최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인세액감면을 동시에 적용되는 것에 대하여 ‘세액공제’를 먼저 적용하고 ‘세액감면’을 나중에 적용하여 농어촌특별세 및 법인세를 부과한 처분은 정당함
최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인세액감면을 동시에 적용되는 것에 대하여 ‘세액공제’를 먼저 적용하고 ‘세액감면’을 나중에 적용하여 농어촌특별세 및 법인세를 부과한 처분은 정당함
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
⑧ 감면세액은 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호서식(갑)]에 옮겨 적습니다. 제8호 서식(갑) <140>란 중 ④감면세액란: 법인세 과세표준 및 세액조정계산서(별지 제3호서식)의<123>공제감면세액(ㄴ)란에 옮겨 적고, 제3호 서식 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑) [별지 제8호 서식(갑)]의 <140>합계란을 기재합니다. 위 작성방법에 의하면, 외투법인감면액은 별지 제8호 서식 부표4에 계산된 금액이 별지 제8호 서식(갑)에 반영되어 별지 제3호 서식에 반영되는 것이 과세관청이 제시한 서식 작성방법에 부합한데, 감면액을 계산하는 과정 및 관련 서식에서는 어느 부분에도 최저한세의 영향을 반영하지 아니한다. 그리고 별지 제3호 서식에서 최저한세 적용대상인 공제․감면을 먼저 배치한 것은 처분청의 의견처럼 세액감면․공제의 적용순서를 규정한 것이 아니라 최저한세 적용대상 공제․감면을 차감한 후의 차감세액이 별지 제4호 서식에서 계산한 최저한세보다 크거나 같은지를 비교하기 위한 것이다. 그러므로 별지 제3호 서식이 공제감면의 적용순서를 정하고 있다는 처분청의 의견은 해당 서식을 잘못 이해한 결과이다.
(2) 신의성실원칙은 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하고, 이를 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 행위를 한 후 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 초래되는 경우에 적용되는 것으로 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다(○○○, 1995.6.16. 같은 뜻). 처분청은 2005.4.15. 청구법인이 2005.2.16. 제기한 경정청구에 대한 결과통지를 하였고, 2005.6.8.부터 2005.6.15.까지 공제감면 부분에 대한 확인조사를 실시하였으며, 2006년 5월 대구지방국세청으로부터 외투법인감면과 임시투자세액 등 중복감면에 대한 서면검토결과를 통지받았고, 2006.8.7.부터 2006.9.8.까지 ○○○지방국세청의 정기 법인세 통합조사결과통지 등 공적인 견해표명이 있었으며, 그 외 과세관청의 예규(○○○, 2004.12.8. 외 다수)도 있었으므로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대한 청구법인의 귀책사유는 존재하지 아니한다. 또한, 처분청은 ○○○지방국세청의 기획분석 결과 전국 1,888개 법인 중 26개 법인만이 청구법인과 같은 방식으로 법인세를 신고하였으므로 청구법인이 세무처리에 관하여 신뢰할 만한 특별한 사정이 없다고 주장하나, 청구법인으로서는 전국의 법인세 신고내용을 확인할 만한 위치에 있지 아니하고, 위와 같은 처분청의 수차례 공적인 견해표명 등이 있었으므로 처분청 주장은 납득하기 어렵다.
