부동산 과다보유법인의 주식의 양도차익에 대해 누진세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제한 처분

심판청구를 기각한다.

청구인은 2001.8.10. ○○○○주식회사(이하 ‘청구외법인’이라 한다)의 주식을 취득 하여 보유하여 오다가 2008.6.5. 청구인이 소유한 청구외법인의 주식 267,245주(이하‘쟁점주식’이라 한다)를 (주)○○○○ 외 1인에게 양도한 후 2008.8.31. 쟁점 주식을 부동산과다보유법인의 주식으로 하여 2008년 귀속 양도소득세를 신고 ․ 납부 하였다가, 2008.10.27. 쟁점주식의 양도를 부동산과다보유법인의 주식이 아닌 일반 비상장주식의 양도로 판단하여 누진세율이 아닌 단일세율(20%)을 적용하고, 장기보유특별공제를 적용하여 경정청구를 하였다. 처분청은 쟁점주식이 부동산과다보유법인의 주식으로 누진세율이 적용되고 장기보유특별공제 대상 자산이 아니라고 보아 2008.12.26. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.1.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 비상장 법인이 부동산 자산을 다수 보유하고 있거나 골프장업을 영위한다는 이유만으로 소득세법 제104조 에 따른 단일세율(20%)을 적용하지 않고 누진세율을 적용 하도록 규정한 것은 조세부과나 방법에 대해 합리적인 근거 없이 납세자를 차별하여 고율의 세금을 부담하도록 한 것이고, 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득의 정의 및 범위에 대해 규정하면서 양도차익에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 차감하도록 하고 있으나, 같은 조 제2항에서는 부동산에 대한 장기보유특별공제액에 대해서만 규정하고 있는 바, 부동산과다법인의 주식 양도를 부동산의 양도와 사실상 동일시하여 동일한 세율을 부과하고 있으면서도, 양도소득의 계산방식이나 공제금액 에는 합리적인 근거 없이 차별을 두어 헌법에서 규정한 조세평등주의원칙 등을 위반 하였으므로 이 건 과세처분은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주식이 부동산과다보유법인 주식이 아니라고 보아 비상장주식의 세율 적용 및 장기보유특별공제를 적용하여 경정청구 하였으나, 쟁점주식은 부동산 과다보유법인의 주식으로 누진세율이 적용되는 것이고, 장기보유특별공제 대상 자산이 아니므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 부동산과다보유법인의 주식인 쟁점주식의 양도차익에 대해 누진세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 헌법에서 규정한 조세평등주의를 위배하였다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 양도 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 ‘주식등’이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 ‘기타자산’이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령이 정하는 자산

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다.

(2) 양도 소득세법 제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 ‘장기보유특별공제액’이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 양도 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도 의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호 ․ 제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

(4) 헌법 제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

4. 국가기관 상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체 상호간의 권한 쟁의에 관한 심판

5. 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판 (5) 헌법재판소법 제2조 (관장사항) 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

4. 국가기관상호간, 국가기관과 지방자치단체간 및 지방자치단체상호간의 권한쟁의 에 관한 심판

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 비상장 법인이 부동산 자산을 다수 보유하고 있거나 골프장업을 영위한다는 이유만으로 단일세율(20%)을 적용하지 않고 누진세율을 적용하도록 규정한 것은 조세부과나 방법에 대해 합리적인 근거 없이 납세자를 차별하여 고율의 세금을 부담하도록 한 것이고, 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득의 정의 및 범위에 대해 규정하면서 양도차익에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 차감하도록 하고 있으나, 같은 조 제2항에서는 부동산에 대한 장기보유특별공제액에 대해서만 규정하고 있는 바, 이는 부동산과다법인의 주식 양도를 부동산의 양도와 사실상 동일시하여 동일한 세율을 부과하고 있으면서도, 양도소득의 계산방식이나 공제금액 에는 합리적인 근거 없이 차별을 두어 헌법에서 규정한 조세평등주의원칙 등을 위반 하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 헌법 제111조 제1항 및 헌법재판소법 제2조 에서 법률의 위헌여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로 규정하고 있고, 국세기본법 제55 조 제1항에서는 국세심판청구의 대상에 관하여 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계와 관련법령 등을 살펴보면, 청구인은 비상장 법인이 자산을 다수 보유하고 있거나, 골프장업을 영위한다는 이유만으로 소득세법 제104조 에 따른 단일세율(20%)을 적용하지 않고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다는 주장이나, 관련법령에 의하면 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하도록 규정되어 있고, 헌법재판소는 이 건 심판청구일 현재까지 부동산과다보유법인의 주식을 누진세율로 적용하는 것이 부당하다거나, 비상장주식을 장기보유특별공제 대상으로 열거하지 않은 것이 헌법에 위배된다는 결정을 한 사실이 없어 청구인이 적법하게 신고 ․ 납부한 양도소득세를 경정하여 달라는 청구인 의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.