조세심판원 심판청구 양도소득세

비사업용 토지에서 제외하여야 한다는 주장의 당부

사건번호 조심-2009-부-2705 선고일 2010.06.29

농지는 공익사업을 위해 협의매수된 토지로 나타나고 사업인정 고시일부터 5년 이전에 취득한 사실이 확인되어 비사업용 토지에서 제외되어야 함

주 문

○○○세무서장이 2009.4.15. 청구인에게 한 2008년 귀속분 양도소득세 322,896,870원의 부과처분은 ○○○ 2필지 1,910㎡를 비사업용 토지에서 제외하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.5.3. 경상남도 ○○○외 2필지 1,910㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2008.8.29. ○○○(주)에 양도하고 쟁점농지가 조세특례제한법 제69조 의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 해당된다 하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
  • 나. 처분청은 2008.12월 쟁점농지에 대한 현지확인 조사결과, 청구인이 쟁점농지 보유기간중 ○○○에서 중국음식점을 운영하였고, 청구인의 사돈인 ○○○(1937년생)이 쟁점농지를 대리경작하였다 하여 양도소득세 감면을 배제하고 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 2009.4.15. 청구인에게 2008년 귀속분 양도소득세 322,896,870원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 중식당을 경영하지만 주된 고객이 조선소의 직원들이라 저녁회식이 많아 낮에는 한가하고 월 4회씩 휴일이 있어 충분히 자경이 가능하였고, 처분청이 대리경작인으로 본 ○○○은 청구인의 사돈(처제의 시아버지)으로 74세의 고령이며 심장협심증까지 앓고있어 현실적으로 농사를 지을 수 없는 현실이다. 청구인은 쟁점농지 이외에도 여러 필지의 농지를 보유하면서 실지로 자경을 한 사실이 농지원부, 비료농약 등 구매확인서, 쌀소득보전직접지불금수령내역서, 농기계대여사실확인서 등에 의하여 확인되므로 쟁점농지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 인정하여야 한다.

(2) 쟁점농지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 인정하지 아니하여 감면을 배제한다 하더라도 쟁점농지는 취득일이 2000.5.3.이고, 2008.4.4. 산업입지 및 개발에 관한 법률제19조의 규정에 의하여 ○○○시장이 ○○○ 실시계획을 승인고시(○○○호)하였고, 2008.7.15. 쟁점농지의 취득자(농공단지사업시행자)인 ○○○㈜와 청구인간에 체결한 매매계약서 제1조(매도인과 매수인 쌍방 합의하에 아래와 같이 매매계약을 체결한다)의 약정내용에 따라 쌍방 합의하에 매매계약을 체결하고 2008.8.29. 매매거래된 토지로서, 사업인정고시일 이후 협의에 의한 매매 역시 조세특례제한법 기본통칙 77-0‥‥2 [토지수용의 범위] 제1호의 규정(토지수용법에 의한 사업인정고시일 이후 협의에 의하여 매매계약이 체결되어 양도한 경우)에 의한 수용의 범위에 포함되어, 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 의 규정에 의한 “비사업용 토지로 볼 수 없는 사업인정고시일(2008.4.4.)부터 5년 이전(2000.5.3.)에 취득한 토지”에 해당되므로 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 60%의 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 경정되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점농지를 대리경작한 것으로 조사된 ○○○은 1주일 이상 심장협심증으로 입원한 사실이 없고, 비료구입내역에 의하면 쟁점농지 이외에도 외지인 소유의 다수 농지를 대리경작한 것으로 보이며, 청구인은 중식당 운영으로 얻은 소득의 대부분을 부동산 취득에 사용한 사실이 나타나고, 청구인이 쟁점농지를 자경한 사실을 객관적으로 입증할만한 구체적인 증빙이 없어 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 감정평가서상 쟁점농지의 감정평가액은 287,770천원으로 실제 보상가액 779,992천원과 큰 차이가 나고, 상기 농공단지조성을 위해 편입된 토지의 소유주는 약 23명에 불과하며, 또한 쟁점농지의 소유권이전등기 원인이 “매매”로 기재된 점으로 보아 ○○○(주)에서 쟁점농지와 인근토지 등 총 59필지의 토지를 농공단지부지로 편입하면서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령에 의거 협의매수라는 일련의 절차를 거치지 아니하고 일반매매 방식으로 매매계약을 한 것으로 판단되므로 상기 농공단지개발 실시계획 승인고시일인 2008.4.4.을 쟁점농지의 사업인정고시일로 볼 수 없어 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

(1) 쟁점농지가 8년 이상 자경농지에 해당되므로 양도소득세를 감면하여야 한다는 주장의 당부

(2) 쟁점농지를 8년 이상 자경농지로 인정하지 아니한다 하더라도 비사업용 토지에서는 제외하여야 한다는 주장의 당부

  • 나. 관련법령 <쟁점(1)관련> (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(이하생략) (2) 조세특례제한법시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 소득세법시행령 제168조의8【농지의 범위 등】① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(지소)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가농지법제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다(이하 생략).

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "농지법그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다. 4.농지법제6조 제2항 제7호의 규정에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 <쟁점(2)관련> (1) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,농지법그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다(이하생략).

