3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 이자소득만 있는 비영리법인이 법정신고기한 내에 법인세를 신고 하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 환급받을 수 있는지 여부
- 나. 관련법령 (1) 법인세법 제3조 ［과세소득의 범위 ］② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업” 이라 한다）에서 생기는 소득으로 한다．
2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이 익 제29조 【고유목적 사업 준비 금의 손금산입 】 ① 비영리내국법인（법인으로 보는 단쳬의 경우에는 대통령령이 정하는 단쳬에 한한다） 이 각 사업 연도에 그 법 인의 고유목적사업 또는 지정기부금（이 하 이 조에서 “고유목적사업 등夕’ 이라 한다）에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다．
1. 소득세법 제16조 제1항 제l호부터 제n호까지의 이자소득의 금액 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국 법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익 （ 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고，투자신탁의 이익을 포함하며，이하 이 조에서 “이자소득夕’ 이라 한다） 으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다．이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다． (2) 법인세법 시행령 제99조 【 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례 】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다．
② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.
(3) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것) 제45조의3【기한 후 신고】
① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액（이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다．이하 이 조에서 같다）을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다．다만, 자산재평가법 제15조 의 규정에 따른 재평가신고의 경우 에는 그러하지 아니하다． ③ 제1항의 규정 에 따라 기 한후 과세표준신고서 를 제출한 경우 (납부할 세액이 있는 경우에는 해당 세액을 납부한 경우에 한한다）관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다
(4) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것) 제45조의3【기한 후 신고】
① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제 출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액 （세법에 의 한 가산세를 제외한다）이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다．다만， 자산재평가법 제15조 의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 학원교육활동 중의 사고로 수강생 및 학원 종사자가 입는 손해를 보상해 주는 업무를 영위하는 비영리법인으로서 이자소득만 발생하였고，2008사업연도에 □□□□조합 ○○지점 및 ◇◇은행 ○○○지점으로부터 21,380,123원 및 24,141,869원의 이자소득이 발생하여 2,994,540원 및 3,379,810원의 이자소득세를 원천징수 방식으로 납부하였다. (2) 청구법인은 법인세 신고기한인 2009. 3. 31．까지 2008사업연도 법인세 과세표준신고를 하지 아니하였다가 기한 후인 2009. 4. 23. 챙점 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하면서 해당 원천납부세액의 환급을 청구하였으나，처분청은 법인세법 시행령제99조 및 기한 후 신고에 의한 환급청구는 허용되지 아니한다는 2009. 5. 21. 기획재정부 국세예규심사위원회 의결에 근거하여 환급을 거부하였다． (3) 청구법인은 국세기본법 제45조의3 의 규정은 다른 세법에 우선하여 적용되고, 비영리법인의 이자소득을 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 하는 규정이 없으므로 환급을 거부한 처분은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다． (가) 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조에서는 비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여 전부 또는 일부를 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고，과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포 함시킬 수 없도록 규정하고 있다．이는 비영리법인의 이자소득의 과세방법에 대하여 선택권을 부여하되， 법적 안정을 위하여 일단 선택 한 후에 는 변경할 수 없게 하려는 취지이며, 기한 후 신고는 같은 법 제60조 제1항의 과세표준신고에 해 당하지 아니하므로 비영리법인이 기한 후 신고를 하는 경우 원천징수 이자소득은 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 보인다． (나) 기한 후 신고는 무신고자가 부담하여야 하는 가산세를 경감해 주기 위한 제도로서 납세의무의 확정 전까지 신고하는 경우에 한하여 허용하는 것이며，비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 원천징수방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된다고 할 것이므로，이미 납세의무가 확정되어 과세절차가 종결된 이자소득에 대하여 기한 후 신고 에 의한 환급청구를 허용하는 취지는 없다고 보인다． (다) 기한 후 신고에 의한 환급이 히용되면 신고납부 방식은 수정신고 또는 경정 청구가 불가능한 반면，원천징수 방식은 제척기간내에 언제든지 환급신청이 가능하여 양자간 불형평 문제가 발생하고，이자소득의 일부만 과세표준에 포함시키는 경우와도 불형평 문제가 발생하는 점에 비추어 보아도，비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의한 환급을 허용하였다고 보기 어렵다． (라) 국세기본법 제45조의3 의 기한 후 신고 규정이 2006. 12. 3α 법률 제8139호로 개정되어 ‘납부할 세액이 있는 자’ 로 한정되던 기한 후 신고 대상이 ‘법정신고기한내 과세표준신고서를 제출하지 않은 자’ 로 확대되어 ‘환급받을 세액이 있는 자’ 도 기한 후 신고 제도를 이용하여 과다납부된 세액을 환급받을 수 있도록 변경되었고，이러한 규정보다 법인세법 제62조 의 비영리법인의 원천징수 이자소득의 과 세표준신고 특례를 우선 적용한다는 규정을 두지 아니하였으나， 국세기본법 제45조의3 제3항 에서도 기한후 과세표준신고서를 제출한 경우 세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정하도록 규정하고 있어법인세법제62조의 적용이 배제된다고 보기어려울 뿐만 아니라，위의 법인세법의 취지에 비추어 보아도 기한 후 신고에 의한 이자소득의 과세표준신고 및 환급은 허용되지 아니한다고 보아야 할것이다．2010. 1. 1 법률 제9911호로 개정된 국세기본법 제3조 제1항 및 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 법인세법 시행령 제99조 제2항 에서 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 명시한 것은 본래의 규정 취지를 확인하는 규정으로 보아야 할 것이다. (마) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면，청구법인은 법인세 과세표준 및 세액을 기한 내에 신고하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하면서 원천 납부세액의 환급을 청구하였으나，신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되었다 할 것이며，기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없다고 판단된다． (4) 따라서 처분칭이 청구법인의 기한 후 신고에 의한 원천징수 이자소득의 환급청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.