청구인이 쟁점농지를 소유기간 중 자경한 것으로 볼 것인지 판단하기 어려우므로 재조사 결정함

○○세무서장이 2009.6.5. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 30,029,4580원 및 37,680,000원, 합계(2건) 67,709,450원의 부과처분은 청구인이 ○○○도 ○○시 ○면 ○○리 1901 답 3,801㎡ 및 같은 리 1620 답 1,569㎡를 그 소유기간 중 실제 경작하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구 인은 2004.6.29. ○○○도 ○○시 ○면 ○○리 1901 답 3,801㎡(이하 “ 쟁점①농지”이라 한다) 및 같은 리 1620 답 1,569㎡(이하 “쟁점②농지”라 하고, 쟁점①농지를 합하여 이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2008.1.17. ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 1298-10 답 3,794.9㎡ 및 같은 리 1299-11 답 1,983.2㎡(이하 “대토①농지”이라 한다)를, 2008.12.15. ○○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 1415-2 답 1,929.6㎡ 및 같은 리 1415-3 답 1,951.8㎡(이하 “대토②농지”라 하고, 대토농지①을 합하여 이하 “대토농지”라 한다)를 취득한 후, 2008.1.22. 및 2008.2.22. 쟁점①농지 및 쟁점②농지를 양도하고, 2008.3.28. 조세특례제한법제70조의 규정에 의거 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점농지에 대한 현지확인결과, 청구인이 쟁점농지를 3년 이상 경작하지 아니한 것으로 보아 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고, 쟁점②농지에 대하여는 소득세법제104조의3 규정에 의한 비사업용 토지로 보아 2009.6.5. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 30,029,450원 및 37,680,000원, 합계(2건) 67,709,450원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.14. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 중등학교 영어교사를 하던 중 1991년 부모님을 봉양하고자 고향인 ○○○도 ○○시 ○○리로 이사를 하여 농사를 겸하여 생활하였고, 1997년 10월경 메니엘스라는 어지럼증을 동반한 난청의 발병으로 명예퇴직을 하고 농사에만 전념하여 2001년 6월 전업농부에 선정되었으며, 2004년 5월 한국농어촌공사로부터 장기저리융자(연리 3％)를 받아 쟁점농지를 매입할 수 있었으나, 농자재 및 농약값 등이 치솟고, 정부수매가격이 하락하자 값싼 농지에서 더 많은 농작물을 수확하는 것이 효율적이라는 경제성을 고려하여 쟁점농지를 양도하고 대토농지를 취득하게 되었다. 청구인이 전업농부로서 2004년 6월부터 2008년 1월까지 3년 이상 쟁점농지에서 벼농사를 한 사실은 쟁점농지의 전소유주인 김○○와 마을 이장이 확인하고 있고, 전소유주 김○○는 쟁점농지를 양도후 2005년까지 벼농사 휴경기인 2월～5월 기간 중 쟁점②농지에서 고추 모종농사를 한 사실이 있으나, 나머지 기간은 청구인이 계속하여 벼농사를 지었으며 이와 같은 사실은 이장 김○○와 마을주민들이 인우증명을 하고 있고, 한국농어촌공사에서 발행한 쌀전업농 확인서, 농지원부, ○면농업협동조합의 농가별 양곡매입내역 조회서․농기계구입 및 면세유류 사용내역․농산물 출하확인서 및 농자재구입 관련 자료 등에 의하여 확인되고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 대체취득한 것이라는 농지는 청구인의 주소지에서 직선거리로 10㎞ 이상의 원거리에 위치하고 있어 경작상 필요에 의하여 대체취득하였다는 주장은 납득하기 어려우며, 청구인이 전업농민인 것은 다툼의 여지가 없으나, 쟁점농지의 전소유자 김○○는 양도이후에도 쟁점①농지에서 2005년도까지 계속 벼농사를 지었으며 청구인은 2006년부터 농사를 지었고 쟁점②농지는 비닐하우스를 설치하여 겨울에는 고추모종을, 여름에는 열무를 재배하였다고 진술한 바 있으며, 2008년까지 쟁점농지가 소재한 마을이장을 지낸 김○○도 위와 같이 사실확인하고 있는 바, 청구인이 증빙자료로 제출한 전소유자 등의 사실확인서 및 인우증명서는 당초 조사일 이후에 청구인의 회유에 의하여 작성된 것으로 판단되므로 청구인 주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점①․②농지를 3년 이상 자경한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조제1항에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