(3) 설령, 처분청의 의견처럼 최저한세 적용대상인 임시투자세액공제 등을 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인감면보다 우선 적용한다 하더라도, 임시투자세액공제 등 세액공제를 최저한세에 달할 때까지 무조건 공제를 적용받는 것이 아니라, 일부 포기하는 것이 납세자에게 유리할 경우에는 이를 포기할 수 있는 것으로 보아야 한다. 조특법 기본통칙 144-0…1(경정결정시 이월공제액의 추가공제)에는 “당초 신고시 최저한세 적용으로 이월공제액이 발생한 경우로서 수정신고ㆍ경정결정으로 인하여 당해 사업연도의 공제한도가 증가하는 경우에는 추가로 공제하여 경정결정할 수 있다”고 하고 있다. 이는 납세자가 일정 금액의 세액공제 등을 신청하였으나, 경정결정 등으로 인하여 공제한도가 증가하는 경우 납세자에게 유리하도록 한도액을 새로이 계산하여 경정결정한다는 것을 의미한다. 같은 취지에서 처분청의 경정결정으로 인하여 청구법인의 세액감면과 세액공제의 적용순서 및 그 금액이 달라진다면, 청구법인에게 유리하도록 세액공제를 포기할 수 있는 방향으로 경정결정하여야 한다. 그렇다면, 처분청이 임시투자세액공제 등 세액공제를 최저한세 한도인 14억9천9백만원(2004사업연도분 21억5천만원)까지 적용하는 경우 농어촌특별세를 증가시켜 불합리하므로 농어촌특별세가 비과세되는 외투법인감면은 적용받을 수 있는 범위까지 모두 적용받게 하고 나머지 세액공제는 그 적용을 포기하는 것이 합리적이므로 이로 인한 포기액 7억7천5백만원(2004사업연도분 14억9천8백만원)에 대해서는 이월공제 적용을 포기한 것으로 보아야 한다.
(1) 법인세 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세 차감세액은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등 세액공제를 한도까지 우선 적용하여야 하고 최저한세가 적용되지 아니하는 외투법인감면을 나중에 적용하여야 한다(○○○, 2009.5.28. 같은 뜻). 법인세법제59조 제1항에는 “이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순서는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다.”고 규정하고 있으므로 별도의 다른 규정이 있는 때에는 이를 적용할 수 없음이 명백하며, 조특법 제132조의 최저한세 규정은 공제와 감면의 한도를 제한하는 규정으로 모든 감면에 대한 특별규정이며, 최저한세가 적용되는 공제와 감면 등을 우선 적용하지 아니하면 국민개납주의에 의한 최저한세의 입법취지를 달성할 수 없게 된다. 그리고 법인세법 시행규칙별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있다. 그리고, 조특법 제132조 제1항에는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 같은 법에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 여기서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조 제2항에 의거 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제․세액면제 및 세액감면을 하지 아니한 법인세(별지 제3호 서식 122란의 차감세액)를 말한다. 다시 말해, 법인세 차감세액을 계산함에 있어서 최저한세 적용대상 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 공제감면세액을 적용하게 되므로 최저한세 규정은 공제감면세액의 적용순위를 법인세법과 달리 규정한 것이다. 또한, 조특법 제144조에는 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 최저한세의 적용 때문에 세액공제를 적용받지 못한 금액에 대하여 이월공제한다고 규정하고 있으므로 조특법 제132조 제1항의 적용을 받는 최저한세 적용대상 세액공제는 차감세액이 있는 경우 산출세액에서 최저한세를 한도로 하여 세액공제를 적용받고 나머지를 이월공제하므로 이월공제액을 임의로 조절하는 것은 인정되지 아니한다. 청구주장대로 최저한세 적용대상이 아닌 외국법인감면을 먼저 적용하면 최저한세 계산을 위한 차감세액이 부당하게 감소되어 세액공제의 이월공제액이 과다하게 발생하게 되고 과다하게 이월된 세액공제액은 그 다음연도 소득에 대한 법인세에서 공제되지 아니하여 세부담이 늘어나는 반면, 처분청과 같이 공제감면세액의 순위를 적용하면 최저한세 규정과 세액공제액의 이월공제 규정 및 외투법인감면 규정이 서로 상충되지 아니하여 그 취지를 모두 살릴 수 있다.
