미분양분을 양도하고 청구법인의 매출액으로 인식한 쟁점 부동산에 대한 보존등기비용은 청구법인의 취득원가를 구성하므로 손금산입에 해당함.
미분양분을 양도하고 청구법인의 매출액으로 인식한 쟁점 부동산에 대한 보존등기비용은 청구법인의 취득원가를 구성하므로 손금산입에 해당함.
○○○세무서장이 2009.1.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 제1기분 250,477,590원, 2006년 제2기분 712,437,420원과 법인세 2005사업연도분 2,939,596,890원, 2006사업연도분 5,981,067,470원, 2007사업연도분 406,894,480원의 부과처분은,
1. 2006.9.14. 청구법인이 ○○○에게 양도한 ○○○ 외 9필지의 ○○○주상복합빌딩 10층ㆍ13층 건물 10,491.27㎡의 시가를 2006.9.21. 청구법인이 ○○○주식회사에 양도한 6층ㆍ9층 건물의 매매사례가액으로 하여법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것으로 하고, 2006.11.10.부터 2006.12.7.까지 ○○○주식회사로부터 청구법인이 수령하여 납부한 6,785,013,440원(취득세 4,686,156,340원, 등록세 2,044,868,220원, 소방설비설치대 53,988,880원)을 청구법인의 손금에 산입하는 것으로 하여 2006년 제2기 부가가치세 및 2006사업연도 법인세 과세표준과 세액을 각 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세금계산서가 가공거래에 따른 세금계산서에 해당함을 인정하나, 쟁점빌딩 분양사업은 당초 ○○○가 ○○○으로부터 전체인수토지의 매수계약을 체결하여 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업을 추진하려 하다가 자금조달문제로 주주인 ○○○과 ○○○간의 의견충돌로 사업권을 청구법인에게 양도하고 사실상 해산함에 따라 ○○○(○○○의 주주이며 사실상 운영자)에게 지분포기 대가로 550,000,000원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 지급한 것이며, 청구법인이 ○○○에게 쟁점①금액을 지급하고 ○○○가 ○○○에게 지급하는 것이 순서이나 청구법인이 ○○○에게 직접 지급한 것은 ○○○의 해산에 따른 자본금 반환 절차를 간소화하기 위한 것으로, 그 실질은 청구법인이 ○○○에게 지급한 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업의 영업권 대가를 ○○○를 대신하여 ○○○에게 지급한 것이므로 동 영업권에 상당하는 감가상각비는 각 사업연도의 소득금액계산시 손금으로 인정되어야 함에도 손금불산입한 처분은 부당하다.
(2) 부당행위계산의 부인규정 적용시 “시가”의 입증책임은 과세관청에게 있는 것인바, 쟁점컨설팅수수료 중 쟁점②금액인 1,526,916,667원(2003년 610,766,667원, 2004년 916,150,000원)은 청구법인이 ○○○과 자문용역계약을 체결할 당시, 전 대표이사의 부정으로 인한 해임, SK그룹*/ 분식회계사건발생으로 시공사 ○○○의 신용도 하락, 이로 인한 금융기관의 중도금 집단대출거부 등으로 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업이 중단될 위기상황에 처함에 따라 청구법인의 모든 경영활동이 전적으로 ○○○의 경영자문용역에 의존하여 이루어졌던 것으로 총분양예정가액의 2%에 상당하는 쟁점컨설팅수수료는 결코 시가를 초과한 것으로 볼 수 없는 것임에도, 처분청이 컨설팅용역제공에 대한 수수료의 시가산정시 수익률을 50%에서 30%로 조정하여 적용한 것은 관련법령상 근거가 없는 용역원가산정기준으로 법인세법 시행령제89조 제4항 제2호의 규정과 부합하지 않는 임의적인 수치에 불과한 것이라는 점에서 볼 때 시가로 인정할 수 없는 것이고, 용역료산정근거에 대한 증빙으로 ‘경영관리위탁용역계약서(2003.5.6. 작성)’를 제출하였음에도 청구법인이 구체적인 증빙을 제출하지 못하고 있다 하여 ○○○에게 지급한 쟁점②금액의 컨설팅수수료를 특수관계자간 경제적 합리성이 결여된 시가를 초과한 과다지출액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(3) 2002.3.28. 청구법인은 대표이사 ○○○의 남편 ○○○로부터 가수금 형식으로 32억원을 차입하여 ○○○으로부터 ○○○ 발행 주식 494,800주 등을 취득하였으나 청구법인의 설립초기에 차입금으로 주식투자를 한다는 비판과 채무과다로 인한 금융상 불이익 등을 우려하여 주식 취득시점에 장부상 부채(○○○ 가수금 32억원)와 취득한 투자유가증권을 동시에 제거하는 분식회계처리를 한 후 2003.12.29. ○○○(실지 대여자는 ○○○)에 대한 가수금 12억원을 반제하기 위하여 2002.3.29. 장부에서 제거하였던 ○○○ 발행 주식 494,800주와 이에 해당하는 ○○○의 가수금 12억원을 원상회복시키면서 동시에 원상회복된 가수금 12억원을 ○○○에게 반제하면서 직접 ○○○에게 그 대금을 송금한 것임에도 2003.12.29. 청구법인이 특수관계자 ○○○로부터 쟁점주식을 실지 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (4)법인세법제52조의 부당행위계산의 부인규정을 적용함에 있어서 시가로 볼 수 있는 감정평가법인의 감정가격은 그 거래당시에 당해 자산에 대한 감정가액의 요건을 충족하여야 함에도 처분청이 시가산정의 기초로 삼은 2007.1.2.자 기준 ○○○의 감정가액은 쟁점부동산을 분양할 당시(2006.9.14.)의 원형(일반적인 근린생활시설)상태의 감정가액이 아니라 평가기준일(2006.9.14.)로부터 4개월 이상 경과된 이후 근린생활시설용 건축물에서 병원용 건축물로 용도변경하고 병원용 시설 및 인테리어가 완공된 상태의 감정가액이므로 분양당시 쟁점부동산(근린생활시설)과 감정평가대상(병원용 건물)과는 동일한 자산으로 볼 수 없고, 쟁점부동산의 분양시점과 감정평가기준시점간에는 가격이 변동된 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다고 보이므로 법인세법 시행령제89조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 감정가액으로 볼 수 없는 것이며, 청구법인이 ○○○에게 쟁점부동산을 60억원에 분양한 것은 주상복합건물 중 상가 등 분양률이 30%에도 미치지 못함에 따른 미분양분의 증가로 자금난 가중 및 ○○○의 분식회계사건이 발생하여 신뢰도가 급격히 낮아진 상태에서 금융기관으로부터 중도금 집단대출을 중단하고자 하는 등 사업중단 및 파산직전 상태에서 그 동안 집단대출을 주관하고 있던 주거래은행(구 ○○○)이 쟁점빌딩의 이미지개선 및 미분양리스크 감소 등을 위해 ○○○의 입점을 강력히 요구하였고, 이에 따라 다른 곳에 개원을 검토중이던 ○○○는 쟁점부동산의 위치가 10층ㆍ13층으로 병원이 입점하는 경우 환자이송문제 등 불편사항을 문제삼아 불이익 보전요구함에 따라 ○○○과 협의된 미분양분의 양도가액 등을 종합적으로 고려하여 ○○○와 협의를 통하여 ○○○이 입점하는 조건으로 합리적인 의사결정에 따라 형성된 정상적인 거래가액임에도 처분청이 법인세법 시행령제89조에서 규정하고 있는 시가산정방식이 아닌 2007.1.9. ○○○이 대출받기 위해 ○○○가 ○○○에 감정의뢰하여 받은 190억원에서 ○○○가 학원용 건물에서 병원용으로 용도변경하여 병원용 시설 및 인테리어 등 추가투입한 공사비만을 차감하는 방식으로 산정한 금액을 시가로 보고 동 시가에서 실제분양가액을 차감한 쟁점④금액을 저가양도한 것으로 보아 과세한 처분은 위법ㆍ부당하다. 설령, ○○○가 취득한 쟁점부동산의 실제분양가액을 거래당시 적정한 시가로 볼 수 없다고 하는 경우, 청구법인은 쟁점부동산 매매계약시점인 2006.9.21.(2006.9.14. 기준으로 미분양자산을 2006.9.21. ○○○에게 양도하는 계약을 체결) 특수관계없는 ○○○에게 쟁점빌딩 상가동의 6층ㆍ9층(영화관 용도)을 단위면적(㎡)당 790,949원에 양도하였는바, 거래일자, 위치, 구조, 용도, 면적이 유사한 점(영화관 ㎡당 609천원, 쟁점부동산 ㎡당 603천원)으로 볼 때 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 쟁점빌딩 중 상가동의 6층ㆍ9층(영화관 용도) 매매사례가액을 쟁점부동산의 시가로 보아야 하며, 또한 쟁점부동산에 대한 감정가액과 매매사례가액을 모두 시가로 볼 수 없는 경우에는 법인세법 시행령 제2항 제2호 에 의거 쟁점부동산 양도당시의 기준시가인 6,322,999,720원(602,691원/㎡ × 10,491.27㎡)을 시가로 보아야 하는 것이고, 처분청이 주장하고 있는 ‘공사원가수익률법’은 건설 및 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에 한하여 적용할 수 있는 방법으로서, 공사가 완료된 후 수요 및 공급의 원칙에 의해 그 가격이 형성되는 재화(부동산)의 거래에 대해서는 적용할 수 없는 방법으로서 쟁점부동산의 시가의 적정성을 검증하는 방법으로 적정하지 아니하며, 또한 ○○○ 현장소장 ○○○의 분양요청가액은 당시 부동산 시장상황 및 분양현황 등 청구법인의 내ㆍ외적인 제반요소를 고려하지 않은 개인적, 주관적 소견에 불과한 것인바, 이를 근거로 처분청이 산정한 가액을 적정한 시가라고 주장하는 것은 부당하다.