② 법 제70조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 전업농민으로서 2004년 6월부터 2008년 1월까지 3년이상 쟁점농지에서 벼농사를 경작하였다고 주장하면서 청구인의 주민등록초본, 쟁점농지의 농지원부․토지대장, 쟁점농지의 전소유주 김○○의 확인서, 쟁점농지 소재지 마을이장 김○○의 확인서, 인근 주민 박○○ 외 15명의 인우증명서, 한국농어촌공사의 쌀전업농 확인서, 쌀직불금 지급대상자 등록증, ○면농협의 농가별 양곡매입 및 면세유류 사용내역서, 농약․비료․농자재 구입거래내역서, 김○○에 대한 ○면사무소의 논농업직불금 부당지급지금 납부안내 공문, 농지매매계약서 및 사진 22매 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인의 주민등록초본에 의하며, 청구인은 1992.1.28. 이후 쟁점농지가 소재함 ○○○도 ○○군 ○면 ○○리에서 거주한 것으로 나타나고, 쟁점농지는 등기부등본에 의하면, 김○○가 1993.1.5. 취득하여 2004.06.29. 농업기반공사의 명의로 소유권이전등기(매매계약일은 2004.6.8)되었다가 같은 날 청구인의 명의로 소유권이전등기(매매계약일은 2004.6.10.)되었으며, 같은 날 농업기반공사가 청구인을 채무자로 하여 채권최고액 6,123만원의 근저당권 설정을 한 것으로 나타난다. (나) 김○○의 확인서(2009.4.28)을 보면, 김○○는 쟁점농지를 청구인에게 양도한 2004년 6월에는 모내기가 되어 있는 상태이었고, 논농사 휴경기인 2월～5월 중에는 비닐하우스를 설치하여 고추농사와 열무를 재배하였고, 6월부터는 청구인이 논농사를 지었으며, 청구인과는 먼 친척관계로 임차료를 수수핳 정도가 아니었고 청구인은 쟁점농지를 취득한 후 직접 경작하였으며, 직불금은 면사무소에서 농지 소유자를 미처 정리하지 아니하여 본인이 받았으나, 실제 경작자인 청구인의 요청으로 돌려주었다고 확인하고 있고, 쟁점농지 소재지의 마을이장 김○○의 확인서 및 인근지역 주민 박○○ 외 15명의 인우증명서를 보면, 청구인이 쟁점농지를 양수한 이후 직접 경작한 것으로 사실확인하고 있다. (다) 쌀전업농 확인서를 보면, 2009.4.14. 한국농어촌공사 ○○지사장이 청구인이 2001년 쌀전업으로 선정된 사실을 확인하고 있고, ○면농업협동조합이 발행한 농가별 양곡매입내역 조회 및 면세유류 사용내역서를 보면, 청구인으로부터 2004년～2008년 중 매년 30포～48포, 152만원～270만원 상당의 양곡을 매입하고, 2005년～2008년 중 면세 휘발유 152～291ℓ, 면세경유 150ℓ～2,580ℓ 정도를 사용한 것으로 되어 있으며, ○○시에서 발급한 쌀직불금 지급대상자 등록증을 보면, 아래 <표>와 같이 청구인이 쌀직불금 지급대상자로 등록되어 있고, 농약, 비료, 농자재 등 구입거래내역서 35매를 보면, 청구인이 2000년 ～2008년 중 ○○○도 ○○시 ○면 ○○리 120-3 ○○농약사에서, 2005년～2008년 중 ○면농업협동조합에서 각각 농약, 비료, 종묘, 농자재 등의 구입거래한 것으로 되어 있다. 〈표1〉쌀직불금 지급대상자 등록증(2005년～2008년) 농지 소재지 면적 농지 소유자 청구인의 등록현황 비 고 2005 2006 2007 2008