(2) 청구법인이 소급․신청한 임시투자세액공제에 대하여 세액공제대상인 설비자산인지를 조사하여 이를 인정하는 통지를 하였을 뿐이므로 통지 자체가 세액공제감면의 적용순서에 대한 견해표명이라 할 수 없고, 이후에 이루어진 대구지방국세청의 서면검토와 법인세 정기 세무조사에서도 중복적용의 요건과 공제감면의 요건에 대한 검토와 조사가 있었을 뿐이므로 세액공제감면의 적용순서에 대한 공적인 견해표명은 없었다. 신의성실의 원칙은 과세처분의 합법성을 희생하고라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하고 이를 적용함에 있어서는 특별한 사정이 인정되어야 할 것이므로 단순히 경정청구의 결정을 번복하였다거나 세법해석에 관한 공적인 견해표명을 하지 않았음에도 그러한 표명이 있었다는 사정만으로는 이를 판단할 수 없고, 구체적인 경위와 납세자의 신뢰가능성을 기준으로 이를 판단하여야 할 것인바(○○○, 1995.6.16. 외 다수 같은 뜻), 당초 경정청구를 받아들여 환급결정을 한 후 당해 결정에 오류를 발견하고 경정한 것에 대하여 적법하다는 ○○○, 2003.7.28. 등)이 있었던 점, 청구법인이 선택한 공제감면 적용방식이 일반화되었다고 볼 수 없는 점 등을 감안하면, 청구법인의 신뢰를 인정할 만한 사정이 있다고 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 조특법 제121조의2(외투법인감면) 규정은 감면대상기간 동안 다른 어떤 조세지원보다 우선 적용하여야 한다고 주장하나, 조특법 제132조(최저한세) 규정은 과다한 조세감면을 방지하고 최소한의 공평과세를 실현하기 위해 감면한도를 제한한 특별규정이므로 법인세 차감세액을 계산함에 있어서 최저한세가 적용되는 공제감면세액을 우선 적용하지 아니하고 최저한세가 적용되지 아니하는 공제감면세액을 적용한 후 나머지 부분에 대하여 최저한세를 적용하게 되면 최저한세 규정의 입법목적을 상실함은 물론, 공제감면에 관한 다른 규정과의 충돌을 야기한다는 점 등을 고려할 때, 청구주장은 받아들일 수 없다. 또한, 청구법인은 조세특례의 적용은 납세자의 선택적 권리에 해당하므로 처분청이 추가로 적용한 세액공제액 7억7천5백만원은 물론, 이월공제의 권한까지 포기할 수 있다고 주장하나, 2005.5.19. 경정청구 시 임시투자세액공제 중 총 37억원의 세액공제를 신청하였고, 그 후 경정청구나 수정신고의 절차를 통하여 세액공제 적용 자체를 포기하는 신청을 한 사실이 없는데도 불구하고, 납세자가 선택하지 않은 다른 공제방법에 의해 처분청이 세액공제를 일방적으로 결정할 수 없고, 청구주장과 같이 조세특례가 납세자의 권리일 수 있지만 법인세를 경정하는 상황에서 그 포기를 허용한다면 법적안정성과 국가의 경정권을 심하게 훼손하게 되므로 받아들일 수 없다.
① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호 생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(괄호 생략)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. 제60조【과세표준 등의 신고】
② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (2) 법인세법 시행령 제97조 【과세표준의 신고】
③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】
① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류 중 당해 법인과 관련된 서류로 한다.
3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 (4) 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】
① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호 의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(괄호 생략)에 외국인투자비율(괄호 생략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(괄호 생략)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. 제132조(1998.12.28. 개정된 것)【최저한세】
① 내국법인(괄호 생략)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산함에 있어서 다음 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(괄호 생략)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 12)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제4조, 제8조의2, 제9조, 제17조，제28조, 제55조, 제55조의2 제1항, 제75조, 제104조의3，법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금
2. 제13조, 제14조, 제49조，제55조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항，법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제15조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제3항의 규정에 의한 소득공제금액ㆍ익금불산입금액 및 비과세금액
3. 제5조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조(임시투자세액공제), 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제62조，제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 최저한세의 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제132조(2010.1.1. 제목 및 개정된 것)【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】
③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.
④ 제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제144조【세액공제액의 이월공제】
① 제5조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조 내지 제26조(임시투자세액공제), 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(괄호 생략) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제126조 【최저한세】
② 법 제132조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 세액공제 등”이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제ㆍ세액면제 및 감면을 말한다.
④ 납세의무자가 신고(국세기본법에 의한 수정신고 및 경정 등의 청구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각 호의 순서(동일한 호 안에서는 법 제132조 제1항 및 제2항 각호에 열거된 조문순서에 의한다)에 따라 다음 각 호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다.
1. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비
2. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 준비금의 손금산입 2의2. 법 제132조 제1항 제2호의 규정에 의한 익금불산입
3. 법 제132조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 동일 조문에 의한 감면세액 중 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중에 발생한 것부터 적용을 배제한다.
4. 법 제132조 제1항 제4호 및 동조 제2항 제4호의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 면제 및 감면
5. 법 제132조 제1항 제2호 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 소득공제 및 비과세 (6) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(1) 청구법인은 조특법 제132조(최전한세)의 적용대상임은 물론, 같은 법 제121조의2(외투법인감면)의 적용대상이다.
(2) 처분청은 청구법인이 2003～2006사업연도 법인세를 신고․납부함에 있어서법인세법제59조에 의거 세액감면에 해당하는 외투법인감면을 우선 적용하고 이월공제가 인정되는 세액공제를 나중에 적용한 것에 대하여 최저한세 적용대상인 세액공제를 먼저 적용하고 외투법인감면을 나중에 적용하는 것으로 보아 이 건 법인세 및 농어촌특별세를 부과하였다.
(3) 청구법인은 최저한세의 영향을 받지 아니하는 외투법인감면을 우선 적용하지 아니하고 법인세 납부세액을 계산하는 것은 위법․부당하며, 법인세법 시행규칙별지 제3호 서식은 세액감면․공제의 적용순서를 규정한 것이 아니라 각 서식에 계산된 금액을 법인세 납부세액에 반영하는 것에 불과하며, 처분청의 법인세 등 부과처분은 신의성실원칙에 위배된다고 주장한다. (가) 사업연도별 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 법인세 경정내역은 아래 <표1>과 같다. (나) 사업년도별 청구법인의 경정청구내역은 아래 <표2>와 같다. (다) 위와 같이, 청구법인은 2005.2.16. 2000～2002사업연도 법인세 경정청구를 통하여 임시투자세액공제(조특법 제26조), 생산성향상설비투자세액공제(조특법 제24조), 특정설비투자세액공제(조특법 제25조), 기술 및 인력개발설비투자세액공제(조특법 제11조), 기술 및 인력개발비세액공제(조특법 제10조) 등 세액공제를 소급․적용하여 이월공제하여 줄 것을 처분청에 요청하였으나, 경정청구 이후 수정신고의 절차를 통하여 세액공제 적용을 포기한 적은 없다. (라) 처분청은 청구법인이 제기한 경정청구 중 2000～2001사업연도분 임시투자세액공제 등 이월공제에 대하여는 경정청구기간 경과를 이유로 받아들이지 아니하였고, 2002사업연도분은 이월공제가 가능한 것으로 결정하여 2005.4.15. 청구법인에게 통지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.16. 심판청구를 제기하였다. ○○○지방국세청장은 심판청구 내용을 검토하면서 2000～2001사업연도 또한 경정청구가 가능한 것으로 보아 세액공제 요건만 충족하면 직권으로 경정할 수 있다고 판단하여 2005.6.17. 청구법인에게 통지하였으며, 청구법인은 이를 수용하여 2005.6.23. 해당 심판청구를 취하하였다. 그 후 처분청은 세액공제 요건인 설비투자자산의 적정 여부와 연구요원의 인건비 적정 여부 등을 조사하고 경정청구를 받아들이는 결정을 하여 청구법인에게 통지하였다. 한편, ○○○지방국세청장은 2005.4.14. 외투법인감면과 임시투자세액공제의 중복적용과 관련하여 청구법인에게 보정요구를 하였고, 이에 청구법인은 2005.4.25. 보정서류를 제출하였으며, ○○○지방국세청장은 2006.4.25. 감면추징 사유가 없다는 취지로 검토결과를 통지한 후, 2006년 8월경 청구법인에 대한 법인세 정기 세무조사를 실시하여 임시투자세액공제의 산출근거 오류를 발견하고 해당 세액공제액을 경정함은 물론, 연구인력개발비의 산출근거가 되는 연구관련 인건비를 경정하여 해당 세액공제액을 경정하고 2006.9.18. 청구법인에게 세무조사결과통지를 하였다. 또한, ○○○지방국세청장은 2009년 2월 기획분석을 실시하여 이 건 쟁점인 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 적용하지 않은 법인들을 발견하고, 국세청에 이에 대한 법률해석을 의뢰하여 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 적용하여야 한다는 과세자문을 받고 처분청은 이를 근거로 이 건 법인세 등을 부과하였다.
