공유수면매립공사를 하고 공사비에 못미치는 매립토지를 취득한 경우 부가가치세 과세대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.8.2. ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 670-1에 공유수면매립을허가받아 2006.9.25.착공한 이후 2007.9.24.(준공인가일2007.7.13.)까지 5,975,082천원을 투입하고, 이에 대한 대가로 ○○○도로부터 전체매립지 40,770㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 2개 감정평가기관의 평가액의 평균액은 3,750,455천원이다)를 취득하면서 세금계산서를 미교부하고, 매립공사와 관련하여 발생된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 않았다.
• 나. 처분청은 감사원으로부터 청구인이 쟁점토지에 대한 공유수면매립과 관련하여 ○○○도에 제공한 용역에 대하여 세금계산서를 미교부함에 따라 부가가치세를 신고누락하였고, 쟁점토지에 대한 매립공사 시행시 발생한 매입세액 319,306천원(2006년 제2기 92,727천원, 2007년 제1기 222,488천원, 2007년 제2기 4,091천원)은 공제대상이 아닌 매입세액에 해당한다는 통보를 받고 2008.11.11. 관련매입세액을 환급결정하고, 2007년 제2기분 837,926,740원을 경정결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.9.심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 공유수면매립 시공자인 사업자가 총사업비에 상당하는 대가로 취득하게 되는 매립지에 대하여 매립공사시행을 용역의 공급으로 보고 지방자치단체에 매출세금계산서를 교부하여야 할 것이나, 본 건의 경우는 쟁점토지의 시가가 총사업비에도 미치지 못함에 따라 쟁점토지의 매립공사와 관련된 부가가치세 및 이윤을 수취한 사실이 없고, 초과투입공사비를 지방자치단체에 청구할 수도 없음에도 불구하고 일반적인 공유수면매립의 원칙대로 하면 지방자치단체가 매립면허자인 청구인에게 초과투입공사비를 지급하거나 받지 않은 이윤과 부가가치세를 청구인이 납부하여야 하는 문제점이 있으므로 사업시행자를 쟁점토지의 매립면허자로 보아 매립면허자인 청구인이 청구인의 자금을 투입하여 쟁점토지를 원시취득한 것으로 보는 것이 타당한 점에서 처분청의 처분은 부당하다
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령 제48조 제6항 에 의하면 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공한 경우에는 공유수면매립법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로, 총 사업비에 대한 부가가치세를 신고누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 공유수면매립공사를 하고 공사비에 못 미치는 매립토지를 취득한 경우 부가가치세 과세대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화 ․ 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다.)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 (2) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】⑥ 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다. (3) 공유수면매립법 제26조 【매립지의 소유권취득 등】국가지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 다음 각호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총공사비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비, 기타비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자

4. 제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 국가 ․ 지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 잔여매립지(이하 “잔여매립지”라 한다)는 국가 (4) 공유수면매립법 시행령 제20조 【매립지의 소유권 취득 및 총사업비】법 제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 총사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득함에 있어 당해 매립지의 가격산정은 인근 유사토지의 거래가격을 고려한 적정가격으로 산정하되, 해양수산부령이 정하는 바에 따라 해양수산부장관이 지정한 2인 이상의 감정평가업자(지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의한 감정평가업자를 말한다. 이하같다)가 평가한 평가액의 산술평균치를 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.1.30. 선박건조크레인 제조업의 사업자등록을 한 후 2006.8.2.쟁점토지에 대한 공유수면매립을 허가받아 2006.9.25. 착공 및 5,975,082천원을 투입하여 공사를 진행하여 2007.7.13. ○○○도지사로부터 준공인가(인가번호 제2007-2호)를 받고, ○○○도가 2개 감정평가기관에 의뢰하여 평가한 평가액의 평균액인 3,750,455천원 상당의 쟁점토지 전체를 취득하였으나 공유수면매립공사와 관련된 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

(2) 이 건 관련 감사원의 시정용구 내용에 의하면, 부가가치세법제7조 제1항, 제13조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제48조 제6항에 사업자가 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 용역의 공급으로 보아 공유수면매립법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고 ․ 납부하도록 규정되어 있어, 청구인의 경우 2007.7.13. 공유수면매립에 대한 준공인가를 받고 매립용역의 공급에 대한 대가로 쟁점토지를 취득하였으므로 매립용역의 공급에 소요된 총사업비 5,975,082천원(조사비 240,589천원, 설계비 206,000천원, 순공사비 3,787,709천원, 보상비 951,500천원, 기타비용 246,096천원, 이윤 543,188천원)에 대하여는 총사업비를 공급가액으로 하여 매출세금계산서를 교부하고 2007년 제2기 부가가치세를 신고하였어야 함에도 이를 누락함으로써 이 건 부가가치세가 부족징수 및 매입세액 불공제에 따른 과다징수가 있었던 것으로 나타난다. (3)위 사실관계와 관계법령을 종합하여 살피건대, 청구인이 2006.8.2. 공유수면매립을 허가받아 5,975,082천원을 투입하여 공사를 진행 및 준공한 후 쟁점토지를 취득한 것은 부가가치세 과세대상인 용역의 공급으로서 금전이외의 대가를 받는 경우에 해당하여 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였어야 함에도 신고를 하지 아니하였으므로 처분청이 쟁점토지에 대한 공유수면매립과 관련된 총사업비를 부가가치세 과세표준으로 하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.