토지관련 매입으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

1. ○○○세무서장이 2009.9.3. 청구법인에게 한 2005년 제2기 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인이 ○○○로부터 공급받은 프로젝트관리용역비 중 109,361,789원 및 ○○○로부터 공급받은 계획설계용역비 중 149,931,000원을 토지와 건물의 공통매입세액으로 하여 부가가치세 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 부동산 개발업 등을 영위하는 사업자로, 2005.9.6.○○○ 시가지조성사업”이라 한다)을 위한 프로젝트관리용역계약을 ○○○와 체결하고 계약금 1,500,000,000원(이하 “이 사건 프로젝트관리용역비”이라 한다)을 지급하였으며, 같은 날 건축설계 1단계용역계약(이하 “계획설계용역계약)을 ○○○와 체결하고 계약금 1,665,900,000원(이하 “이 사건 계획설계용역비”이라 한다)을 지급하였다.
• 나. 청구법인은 2005년 제2기 부가가치세 예정신고시, 위 2개사로부터 교부받은 세금계산서상 매입세액을 불공제하여 신고하였다가, 2009.1.23. 위 용역비는 공통매입세액 안분계산대상에 해당된다고 보아 해당 매입세액을 안분계산하여 부가가치세 275,951,789원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 위 2개사로부터의 매입분은 토지의 조성과 관련된 것으로 매입세액 공제대상에 해당되지 아니한다고 판단하여 2009.9.3. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 프로젝트관리용역은 ① 사업관리(엔지니어링 용역사, 설계사무소 등 외부용역사의 선정 및 관리를 위한 자문, 사업성 검토 등), ② 분양관리(광고, 분양관련 업무 등), ③ 시공관리(시공사 선정 등), ④ 사후관리(관리사무소 선정 등 유지보수업무에 대한 자문) 등 사업전반에 대한 것이고, 계획설계용역은 ① 건축계획(건축계획서, 건축도면 작성, 심의도서 작성 등), ② 구조계획서(구조계획서, 심의도서 작성), ③ 기계설비계획서, ④ 기타 건축관련계획서(전기설비계획서, 조경계획서 등) 등 건축설계와 관련된 것이므로 공통매입세액 안분대상에 해당된다 할 것이다. 따라서 이 사건 프로젝트관리용역비와 계획설계용역비를 토지관련 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 프로젝트관리용역은 사업성 검토를 위한 조사분석, 사업진행에 대한 일반적인 자문 및 지구단위계획 변경 등의 인ㆍ허가 업무를 주관하는 것인바, 이는 분양관리, 시공관리, 사후관리업무와 구분이 가능한 것으로 대지조성을 위한 것이고, 건축설계는 통상 계획설계와 본설계로 나뉘는데, 계획설계는 지구단위계획 변경 및 실시계획인가를 받기 위하여 수행된 것이므로 대지조성을 위한 용역의 범주에 포함되는 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 도시개발사업과 관련하여 지급한 이 사건 프로젝트관리용역비 및 계획설계용역비를 토지관련 매입으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조의2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (각호 생략)

○ 도시개발법 제2조 【정의】

2. “도시개발사업”이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○○○804,800㎡일원의 중산지구 시가지조성사업(수용인구: 16,900인, 수용세대: 6,500세대, 주요시설: 주상복합, 공동주택 등)을 추진하는 과정에서 2005.9.6. ○○○와 프로젝트관리용역계약을 체결하고 이 사건 프로젝트관리용역비 1,500,000,000원을 지급한 사실, 같은 날 ○○○와 계획설계용역계약을 체결하고 이 사건 계획설계용역비 1,665,900,000원을 지급한 사실, 관련 매입세액을 2005년 제1기 부가가치세 신고시 불공제하여 신고하였다가 2009.1.23. 이 사건 프로젝트관리용역비에 대한 매입세액 150,000,000원을 예정공급가액 비율(면세관련 27.09%, 과세관련 72.91%)로 안분계산한 109,361,789원 및 계획설계용역비에 대한 매입세액 166,590,000원을 예정사용면적 비율(면세관련 0%, 과세관련 100%)로 안분계산한 166,590,000원 합계 275,951,789원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 용역계약서, 세금계산서, 경정청구서 등에 나타난다.

