매매계약일(2003.11.12.) 현재 농지로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.3.20. ○○○동 1-3 답 54㎡, 1-4 답 164㎡, 1-5 잡종지 450㎡, 1-6 답 39㎡, 1-7 답 67㎡, 6-1 답 2,157㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 양도하고 2008.6.2. 양도소득세 확정신고시 조세특례제한법 제69조 규정에 의한 8년 이상 자경농지 양도에 해당한다고 보아 양도소득세 81,726,670원을 감면신청하였다.
• 나. 처분청은 위 6-1 답 2,157㎡가 6-1 595㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 6-4 1,562㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)로 분할되어 양도당시 건물 부수토지 및 주차장용지로 사용된 것으로 보고, 8년 이상 자경농지 양도에 대한 감면규정의 적용을 배제하여 2009.1.7. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 62,154,920원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.17. 이의신청을 거쳐 2009.7.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지의 상속개시당시 면적은 2,157㎡였으나, 2004.11.1. 토지분할로 인하여 종전 6-1은 595㎡, 6-4는 1,562㎡로 새로운 지번을 부여받았으며, 분할의 원인은 ○○○시에서 추진하는 신항만 배후 도로공사와 관련하여 6-4는 장차 도로로 수용될 지번이고 사업인정고시일은 2004.10.4.이며 처분청이 주장하는 가설물과 주차장은 도로공사 업체인 ○○○개발이 ○○○구청에 가설물허가신청한 면적으로서 분할 전 6-1의 2,157㎡중 1,050㎡이고, 나머지 면적은 가설물에 대한 주차장으로서 건설현장 인부들의 주차공간으로 이용되고 있다. 또한 청구인은 급전이 필요하여 수용보상금 지급 전에 쟁점토지를 제3자에게 양도하였고 공사가 시행되기 전까지 재촌·자경하였으며 양도시기에는 본인의 의사와 관계없이 농지로 사용되지 못하였으나, 공사착공 시점(계약당시)을 양도시점으로 판단하여야 하며, 만일, 잔금청산일을 양도시기로 본다면 국가에서 시행하는 사업과 관련하여 협력한 사람만 피해를 보게 되어 정부가 공평과세원칙과 재산권을 부당하게 침해하는 것이 되므로 감면규정이 적용되는 불가피한 사유로 인한 예외로 인정하여야 하고, 쟁점토지는 2009.3.11.자 지적공사의 측량결과와 같이 도로공사 기간에만 농지로 사용하지 못하였을 뿐, 그 전·후에는 실제 자경하였으므로 감면규정을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 의 단서규정을 근거로 계약당시 농지였으므로 감면조건을 모두 충족하였다고 주장하나, 청구인이 2003.11.12. 작성한 매매계약서에는 형질변경, 건축착공 등에 관한 계약조건 내용이 전혀 언급되어 있지 아니하며, 설사, 단서조항을 인정한다 하더라도 2003.10.18.자 항공사진에 의하면 매매계약체결일 이전에 이미 농지로 사용되고 있지 않음이 확인되므로, 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지 양도에 대한 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매매계약체결일(2003.11.12) 현재 농지로 보아 8년 이상 자경농지 양도에 대한 감면규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정) (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정)

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006.4.28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 2003.11.12. 작성한 매매계약서에는 형질변경, 건축착공 등에 관한 계약조건 내용이 전혀 언급되어 있지 아니하며, 2003.10.18.