(5) 청구법인의 2006사업연도에 대한 외부회계감사결과 “쟁점토지가 사업장의 진입도로로 활용되고 있으며, 향후에도 다른 용도로 전환이 불가능하여 회계감사상 전혀 자산성이 없는 것으로 판단되므로 쟁점제외토지의 취득원가 전액을 분양원가에 포함시켜야 한다”라고 확인하고 있고, 기존의 심판례에서도 “쟁점토지와 같이 토지의 소유권이 이전된 것은 아니라 하더라도 아파트 주민들의 진입도로로 사용되고 있어 그 경제적 가치를 상실한 경우 동 토지의 취득가액을 같은 사업연도의 공사원가로 계상한 데 잘못이 없다”라고 판단하고 있으며(○○○ 1997.1.11. 외 다수), 쟁점토지는 청구법인이 2002.3.13. ○○○로부터 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업을 위하여 취득하여 쟁점빌딩 신축공사의 진입도로로 사용하다가 2006.10.9 쟁점빌딩의 최종 사용승인시 사업부지에서 제외되었던 쟁점빌딩과 기존의 도로 사이에 끼어있는 자투리땅으로서 현재 쟁점빌딩의 입주자와 이용자들의 보행자용 도로로 이용될 수 있을 뿐 건축 또는 타 용도로의 전환이 불가능하여 처분, 수용, 쟁점빌딩 재건축 등의 발생가능성, 그 발생시기, 그 미래 재산적 가치에 대한 추정이 전혀 불가능하여 향후 수익성을 전혀 기대할 수 없는 것이므로 자산적 가치가 없는 토지에 해당하는 것이며, 또한 ○○○ 관리신탁은 신탁회사(수탁자)가 신탁재산의 소유권 명의만을 관리해 주는 명의관리신탁으로서, 신탁재산의 재산적 가치를 보존 및 운영 관리하거나 신탁재산을 처분할 수 있는 형태의 신탁이 아니고, 청구법인은 쟁점토지의 소유권과 관련하여 세입자들과의 민원과 가압류 등에 의한 권리의 침해가 발생할 가능성을 예방하고 소유권의 명의를 보전하기 위하여 2006.12.7. ○○○ 관리신탁계약을 체결하였다가 2008.11. 신탁등기를 말소하여 원상회복시킨 점으로 볼 때 단순히 쟁점토지를 재산적 가치가 발생할 수 있다고 추정하여 그 취득원가를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다.
(6) 청구법인은 ○○○과 쟁점빌딩의 미분양자산, 미확정채무 및 사업권 등을 1,423억원에 양도하고 청구법인의 제3자에 대한 채무 107억원(확정채무 36억원, 미확정채무 71억원)을 차감한 금액 1,316억원을 ○○○에 대한 공사미지급금 1,293억원과 대체상계하고 나머지 23억원은 현금으로 정산하여 수령하기로 약정하고, 장부에는 대변에 자산평가금액 1,423억원을 매출액 등[분양 미수금(채권) 등 808억원, 매출액 615억원]으로 인식하고, 차변에 미지급금 1,329억원(○○○에 대한 공사미지급금 1,293억원 상계, 확정채무 36억원을 ○○○에게 승계함)과 미수금 94억원(양도당시 미확정으로 인하여 장부에 미계상한 취득세 및 등록세 등 미확정채무에 대한 미수금 71억원, 현금 정산액에 대한 미수금 23억원)을 계상하는 등 쟁점⑥금액에 대하여 쟁점빌딩 미분양분과 사업권의 양도일이 속하는 사업연도에 처분이익으로 계상하였다가 향후 미확정채무인 쟁점금액이 실제 발생한 시점(취득세 2006.11.8., 등록세 2006.12.7. 등)에 미확정채무 중 쟁점⑥금액을 ○○○로부터 수령하여 납부하고 청구법인의 비용으로 회계처리한 것이므로 쟁점⑥금액은 청구법인의 비용에 해당하는 것임에도 이를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인이 증거자료로 제시한 ‘권리의무승계계약서’에는 청구법인의 주장처럼 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업권을 ○○○가 취득한 원가 그대로 승계하는 내용만 기재되어 있을 뿐, 쟁점①금액을 영업권의 취득대가로 입증할 만한 영업권 평가근거, 장부계상 여부, 인ㆍ허가 취득여부 등 영업권 실체에 관한 구체적인 증거자료를 제출하지 못하고 있고, 또한 ○○○와 주주 ○○○ 사이에 맺은 ‘합의서’에 의하면 청구법인은 단순 채권ㆍ채무관계의 연대보증의무가 있을 뿐이므로 ○○○가 변제할 채무를 청구법인이 대위변제하였다 하여 대위변제한 쟁점①금액을 사업권 인수와 관련된 것으로 볼 수 없는 점 등으로 볼 때 쟁점금액이 ‘권리의무승계계약서’ 및 ‘합의서’상 단순히 지분포기에 대한 대가란 이유만으로는 영업권의 취득원가로 인정할 수 없다.
(2) ○○○은 청구법인과 특수관계에 있고 경영자문을 제공한 경험이 없는 법인으로, 청구법인이 제출한 ‘경영관리위탁용역계약서’, ‘허브경영컨설팅보고서’, ‘지급수수료원장’을 보면 관련분야에 대한 일정수준 이상의 지식만 있으면 청구법인의 내부자료를 근거로 누구나 작성할 수 있는 수준의 보고서로 34억원 상당의 실제 자문서비스를 받은 것으로 볼 만한 사실이 기록된 직원명단, 자문활동기록 또는 경영서비스계약에 의한 경영자분서비스운영보고서나 시간배당조사서, 용역대가 산출근거 등 ○○○으로부터 실지 경영자문용역을 제공받았는지를 확인할 수 있는 구체적인 입증서류를 제출하지 못하고 있고, 경영관리위탁용역수수료 변경안을 보면 구체적이고 세부적인 산정근거없이 총분양예정가액의 2%(7,538백만원)를 컨설팅수수료로 정한 것은 일반적인 경제관념을 벗어난 것으로, 청구법인의 내부문서에 의하면 청구법인도 컨설팅수수료지급계약자체를 일반적인 상관행을 벗어난 것으로 판단하고 정책적 대응이 필요한 것으로 인식하여 본건 자문용역과 관련하여 부당행위계산의 부인규정의 적용가능성을 검토한 내용을 확인할 수 있는 점으로 볼 때 청구법인이 특수관계자인 ○○○에게 정당한 사유없이 시가를 초과하여 쟁점②금액을 지급한 것이므로 이를 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.
(3) 2003.12.29. 실질적으로 청구법인이 쟁점주식을 취득하고 ○○○에게 12억원을 입금한 사실이 청구법인과 ○○○간의 주식매매계약서, 주식매매대금의 송금내역, 회계처리 등에 의해 확인되는바, 2003.12.29. ○○○와 청구법인은 쟁점주식의 매매와 관련된 주식매매계약서를 작성한 후 쌍방이 날인하였고, 청구법인이 쟁점주식의 매매대금 12억원을 ○○○의 ○○○은행 예금계좌(960101-01-)로 송금한 사실이 있어 실질적인 주식매매가 분명하며, 설령 청구법인의 주장과 같이 2003.12.29. 쟁점주식을 실제취득한 것이 아니라 2002.3.29. 장부상 삭제하였던 투자유가증권을 원상회복한 것이라면 쟁점주식과 동일한 유형으로 회계처리되었던 ○○○한국전자인증(주)*/ 발행 주식도 원상회복하는 회계처리가 병행되어야 했음에도 불구하고 아무런 회계처리도 하지 아니한 점으로 볼 때 청구법인이 ○○○ 발행 주식 494,800주를 2002.3.28. ○○○으로부터 취득하여 2002.3.29. ○○○에게 매각한 후 2003.12.29. ○○○로부터 새로이 취득한 것이므로 2003.12.29. 청구법인이 특수관계자 ○○○로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
(4) 쟁점부동산은 분양 당시 이용실태, 업종, 층수 등 비교가능한 불특정다수인 간의 매매사례가액의 존재가 불분명한 경우, 법인세법 제89조 및 같은 법 시행령 제50조에서 규정한 ‘감정평가법인의 감정가액’을 시가로 볼 수 있는 것으로, ○○○가 쟁점부동산을 ○○○은행에 대출담보용으로 제공하기 위하여 2007.1.9. ○○○으로부터 감정받은 가액이 19,000,000,000원으로 확인되고 있고, 동 감정가액은 분양계약일(2006.9.14.)로부터 6월 이내의 것으로 2006.9.14(잔금지급일 2006.12.6.)부터 2007.1.2.까지 쟁점부동산의 가액이 급격히 변동될만한 특별한 사정이 발견되지 아니한 점으로 볼 때 2007.1.9. ○○○으로부터 감정받은 19,000,000,000원에서 ○○○가 쟁점부동산을 취득계약한 후 감정평가기준일까지 병원용 시설 및 내부인테리어 공사를 위해 추가지출한 3,895,592,729원을 차감한 15,104,407,271원을 쟁점부동산 평가기준일(2006.9.14.) 현재의 시가로 보는 것이 타당하므로 청구법인(대표이사인 ○○○)과 대표이사의 남편 ○○○가 서로 통정에 의하여 법인세 및 증여세를 회피할 목적으로 쟁점부동산의 분양가액을 저가로 결정한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하며, 2006.9.14.에 특수관계없는 ○○○에게 쟁점빌딩 상가동의 6층ㆍ9층(영화관 용도)을 ㎡당 790,949원에 양도한 사실은 있으나 이는 스카이라운지를 제외한 상가용도의 건물 중 최상부(10층ㆍ13층)에 위치한 쟁점부동산과는 달라 쟁점부동산의 시가인 매매사례가액으로 볼 수 없고, 설령 청구법인이 쟁점부동산의 감정가액을 기준으로 산정한 가액을 적정시가로 인정할 수 없다 하더라도, 같은 법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하면 ‘공사원가수익률법’을 적용하여 산정한 가액이 17,172,607,241원이고 또한 ○○○ 현장소장 ○○○이 청구법인에게 쟁점부동산에 대하여 평당 450만원 수준으로 분양계약할 것을 요청한 사실이 있는바 이를 근거로 시가를 산정하면 14,281,155,000원이며, 청구법인의 비등기 이사 ○○○의 컴퓨터에 저장된 자료에 의한 병원공사원가인 평당 500만원을 근거로 산정하면 20,518,846,145원으로 모두 처분청이 감정가액을 기준으로 산정한 가액(15,104,407,271원)과 유사하므로, 2007.1.2.자를 감정기준일로 한 감정가액을 기준으로 산정한 15,104,407,271원을 쟁점부동산의 시가로 보고 과세한 처분은 정당하다.
