역인 ○○○으로 이전 완료하여 사업을 개시한 후 사업의 확장을 위해 2004년 3월 및 2004년 12월에 ○○○에 추가로 공장을 설치한 경우로서, ○○○공장은 비록 ○○○공장과 동일제품을 생산하고 있다고 하더라도 공장의 시설규모(본점 및 ○○○공장의 2.5배), 매출액(2005년부터 ○○○공장 초과) 및 실제 사업을 개시한 날 등을 종합하여 볼 때 기존 공장의 생산시설을 단순히 추가 증설한 것이 아니라 수도권 과밀억제권역 외의 지역인 ○○○2공장으로 이전을 완료한 후 세액감면을 받고 있는 중에 신규로 설립한 공장에 해당하므로 ○○○공장에서 발생한 소득에 대해서까지조세특례제한법제63조 제1항에서 규정한 수도권 과밀억제권역 외의 지역이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 해당된다고 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서, 처분청이 ○○○공장에서 발생한 소득에 대하여 위 감면대상소득이 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010. 06. 29