철거가 예정된 건물의 양도에 대한 부가가치세 과세여부

○○세무서장이 2009.7.14 청구법인에게 한 2006년 제2기 부가가치세 66,281,030원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2005.11.28. ○○○ 대지 479㎡, 같은 곳 633-23, 633-24, 633-25 각각 238㎡의 6분의 1(이하 “쟁점토지”라 한다)과 건물(지하 및 1층 근린생활시설, 지상 2~3층 숙박시설로 이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 주택(633-23, 633-24, 633-25 각각 39.8㎡)을 취득하여 주상복합건물 신축분양사업을 추진하다가 2006.8.11. ○○○주식회사에 1,490백만원에 일괄양도하고, 쟁점건물에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지와 쟁점건물 및 주택의 개별가액을 구분하지 아니하고 일괄양도한 것에 대하여, 과세대상이 되는 쟁점건물과 면세재화인 쟁점토지의 가액이 불분명하다고 보아 일괄 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물 및 주택의 기준시가(토지 484,409천원, 건물 213,906천원)로 안분하여 토지 및 건물의 개별가격[토지 1,002,868천원, 건물 442,847천원(공급가액)]을 결정하고 2009.7.14. 청구법인에게 2006년 제2기분 부가가치세 66,281,030원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 주택건설업과 주택임대업을 영위하는 중소기업으로서 노후된 쟁점건물 등을 철거하고 쟁점토지 외 13필지에 도시미관지구내 주상복합건물 신축분양사업을 시행하고자 2005.11.28. 쟁점건물 및 부속토지를 임의경매로 매수하여 ○○○에 건축심의신청서를 접수시켰으나 일부 지주가 분양사업 참여를 포기하고 2006년 6월경 당시 시세보다 2~3배의 금액으로 매수해 줄 것을 요구하였고 이를 수용할 경우 동 분양사업의 타당성이 전혀 없었으며 청구법인은 이를 매수하여야만 분양사업을 계속 진행할 수 있어 자금사정 등의 이유로 동 분양사업을 포기하고 양도하였다. 청구법인이 취득한 쟁점건물은 1983.10.27. 사용승인되어 약 23년이 경과된 노후건물로서 여관, 목욕탕 등은 해당 목적의 용도로 사용이 불가능한 상태였으며, 청구법인의 대차대조표에 건물이 아닌 건설용지 계정으로 회계처리되었고, 쟁점건물 양도 당시 여관, 목욕탕 및 이용원은 폐업상태로 수도가 폐전되었으며, 노래연습장은 사실상 영업을 중단한 상태로 경제적·재산적 가치가 없었으므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건물은 청구법인의 철거예정 주장에도 불구하고 양수인에게 양도할 시점(2006.8.11.)까지도 부가가치를 창출(건물 임차인의 최종 사업폐지 2006.9.19.)하고 있었던 점에 비추어 그 객관적 가치가 존재하였을 뿐만 아니라 계약서상 쟁점토지와 건물을 일괄양도하면서 건물의 가액을 0원으로 한다는 명시적인 합의가 없는 이상 추후 정황에 의하여 계약당시로 소급하여 당사자의 주관적 사정을 임의로 추정하는 것은 타당하지 않으며 오히려 당사자로서는 계약당시 토지 및 건물의 개별적인 가액에 관심을 기울이기 보다는 일괄하여 전체 거래가액에 관심을 가지고 있었다고 보는 것으로 해석하는 것이 보다 객관적이고 사회통념에 비추어 타당하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 양도가 부가가치세 과세대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 (2) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005.11.28. 쟁점건물 및 부속토지를 10억6,000만원에 임의경매로 취득하고 주택 및 부수토지를 2005.6.1.과 8.8. 2차례에 걸쳐 각각 2억5,500만원, 9,800만원에 취득하였으며, 2006.8.11. 한유주택주식회사에 1,490백만원에 일괄양도하고 쟁점건물에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였으나, 처분청은 과세대상이 되는 쟁점건물과 면세재화인 쟁점토지의 가액이 불분명하다고 보아 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물 및 주택의 기준시가로 안분하여 토지 및 건물의 개별가격을 결정하고 2009.7.14. 청구법인에게 2006년 제2기분 부가가치세 66,281,030원을 고지한 사실이 결정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점건물을 임대목적으로 사용할 의도없이 분양사업을 영위하고자 취득하였으나 사업여건의 악화로 인하여 부득이 양수인에게 양도하게 되었고, 계약당시 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견되는 건물의 양도에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점건물의 건축물대장에 의하면, 쟁점건물에 대한 사용용도, 사용승인일, 멸실일은 아래 <표>와 같고, 국세청 사업자현황 등에 의하면, 목욕탕, 여관, 이용원은 쟁점건물의 소유주인 배경해가 운영하였으며, 노래연습장은 사업자가 장종철로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