(5) 쟁점토지는 건축 후 쓸모없는 짜투리토지가 아니라 당초부터 사업부지 허가면적에서 제외된 별도용도의 법인자산이었던 것을 2006.10.16. 분할한 것에 불과한 것이며, 아파트를 신축하는 법인이 아파트신축분양과 관련하여 취득한 토지를 입주자에게 분양하지 아니하고, 법인의 소유로 보유하고 있는 경우에는 이를 법인의 자산으로 계상하여야 하는 것(○○○ 1990.11.27.)으로 쟁점토지는 당초 신축분양과 관련하여 아파트 입주자들의 공유지분으로 등기가 정정되거나 소유권이 이전된 사실이 없는 사유재산으로서 언제든지 대가를 받고 처분할 수 있거나 증여ㆍ상속 등 재산권을 행사할 수 있음은 물론 인접도로의 확장으로 인하여 국가 등에 수용시 최소한 공시지가(32억원) 상당액을 수용대가로 받을 수 있는 것인바, 이러한 사유를 감안하여 청구법인에서도 인접도로가 확장된다는 사실을 알고 2006.12.30. 신탁재산가치를 3,819,972,492원으로 산정하여 건설용지에서 자산계정으로 대체전표를 작성하였음에도 불구하고 이를 장부상 반영하지 않은 사실이 있는 점 등을 고려할 때 미래의 재산적 가치에 대한 추정이 전혀 불가능하여 향후 수익성을 전혀 기대할 수 없다는 주장은 이유 없다 할 것이므로 전체인수토지의 취득원가를 건축물의 부속토지에 대한 원가와 쟁점토지에 상당하는 원가를 구분하여 회계처리하는 것이 적법한 것이며, 또한 신탁기간은 계약체결일로부터 만 12개월이므로 이미 신탁기간이 만료되었으나 위탁자의 특별한 의사표시가 없는 한 신탁기간은 1년씩 자동 연장되는 특약조건에 의하여 신탁기간이 단순히 연장되는 것에 불과하고,신탁법제59조에 의거 신탁기간 만료시에는 소유권이 수익자에게 당연히 귀속되므로 언제든지 원본 및 이익의 수익자인 ○○○에게 소유권이전이 가능한 것인바, 청구법인이 당초 수익자를 청구법인 명의로 계약을 추진하였다가 스스로 이를 취소하고 ○○○을 수익자로 계약한 것은 법인자산을 아무런 세부담없이 ○○○에게 이전하였다는 것을 반증하는 것이고, 쟁점토지에 대한 신탁관련 비용 3,950,000원을 부담하면서까지 ○○○주식회사에 신탁하고 있는 것으로 보아 쟁점토지가 아무런 가치가 없다고 할 수 없어 쟁점⑤금액을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.
(6) 2006.9.21.자 약정서 제2조 제3항을 보면, “○○○은 대물변제 등과 관련된 자산 1,423억원을 인수함에 있어 청구법인의 기발생채무 및 계약상의 지위를 면책적으로 인수[명시하지 아니한 기준일 현재 및 장래의 채무 또는 계약의 경우라 하더라도 쟁점빌딩을 위한 채무 또는 계약의 경우에는 ○○○이 변제 및 계약인수를 하기로 한다. 본 사업 준공과 관련하여 추가로 발생할 일체의 비용(보존등기비를 포함한 준공관련 공사 직간접비 등)은 ○○○이 부담한다]하기로 한다”라고 약정되어 있어, 미분양분 현물양도 약정일에 모든 권리와 의무를 정산한 것으로 쟁점⑥금액이 포함되었다는 미확정채무는 청구법인이 부담하여야 할 비용이 아님을 알 수 있고, ○○○도 쟁점금액은 청구법인이 아닌 ○○○이 부담하여야 할 채무라는 사실을 인정하고 있어 청구법인의 각 소득금액계산시 쟁점⑥금액을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점①금액(5억 5천만원)을 청구법인이 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업과 관련된 영업권 취득대가로 볼 수 있는지 여부
(2) 청구법인이 특수관계자인 ○○○에게 지급한 경영컨설팅수수료 중 쟁점②금액을 시가초과분으로 보아 과세한 처분의 당부
(3) 청구법인이 특수관계자인 ○○○로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
(4) 청구법인이 특수관계자인*○○○에게 쟁점빌딩 중 쟁점부동산(10층ㆍ13층)을 저가분양한 것으로 볼 수 있는지 여부
(5) 쟁점빌딩 신축공사시 진입도로로 사용하다가 준공후 입주자 등의 보행도로로 사용중인 쟁점토지의 취득가액인 쟁점⑤금액을 분양수입금액에 대응하는 손금으로 인정할 수 있는지 여부
(6) 미분양분 양도 후 ○○○로부터 수령하여 청구법인 명의로 납부한 보존등기비용(취득세ㆍ등록세)인 쟁점⑥금액을 청구법인의 손금으로 볼 수 있는지 여부
(1) 쟁점① (가) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액
2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등 (다) 소득세법 제21조【기타소득】① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
(2) 쟁점② (가) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (나) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만，재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
(3) 쟁점③, ④ (가) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (나) 법인세법 제4조【실질과세】① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (다) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
(5) 쟁점⑤, ⑥ (가) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (나) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 3.ㆍ19. (생 략)
20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 (다) 신탁법 제1조【목적과 정의】② 본법에서 신탁이라 함은 신탁설정자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다)와 특별한 신임관계에 기하여 위탁자가 특정의 재산권을 수탁자에게 이전하거나 기타의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익을 위하여 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산권을 관리ㆍ처분하게 하는 법률관계를 말한다. 제51조【신익자의 이익향수】① 신탁행위에 의하여 수익자로 지정된 자는 신탁이익의 향수를 승낙한 것으로 추정하여 신탁이익을 향수한다. 단, 신탁행위에 특별한 정함이 있는 경우에는 그 정함에 의한다. 제55조【신탁의 종료】신탁행위로 정한 사유가 발생한 때 또는 신탁의 목적을 달성하였거나 달성할 수 없게 된 때에는 신탁은 종료한다. 제56조【신탁의 해지】위탁자가 신탁이익의 전부를 향수하는 신탁은 위탁자 또는 그 상속인이 언제든지 해지할 수 있다. 이 경우에는 민법제689조 제2항의 규정을 준용한다. 제59조【신탁종료후의 신탁재산의 귀속】제56조 또는 제57조의 규정에 의하여 신탁이 해지된 때에는 신탁재산은 수익자에게 귀속한다.
