부동산을 증축・분양하면서 실지 지출된 관리비 등을 자본적지출로 보아 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 주주로 등재되어 있던 주식회사 ○○○○(부동산임대업, 1983.6.29. 개업, 이하 “○○○○”라 한다)는 1984.3.28. 주식회사 성○○○로부터 ○○특별시 ○○구 ○○동 701-3 소재 ○○시장내 대지 2,992㎡ 및 근린생활시설 건물 3,819.58㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 10억940만원에 취득하고 2001.4.30. 주식회사 ○○기업에게 72억5,000천만원에 양도한 것으로 하여 2001사업년도 법인세과 특별부가세를 신고·납부하였다.

○○지방국세청장은 2002년 12월 ○○○○를 조사한 결과, 쟁점부동산의 양도가액을 79억5,000만원으로 확인하여 ○○세무서장에게 과세자료를 통보하였고, ○○세무서장은 2003.1.4. ○○○○에게 2001사업년도 법인세와 특별부가세 3,035,616,330원을 부과하면서 ○○○○주주 43명에게 각 지분율에 상당하는 금액을 한도로 하여 제2차 납세의무자로 지정하였다.

○○○○는 쟁점부동산의 실질적 소유자가 ○○○○의 주주로 등재되어 있던 43명의 상인들(이하 “상인들”이라 한다)이고, 상인들이 각자 실제 소유자로 등기할 수 없어 명의신탁한 것에 불과하므로 쟁점부동산의 실제소유자를 상인들로 보아 법인세를 취소해 달라는 취지로 2003.6.4. 행정소송을 제기하여 2007.6.28.대법원에서 승소하였다.

○○세무서장은 위 대법원의 판결내용을 근거하여 2007.8.24. ○○○○의 법인세 부과를 취소하고, 쟁점부동산의 실제소유자였던 상인들에게 양도소득세를 부과하라는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 쟁점부동산 중 청구인 지분 0.82%에 해당하는 양도차익을 기준시가로 계산하여 2008.12.1. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 12,994,460원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.19. 이의신청을 거쳐 2009.6.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점부동산의 양도차액을 산출함에 있어 자본적지출액 1,681,097,194원만을 필요경비로 인정하였으나, 상가를 증축·분양하면서 실제 지출된 비용 2,099,387,108원을 추가 필요경비로 인정하여야 한다.

(2) 상인들이 쟁점부동산을 지분으로 소유하다가 양도한 것에 대하여, ○○세무서장은 실지거래가액으로 과세하였고, 처분청은 기준시가로 과세하였는 바, 쟁점부동산의 양도에 대하여 처분청에 따라 서로 다른 과세기준을 적용하는 것은 공평과세에 어긋나므로 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 증축·분양비용 2,099,387,108원을 추가 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 위의 비용은 수익적 지출비용에 해당하여 필요경비로 인정할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 대법원판결에 따른 명의신탁을 내세우면서 기준시가에 의한 경우보다 오히려 자신에게 유리한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 줄 것을 요구한다는 것은 결국 법이 규제하고자 하는 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법을 내세워 다른 일반거래자 이상으로 법의 보호를 받겠다는 것에 지나지 아니하므로 공평과세의 견지에서 이를 허용하기 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점부동산을 증축·분양하면서 실지 지출된 2,099,387,108원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 쟁점부동산의 각 지분양도에 대하여 처분청에 따라 기준을 달리하여 과세하는 것이 공평과세에 어긋나는지 여부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제79조 【불고불리·불이익변경금지】

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부적절한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

○ 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청의 심리자료를 보면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 필요경비 내역 등을 구체적으로 제시하지 못한다는 이유로 ○○○○가 쟁점부동산을 양도하고 법인세 신고시(2001사업년도) 제출한 특별부가세 과세표준 및 세액계산명세서상 증축과 관련된 3,780,484,302원 중 자본적 지출액에 해당하는 1,681,097,194원(증축공사비 1,500,000,000원, 설계비 65,000,000원 등)만을 필요경비로 인전한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 쟁점부동산의 필요경비 내역을 아래<표>와 같이 제시하고 있는 바, <표>쟁점부동산의 필요경비 내역 (단위: 원) 비목 금액 비고 증축설계비 1,500,000,000 기 인정 설 계 비 65,000,000 기 인적 분양수수료 23,700,000 지급이자 696,000,000 관리비등 경비 994,784,302 적자부채 200,000,000 고도제한 판공비 50,000,000 매매사기 피해액 100,000,000 가 설계비 41,000,000 일부 인정 분양사기 피해액 50,000,000 불량배 비용 60,000,000 계 3,780,484,302 처분청이 쟁점부동산의 필요경비로 인정하지 아니한 관리비 등은 소득세법상소정의 양도소득세 필요경비 항목에 해당한다고 보기 어렵다. (다) 따라서, ○○○○가 쟁점부동산을 부동산임대업으로 사용하면서 지출된 항목 중 증축공사대·설계비 등 자본적 지출액 1,681,097,194원은 소득세법상양도소득세 필요경비 대상항목에 포함된다고 보기 어려우므로 처분청이 동 금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 위의 쟁점① 청구인 주장을 인정하지 아니한 상태에서 본 건 쟁점만 청구인의 주장을 받아들일 경우 실지거래가액에 의한 양도차익 55,962,583원이 당초 양도차익 28,800,099원 보다 많아 청구인에게 불이익을 초래하게 되므로 이 건은 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초처분이 유지되어야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.