공업지역 편입 후 3년이 지나 양도한 토지에 대하여 사업시행자의 귀책으로 8년이상 자경 감면을 받을 수 없었는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.5.22. ○○남도 ○○시 ○○동 113-1 답 6,424㎡ 및 같은 동 140-1 답 1,017㎡ 합계 7,441㎡(이하 “분리전토지”라 한다)를 양산시장에게 양도하고 2008.7.18. 양도소득세 예정신고를 하면서, 분리전토지 중에서 도시계획서상 자연녹지로 지정되어 있는 위 같은 동 113-1 답 2,084㎡ 및 140-1 답 463㎡ 합계 2,547㎡(이하 “자연녹지토지”라 한다)에 대하여는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면(한도 1억 원)을 신청하고, 분리전토지 중에서 도시계획서상 공업지역으로 지정되어 있는 위 같은 동 113-1 답 4,340㎡ 및 140-1 답 554㎡ 합계 4,894㎡(이하 “공업지역토지”라 한다)에 대하여는 양도소득세 감면신청을 하지 않았다.
• 나. 2008.12.26. 법률 제9272호로 조세특례제한법 제133조 가 개정(2008년 양도분부터 감면한도액이 1억 원에서 2억 원으로 확대)되자 청구인은 분리전토지에 대한 양도소득세 예정신고당시(2008.7.18.)에는 8년 이상 자경농지 등에 대한 감면 한도액이 1억 원이어서 공업지역토지에 대하여는 양도소득세 감면을 신청하지 않았으나, 공업지역토지도 8년 이상 자경한 농지이고 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 공업지역으로 편입한 날부터 3년이 지난 후에 양도하였다는 이유로 2009.1.19. 공업지역토지 양도에 대하여도 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 기납부한 양도소득세 90,000천원을 환급하라는 내용으로 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 공업지역토지에 대하여는 공업지역으로 편입된 날로부터 3년이 경과하여 양도하였다 하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정의 적용을 배제하고, 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면규정(양도소득세의 100분의 10 세액감면)을 추가로 적용하여 감면세액을 24,983,831원으로 결정하고, 자연녹지토지에 대하여는 감면한도 확대에 따라 감면세액을 107,446,504원으로 결정하는 등으로 분리전토지의 감면세액을 132,430,504원으로 결정하여 2009.2.5. 청구인에게 29,187,450원을 환급하는 것으로 경정청구에 대한 회신을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 및 동 시행규칙 제27조에 의하면 ‘사업 또는 보상을 지연시키는 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우’에는 공업지역으로 편입한 날부터 3년이 지난 후에 양도하더라도 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정을 적용하도록 규정되어 있는바, 공업지역토지는 청구인의 의사와 관계없이 199.10.25.에 공업지역으로 편입된 이후부터 계속하여 산업단지를 조성한다는 이유(2008년에 ○○산업단지로 최종 편입됨)로 재산권 행사를 제한하였고, 소명서 내용과 같이 공업지역토지에 차령진입이 되지 않는다는 이유로 개발행위허가 제한지역으로 묶어 놓음으로써 공업용지 개발허가를 하지 않았으며, ○○남도 ○○시장이 작성한 공장신설 승인신청 업무보고서에 ‘2007.11.23. 공업지역토지 외 2필지에 공장신설승인신청을 한 것은 산업단지 조성에 지장을 초래할 수 있고, 일관성 있는 행정처분이 필요하여 공장신설을 불허함이 좋을 것으로 사료된다’고 기재되어 있는 것을 보면 공업용지로 활용할 수 없었던 사유가 사업시행자에게 있음이 확인되므로 공업지역으로 편입된 후 3년이 경과하여 양도하였으나 계속하여 자경한 공업지역토지에 대하여 8년 이상 자경한 농지에 대한 감면규정을 적용하여 기납부한 양도소득세 90,000천원을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 공업지역토지를 공업지역으로 편입한 날부터 3년이 지난 후에 양도하였고, 청구인이 제시하는 증빙만으로는 사업시행자의 귀책사유로 공업지역토지를 3년 이내에 양도할 수 없었는지가 확인되지 않으므로 공업지역토지에 대하여 8년 이상 자경한 농지에 대한 감면규정을 적용하라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 공업용지로 편입된 날로부터 3년이 경과하여 양도하였다 하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하였으나, 사업 또는 부상을 지연시킨 귀책사유가 사업시행자에게 있어 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 것이 잘못이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 개획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업 지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정)

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받은 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 가. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

○ 부 칙 (2008. 12. 26. 법률 제9272호) 제1조 【시행일】 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의 3, 제89조의 2, 제91조의 9, 제91조의 10, 제100조의 3, 제100조의 5, 제100조의 6, 제100조의 11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고 (이하 생략) 제29조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례】 제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합 형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 소유의 공업지역토지에 대한 사건 흐름도는 다음 <표 1>과 같은바, 청구인은 공업지역토지 양도에 대하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 공업지역으로 편입한 날부터 3년이 지난 후에 양도하였다는 이유로 2009.1.19. 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 기납부한 양도소득세 90,000천원을 환급하라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 공업지역으로 편입된 날로부터 3년이 경과하여 양도하였는지가 확인되지 않는다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다. <표 1> 공업지역토지 관련 사건 흐름도 1978.12. 199.10.25. 2007.7.5. 2008.5.22. 2008.7.18. 2009.1.19. --○---------●-------------○----------●---------○---------○-- 취득 공업지역 편입