(1) 쟁점① (가) 청구법인은 쟁점빌딩의 부속토지를 매입하여 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업을 추진하다가 포기한 ○○○로부터 동 사업권을 인수하여 ○○○을 시공사로 선정하여 사업을 시행하는 과정에서 2003.1.3. ○○○에게 쟁점빌딩의 지하 1층ㆍ지하 3층 매장을 52,185백만원(부가가치세 포함)에 분양하였고, 동 분양과 관련하여 ○○○로부터 사실과 다른 쟁점매입세금계산서(공급가액 1,896,924,750원: 2003.1.7. 1,835,000,000원, 2003.2.5. 774,250,000원, 2003.3.31. △712,325,250원)를 수취하였으며, 동 거래와 관련하여 청구법인은 2003.1.7. 1,000,000,000원, 2003.1.13. 1,018,500,000원, 2003.2.5. 851,675,000원 합계 2,870,175,000원을 ○○○ 예금계좌에 송금한 후 그 중 783,557,775원은 2003.3.31. 돌려받으면서 수정세금계산서를 교부받았고, 나머지 2,086,617,225원 중 ○○○이 부담할 부가가치세 260,925,000원과 허위세금계산서 교부대가 182,647,500원을 차감한 1,643,044,725원을 돌려받아 별도의 부외자금으로 관리하다가 2003년 1월경 ○○○의 담당직원 ○○○에게 590,000,000원을, ○○○ 주주 ○○○에게 550,000,000원(쟁점①금액), 청구법인의 전 대표이사 ○○○에게 503,044,725원을 각 지급하였으며, 처분청은 쟁점매입세금계산서와 관련된 매입세액을 불공제하여 해당 부가가치세를 경정하고, 부외자금 2,086,617,225원 전액을 2003사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 관련 법인세 등을 과세한 것으로 나타난다. (나) ○○○은 본인자금 3억 5천만원과 ○○○으로부터 23억원을 투자받고 편의상 지분을 ○○○ 51%, ○○○ 및 강태랑 49%로 하고 ○○○을 ○○○의 대표이사로 등재시킨 후 월컴22를 설립하여 ○○○과 ○○○이 전적으로 자신들의 책임하에 신축ㆍ분양사업을 진행하였고, 이런 과정을 거쳐 ○○○는 2001.11.9. ○○○과 전체인수토지를 32,463,133,000원에 매수하는 부동산 매매계약을 체결하고 같은 날 계약금 3,246,000,000원을 지급하였으나 PF투자를 통하여 이 사건 개발사업에 참여하기로 했던 ○○○이 투자를 하지 않기로 입장을 번복하여 추진사업의 진행이 불투명해지자 ○○○은 계약금 몰취 조항에 따라 자신이 투자한 23억원의 손실이 예상되는 현실에서 다방면으로 사업참여자를 물색하던 중 ○○○ 등과 접촉하여 이들 회사로부터 사업 참여의사를 확인하고, ○○○(개발사업의 설계, 감리 용역을 맡는 조건으로 6억원 투자)에게 6억원, ○○○에게 3억원을 반환한 후 ○○○을 배제한 상태에서 청구법인을 설립하여 새로이 사업을 추진한 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 ○○○이 투자금을 반환받은 이후 ○○○의 영업권 대가로 수억원을 월컴22(대표이사 ○○○)에게 계속요구함에 따라 2002.4.23. ○○○의 대표이사인 ○○○(연대보증인 청구법인이 영입한 전문경영인 ○○○)은 ○○○에게 합의금 5억원을 지급하기로 1차 합의한 데 이어 2002.11.30. 2차 합의를 통하여 ○○○(대표이사 ○○○, 연대보증인 ○○○)와 ○○○이 합의한 5억원과는 별도로 지급일자의 지연에 따른 이자 5,000만원을 추가지급하는 것으로 합의하였고, ○○○의 해산에 따른 자본금 반환 절차를 간소화를 위하여 청구법인이 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업의 사업권을 ○○○로부터 취득하면서 ○○○에게 직접 지급할 대가를 청구법인이 ○○○를 대신하여 ○○○에게 550,000,000원을 대위변제하여 주는 방식으로 영업권 대가를 지급한 것으로 주장하고 있으나, 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업진행과 관련하여 PF투자를 통하여 개발사업에 참여하기로 했던 ○○○이 투자를 하지 않기로 입장을 번복함에 따라 ○○○이 투자한 23억원, ○○○ 3억원의 손실이 예상되는 상황에서 단지 합의금에 대한 합의서 외에는 영업권이 발생되었다고 볼만한 구체적이고 객관적인 산정내역 등의 증빙과 ○○○가 ○○○에게 550,000,000원을 지급할 의무가 발생된 것으로 볼만한 구체적이고 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있다. (라) ‘사례금’이라 함은 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련하여 사례의 뜻으로 지급되는 금품을 의미하며 당해 금품 수수의 동기ㆍ목적, 거래상대방과의 관계, 금액 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것으로,소득세법제21조 제1항 제17호에 의하면 사례금을 기타소득으로 규정하고 있다. (마) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액을 영업권으로 입증할 만한 영업권 평가근거, 장부계상 여부, 인ㆍ허가 취득여부 등 영업권 실체에 관한 구체적인 증거자료를 제출하지 못하고 있는 점, 합의금에 대한 합의서 외에는 ○○○가 ○○○에게 550,000,000원을 지급할 의무가 발생된 것으로 볼 만한 구체적이고 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점①금액은 청구법인이 진행하고자 하는 사업의 원만한 진행을 위해 사례금을 지급한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점①금액을 업무와 관련없는 지출액으로 보아 해당 사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점② (가) 청구법인은 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업을 위하여 2002.3.13. 정동호를 전문경영인으로 영입하여 ○○○로부터 쟁점빌딩 사업권을 인수한 후 ○○○을 시공사로 선정하고 ○○○를 전문경영인으로 영입하여 사업을 진행하였으나, ○○○가 친인척에 대한 특혜분양 및 사업진행과 관련하여 발생한 금융문제 미해결 등 경영상의 문제점 야기로 인해 2003.3.27. 해임되어 경영위기가 발생됨에 따라 청구법인의 경영전반에 대한 내용검토 및 경영중심역할을 할 수 있는 용역업체의 필요성에 의해 2003.5.6.부터 2006.12.31.까지 ○○○과 경영관리위탁용역계약을 체결하여 신축분양사업을 진행하였으나 목표달성이 미진하여 2005.1.1.부터 2006.9.21.까지 ○○○과의 경영관리위탁용역을 중도해지하고 자체적으로 경영활동을 수행한 것으로 주장하고 있다. (나) 경영위탁관리용역계약 내용을 보면, 2003.5.6. 청구법인의 대표이사인 ○○○과 ○○○ 대표이사 ○○○간에 체결된 계약서라고 기재되어 있으나 ○○○의 날인만 되어 있고 청구법인의 서명란에는 공란으로 나타나고 있으며, 용역제공의 범위를 보면 계약서 제2조에서 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업의 전반(재무, 조직, 인사관리 및 회계, 세무, 법무 포함)에 관한 전략 수립 및 시행 등의 경영전반에 관한 컨설팅으로서, 계약기간은 계약체결일(2003.5.6.)로부터 2006.12.31.까지로 하고, 그 용역의 대가는 예상분양매출액(376,898,000,000원으로 부가가치세 포함)의 2%인 7,537,960,000원으로 하되, 이를 사업기간 44개월(2003년 5월ㆍ2006년 12월)로 안분하여 170,000,000원[부가가치세 별도 (376,898,000,000×2%)÷44]을 매월말 또는 매분기말에 ○○○이 청구법인에게 청구하면 청구일로부터 15일 이내에 지급하고 계약종료시점에 정산하기로 약정한 것으로 나타난다. (다) ○○○ 대표이사 ○○○이 2003년 7월부터 2006년 4월까지 청구법인에게 보고하였다는 ‘경영컨설팅보고서’에 의하면, 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업 리스크 분석 및 관리업무 지원, 사업타당성 분석지원, 분양사업 전략 수립 및 업무지원, 분양업무 지원, 시공사와 공사 관련 협상지원, 전반계약서의 계약조건 협상 지원, 법률적 문제 관련 지원, 사업정산협상 지원, 준공업무 지원, 제반 수발신 문서 검토 및 작성지원 등 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업의 모든 영역에서 지원을 받는 것으로 보고되어 있으며, 이에 따라 청구법인은 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업에 관한 사업타당성 분석, 분양전략 수립, PF자금조달 및 차입조건 협상, 제반계약서 검토 및 작성 등 각 사업 단계별 발생되는 모든 업무를 ○○○의 경영자문과 내무협의를 거쳐 시행사업을 진행하였고, ○○○에게 컨설팅수수료로 2003년 5월부터 2004년 12월까지 총 3,400,000,000원[2003사업연도에 1,360,000,000원(2003.5.30.부터 2003.12.4.까지), 2004사업연도에 2,040,000,000원(2004.1.15.부터 2004.12.27.까지)]을 지급하였다고 주장하고 있다. (라) 조사청은 청구법인의 대표이사 ○○○과 ○○○는 부부로서 ○○○과 ○○○가 ○○○ 발행주식총수의 주식을 30% 이상 출자하고 있어, 청구법인과 ○○○의 인건비(연 100,000,000원)는 퇴직금의 배분액으로 보고, 김광의 인건비(연 20,000,000원)는 이미 ○○○으로부터 60,000,000원의 인건비를 수령한 사실이 있다 하여 직접비에서 제외하고, 제공된 용역에 대한 원가에 곱할 수익률도 50%에서 30%로 조정하여〈표2-2〉와 같이 시가를 재산정한 후, 청구법인이 지급한 쟁점컨설팅수수료에서 처분청이 산정한 용역수수료의 시가인 2003년은 749,233,333원, 2004년은 1,123,850,000원과의 차액인 쟁점②금액[1,526,916,667원(2003년 610,766,667원, 2004년 916,150,000원)]을 시가범위를 초과한 비용에 해당한다 하여 이를 청구법인의 소득금액계산시 손금불산입한 것으로 확인된다.