○○○ (나) 부동산매매계약서(2006.8.11.)를 보면, 쟁점토지 및 쟁점건물, 주택에 대하여 일괄적으로 양도가액 1,490백만원에 양도한 것으로 되어 있으나 특약사항은 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (다) 건축심의 신청서 및 접수증에 의하면, 청구법인은 쟁점토지 외 13필지에 공동주택을 건설하기 위하여 ○○○청장에게 건축심의 신청서를 제출하여 2005.10.12. 접수되었고, ○○○도시계획위원회 심의결과 통보 공문에 의하면, ○○○은 2005.11.28. 주상복합건축물 건립을 목적으로 신청한 사항에 대하여 조건부 의결되었음을 통보한 것으로 나타난다. (라) 국세청 통합전산망에 의하면 대중목욕탕, 여관, 이용원은 2005.12.31. 폐업하였고, 한국전력 부산본부 ○○○ 전기 해지일자를 보면 대중목욕탕, 여관, 이용원은 2006.5.8.과 2006.5.30. 전기가 해지되었으며, 노래연습장은 2006.9.19. 폐업하고 2006.12.19. 전기 해지된 것으로 나타나며, 울산광역시 상수도사업본부 수도 폐전일자 등에 의하면 쟁점건물은 2007.3.13. 폐전된 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 2005년 대차대조표에는 쟁점건물 및 토지에 대하여 건설용지로 1,126,153천원이 계상되어 있고, 2005년 계정별원장에는 토지대금(1,069,932천원)과 공과금 등으로 1,126,153천원이 계상되어 있으며, 2006년 계정별원장에는 주택 및 부수토지에 대하여 토지대금으로 353,000천원 등이 계상되어 있는 것으로 나타난다. 양수자인 ○○○주식회사의 2006년 대차대조표에는 건설용지로 1,282억원이 계상되어 있고, 건물계정은 나타나지 아니하고 있으며, ○○○주식회사의 두산위브 신축공사 내용을 보면 울신광역시 ○○○ 619-15 외 277필지 대지면적 42,311.30㎡에 2007.9.17.~2010.3.까지 공동주택 806세대를 건설하는 것으로 나타난다. (바) 건축설계표준계약서에는 청구법인이 건축사사무소 ○○○와 2006.5. 쟁점토지에 지하 2층 지상 20층 공동주택 및 근린생활시설 설계에 대하여 2억2,000만원에 계약한 것으로 나타나며, 기술용역표준계약서에는 2005.7.20. 청구법인이 (주)○○○와 주상복합빌딩 신축 교통영향평가에 대하여 8천만원에 계약한 것으로 나타나고, 인허가 용역계약서에는 청구법인이 2005.9.6. (주)○○○와 주상복합건축 관련 인허가용역 및 분양승인 지원에 대하여 4억5,000만원에 계약한 것으로 나타난다. (사) 처분청은 청구법인이 양수인에게 양도할 시점(2006.8.11.)까지도 쟁점건물내 노래방에서 부가가치를 창출(폐업 2006.9.19.)하고 있었던 점에 비추어 그 객관적 가치가 존재하였을 뿐만 아니라 계약서상 쟁점토지와 건물을 일괄양도하면서 건물의 가액을 0원으로 한다는 명시적인 합의가 없다 하여 기준시가로 안분계산하여 과세한 것으로 나타난다. (아) 살피건대, 처분청은 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 및 제1호에 따라 쟁점토지의 가액과 건물의 가액 구분이 불분명한 경우로 보아 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하였으나, 처분청이 과세대상으로 한 쟁점건물은 약 23년 이상된 노후건물로서 동 대지에 공동주택을 신축하려는 매수인이 기존 사용가치가 없는 쟁점건물을 철거하는 것이 청구법인이 철거하는 것보다 경제적 실질에 부합하기 때문에 철거될 건물에 대한 대가가 수수되었다고 보기는 어려우며, 청구법인이 당초 쟁점건물을 임의경매로 양수하여 2005.9.6. (주)○○○와 주상복합건축 관련 인허가용역 및 분양승인 지원 등 동 대지에 주상복합건물의 신축을 추진중에 있었고, 이를 울산광역시 ○○○이 2005.11.28. 의결한 점, 쟁점건물내에 있는 목욕탕, 여관, 이용원이 쟁점건물을 양수한 2006.8.11. 이전에 폐업하고 전기를 해지한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 2006년 재무제표에 쟁점건물 등을 건설용지로 계상된 점, 양수자인 ○○○주식회사의 2006년 재무제표에 건설용지로 계상되고 공동주택을 신축하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 계약당시 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견되는 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심 2004서2382, 2005.4.4. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.