비영리법인의 수익사업과 기타 사업에서 발생한 공통손금의 안분 계산 정당여부

○○세무서장이 2008.12.4. 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 20,108,750원, 2002사업연도 법인세 6,611,040원, 2003사업연도 법인세 4,865,770원의 부과처분은 2001~2003사업연도에 근로복지공단으로부터 지급받은 보험사무대행지원금 1,262,915천원을 수익사업의 익금으로 하고 개별손금과 공통손금을 구분한 뒤 다시 공통손금을 해당사업연도 개별손금액에 비례하여 각각 안분계산한 후 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

청구법인은 1981.4.28. 설립된 비영리 경제단체인 사단법인으로 2001~2003년 ○○지역 기업의 고용보험 및 산업재해보상보험 보험료ㆍ징수 등의 업무를 인가받아 대행하고 보험사무대행지원금 1,262,915천원(이하 “쟁점지원금”이라 한다)을 근로복지공단으로부터 수령하였으나 비수익사업의 매출로 보아 법인세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인에 대한 현지 확인조사를 실시하여 쟁점지원금을 수익사업의 익금으로 하고 아래와 같이 개별손금과 공통손금을 구분한 후, 공통손금을 다시 수익사업과 비수익사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하고 수익사업의 소득금액을 계산하여 2008.12.4. 청구법인에게 2001~2003사업연도 법인세 31,585,560원을 결정고지 하였다. (단위: 원) 구분 계 2001년 2002년 2003년 수입금액 1,974,615,461 624,759,979 642,662,771 707,192,711 수익사업 1,262,915,230 416,038,110 397,057,910 449,819,210 기타사업 711,700,231 208,721,869 245,604,861 257,373,501 비용(수익사업) 1,167,793,564 364,061,369 372,862,909 430,869,286 개별손금 567,929,115 174,503,821 186,459,549 203,965,745 공통손금배분액 602,864,449 189,557,548 186,403,360 226,903,541 수익사업 손익 95,121,666 51,976,741 24,195,001 18,949,924 고지세액 31,585,560 20,108,750 6,611,040 4,865,770 청구법인은 이에 불복하여 2008.12.12. 이의신청을 거쳐 2009.3.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법 시행령 제156조 및 시행규칙 제76조 제6항 제3호에 의하여 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산 하도록 규정되어 있는 바, 수익사업과 기타 사업의 업종구분은 한구표준산업분류에 의한 소분류에 의하되 소분류에 해당업종이 없으면 중분류에 의하는 것으로 청구법인의 고유목적사업(기타의 사업)은 소분류상 산업 및 전문가단체(911)에 해당하고 고용ㆍ산재보험사무지원업은 사회보장행정(765)으로 분류되어 있으므로 청구법인의 수익사업과 기타 사업은 업종이 다른 경우에 해당하고, 처분청이 목적사업을 수행하고 회원사들에게 회비와 협찬금 등을 수령하는 것과 고용ㆍ산재보험사무지원업의 용역을 제공하고 용역의 대가를 받는 것을 동일 업종으로 보는 것은 업종적용에 오류가 있다 할 것이고, 업종이 다른 경우 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산 하여야 하는 바, 개별손금액에 비례하여 공통손금액을 안분계산하면 아래와 같이 매년 당기순손실이 발생하였으므로 수익사업과 기타 사업의 공통손금을 수입금액 비율로 안분계산 하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다. (단위: 원) 구분 계 2001년 2002년 2003년 수입금액 1,262,915,230 416,038,110 397,057,910 449,819,210 산재보험수입 712,341,300 242,951,490 207,128,000 262,261,810 고용보험수입 550,573,930 173,086,620 189,929,910 187,557,400 비용 1,382,143,722 423,733,309 443,623,504 513,786,909 개별손금 569,628,485 179,203,191 186,459,549 203,965,745 공통손금배분액 811,515,237 244,530,118 257,163,955 309,821,164 당기순이익(손실) △118,228,492 △7,695,199 △46,565,594 △63,967,699
• 나. 처분청 의견 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 에 의하면 비영리법인이 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하며 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 매출액에 비례하여 안분계산 하도록 규정되어 있고, 청구법인은 ○○지역 기업을 회원으로 하여 회원들에 대한 기업경영과 여러 가지 서비스를 제공하는 비영리법인으로 근로복지공단의 보험사무대행지원도 기업의 위임을 받아 제공하는 기업경영 관련 서비스 중의 하나이고, 청구법인의 정관상 고유목적사업 중 한 가지로서 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우에 해당하며, 업종이 동일한 경우 공통손금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하게 되어 있으므로 청구인의 결산서에 근거하여 수익사업부문의 과세소득금액을 계산하여 보면 당초 현지조사 시 확인된 수익사업의 손익계산서와 같이 2001~2003사업연도에는 순이익이 발생하였으므로 쟁점지원금을 수익사업의 익금으로 산입한 후 수익사업과 기타 사업의 공통손금을 수입금액 비율로 안분계산 하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우로 보아 공통손금을 수입금액에 비례 하여 안분계산하고 각 사업연도 소득금액을 계산하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법 제113조 【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업