○○○ (마) ○○○은 청구법인 외에는 경영자문용역을 제공한 이력이 없는 업체로, ‘경영관리위탁용역계약서’에 의하면 총 계약금액이 7,538백만원으로 고액임에도 단지 총분양금액의 2%로 용역료를 산정한 것으로 기재되어 있으며, 조사청의 조사과정에서 청구법인이 제출한 ‘경영관리위탁용역수수료 변경안’을 보면 청구법인과 ○○○간의 세부적인 자문료산정근거를 명시함이 없이 단순히 총분양예정금액(3,768억 9,800만원)의 2%인 75억 3,800만원으로 결정하면서 ‘○○○은 문제없으나 청구법인의 경우 관할세무서가 특수관계자간 거래에 대하여 부당행위계산부인대상으로 이의 제기할 가능성이 있으므로 정책적 대응이 필요함’이라고 기재되어 있는 등 자문계약 당시에 이미 당해 계약이 일반적인 상관행을 벗어나 것으로 인식한 것으로 확인되고 있고, 경영자문용역계약시 당초에는 2003년 5월부터 2006년 12월까지 계약하였다가 예정된 목적을 달성하지 못하게 됨에 따라 2005.1.3. 계약을 해지하였으나, 2003년 5월부터 2004년 12월까지 매월 지급한 170,000,000원에 상당하는 경영 및 자문서비스를 받은 사실을 입증할 수 있는 자문직원 명단, 자문활동기록 또는 경영서비스계약에 의한 경영자문서비스운영보고서나 시간배당조사서, 용역대가 산출근거 등 ○○○으로부터 실지 경영자문용역을 제공받았는지 여부를 확인할 수 있는 구체적인 입증서류는 제출하지 못하고 있다. (바) 위 사실관계를 종합하여 살피건대,법인세법제52조에서 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려되어야 하는 것인 바(○○○ 판결), ○○○은 경영자문을 제공한 경험이 없는 업체로 청구법인이 ○○○으로부터 쟁점②금액에 상당하는 경영자문용역을 실제로 제공받은 것으로 볼 만한 구체적이고 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인이 ○○○으로부터 경영컨설팅을 받은 것으로 인정하더라도 구체적인 산출기준없이 계약상 총분양예정가액의 2%(7,538백만원)를 컨설팅수수료로 정한 것은 일반적인 거래관행을 넘은 것으로 보이는 점, 청구법인의 내부문서에 의하면 청구법인도 컨설팅수수료지급계약 자체를 일반적인 상관행을 벗어난 것으로 판단하고 정책적 대응이 필요한 것으로 인식한 사실이 확인되는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점②금액을 시가를 초과한 컨설팅용역대가로 보아 해당 사업연도 소득금액 계산시 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③ (가) 청구법인은 2002.3.28. ○○○로부터 34억원을 청구법인 예금계좌(○○○은행 119---101)로 입금받고 장부에는 2002.3.28. ○○○에 대한 가수금(10억원은 ○○○에 대한 가수금, 24억원은 ○○○에 대한 분양선수금으로 회계처리하였다가 분양선수금 24억원을 ○○○에 대한 가수금으로 전환)을 설정하는 방식으로 34억원을 ○○○(자금출처는 ○○○ 원장 ○○○)으로부터 차입하여 ○○○이 보유하고 있던 ○○○ 발행 주식 95,846주를 15억원에, ○○○ 발행 주식 350,000주를 5억원에, ○○○ 발행 주식 494,800주를 12억원에 취득하고 32억원을 ○○○의 예금계좌(○○○은행 104-22-*-2)에 송금한 후 2003.3.29. ○○○ 발행 주식 494,800주를 포함한 투자유가증권을 ○○○의 가수금 32억원과 상계하는 회계처리를 하여 청구법인의 장부에서 제거한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2002.3.29. 장부상 제거하였던 투자유가증권 중 쟁점주식과 동일한 형식으로 장부에서 삭제회계처리되었던 ○○○ 발행 주식 95,846주와 ○○○ 발행 주식 350,000주는 제외하고 쟁점주식에 대하여만 2003.12.29. 다시 투자유가증권계정과 ○○○에 대한 가수금 12억원을 계상함과 동시에 ○○○의 가수금 12억원을 변제하는 것으로 기장하면서 청구법인의 예금계좌에서 쟁점주식의 매매대금에 상당하는 12억원을 ○○○의 ○○○은행 예금계좌(960101-01-**)로 송금한 사실이 확인되며, 처분청의 답변서에 의하면 2003.12.29. ○○○와 청구법인은 쟁점주식의 매매와 관련된 주식매매계약서를 작성한 후 쌍방이 날인하였고, 청구법인이 쟁점주식의 매매대금 12억원을 ○○○의 ○○○은행 예금계좌(960101-01-**)로 송금한 사실 등 2003.12.29. 실질적으로 청구법인이 쟁점주식을 취득하고 ○○○에게 12억원을 입금한 사실이 청구법인과 ○○○간의 주식매매계약서, 주식매매대금의 송금내역, 회계처리 등에 의해 확인되는 것으로 기재되어 있다. (다) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 가수금 등 차입금이 과다한 경우 금융기관으로부터 불이익을 받을 것을 우려해 2002.3.29. 가수금 32억원과 쟁점주식 등을 장부에서 동시에 삭제한 후 2003.12.29. 쟁점주식과 가수금을 원상회복하고 ○○○에게 가수금 12억원을 반제하는 회계처리를 한 것에 불과하다고 주장하고 있으나 청구법인이 법인설립초기인 2002.3.28. 주식취득과 관련된 회계위험을 감수하면서 ○○○으로부터 가수금 형식으로 32억원을 차입하여 ○○○으로부터 쟁점주식을 취득할 수 밖에 없었던 사유와 실질적으로 금융기관으로부터 불이익을 받은 것으로 볼 만한 간접적인 증빙이나 부채비율과다 등과 관련된 감사지적사항 등 이를 확인할 수 있는 증빙제시가 없는 점, 2003.12.29. 다시 청구법인이 ○○○로부터 쟁점주식을 매수하기로 하는 주식매매계약서를 작성한 후 쌍방이 날인하고 매매대금 12억원을 ○○○의 ○○○은행 예금계좌(960101-01-****)로 송금한 사실과 쟁점주식을 청구법인의 자산으로 계상한 사실이 확인되는 점 등으로 볼 때 2003.12.29. 청구법인의 장부에 계상된 쟁점주식은 2002.3.28. 취득한 주식과는 관련없는 청구법인이 특수관계자인 ○○○로부터 1,200,000,000원(1주당 2,425.23원)에 새로이 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점주식을 1주당 500원(총 247,510,000원)으로 평가한 후 청구법인이 특수관계자인 ○○○로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 그 거래가액인 1,200,000,000원에서 시가 247,510,000원을 차감한 쟁점③금액(952,490,000원)을 2003사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 쟁점④ (가) 청구법인은 주거목적용 오피스텔 49층 2개동과 주상복합건물[지하층 ○○○ 할인점, 1층ㆍ5층 판매시설 및 식당가, 6층ㆍ9층 영화관, 쟁점부동산인 10층ㆍ13층 병원(○○○으로 면적합계 10,490.65㎡, 15층ㆍ22층에 오피스텔, 23층에 스카이라운지]인 쟁점빌딩을 신축ㆍ분양하였으나 상가부분의 분양이 저조(30%)하여 미분양분 적체 등에 따른 자금난으로 시공사인 ○○○에 대한 공사대금을 미지급하는 등 경영위기에 처함에 따라 이를 해결하기 위한 방안으로 2006.9.14. 현재 쟁점빌딩의 미분양분을 모두 처분하기로 하고 쟁점빌딩의 미분양분과 사업권 일체를 분양예정가액의 약 67.4% 수준으로 평가하여 2006.9.21. ○○○에게 대물변제방식으로 양도하면서 쟁점빌딩의 분양활성화를 위해 주거래은행이 집단대출승인조건 중 하나로 ○○○의 입점을 강력하게 요청함에 따라 미분양분 중 하나인 쟁점부동산을 ○○○(○○○장으로 청구법인의 대표이사 ○○○의 남편)에게 60억원(부가가치세 포함가액)에 분양하는 매매계약을 체결하고 2006.12.6. 잔금을 받은 후 2006.12.19. 쟁점부동산의 소유권을 이전하였다고 주장한다. (나) 2008.10.30. ○○○의 조사시 ○○○의 문답서에 의하면, 2003년경 ○○○의 부도사태 등 분양률 저조상태에서 구 ○○○은행의 병원입주요청으로 병원입점을 추진하게 되었으며, 수분양자의 동의를 얻어 2004.3.23. 10층ㆍ11층은 문화집회시설(영화관)에서 교육연구시설(학원)으로, 11층은 업무시설(사무실)에서 교육연구시설(학원)으로 설계변경한 후 2006.8.14. 의료시설로 설계변경하였고, 사업중단위기에 처한 상태에서 청구법인의 부회장인 ○○○의 보고에 의하여 ○○○이 ○○○이 입점하는 조건으로 ○○○에게 쟁점부동산의 매매가격을 60억원[건물분 39억원(평당 122만원)으로 부가가치세 포함, 대지분 21억원(평당 799만원)]에 양도하기로 최종결정하여 2006.9.14. 최종매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) ○○○는 쟁점부동산이 당초부터 특수시설인 병원용도로 설계 및 신축된 것이 아니므로 병원용도에 맞게 용도변경, 내부마감재 및 특수시설의 설치를 위하여〈표4-1〉과 같이 2006년 3월부터 2006년 11월 기간동안 병원용 설비 및 인테리어공사를 직접 시행하고 이에 대한 추가 공사비로 3,905,000,000원을 지급하였음이 도급계약서 등에 의하여 확인되며, 또한 ○○○의 영업을 위하여 쟁점빌딩에 속한 부속주차장 외에 별도의 병원전용주차장 확보를 위해 ○○○ 외 4필지 토지 917㎡를 3,056,500,000원에 추가매입한 사실이 토지매매계약서에 의해 확인된다.
○○○ (라) 처분청은 2006.9.14. 청구법인이 특수관계자인 ○○○(청구법인의 대주주, ○○○장)에게 쟁점부동산을 5,633,802,800원(공급가액으로 건물분 부가가치세 제외)으로 분양한 데 대하여,〈표4-2〉와 같이 2006.9.14. 현재 쟁점부동산의 시가를 2007.1.9.(가격기준시점 2007.1.2.) ○○○가 ○○○은행으로부터 담보대출받을 목적으로 감정받은 ○○○의 감정가액인 19,000,000,000원에서 ○○○가 추가투입한 병원용 인테리어 공사비 3,895,592,729원을 차감한 15,470,604,451원(공급가액)으로 산정한 후 청구법인이 특수관계자인 ○○○에게 쟁점부동산을 시가보다 낮은 가액으로 매매한 것으로 보아법인세법제52조(부당행위계산부인)규정을 적용하여 평가한 15,104,407,271원과 실제매매가액 5,633,802,820원과의 차액인 9,470,604,451원에 대하여 2006사업연도 소득금액계산시 익금산입하여 법인세 및 2006년 제2기 부가가치세를 경정ㆍ결정하였다.
