청구인에 대한 제2차 세무조사가 「국세기본법」제81조의4 제2항에 위배되는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.7.1.부터 경상남도 ○○시 ○○동 **-*에서 “△△△△”이라는 상호로 도소매업을 영위하는 사업자이다.
• 나. ◇◇지방국세청장은 청구인에 대하여 세무조사(이하“제1차 세무조사”라 한다)를 실시하고 과세자료를 통보하여 처분청은 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 42,975,360원을 부과처분하였다가, 이후 ◇◇지방국세청장이 청구인이 수입금액을 누락한 혐의가 나타나는 차명계좌를 확보하여 다시 세무조사(조사대상기간 2003년~2007년, 조사기간 2008.12.2.~2008.12.30., 이하“제2차 세무조사”라 한다)를 실시하고 과세자료를 통보하자, 처분청은 2009.4.9. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속분 32,776,290원, 2004년 귀속분 90,242,650원, 2005년 귀속분 3,240,900원, 2006년 귀속분 10,995,360원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ◇◇지방국세청장이 2008.7.14.부터 청구인에 대하여 2006과세기간 종합소득세 경정조사인 제1차 세무조사를 실시한 결과, 처분청이 2006년 귀속 종합소득세 42,975,360원을 부과처분한 사실이 있음에도, 제1차 세무조사가 끝난지 4개월도 되지 아니한 때인 2008.12.2.부터 ◇◇지방국세청장이 청구인의 2003과세기간부터 2007과세기간까지에 대하여 제2차 세무조사를 실시하고 그에 따라 처분청이 청구인에게 종합소득세 합계 139,856,110원을 부과처분하였다. 그러나, 제2차 세무조사는국세기본법제81조의4 및 동법 시행령 제63조의2 및 제63조의3에서 규정하는 같은 과세기간에 대한 중복조사의 금지규정에 위반되어 위법하므로 2006년 귀속 종합소득세 10,995,360원의 부과처분은 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 ◇◇지방국세청장의 청구인에 대한 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 하는 세무조사에 해당되므로 그에 따라 과세한 이 건 부과처분은 적법 ․ 타당하다.

• 가. 쟁점 청구인에 대한 제2차 세무조사와 그에 따른 과세처분이 같은 과세기간에 대한 중복조사를 금지한 국세기본법제81조의4 제2항에 위배되어 위법 ․ 부당하므로 제1차 세무조사 대상분인 2006년 귀속 종합소득세를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용금지】

① 세무공부원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 국세기본법 시행령 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의4 제2항 제5호에서 “그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기 ․ 매점매석 ․ 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의5 및 법 제81조의9의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ◇◇지방국세청장이 제1차 세무조사를 실시하여 부과처분을 하였음에도 그 조사가 끝난지 4개월도 되지 아니한 상태에서 청구인의 2003과세기간부터 2007과세기간까지에 대하여 제2차 세무조사를 실시하여 종합소득세를 부과처분한 이 건의 경우, 당해처분 중 국세기본법제81조의4 및 같은법 시행령 제63조의2에서 규정하고 있는 같은 과세기간에 대한 중복조사 금지규정에 위반되는 분인 2006년 귀속 종합소득세 10,995,360원의 부과처분은 이를 취소하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) ◇◇지방국세청장이 청구인에 대하여 제1차 세무조사를 실시하고 과세자료를 통보하여 처분청이 2006년 귀속 종합소득세 42,975,360원을 부과처분하였으나, ◇◇지방국세청장이 다시 청구인이 수입금액을 누락한 혐의가 나타나는 차명계좌를 확보하여 제2차 세무조사를 실시하여 청구인이 부도공장 및 산업현장에서 잉여자재를 무자료로 매입하고, 배관자재공장에 무자료로 납품하면서 친인척 및 경리직원 명의의 예금계좌를 이용하여 수입금액을 신고누락한 내역(소매매출누락 1,529백만원 등을 적출) 등을 조사하고 과세자료를 통보하여 처분청이 위와 같이 종합소득세를 부과한 사실이 조사복명서 등의 심리자료에 의하여 확인된다. (나)국세기본법제81조의4 제2항에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 원칙적으로 재조사를 금지하되 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 예외적으로 재조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있고, 여기서 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료라 함은 조세탈루한 금액을 확정할 수 있을 정도의 증빙서류 일체가 갖추어져 있어 동 서류만 가지고도 바로 과세를 할 수 있는 경우 뿐만 아니라 제보자료 또는 기타 자료상 조세를 탈루한 혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루한 사실이 확인될 가능성이 높은 경우까지도 포함하는 것으로 해석된다. (다) 제2차 세무조사 복명서에 의하면, 청구인이 친인척 및 경리직원 명의의 예금계좌를 이용하여 수입금액을 신고누락한 사실과 소매분을 매출누락하고 무자료로 매입한 내역 등을 적출한 사실 등이 조사되어 있는 것이 확인되는 만큼, 이 건 부과처분의 전제가 되는 위 세무조사가 조세탈루한 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 의하여 이루어진 것으로 보이고, 청구인은 제2차 세무조사에 따른 종합소득세 부과처분에 대하여 그 정당성을 스스로 인정하고 있다.

(2) 그렇다면, 조세탈루의 혐의에 대하여 실시한 재조사(제2차 세무조사) 및 그에 따라 종합소득세를 과세한 이 건 부과처분은 국세기본법제81조의4 및 같은법 시행령 제63조의2에서 규정하는 중복조사금지대상에서 제외되는 세무조사 및 그에 따른 부과처분이므로 적법 ․ 타당하고 이와 다른 청구인 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.