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】③법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당토지를 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지 (3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제19조【농공단지개발실시계획의 승인】① 농공단지의 사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농공단지개발실시계획을 작성하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어야 한다. 제19조의2【실시계획의 승인고시 등】④ 제1항 내지 제3항의 규정은 제19조의 규정에 의한 농공단지실시계획 승인의 경우에 이를 준용한다. 제22조【토지수용】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제7조의4 제1항에 따른 산업단지의 지정고시가 있는 때 또는 제19조의2의 규정에 의한 농공단지실시계획의 승인·고시가 있는 때에는 이를공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 손실 보상에 관한 법률제20조 제1항 및 동법 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단 <쟁점(1)에 대하여>

(1) 청구인은 2000.5.3. 쟁점농지를 취득하여 보유하다가 2008.8.29. ○○○(주)에 양도하고 쟁점농지가 조세특례제한법 제69조 의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 해당된다 하여 양도소득세 감면신청을 한 사실이 양도소득세신고서 등에 나타나고, 처분청은 청구인이 쟁점농지 보유기간중 ○○○에서 중국음식점을 운영하였고, 청구인의 사돈인 ○○○이 쟁점농지를 대리경작하였다 하여 양도소득세 감면을 배제한 후 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 중식당을 경영하지만 낮에는 한가하고 월 4회씩 휴일이 있어 충분히 자경이 가능하였고, 처분청이 대리경작인으로 본 ○○○은 청구인의 사돈(처제의 시아버지)으로 74세의 고령으로 심장협심증까지 앓고 있어 현실적으로 농사를 지을 수 없는 형편이며, 청구인이 쟁점 농지 이외에도 여러 필지의 농지를 보유하면서 실지로 자경을 한 사실이 ○○○, 상품별매출내역조회서(비료구매입증, 2005~2008), 영농자재구입(청구인)확인서(2004~2007), 쌀소득등보전직접지불금등록신청서(2006~2008), 청구인 명의의 ○○○통장사본, ○○○(처분청이 대리경작인으로 조사)의 의무기록사본(협심증환자 주장), ○○○이 보관중이라는 정미기계의 사진, ○○○의 확인서, ○○○의 확인서(농기계대여자 주장) 등에 의하여 확인되므로 쟁점 농지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 인정하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실이 있으므로 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점농지를 보유 하기 이전부터 쟁점농지와 다른 지역에서 중국음식점을 운영해 오고 있는 것으로 조사된 점, 쟁점농지를 청구인의 사돈인 ○○○이 대리경작한 것으로 처분청이 조사한 점, 그 밖에 청구인이 제시한 증빙의 내용만으로는 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실이 구체적으로 입증되지 아니하는 점 등으로 보아 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. <쟁점(2)에 대하여>

(1) 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 재촌·자경한 것으로 인정하지 아니하여 감면을 배제한다 하더라도 쟁점농지의 취득일이 2000.5.3.이고, 2008.4.4.산업입지 및 개발에 관한 법률제19조의 규정에 의하여 쟁점농지에 대하여 거제시장이 ○○○ 실시계획을 승인고시(○○○)하였고, 2008.7.15. 쟁점농지의 취득자(농공단지 사업시행자)인 ○○○㈜와 청구인간에 체결된 매매계약서 제1조(매도인과 매수인 쌍방 협의하에 아래와 같이 매매계약을 체결한다)의 약정내용에 따라 쌍방 협의하에 매매계약을 체결하고 2008.8.29. 매매 거래된 토지로서, 사업인정고시일 이후 협의에 의한 매매 역시 수용의 범위에 포함되어 소득세법 시행령제168조의14 제3항 제3호의 규정에 의한 “비사업용 토지로 볼 수 없는 사업인정고시일(2008.4.4.)부터 5년 이전(2000.5.3.)에 취득한 토지”에 해당되므로 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 60%의 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 경정되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 쟁점농지의 취득일은 2000.5.3.인 사실이 등기부등본에 나타나고, 쟁점농지의 매매거래 과정을 살펴보면, 2008.4.4. ○○○시장은 쟁점농지에 대하여 ○○○ 실시계획을 승인고시하였고, 2008.7.15. 쟁점토지의 사업시행자인 ○○○㈜는 청구인과 매매계약을 체결하였는 바, 동 계약서 제1조에는 쟁점농지를 쌍방 협의하에 매매하기로 한다고 약정되어 있으며, 이에 따라 청구인은 2008.8.29. 쟁점농지의 소유권을 농공단지 사업시행자인 ○○○㈜와 쌍방 협의하에 이전해 준 사실이 협의총괄표(2007.10.9.∼2008.8.29. 기간중 협의진행상황이 나타남), 산업단지편입토지 보상협의 요청공문(2008.4.22.), 보상협의일지(○○○ 총무과 직원이 협의내용을 정리), 농공단지편입토지 보상관련공문(2008.6.9.), 공사진입로내 공사진행방해 현장사진(지주들의 매립공사현장 방해사진을 ○○○측이 촬영) 등에 나타난다. (3) 소득세법 제104조의3 제2항 에 따르면, 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제168조의14 제3항에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하면서, 그 제3호에서공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지를 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니하였다 하여 양도소득세 감면을 배제하는 한편 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 중과세율(60%)을 적용하여 이 건 과세하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점농지는 공익사업을 위한 한내조선 특화농공단지 조성을 위하여 협의매수된 토지로 나타나고 사업인정 고시일부터 5년 이전에 취득한 사실이 확인되므로소득세법제104조의3의 규정에 따라 비사업용 토지에서 제외되어야 함이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세 기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)