○○○ (마)법인세법제52조의 부당행위계산의 부인규정을 보면, 시가는 법인세법 시행령 제89조 에 규정된 순서를 순차로 적용하는 것으로 규정하고 있고, 제1항에 의하면 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을, 시가가 불분명한 경우에는 제2항 제1호에서부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액, 제2호에서 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액(보충적평가방법에 의한 가액)을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의하고, 제4항에 의하면 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우로 위와 같은 방법을 적용할 수 없는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 원가(직접비+간접비)와 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액(이하 “공사원가수익률법”이라 한다)으로 하도록 규정하고 있다. (바) 처분청이 제시한 답변서에 의하면, ○○○에서 도급공사비 등을 근거로 산출한 쟁점부동산의 원가는 14,919,498,342원[건물 13,362,090,500원{9,362,090,500원(평당건축비 2,950,000원×3,173.59평)과 4,000,000,000원(병원설계변경 등 추가공사대금)}과 토지대금 1,557,407,842원을 합한 금액]으로 제시하고 있고, 2006.9.14. 매매된 계약서에 의하면, 계약당시 매매대상 목적물은 쟁점빌딩 상업시설동 1층 병원 전용현관 및 10층, 11층, 12층, 13층 중 건물 계약면적 10,4961.27㎡(3,173.61평), 대지권 면적은 복합건물 부지 17,255.00㎡ 중 공유면적 868.59㎡(17,255㎡×분양면적/전체 분양면적)으로 최종적인 면적은 설계변경 등 사용검사 승인완료 후 공부정리 과정상 일부 변경될 수 있으며, 그 용도는 의료시설(척추전문병원)로 청구법인은 계약체결시 쟁점부동산이 업무시설임을 인지하여 사용승인완료일까지 의료시설용도로 변경(약정서 제5조 제6호)하여 2006.9.30.까지 의료시설로 사용할 수 있도록 사용검사승인을 완료하여 하여 ○○○에게 인도하여야 하며, 매매대금은 60억원(부가가치세 포함)으로 계약체결일에 매매대금의 10%, 나머지 90%는 준공(2006년 9월로 예정) 및 보존등기를 경료한 후 지급하며, 동 매매계약체결일 이후 ○○○(○○○측)는 이미 확정된 공사업무분장과 기준설계도면을 기준으로 척추전문병원 내부 인테리어 설계 및 공사를 진행하며, 동 인테리어 공사를 제외한 건축/전기/설비/소방공사 일체는 ○○○에서 시공하는 것을 원칙으로 약정한 사실이 확인된다. (사) 처분청이 시가산정의 기초로 삼은 2007.1.9.자 감정평가서를 보면, 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인○○○이 쟁점부동산 감정가액 기준일을 2007.1.2.로 하고 쟁점부동산을 담보제공 목적으로 190억원으로 평가한 것으로 나타나고 있고, ○○○장 ○○○는 쟁점부동산을 담보로 하여 2007.1.8.부터 2007.7.3.까지 4회에 걸쳐 ○○○은행으로부터 사업자금을 대출(채권최고액 18,250백만원)받은 사실이 있으며, ○○○이 쟁점부동산 감정평가서에 기재된 시설물 설치내역을 보면 분양시점의 업무용시설인 근린생활시설이 아닌 인테리어가 완공된 상태의 특수시설인 병원용 시설로 하고 정상적인 건물의 거래가액과 비교하는 거래사례가액비교법을 사용하였으며, 감정평가기준일 현재의 입지조건, 부근상황, 접근성, 건물의 구조, 사용자재, 부대설비, 층별 위치별 효용도, 동과 당해 건물의 이용도에 따르는 시설비(내부 인테리어 및 병원설비)를 종합 참작하여 가액을 결정을 한 것으로 나타나고 있어 실제 ○○○가 청구법인으로부터 쟁점부동산을 분양받을 당시 상태와는 달리 쟁점부동산의 분양계약을 체결한 이후 내부 특수시설과 마감자재, 내부인테리어공사 등 병원용 시설 및 인테리어가 완공된 상태에서 감정한 것으로 확인된다.
○○○ (아) 청구법인은 쟁점부동산을 분양한 시점과 동일한 2006.9.21. 현재 쟁점빌딩 상가동 중 미분양된 상가(○○○ 제외)와 오피스텔을 분양예정가액(913억원)의 67.4%에 해당하는 615억원으로 시공사인 ○○○에 일괄양도한 사실이 있고, 2006.9.21. ○○○은 미분양분을 인수한 후 2008.4.30. 특수관계에 있는 자회사 ○○○주식회사에게 인수가액의 47%ㆍ63%의 할인된 가격으로 재분양한 사실이 있으므로 쟁점부동산과 유사한 거래환경과 동일한 시점에서 거래된 극장용 건물인 6층ㆍ9층 건물을 유사 매매사례가액이라고 주장하고 있어 이를 살펴본다.
1. 일반적으로 상가시설은 고층화 될수록 유동인구 및 입지조건의 약점으로 인해 분양가액이 낮아지는 것이 일반적인 관행으로, 유사부동산이라고 주장하는 영화관의 양도일자를 보면 쟁점부동산의 양도일자(2006.9.14.)와 유사한 2006.9.21.이고, 그 위치 및 거래가액을 보면 영화관은 6층ㆍ9층으로 ㎡당 실제 분양가액은 791천원이고 쟁점부동산은 영화관보다 위층에 위치한 10층ㆍ13층으로 ㎡당 실제 분양가액은 537천원으로 나타나고 있으며, 구조 및 용도를 보면 철근콘크리트 구조로 지어진 업무활동공간인 특수시설(비교대상 부동산은 영화관용도, 쟁점부동산은 병원용도)이라는 점에서 유사하고, 건물완공후의 쟁점부동산의 기준시가와 쟁점빌딩 상가동의 6층ㆍ9층(영화관 용도)의 기준시가가 유사한 것으로 나타난다.
○○○
2. ○○○은 청구법인으로부터 2006.9.21. 미분양 상가 144건을 인수한 후 2006년 9월부터 2007년 3월까지 13건을, 2007년 7월ㆍ2007년 9월까지 쟁점빌딩 신축공사업체[○○○의 도급업체인 ○○○]에 대한 공사미지급금의 대물변제로 16건을 양도하였고, 인수한 오피스텔 중 22세대를 일반분양하여 총 51세대를 당초 청구법인이 산정한 분양예정가액으로 분양한 것으로 나타나고 있으며, 쟁점부동산과 용도가 유사한 상가의 정상적인 분양으로 볼 수 있는 13건의 구체적인 분양내용을 보면 1층 상가 4건은 2007년 1월에 ○○○을 유치하여 7년 약정으로 장기임대계약을 체결하였던 것을 ○○○이 당초 임대매장에서 분양으로 전환하였고, 2층 상가 3건은 2006년 12월부터 2007년 3월까지 분양한 것으로 청구법인이 당초 분양한 상가의 호수를 같은 층의 다른 호수로 변경○○○한 것이고, 5층 상가 3건은 2006년 12월에 분양한 것으로 ○○○측이 극장의 매표소를 5층에 설치한다는 팜프렛을 작성하는 등 과장광고를 통하여 분양한 것이나 추후 극장측이 영업부진으로 5층 매표소의 운영을 사실상 포기하게 되자 매표소를 5층이 아닌 그 위층에 설치함에 따라 과장광고분양으로 소송이 제기되어 패소한 사실이 있고, 4층 상가 3건은 2006년 12월에 제3자에게 당초 청구법인의 분양예정가액대로 매매한 것으로 나타나고 있다. (자) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 법인세법 에 규정된 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 법인과 특수관계에 있는 자 사이의 거래행위가 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것인지 여부를 판단함에 있어서는 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것인지 여부에 따라 판단하는 것인바(○○○ 2007.7.27., 같은 뜻), 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 부당행위계산부인으로 보아 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 제3자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있고(○○○ 2009.7.20.), 법인세법 제52조 및 같은법 시행령 제89조에서 규정하고 있는 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 ‘시가’란 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말하는 것으로, 이러한 시가가 없는 경우의 부동산은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액, 상속세 및 증여세법제61조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차적으로 적용하는 것으로 규정하고 있는 점, 특수관계에 있는 자간의 부동산양도거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 거래약정일과 소유권이전일과의 기간이 장기간인 경우의 시가산정의 기준시점은 그 거래가액이 확정되는 매매계약체결일로 보는 것(○○○ 2004.9.9., 같은 뜻)으로 쟁점부동산의 부당행위계산부인시 시가판단기준일은 쟁점부동산의 매매계약일인 2006.9.14.인 점, 2006.9.14. 현재의 상황을 보면 청구법인은 미분양적체 및 자금난으로 사업중단 및 파산위기에 처하여 미분양분과 사업권 일체를 양도할 수밖에 없는 상황에서 부득이하게 주거래은행이 집단대출금 승인조건으로 ○○○의 입점을 강력하게 요구함에 따라 ○○○이 입점하게 된 사유가 인정되고, 그 거래가액도 쟁점부동산을 ○○○에게 양도한 같은 시점에 ○○○과 협의된 양도가액(분양예정가액의 67%)과 병원입지조건의 취약성 등을 종합적으로 고려하여 거래당사자간의 합의에 의하여 결정된 합리성있는 분양가액으로 보이는 점, 주거래은행에서도 청구법인의 집단대출요구를 수용한 조건 중 하나로 쟁점빌딩에 ○○○이 입주하는 경우 쟁점빌딩의 이미지 개선 및 유동인구효과를 유발하여 쟁점부동산을 포함한 쟁점빌딩의 가격이 급격한 가격이 상승될 것으로 예견한 점, 실질적으로 ○○○가 근린생활시설용도의 쟁점부동산을 취득하여 특수시설인 건물용으로 변경하고 병원용시설물과 내부인테리어를 완공 및 병원전용 주차장용지를 별도로 매입하는 등 쟁점부동산 이용자의 편의를 증가시킨 것으로 보이는 점, ○○○이 청구법인으로부터 미분양분을 인수한 후 쟁점부동산 감정기준일의 쟁점빌딩 분양실적을 보면 2006년 12월부터 2007년 1월까지 제3자에게 당초 청구법인의 분양예정가액대로 정상적으로 12건의 상가를 매매한 사실에 비추어 청구법인이 ○○○에게 쟁점부동산을 분양한 시점과 감정평가기준일 사이에 쟁점부동산의 가격이 급격한 변화가 있었던 것으로 볼 특별한 사정이 있었던 것으로 보이는 점,법인세법제52조의 부당행위계산 부인의 규정을 적용함에 있어서 시가로 보는 감정평가법인의 감정가격은 그 거래당시에 당해 자산의 가액을 감정할 것을 요건으로 함에도, 처분청이 시가산정기준으로 삼은 감정가액은 쟁점부동산 등을 포함하여 미분양분을 할인분양하던 시점이 아니고 ○○○이 미분양분을 인수 및 ○○○이 입점한 이후 정상적 가격으로 상가를 분양하고 있던 상태에서 감정평가한 사실에 비추어 쟁점부동산 평가시점의 원형대로 감정한 것으로 볼 수 없는 점, 또한 시가산정방법도 감정가액을 시가로 본 것이 아니라 감정가액에서 취득일 이후 자본적 지출액을 차감하는 방식으로 산정하였으나 동 방법에 의한 시가산정가액이 정상적인 상태에서 예정했던 분양예정가액(처분청 제시한 분양예정가액 149억원)을 초과하고 있어 쟁점부동산 양도당시 제반여건을 반영한 가액으로 볼 수 없는 점 등을 고려하면 2007.1.2. 