부동산과다보유법인의 주식에 대한 양도소득세 차등과세가 위헌인지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2001.8.10. 진주개발주식회사(이하 “진주개발”이라 한다)의 주식 267,245주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 2008.6.5. 이지윤 등 4인에게 양도하고 부동산과다보유법인 주식의 양도로 보아 부동산 양도에 대해 적용되는 세율(이하 “누진세율”이라 한다) 36%를 적용하여 2008.8.31. 양도소득과세표준 신고 및 자진납부하였다가, 쟁점주식의 양도를 부동산과다보유법인의 주식이 아닌 비상장주식의 양도에 해당한다 하여 비상장주식 양도에 대한 세율 20%(이하 “단일세율”이라 한다) 및 장기보유특별공제를 적용하여 2008.10.30. 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주식이 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 규정에 의한 부동산과다보유법인의 주식에 해당되고 장기보유특별공제 대상 자산이 아닌 것으로 보아 2008.12.8. 청구인의 경정청구에 대해 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 비상장주식의 양도에 대한 세율은 20%이나, 비상장법인이 부동산자산을 다수 보유하고 있거나 골프장업을 영위한다는 이유만으로 위 세율을 적용하지 않고 부동산의 양도소득세율인 36%를 적용하는 것은 조세부과나 방법에 대해 합리적인 근거없이 납세자를 차별하여 고율의 세금을 부담하도록 한 것이고, 소득세법제95조 제1항은 양도소득의 정의 및 범위에 대해 양도차익에서 필요경비와 장기보유특별공제책을 차감하도록 규정하고 있으나, 소득세법 제95조 제2항 에서는 부동산에 대한 장기보유특병공제액에 대해서만 규정하고 있는바, 부동산과다보유법인의 주식 양도를 부동산의 양도와 사실상 동일시하여 동일한 세율을 부과하고 있으면서도 양도소득의 계산방식이나 공제금액에는 합리적인 근거없이 차별을 두어 부동산과다보유 법인의 주식 양도자에게만 고액의 세금납부를 강요하는 것이므로, 이는 조세평등주의를 규정한 헌법제11조 제1항에 위반되어 무효이며, 재산권의 보장을 규정한헌법제23조에도 위반되므로 무효로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제158조 제1항 제5호 규정에 의한 부동산과다보유법인의 주식에 대한 과세요건을 살펴보면, 부동산가액 비율이 80% 이상으로 규정되어 있고, 진주개발은 2007.12.31. 현재 그 비율이 80% 이상이므로 부동산가액 비율 요건을 충족하고 있으며, 진주개발의 업종이 서비스⋅골프장으로 법인영위사업 요건도 충족하므로 쟁점 주식은 부동산과다보유법인의 주식 과세요건에 부합하여 부동산과다보유법인의 주식에 해당되고, 부동산과다보유법인의 주식 및 일반 비상장주식의 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제는 적용되지 아니하므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산과다보유법인의 주식(기타자산) 양도에 대해 부동산 양도시 적용하는 누진세율의 적용과 장기보유특별공제의 적용 배제가 헌법에 위배되는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다.

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이 아닌 자산의 공제율은 100분의 30을 한도로 한다. (2007. 12. 31. 개정)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호⋅제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산

• 나. 중소기업의 주식등: 양도소득과세표준의 100분의10
• 다. 가목 및 나목외의 주식등: 양도소득과세표준의 100분의 20

○ 소득세법 시행령 제158조 【기타 자산의 범위】

① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식들을 양도하는 경우의 당해 주식등

• 가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인
• 나. 체육시설의 설치⋅이용에 관한 법률에 의한 골프장업⋅스키장업등 체육시설 및 관광진흥법에 의한 관광사업중 휴양시설관련업과 부동산업⋅부동산개발업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 영위하는 법인

○ 소득세법 시행규칙 제76조 【부동산과다보유법인의 범위등】

② 영 제158조 제1항 제5호 나목에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 건설 또는 취득하여 직접 경영하거나 분양 또는 임대하는 사업을 말한다.

○헌법 제111조【관장사항】

① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

4. 국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간의 권한 쟁의에 관한 심판

5. 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판

○ 헌법재판소법 제2조 【관장사항】 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

2. 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 비상장법인이 부동산 자산을 다수 보유하고 있거나 골프장업을 영위한다는 이유만으로 단일세율(20%)을 적용하지 않고 부동산의 양도소득세율인 누진세율(36%)를 적용하는 것은 조세부과나 방법에 대해 합리적인 근거 없이 납세자를 차별하여 고율의 세금을 부담하도록 한 것이고, 소득세법제95조 제1항 및 제2항에서 부동산의 장기보유특별공제액에 대해서만 규정하고 있는 바, 이는 부동산과다보유법인의 주식 양도를 부동산의 양도와 사실상 동일시하여 동일한 세율을 부과하면서도 양도소득의 계산방식이나 공제금액에는 합리적인 근거없이 차별을 두어 조세평등주의를 규정한 헌법제11조 제1항과 국민 재산권의 보장을 규정한 헌법제23조 규정에 위반되어 무효임을 주장하므로 이에 대해 본다.

(1) 헌법제111조 제1항 및 헌법재판소법제2조에서 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로 규정하고 있고, 국세기본법제55조 제1항에서는 국세심판청구의 대상에 관하여 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.” 고 규정하고 있다.

(2) 위 관련법령 등을 종합해 보면, 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로, 헌법재판소는 이건 심판청구일 현재까지 부동산과다보유법인의 주식 양도에 대해 누진세율을 적용하는 것이 부당하다거나 비상장주식을 장기보유특별공제 대상으로 열거하지 아니한 것이 헌법에 위배된다고 결정한 사실이 없으므로 위 관련 법률은 유효한 법률에 해당하고, 처분청과 조세심판원은 법률의 위헌여부에 대하여 헌법재판소에 제청할 권한이 없으므로 처분청에서는 적법한 절차에 따라 결정한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.