4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업

5. 연금 및 공제업중 다음 각목의 사업

• 가. 국민연금법에 의한 국민연금사업
• 나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

의료보험법 및 국민의료보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 부가가치세법 제12조제1항제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 기타 제1호 내지 제7호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 제156조 【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 제76조 【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2001~2003년 근로복지공단으로부터 ○○지역 기업의 고용보험 및 산업재해보상보험 보험료ㆍ징수 등의 업무를 인가받아 대행하고 쟁점지원금을 수령하였으나 비수익사업의 매출로 보아 법인세를 신고하지 아니한 데 대하여, 처분청은 당해 대행업무가 고유목적사업 중의 한가지로서 수익사업과 기타사업의 업종이 동일한 경우에 해당한다하여 쟁점지원금을 수익사업의 익금으로 하고 개별손금과 공통손금을 구분한 후, 공통손금을 다시 수익사업과 비수익사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하고 수익사업의 소득금액을 계산하여 법인세를 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 처분청이 목적사업을 수행하고 회원사들에게 회비와 협찬금 등을 수령하는 것과 고용ㆍ산재보험사무지원업의 용역을 제공하고 용역의 대가를 받는 것을 동일 업종으로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 처분법인의 정관상 목적을 보면, 청구법인은 민법 제32조 의 규정에 따라 1981.4.28. 설립된 비영리 경제단체인 사단법인으로서 ○○지역 기업들에 대한 노동관계의 조정ㆍ지원ㆍ제휴를 통한 노사 간의 이해증진, 협조체제의 확립과 기업경영의 합리화 및 건전한 노동운동을 조성하게 함으로써 산업평화와 국민경제발전을 도모함을 목적으로 설립되었다. (나) 또한, 노사 간의 이해증진 및 협조에 관한 사항, 회원사의 이익을 도모하기 위한 단체교섭 또는 그 지도 및 지원에 관한 사항, 노동위원회 및 노사협의회 참여에 관한 사항, 노동법 및 노동경제에 관한 조사연구에 관한 사항, 노무관리 요원의 교육훈련에 관한 사항, 고용윤리의 확립 및 고용안정에 과한 사항, 국내외 노사관계 단체와의 협조에 관한 사항, 사업재해보상보험사무의 수행에 관한 사항, 고용보험사무의 수행에 관한 사항 및 기타 본회의 목적수행에 필요한 사항에 사업목적을 두고 있다. (다) 청구법인은 업종이 서비스/경영자문이고 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료 징수 등에 관한 법률 제33조 제2항 에 따라 근로복지공단의 인가를 받은 보험사무대행기관인 사실이 법인등기부등본, 인가증 등에 나타나며 고용ㆍ산재보험사무를 대행한 이유는 영세중소기업의 보험사무처리부담을 줄여주고 보험가입을 촉진시켜 보험료징수의 효율성을 높이기 위한 정부정책에 부응하고 회원사들의 위임을 받아 보험료의 신고, 피보험자격 취득신고 등 영세중소기업에서 직접 처리하기 어려운 각종 보험사무를 대행하여 기업의 부담을 줄여주며, 지원금의 수령으로 재정을 확보하여 회원사들의 회비부담을 줄여주기 위한 목적인 것으로 확인된다. (라) 결산서상 익금과 손금의 구분은 법인세법시행규칙 제76조 제6항 에 따라 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종구분은 같은 법 시행규칙 제75조 제2항에 따라 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되 소분류에 해당업종이 없으면 중분류에 의한다고 규정되어 있다. (마) 청구법인의 고유목적사업(기타의 사업)은 한국표준산업분류표 소분류에 의하면 산업 및 전문가 단체(911)에 해당하고, 고용ㆍ산재보험사무지원업은 사회보장행정(765)으로 분류되어 있는 사실이 확인된다.

(3) 살피건대, 청구법인의 목적사업은 회원사들에게 기업경영과 관련한 여러 가지 서비스를 제공하는 것으로 목적사업을 수행하고 회원사들로부터 회비와 협찬금을 수령하는 업종과 고용ㆍ산재보험사무지원업의 용역을 제공하고 용역의 대가를 지급받는 것을 같은 업종으로 보기는 어렵고, 법인세법시행규칙 제75조 제2항 에서 수익사업과 기타사업의 업종구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의한다고는 규정되어 있는 바, 청구인의 고유목적사업(기타 사업)은 소분류상 산업 및 전문가 단체(911)에 해당하고, 고용ㆍ산재보험사무지원업은 사회보장행정(765)으로 분류되어 있어 수익사업과 기타 사업은 업종이 다른 경우에 해당한다.

(4) 그렇다면, 법인세법시행규칙 제76조 제6항 제3호 에 의하여 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우인 청구법인의 2001~2003사업연도 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산 하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.