기준 ○○○의 감정가액은 쟁점부동산의 시가산정기준으로 적용하기는 어려운 것으로 판단되며, 청구법인의 쟁점부동산 매매계약일과 유사한 2006.9.21.에 특수관계없는 ○○○에게 쟁점빌딩 상가동의 6층ㆍ9층(영화관 용도)을 단위면적당(㎡) 790,949원에 양도하였는바, 영화관의 양도일자를 보면 쟁점부동산의 양도일자(2006.9.14.)와 유사한 2006.9.21.로 청구법인이 자금난으로 인한 경영위기를 해결하기 위해 쟁점부동산을 포함한 미분양분을 분양예정가액의 67%수준으로 평가하여 양도할 수밖에 없는 경제상황이 동일하고, 그 위치 및 거래가액도 영화관은 6층ㆍ9층으로 ㎡당 실제 분양가액이 791천원이고 쟁점부동산은 영화관보다 위층에 위치한 10층ㆍ13층으로 ㎡당 실제 분양가액이 537천원으로 나타나고 있으며, 구조 및 용도도 철근콘크리트 구조로 지어진 업무활동공간인 특수시설(비교대상 부동산은 영화관용도, 쟁점부동산은 병원용도)이라는 점에서 유사한 것으로 나타나고 있어 2006.9.14. 청구법인이 ○○○에게 양도한 쟁점부동산의 시가를 2006.9.21. 청구법인이 ○○○에게 양도한 쟁점빌딩의 6층ㆍ9층 건물의 매매사례가액으로 하여 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.
(5) 쟁점⑤ (가) 청구법인은 3,273㎡ 중 기부채납과 도로 등으로 사용한 토지를 차감한 면적(2,243㎡)에 대하여주식회사 외부감사에 대한 법률에 따른 청구법인의 회계감사인의 의견인 “쟁점토지가 사업장의 진입로로 활용되고 있으며, 향후에도 다른 용도로 전환이 불가능하여 회계감사상 전혀 자산성이 없는 것으로 판단되므로 쟁점제외토지의 취득원가 전액을 분양원가에 포함시켜야 한다”라는 것에 근거하여 재산적가치가 전혀 없는 토지에 해당한다고 보아 쟁점토지의 취득가액 4,021,766,290원을 2006.12.7. 쟁점빌딩 공사원가로 계상하였으나, 처분청은 쟁점토지는 당초부터 사업부지에 속하지 않은 별도의 청구법인의 고유자산으로 신탁계약을 체결하는 등 재산적가치가 있는 사인이 보유한 매매가능한 토지로 쟁점빌딩 공사수입금액에 대응하는 쟁점빌딩신축공사의 원가에 해당하지 않는다고 보아 2006사업연도 소득금액계산시 쟁점토지의 취득원가를 손금불산입으로 하여 과세한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 ○○○가 2001.11.9. ○○○과 체결한 전체인수토지(20,438㎡)에 대한 용지매매계약을 2002.3.13. ○○○로부터 승계취득하여 전체인수토지 중 17,255㎡에 대한 건축허가를 받고 나머지 3,273㎡를 쟁점빌딩 신축공사 진입로로 사용하다가 신축공사완료 후 3,273㎡ 중 기부채납과 도로 등으로 사용한 토지를 차감한 쟁점토지 2,243㎡(○○○ 대지 515㎡, 같은 곳 156-32 대지 1,633㎡, 같은 곳 153-68 대지 34㎡, 같은 곳 1829-1 대지 61㎡)를 쟁점빌딩 이용자들의 보행자 도로로 사용하고 있으며, 현재 청구법인 명의로 등기된 것으로 나타난다. (다) 2006.10.25. 청구법인의 제2006-57호 기안문서(쟁점토지 관리신탁계약건)에 의하면, 수분양자들의 민원 및 가압류 등에 의한 권리 침해 예방을 위한 목적으로 신탁자를 청구법인, 수탁자를 ○○○ 수익권자를 ○○○으로 하고, 쟁점토지면적을 2,239.34㎡로 하고 기준가격을 부지매매계약서상 가격인 1,588,332원/㎡로 하여 쟁점토지의 가격을 3,562,629,710원(2,239.34㎡×1,588,332원/㎡)으로 산정한 후 신탁수수료를 4,113,020원(3,562,629,710원×0.11549%, 부가가치세 별도)로 하여 2006.12.17. 실제 수수료를 3,950,000원으로 관리신탁계약을 체결한 사실이 있고, 2006.12.30. 신탁재산에 대한 대가를 3,819,972,492원으로 산정하여 건설용지에서 자산계정으로 대체전표를 작성하였음에도 불구하고 이를 장부상 반영하지 않았으며, 2006.12.7. 청구법인이 쟁점토지에 대하여 ○○○ 관리신탁계약을 체결하였다가 2008.11.11. 말소한 사실이 쟁점토지의 등기부등본상 확인된다. (라) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 쟁점토지는 청구법인 명의로 등기된 사유재산으로서 수분양자에게 지분등기가 되어 있지 않아 언제든지 대가를 받고 처분할 수 있거나 증여ㆍ상속 등 재산권을 행사할 수 있음은 물론 인접도로의 확장으로 인하여 국가 등에 수용시 최소한 공시지가(32억원) 상당액을 수용대가로 받을 수 있는 것인바, 청구법인에서도 인접도로가 확장된다는 사실을 알고 2006.12.30. 신탁재산에 대한 대가를 3,819,972,492원으로 산정하여 건설용지에서 자산계정으로 대체전표를 작성하였음에도 불구하고 이를 장부상 반영하지 않은 사실이 있는 점과 수분양자에게 공유지분권으로 하여 등기이전할 의사가 전혀 없는 점 등을 고려할 때 쟁점토지는 청구법인의 자산으로서 미래의 재산적 가치에 대한 추정이 전혀 불가능하여 향후 수익성과 재산적가치를 전혀 기대할 수 없는 토지에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점⑤금액을 2006사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(6) 쟁점⑥ (가) 2006.9.21. 청구법인은 2006.9.14. 현재 미분양된 재고자산과 쟁점빌딩 신축ㆍ분양사업권 일체를 1,423억원으로 평가하여 쟁점빌딩 시공사인 ○○○에 양도하며 동 자산의 양도대금(1,423억원) 정산방법은 시공사에 대한 공사미지급금 1,293억원과 쟁점빌딩신축 등과 관련하여 제3자에 대하여 지급의무가 발생하였으나 계약당시 아직 지급되지 않은 확정채무 36억원 및 지급의무가 아직 발생하지는 않았으나 쟁점빌딩 준공후 청구법인의 명의로 납부할 것으로 예정되는 취득세 등 미확정채무 등 71억원을 차감한 나머지 23억원을 현금으로 수령하는 특약조건의 대물변제성 매매계약을 체결하고, 미분양분 재고자산의 양도일이 속하는 사업연도의 부가가치세 및 법인세 신고시 ○○○에 양도한 자산가액 전액을 매출로 계상한 후 미확정채무 중 양도자산의 준공에 따라 확정된 보존등기비용인 쟁점⑥금액 6,785,013,440원(2006.11.8. 취득세 4,686,156,340원, 2006.12.7. 등록세 2,044,868,220원, 2006.11.10. 소방설비설치대 53,988,880원)을 2006.11.8.부터 2006.12.7.까지의 기간내 ○○○로부터 수령하여 이를 청구법인 명의로 납부하고 청구법인의 비용으로 보아 2006사업연도 소득금액계산시 손금계상하였으며, 미확정채무 중 실제로 발생되지 않은 채무와 ○○○로부터 수령한 부가가치세는 2007사업연도에 정산차익으로 하여 5,589,411,149원을 영업외수익으로 익금산입한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 2006.9.21. 쟁점빌딩의 사업권 양도시 청구법인의 채무 107억원(확정채무 36억원, 미확정채무 71억원)은 ○○○이 약정일에 면책적으로 인수한 ○○○의 채무에 해당하고, 청구법인은 단지 쟁점⑥금액을 ○○○이 부담하기로 한다는 약정에 따라 청구법인 명의로 부과된 것은 납부시기에 ○○○로부터 대금을 수취하여 대행납부한 것에 불과한 것이므로 청구법인의 비용으로 처리할 대상이 아님에도 ○○○이 부담한 미확정채무 중 쟁점⑥금액을 청구법인의 비용으로 계상함으로써 결과적으로 쟁점⑥금액에 상당하는 비용을 과대계상하였다 하여, 청구법인이 비용처리한 쟁점빌딩 준공 관련 쟁점⑥금액[취득세 4,686,156,340원(2006.11.8. 납부)와 등록세 2,044,868,220원(2006.12.7. 납부) 및 채무면제이익으로 계상하지 않은 소방설비설치대 53,988,880원 합계 6,785,013,440원]을 2006사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 법인세를 과세한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2006.9.14. 현재 청구법인의 자산을 1,423억원(2006.9.14. 현재 수분양자의 분양대금 미납입금 210억원, 수분양자의 분양대금 납부일 미도래분 524억원, 미분양분 615억원, 수분양대금 공동관리 예금 73억원, 위아에셋주식 1억원)으로 평가하여 시공사인 ○○○에 양도하고 그 양도대금으로 시공사인 ○○○에 대한 공사미지급금(1,293억원)과 제3자에 대한 청구법인의 확정채무(36억원), 쟁점빌딩 준공 후 청구법인 명의로 납부하게 될 취득세 등 미확정채무(71억원)를 차감하고 남은 23억원을 현금으로 정산하기로 한 것이며, 이에 따라 청구법인은 자산양도대금 1,423억원에서 시공사인 ○○○에 대한 공사미지급금 1,293억원을 상계하고 남은 잔액 130억원을 미지급금 계정의 음수(-)[청구법인은 미지급금과 미수금을 미지급금 계정으로 사용하였기 때문에 장부에는 미지급금계정이 음수(-)로 표시되어 있으며 이는 미수금을 뜻함]로 계상하였고, 이후 미수금 중 미확정채무가 쟁점⑥금액이 확정고지됨에 따라 ○○○로부터 해당금액을 수령하여 청구법인 명의로 납부하고 청구법인의 비용으로 회계처리하였으며, 또한 약정서 제3조에서 정산금을 자산양도가액에서 청구법인의 채무(확정채무와 미확정채무)를 상계하여 산정하도록 하고 있어 미분양된 재고자산의 양도가액 615억원은 청구법인이 양도일 이후 미확정채무를 모두 이행한다는 전제하에서 결정된 것으로 쟁점⑥금액은 확정되어 집행될 때까지 청구법인의 미확정채무(○○○에 대한 채권)의 상태로 두었다가 실현된 때에 비용처리 하여야 할 성격의 비용이라는 점에서 쟁점⑥금액은 청구법인이 실제 부담한 비용으로 양도된 자산의 매출원가에 해당한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.
