폐기물처리 공사관련 실물거래없는 가공세금계산서를 매입하였는지 여부

○○○세무서장이 2009.2.9. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 28,384,610원의 부과처분은 ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서상의 공급가액 64,480,000원을 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2002.3.5.부터 ○○○ 주식회사라는 상호로 건설폐기물 수집·운반업을 영위하는 법인으로서, 2003년 ○○○ 부근의 폐기물처리 공사(이하“쟁점공사”라 한다)와 관련하여 ○○○로부터 2003년 제1기 공급가액 48,850,000원, 2003년 제2기 공급가액 15,630,000원 합계 64,480,000원(이하“쟁점매입액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액 공제하고, 손금으로 계상하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 나. ○○○에 대해 자료상으로 조사하여 확정·고발하고 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 관련 공급가액을 손금불산입 하여 2009.2.9. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 28,384,610원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.9. 이의신청을 거쳐 2009.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 (주)○○○로부터 쟁점공사를 하도급 받고 이를 중기사업자에게 재하도급을 주었으나, 영세중소기업의 인력부족 및 현장의 업무관행 등으로 실사업자(건설기계, 용역)를 매건별로 확인하지 못하고 현장관계자의 장비일지 등에 의하여 현장에서 지급금액을 확정하고 세금계산서는 추후에 수취하였다. 이와 관련하여 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서의 공급자는 ○○○로 이는 장비운행일지 및 이○○○의 확인서 등에 의하여 실거래 사실을 확인할 수 있다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이○○○의 확인서 및 운행일지 등을 근거로 쟁점세금계산서가 가공거래가 아니라 위장거래임을 주장하고 있으나, 이○○○이 굳이 자료상인 ○○○ 명의를 이용하여 위장세금계산서를 발행할 만한 이유가 없고 이○○○의 확인서 이외에 다른 객관적인 증빙이 없으므로 청구법인에게 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 자료상인 ○○○ 명의로 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세하였다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급자는 ○○○로 되어있으나 실제 매입처는 ○○○이므로 관련 경비를 인정하여야 한다고 주장하며 폐기물 수집운반 및 처리계약서, 확인서, 장비운행일지 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 사업장폐기물 수집운반 및 처리계약서에 의하면 청구법인은 (주)○○○ 고속도로 건설공사 제9공구의 폐기물 선별 및 처리공사에 대해 2002.6.26. ○○○(주)를 폐기물처리 수탁자로, 청구법인을 폐기물 수집·운반 수탁자로, (주)○○○을 위탁자로 하는 계약을 체결하고 2003.8.1.~2006.2.28. 기간동안 공사를 진행한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 청구법인의 경리인력 부족 및 현장의 업무관행 등으로 개별 실사업자를 확인할 수 없었고 현장의 운행일지에 근거하여 지급금액을 확정하고 추후 세금계산서는 현장에서 수취하여 사무실로 송부하였으며 실사업자인 이○○○에게 아래 <표1>과 같이 공사대금을 지급한 것으로 주장하고 있다.

○○○ (다) 청구법인이 제출한 거래처 원장과 매입장을 보면 폐토사 및 폐골재 운반용역을 제공받고 익월 말일에 대금을 결제한 것으로 되어 있고, 청구법인의 2002.9.1.~2003.6.30. 기간동안의 장비운행일지에는 현장명은 ○○○로 9공구로 작업날짜와 시간이 기재되어 있으며, 확인자에 청구법인과 직원의 이름이 기명날인되어 있고, 작업자는 ○○○으로 기재되어 있다.○○○ (라) 청구법인이 실제 공사를 수행하였다는 이○○○ 및 한○○○ 등의 거래사실확인서에 의하면 이○○○은 폐기물 처리공사 중 폐토사 및 폐골재 운반용역을 제공하고 대금(2003년 1월~6월 48,850천원, 2003년 8월 8,150천원, 2003년 9월 7,480천원)을 수령하였으나 세금계산서를 발행치 않았음을 확인하고 있고, 위 폐기물 처리공사 중 역내작업에 참여하였다는 한○○○ 외 2인은 당시 작업에는 여러 대의 덤프트럭 등 중기가 수시로 동원되었으며, 청구법인이 작업비에 대한 세금계산서를 요구하였지만 작업자중에는 간이과세자도 있고, 지입회사에서 세무처리를 하여 주어 세금계산서를 발행할 수 없는 사람들도 있었는 바, 이런 사정들로 작업을 총괄하는 책임자를 정하여 책임자가 세금계산서를 구하여 일괄 세무처리하기로 하고 실제 작업자들은 작업비를 현금으로 지급 받은 것으로 기재되어 있다. (마) 처분청 심리자료에 의하면 ○○○은 1995.2.28.부터 현재까지 ○○○ 1대를 지입하고 있는 것으로 나타난다. <표3> 이○○○의 부가가치세 신고내역○○○

(3) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 청구법인은 (주)○○○ 부근의 폐기물 처리·운반공사인 쟁점공사를 하도급 받은 것으로 나타나는 점, 계속사업자인 이○○○, 한○○○ 등은 쟁점공사장의 폐토사 및 폐골재 운반용역을 수행하였다는 거래사실 확인서를 인감증명서를 첨부하여 제출한 점, 청구법인은 건설업계 관행상 실사업자 여부를 확인하지 못하고 공사대금을 현장에서 지급한 후 세금계산서는 추후 송부받은 것으로 주장하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 폐토사 및 폐골재의 처리 없이 쟁점공사를 수행한 것으로 보기는 어려우므로 청구법인이 이○○○으로부터 쟁점세금계산서 공급가액 상당액의 폐토사 등의 운반용역을 제공받은 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공의 세금계산서로 보아 그 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 당초 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.