(2) 먼저, 청구법인은 프로젝트관리용역이 중산지구 시가지조성사업 전반에 대한 업무를 대행하는 것이므로 관련 매입세액이 토지와 건물의 공통매입세액에 해당된다는 주장이고, 처분청은 프로젝트관리용역이 사업부지의 조성을 위한 것이므로 관련 매입세액이 토지관련 매입세액으로서 공통매입세액에 해당되지 아니한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인(“갑”)과 ○○○(“을”) 간에 체결된 프로젝트관리용역계약서에 의하면, “을”의 업무범위는 사업관리, 분양관리, 시공관리, 사후관리와 관련된 것으로 하되, 전체 프로젝트관리용역계약에 대한 용역수수료 5,000,000,000원 중 70%는 사업관리에 대한 것으로서 본 계약에 따라 시기별로 분할하여 지급(계약금 30%, 중도금 40%)하고 나머지 분양관리, 시공관리, 사후관리에 대한 용역수수료(30%)의 지급여부는 “을”의 사업관리에 대한 업무수행능력을 평가한 후 재협의하여 결정하기로 하는 것으로 되어 있다. (나) ○○○가 위 계약에 따라 현재까지 수행한 용역의 주요내용을 보면, ① 설계관련 외부용역, 환경영향평가 용역, 교통영향평가 용역, 분양 및 상권분석 용역, 특수구조물 및 공원조성 설계 용역 ② 용도지역 변경 및 사업시행방식 검토, 사업부지에 대한 지적측량 검토, 주상복합 및 오피스텔 분양성에 대한 검토, 분양가상한제 검토, 사업부지내 간선시설 인수여부 검토, 복합상업시설 개발을 위한 마켓팅 조사용역 대행 ③ 개발이익 사회환원계획에 관한 검토 및 자문, ○○○이전계획 대안제시에 대한 검토 및 자문, 개발계획 및 지구단위계획 변경도서 검토 및 자문, 인허가 행정절차 주관 ④ 설계 검토, 실시계획인가절차 진행 ⑤ 분양관리에 대한 자문 ⑥ 시공사 선정에 대한 자문 등 사업전반에 관련된 것으로 나타난다. (다) 위 내용을 종합하면, 용역계약서상 업무범위가 사업관리, 분양관리, 시공관리, 사후관리로 구분되어 있고, 용역수수료 중 70%는 사업관리에 대한 대가로, 나머지 30%는 분양관리, 시공관리, 사후관리에 대한 대가로 구분되어 있으나 이는 용역대가 지급의 편의를 위하여 형식상 구분된 것일뿐 실제 ○○○가 수행하고 있는 업무의 내용은 사업의 기획단계부터 부지의 조성, 건축물의 분양, 시공, 준공 등 사업전반에 관련된 것이므로 이 사건 프로젝트관리용역비에 대한 매입세액은 토지와 건물에 공통되는 매입세액으로 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 청구법인은 계획설계용역이 건축설계에 대한 용역이므로 관련 매입세액이 토지와 건물의 공통매입세액에 해당된다는 주장이고, 처분청은 계획설계용역이 사업부지의 조성을 위한 것이므로 토지관련 매입세액으로서 공통매입세액에 해당되지 아니한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인(“갑”)과 ○○○(“을”) 간에 체결된 계획설계용역계약서에 의하면, “을”의 업무범위는 계획설계, 건축설계, 관리설계로 하되, 본 계약에서는 계획설계로 한정하고 용역비 6,170,000,000원은 시기별로 분할하여 지급(계약금 30%, 나머지 70%)하는 것으로 되어 있다. (나) ○○○가 위 계약에 따라 수행한 용역의 주요내용을 보면, 건축계획(건축계획서ㆍ건축도면ㆍ심의도서 작성 등), 구조계획(구조계획서ㆍ심의도서 작성), 기계계획(기계설비계획서 작성), 전기계획(전기설비계획서 작성), 토목계획(토목계획서 작성), 조경계획(조경계획서 작성), 방재계획(심의도서 작성) 등으로, 전체 용역 중 90%(5,553,000,000원/6,170,000,000원)에 해당하는 부분은 공통 또는 건축설계 관련이고, 나머지 10%(617,000,000원/6,170,000,000원)는 토목 설계와 관련된 것으로 나타난다. (다) 위 내용을 종합하면, 계획설계용역의 산출물이 건축물 신축시 직접 사용되는 것은 아니나 그 대부분이 건축물의 본설계를 위한 기초자료로 사용되고 그 내용 또한 일부 토목설계와 관련된 부분을 제외한 나머지는 건축설계와 직ㆍ간접적으로 관련된 것이므로 이 사건 계획설계용역비 중 토목설계와 관련된 매입세액을 제외한 나머지 매입세액은 토지와 건물에 공통되는 매입세액으로 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다.

(4) 따라서, 처분청이 이 사건 프로젝트관리용역비와 계획설계용역비 전부를 토지관련 매입액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.