1. 청구법인이 ○○○에게 2006.9.14. 양도한 자산내역을 보면, 쟁점빌딩 신축사업 중 2006.9.14. 현재 미분양분과 미회수채권 등을 1,423억원[2006.9.14. 현재 수분양자의 분양대금 미납입금 210억원(기도래미수금 185억 + 연체료 25억 = 210억), 2006.9.14. 현재 수분양자의 분양대금 납부일 미도래분 524억원, 2006.9.14. 현재 미분양 재고자산 615억, 2006.9.14. 현재 수분양대금의 공동관리 예금계좌 잔액 73억, 청구법인이 출자한 ○○○주식 1억원]으로 평가하여 쟁점빌딩의 신축ㆍ분양의 소유권 및 분양사업권을 ○○○에게 양도한 것으로 확인된다.
2. 청구법인이 ○○○에게 양도한 미분양분 등 부동산의 소유권이전 내역을 보면, 청구법인과 ○○○은 쟁점빌딩이 준공(소유권 보존등기일 2006.12.7.)되기 이전인 2006.9.14. 미분양분을 양도하는 것으로 매매계약을 체결하였음에도 2006.12.7. 청구법인 명의로 소유권보존등기된 후 2006.12.7. (2006.10.4. 매매 원인) ○○○로 소유권이전되었는바, 이는 시행사 등 건축허가 변경절차를 간소화하기 위하여 2006.12.7. 쟁점빌딩을 청구법인 명의로 소유권보존등기함과 동시에 ○○○로 소유권이전함으로써 청구법인 명의로 소유권보존단계에서 취득세 및 등록세 등을 부담하였고, ○○○로 소유권이전시 취득세 및 등록세를 ○○○이 추가 부담한 것으로 나타난다.
3. 약정서 제2조 제2항을 보면, “을”(○○○)은 자산취득으로 인하여 “갑”(청구법인)에 대한 공사비 등 채권 1,293억원이 변제된 것으로 간주하는 것으로 되어 있고, 동 약정서 제2조 제3항에 의하면, “을”은 제1항 소정의 자산취득에 상응하여 “갑”의 제3자에 대한 기발생채무 및 계약상의 지위를 면책적으로 인수하는 것으로 약정하며, 위에서 명시하지 아니한 기준일 현재 및 장래의 채무 또는 계약의 경우라 하더라도 쟁점빌딩을 위한 채무 또는 계약의 경우에는 “을”이 변제 및 계약인수를 하기로 하고, 본 사업 준공과 관련하여 추가로 발생할 일체의 비용(보존등기비를 포함한 준공관련 공사 직ㆍ간접비 등)은 “을”이 부담하며, 계약서 지위의 인수는 “갑”과 “을”이 공동으로 작성한 서면으로 양도대상 각 계약의 계약상대방인 제3자에게 계약양도사실을 통지하여 승낙받는 방식으로 진행하며 계약양도 승낙을 받기 어려운 사유 등을 원인으로 “갑”을 계약의 당사자에서 기술적 또는 법률적으로 어려운 경우 기준일 이후 “갑”이 제3자에 대하여 지급하여야 하는 채무나 책임금액은 “을”이 부담하기로 약정한 것으로 기재되어 있으며, 매매약정서 제3조(정산금)를 보면, ○○○은 양도자산의 평가금액에서 제2항 및 제3항의 금액을 차감한 금 이십삼억원(부가가치세 별도, 약정체결일 13억원, 건물보존등기 및 관리처분신탁 신청시 10억원)을 정산금으로 지급하여야 하고, 제2조에 따른 양도 등 거래의 이행과 관련하여 발생하는 부가가치세는 정산금과 별도로 취급하기로 약정되어 있다.
4. 쟁점빌딩에 대한 사업권을 양도와 관련된 청구법인의 회계처리내역을 보면, 분양미수금(수분양자에게 분양이 이루어졌으나 2006.9.14. 현재 수분양자가 분양대금을 납부일까지 납부하지 못한 금액)과 분양선수금(수분양자에게 분양이 이루어졌으나 2006.9.14. 현재 수분양자의 분양대금 납부일이 도래하지 않은 금액) 492억원(부가가치세 32억원 불포함)과 2006.9.14. 현재 미분양된 재고자산을 ○○○에게 매각한 577억원(부가가치세 38억원 불포함)을 분양수입으로 보아 2006사업연도분 수입금액으로 인식한 것으로 나타나며,〈표6-1〉와 같이 자산매각대금의 정산항목인 미확정채무를 ○○○에 대한 미수금으로 계상하였다가 2006년 11월 납부의무가 확정되자 이를 ○○○로부터 수령하여 납부하고 청구법인의 2006사업연도의 분양원가에 포함하여 회계처리한 것으로 나타난다. (라) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 ○○○에게 2006.9.14. 현재의 쟁점빌딩의 미분양자산 등을 1,423억원에 양도하고 청구법인의 제3자에 대한 채무 107억원(확정채무 36억원, 미확정채무 71억원) 및 ○○○에 대한 공사미지급금 1,293억원과 대체상계하고, 나머지 23억원은 현금으로 정산하여 수령하기로 약정하였으며, 장부상에는 대변에 자산평가금액 1,423억원을 매출액 등[분양 미수금(채권) 등 808억원, 매출액 615억원]으로 인식하고, 차변에 미지급금 1,329억원(○○○에 대한 공사미지급금 1,293억원 상계, 확정채무 36억원을 ○○○에게 승계)과 미수금 94억원(양도당시 미확정으로 인하여 장부에 미계상한 취득세 및 등록세 등 미확정채무에 대한 미수금 71억원, 현금 정산액에 대한 미수금 23억원)을 계상함으로써 순자산을 증가시킨 후 미확정채무 중 양도자산의 준공에 따라 확정된 보존등기비용인 쟁점⑥금액 6,785,013,440원(2006.11.8. 취득세 4,686,156,340원, 2006.12.7. 등록세 2,044,868,220원, 2006.11.10. 소방설비설치대 53,988,880원)을 2006.11.8.부터 2006.12.7.까지의 기간내 ○○○로부터 수령하여 이를 청구법인 명의로 납부하고 청구법인의 비용으로 계상하여 청구법인의 순자산을 감소시킨 점, 약정서 제3조에서 정산금을 자산양도가액에서 청구법인의 채무(확정채무와 미확정채무)를 상계하여 산정하도록 하고 있어 미분양된 재고자산 등의 양도가액에는 청구법인이 양도일 이후 쟁점⑥금액을 모두 이행한다는 전제하에 결정된 것임을 알 수 있어 쟁점⑥금액은 확정되어 집행될 때까지 청구법인의 미확정채무(○○○에 대한 채권)의 상태로 두었다가 실현된 때에 비로소 청구법인의 비용처리 하여야 할 성격의 금액이므로 청구법인의 손금에 해당하는 것임에도 처분청이 쟁점⑥금액을 미분양분 등의 매매약정에 따라 ○○○이 승계하여 부담한 비용으로 보아 청구법인의 2006사업연도 소득금액계산시 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.