○○시 ○면 ○○리 1381 1,924

○○원

○ ○

○ ○

○○시 ○면 ○○리 1385-9 2,007

○○섭

○ ○○시 ○면 ○○리 1385-10 2,026

○○섭

○ ○○시 ○면 ○○리 1454 2,921 청구인

○ ○

○ ○

○○시 ○면 ○○리 1455 1,224 청구인

○ ○

○ ○

○○시 ○면 ○○리 1716 4,000

○○설

○ ○

○○시 ○면 ○○리 1620 1,569 청구인

○ ○ 쟁점①농지

○○시 ○면 ○○리 1901 3,801 청구인

○ ○ 쟁점②농지

○○군 ○○면 ○○리 893-1 1,970 청구인

○ 휴경

○ ○○군 ○○면 ○○리 893-2 3,263 청구인

○ 휴경

○ ○○군 ○○면 ○○리 1298-10 3,794 청구인

○ ○○군 ○○면 ○○리 1299-11 1,983 청구인

○ (다) ○면사무소의 논농업직불보조금 부당지급금 납부안내공문을 보면, 영농규모화사업 지침에 의하여 소유농지를 한국농촌공사에 팔거나 임대하였을 때에는 그 농지에 대하여 영농을 포기한 것이므로 직불금을 지급하지 않아야 하는데도 정부종합감사시(2006.3.2.～2006.3.17) 쟁점농지를 2004.6.8. 한국농촌공사에 매도한 김○○에게 보조금이 부적정하게 지급된 사실이 지적되었으므로 김○○로 하여금 2005년 중 부당수령한 논농업직불금 343,670원을 2006.4.6.까지 납부할 것을 안내하는 내용(○면-2698, 2006.3.30.)이고, 쟁점농지의 매매계약서를 보면, 2004.6.10. 농업기반공사와 청구인이 쟁점농지를 매매대금 4,860만원(잔금 지급일 2004.6.28.)에 매매계약하였으며, 특약사항으로 이 농지는 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의하여 지원된 농지로 농업기반공사의 동의를 얻지 아니하고는 매매계약일로부터 8년 이내에 타인에게 전매․증여․임대 또는 위탁경영할 수 없다는 등으로 약정되어 있다. (라) 청구인은 조세심판관회의(2009.9.17.)에 출석하여 한 의견진술에서 위와 같이 쟁점농지를 영농규모화사업의 일환으로 농업기반공사로부터 융자를 받아 취득하였으며, 동 사업은 FTA에 따른 국내 쌀생산 제고를 위한 사업으로 쌀전업농으로 선정된 자만 융자를 받을 수 있고, 이에 따라 농지를 취득한 자는 직접 자경하여야 하고, 이를 위배할 경우 계약해지 및 위약금이 부과되고, 쌀전업농 자격이 박탈되며 융자금을 일시에 상환하여야 하는 등의 불이익으로 “영농규모화사업”으로 취득한 농지를 대리경작하게 하는 일는 발생가능성이 거의 없고, 또한 김○○는 2006년 3월 쌀직불금 정부합동감사시 쟁점농지를 실제 경작하지 아니한 것으로 확인되어 2005년에 지급받은 직불금을 반환한 바 있으며, 쌀직불금 부당수령 문제가 전국적인 이슈가 되기 전까지는 이장을 통하여 면사무소의 직불금 관련 장부에 등록하면 특별한 일이 없는 한 농사를 짓지 않더라도 직불금을 계속 수령할 수 있었다는 등으로 진술하면서 청구인이 쟁점농지를 실제 경작하였다고 주장하였다.

(2) 그러나, 처분청이 과세근거로 제시하고 있는 쟁점농지에 대한 현지 조사복명보고서 등을 보면, 현지 확인일 현재 쟁점①농지는 김○○라는 인근 주민이, 쟁점②농지은 쟁점농지의 전소유자 김○○가 각각 비닐하우스 농사를 하고 있는 것으로 조사하고 있고, 김○○는 쟁점①농지는 2005년까지 본인이 경작하다가 2006년부터는 청구인이 경작하였고, 쟁점②농지는 양도이후 현재까지 계속 본인 경작하고 있으며 연간 30만원의 임차료를 지급하였다는 내용의 확인서를 작성하였고, 당시 쟁점농지 지역의 마을이장을 김○○은 김○○가 쟁점농지를 양도한 이후 2005년까지 농사를 지었다고 확인(김○○이 외출중이어서 조사공무원이 김○○과 전화로 확인한 후 김○○의 처 배○○이 확인서에 서명)한 것으로 되어 있으며, ○○○도 ○○시 ○면장의 쌀소득보전 직불금 수령자 확인공문(○면-5578, 2008.5.26.)을 보면, 처분청의 요청(재산세과-1939, 2008.5.22.)에 의거 쟁점농지에 대한 쌀소득보전 직불금을 2002년～2005년 중은 김○○가, 2006년은 청구인이 각각 신청 및 수령하였다는 내용으로 되어 있다.

(3) 위의 사실관계 및 청구인의 조세심판관회의에서의 의견진술 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 당시 쌀전업농으로 선정된 사실, ○면농협의 청구인으로부터 양곡매입내역과 청구인의 면세유 사용내역, 2005년～2008년 기간 중 청구인이 쟁점농지 외에 10필지 농지에 대한 쌀직불금 지급대상자로 등록된 사실, 쟁점농지의 전소유자 김○○의 확인서 및 인근지역 주민들의 인우증명 등을 보면, 당시 타인 소유의 농지를 여러 필지 경작하던 청구인이 본인의 소유인 쟁점농지도 직접경작하였을 것이라고 보여지나, 청분청의 당초 현지조사 당시 쟁점농지의 전소유자인 김○○와 당시 마을이장이던 김○○이 쟁점①농지는 김○○가 2005년까지, 청구인이 2006년부터 양도일까지 경작하였고, 쟁점②농지는 김○○가 양도한 이후 확인일 현재까지 계속 경작하였다고 확인하였다가 심판청구시 당초 진술내용이 착오에 의하였거나 잘못된 것으로 볼 만한 별도 증빙의 제시없이 번복한 사실 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 그대로 인정하기도 어려운 점이 있다.

(4) 그렇다면, 쟁점농지를 청구인이 소유기간 중 자경한 것으로 볼 것인지 여부는 위의 자료만으로 판단하기 어려우므로 처분청이 쟁점농지의 전소유자 김○○와 당시 이장 김○○ 및 인근지역 주민 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.