자 항공사진에 의하면 계약일 이전에 이미 주차장용지 등으로 사용된 사실이 확인되므로, 양도소득세를 과세하였으며, 이에 대하여 청구인은 공사착공 시점(계약당시)을 양도시점으로 판단하여야 하고, 만일, 잔금청산일을 양도시기로 본다면 국가에서 시행하는 사업과 관련하여 협력한 사람만 피해를 보게 되어 정부가 공평과세원칙과 재산권을 부당하게 침해하는 결과를 초래하게 되므로 감면규정이 적용되는 불가피한 사유로 인정하여야 하고, 쟁점토지는 도로공사 기간에만 농지로 사용하지 못하였을 뿐, 그 전·후에는 실제로 자경하였으므로 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청의 양도소득세 현지확인 종결복명서에 의하면, 쟁점토지①에는 2002년에 신축된 ○○○신항배후도로 건설공사2공구 건설사무소가 업무용으로 사용되고 있어 건축물의 부수토지로 확인되고, 지방세 과세내역에 의하면, 쟁점토지①은 2002년부터 2007년까지 건축물(연면적 1,048㎡)의 부속토지로 별도합산 과세하였음이 확인되는 바, 위 현지확인 내용과 같이 쟁점토지는 건축물의 부수토지로 감면대상 농지가 아님이 확인되므로 감면규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 양도계약 체결일인 2003.11.12. 현재 농지였음을 입증하는 증빙으로 아래와 같이 양도당시 매매계약서와 지적현황측량성과도를 제출하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 제출한 양도당시 매매계약서에 의하면, 취득일은 1979.12.22., 양도일은 2007.3.20.이고, 계약체결일은 2003.11.12.이며, 특약사항으로, 매매하는 부동산은 ○○○구청에 매매허가가 완료되는 시점에 잔금을 지급하고, 쟁점토지①에 대한 가압류가 말소되면, 1억4,500만원을 지불하고 잔금시 1억3,000만원을 지불하며, 계약체결일 당일에 근저당설정금액 6억원과 계약서는 공증하고, 지상건물 360만원 중 가압류 만료시점을 기준으로 매도인 160만원, 매수인은 200만원을 각각 지불하기로 약정한 것으로 기재되어 있다. (나) 청구인은 2009.3.10.자 측량한 “지적현황측량성과도”상에 아래 <표>와 같이 쟁점토지①의 면적 595㎡ 중 493㎡와 쟁점토지②의 면적 1,562㎡중 838㎡가 경작지라고 표시되어 있으므로 쟁점토지가 양도당시에는 농지에 해당함을 주장한다. (다) 처분청은 위 “지적현황측량성과도”상에 쟁점토지①의 면적 595㎡ 중 493㎡이 경작지라고 표시되어 있으나, ○○○구청에서 확인한 “가설건축물축조신고서” 및 농지전용 관련 서류인 “농지 타용도 일시사용기간연장협의”에 의하면 쟁점토지②의 면적 1,562㎡ 중 455㎡와 쟁점토지①의 면적 595㎡를 타용도(대지)로 전용한 사실이 확인되며, 쟁점토지①은 항공사진 등에 의하여 건축물이 있었던 것으로 확인되어, 쟁점토지①의 면적 595㎡ 중 493㎡는 양도당시 경작지가 아닌 것으로 보아 과세하였음이 처분청의 현지확인 조사내용 등에 의하여 확인된다. (라) 또한 처분청 조사공무원이 확인한 지방세 과세내역에 의하면, 쟁점토지①은 2002년부터 2007년까지 건축물(연면적 1,048㎡)의 부속토지로 별도합산과세하였음이 확인되고, 인터넷 사이트인 ○○○에서 제공한 2003.10.18.자 및 2006.11.30.자 항공사진에 의하면, 쟁점토지에 인공적인 가설물이 있고 가설물 앞쪽은 차량이 주차되어 있어 주차장으로 사용되고 있었던 것으로 나타난다. (3) 조세특례제한법 제66조 제5항 규정에 의하면, 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(6) 위 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법 제66조 제5항 규정에 의하여 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지에 해당하면, 8년 이상 자경농지 양도에 대한 감면규정을 적용받을 수 있다할 것이나, 청구인의 경우는 ○○○구청장이 확인한 “가설건축물축조신고서”와 “농지 타용도 일시사용기간연장협의”에 의하면, 청구인은 쟁점토지②의 면적 1,562㎡ 중 455㎡와 쟁점토지①의 면적 595㎡를 타용도(대지)로 전용한 사실이 확인되는 점, 쟁점토지①은 2002년부터 2007년까지 건축물(연면적 1,048㎡)의 부속토지로 지방세 별도합산 과세대상이었음이 확인되고, 인터넷 사이트인 ○○○에서 제공된 2003.10.18.자 및 2006.11.30.자 항공사진에 의하면, 쟁점토지에 인공적인 가설물이 있고 가설물 앞쪽은 차량이 주차되어 있어 주차장으로 사용하고 있었던 것으로 보이는 점 등으로 보아 쟁점토지는 양도당시(계약체결일 현재) 농지에 해당하지 아니하는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 8년 이상 자경농지 양도에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.