○○산업단지 재편입 양도 예정신고․납부 경정청구

(2) 분리전토지에 대한 신고내용, 경정청구 및 경정내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 분리전토지에 대한 신고내용, 경정청구 및 경정내역 (단위: 천 원) 신고내용 경정청구 경정 과세표준 1,024,958 1,024,958 1,024,958 산출세액 357,284 357,284 357,284 감면세액 100,000 200,000 132,430 예정납부세액공제 25,728 15,728 22,485 결정세액 231,556 141,556 202,369

(3) 처분청의 경정청구 검토서에는 ‘공업지역토지는 1999.10.25. 공업지역으로 편입되었으므로 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 에 의거 8년 이상 자경 농지에 대한 감면규정 적용 대상이 될 수 없고, 감면세액 확대시행에 따라 감면세액을 재계산(공업지역토지 24,984천원, 자연녹지토지 107,446천원 합계132,430천원)하고 기납부세액(231,556천원) 중 28,970천원을 환급결정하고자 한다’라고 되어 있다.

(4) 공업지역토지는 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 공업지역으로 편입한 날부터 3년이 지난 후에 양도하였으므로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하면서 청구인이 제시하는 증빙은 다음과 같다. (가) 청구인이 제시한 자경농지에 대한 소명서에는 ‘공업지역토지는 편입초기에 컨테이너 차량이 진입되지 않는다 하여 공업지역 개발허가가 나지 않았고, 그 이후 토지 소유자들이 자신의 토지를 도로에 편입시켜 공업지역 개발 여건이 성숙되었으나, ○○산업단지계획이 발표됨으로써 공업지역토지는 ○○산업단지와 인접되었다 하여 공업지역으로서의 개발허가가 나지 않았고, 개발허가 제한지역이 풀릴 것으로 예상하여 2007.3.5. 공업지역토지 중에서 ○○산업단지 미편입지 약 2,612㎡를 ○○종합건설주식회사(대표자 이○○) 및 박○○에게 510,000천원에 양도하는 것으로 매매계약서를 작성하였으나, 공업용지 개발허가가 나지 않음으로써 매매계약이 취소되었는바, 위와 같은 사유로 공업지역토지는 공업지역으로 편입만 된 것이지 실지는 자연녹지지역이며 자경농지로 활용하였다’고 기재되어 있다. (나) 토지 및 지장물 보상비 대금청구서 및 영수증에는 청구인이 2008.5.14. 분리전토지 전부를 답으로 하여 1,548,454천원을 보상받은 것으로 기재되어 있다. (다) ○○남도 ○○시장이 작성한 공장신설승인 신청관련 업무보고서에는 ‘○○남도 ○○시 ○○동 113번지 일원에 공장신설승인을 신청한(○○산업 대표자 박○○) 공장부지는 당초 ○○일반지방산업단지 조성 사업지역에서 제외된 일반공업용지지역으로 공장입지조건에 적합한 지역이었으나, 공장신설승인을 신청한 중에 공장부지의 절반이상이 ○○일반산업단지예정부지에 편입되어 공장신설승인이 어려운 실정이다’라고 기재되어 있다. (라) 청구인이 제시한 매매계약서에는 청구인과 ○○종합건설주식회사(대표자 이○○)가 2007.3.5. ○○남도 ○○시 ○○동 113 답 약 2,612㎡를 510,000천원에 매매하는 것으로 약정되어 있다.

(5) 청구인은 사업 또는 보상을 지연시키는 귀책사유가 사업시행자에게 있어 공업지역토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정을 적용하여야 한다는 주장이나, ○○남도 ○○시장이 작성한 공장신설승인 신청관련 업무보고서에는 공업지역토지내에 공장 신설을 허가하지 않은 이유는 공업지역토지가 ○○산업단지에 편입(2007.7.5.)되었기 때문이고 ○○산업단지로 편입되기 전에는 공장입지조건에 적합한 지역으로 되어 있으며, 청구인이 제시한 매매계약서 등에 의하면 공업지역토지가 위치한 공업지역내에서 토지매매에는 제한이 없었던 것으로 보이고, 청구인이 제시하는 증빙만으로는 사업시행자의 귀책사유로 공업지역토지를 편입일로부터 3년 이내에 양도하지 못한 사실이 객관적으로 확인되지 않으므로 사업 또는 보상을 지연시키는 귀책사유가 사업시행자에게 있어 공업지역토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정을 적용하여야 한다는 청구 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 공업지역토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정의 적용을 배제하여 감면을 주장하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.