(4) 조특법은 조세정책 목적으로 준비금․특별상각․익금불산입․손금산입․소득공제․비과세․세액감면 및 세액공제 등의 조세지원을 하고 있으며, 납세자가 조세지원을 중복으로 받게 되면 세금을 전액 납부하지 않는 경우도 발생하여 과세형평과 국민개납주의에 어긋나게 되므로 감면의 종합한도인 최저한세 규정을 두고 있으며, 같은 법 제132조 제1항에는 최저한세 적용대상을 내국법인의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득을 대상으로 규정하고 있고, 최저한세의 계산은 최저한세 대상인 조세특례 및 감면을 적용받은 후의 세액(감면 후 세액)이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달세액에 대해서는 조세특례 및 조세감면을 하지 아니한다.
(5) 2010.1.1. 조특법 제132조 제3항이 개정되기 전까지는 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등 세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 외투법인감면 등 세액감면을 동시에 적용하는 경우 그 적용순서에 대한 명확한 규정이 없다가, 2010.1.1. 최저한세가 적용되는 세액공제감면 등을 먼저 적용하여 공제하고 최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면 등을 나중에 적용하여 공제한다고 개정하고 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 시행하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 토대로 하여 먼저, 최저한세 적용대상인 임시투자세액공제 등 세액공제와 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인감면 등 세액감면이 동시에 적용되는 경우 세액감면을 먼저 적용하고 세액공제를 나중에 적용하여 납부할 법인세액을 계산하여야 한다는 청구주장이 타당한지에 대하여 살펴본다.법인세법제59조에는 세액공제 및 세액감면이 동시에 적용되는 경우 “그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다.”고 규정하고 있으므로 그 적용순서에 관하여 다른 규정이 있는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다 할 것이고, 조특법 제132조(최저한세)는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정으로 최저한세가 적용되는 세액공제와 감면 등을 우선하여 적용하여야 하지 그러하지 아니하면 국민개납주의에 기반한 최저한세의 입법목적을 달성할 수 없음은 물론, 법인세법 시행규칙제82조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있다. 또한, 조특법 제132조(최저한세) 제1항에는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 같은 법에 규정된 감면 등을 적용한 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 공제감면 등을 하지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 여기서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조(최저한세) 제2항의 규정에 의하여 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제․세액면제 등을 하지 아니한 법인세(별지 제3호 서식 122란의 차감세액)를 말하므로 최저한세 적용대상인 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 산출세액에서 해당 공제감면세액을 적용하여야 한다. 이처럼 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하여 납부하여야 할 법인세액을 계산하는 점에 비추어 보더라도, 최저한세 규정은 공제감면세액의 적용순위를 법인세법과 다르게 규정한 것으로 보인다. 이 뿐만 아니라, 조특법 제144조(세액공제액의 이월공제)에는 “당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 이후 사업연도에 이월하여 공제한다”고 규정하고 있으므로 법인세 납부세액 계산시최저한세 적용대상인 공제감면세액은 최저한세를 한도로 하여 산출세액에서 적용받게 되고 나머지를 이월공제하여야 하므로 이월공제액을 임의로 조절하는 것은 인정되지 아니한다 할 것이다. 위와 같이, 조특법 제132조 제1항 및 같은 법 시행령 제126조 제2항에는 최저한세 적용대상인 세액공제․감면 등을 적용하지 아니한 법인세가 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 감면 등은 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 최저한세 적용대상인 공제감면세액을 먼저 적용한 후 최저한세 적용배제대상인 공제감면세액을 적용하는 것이 타당하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 다음으로, 청구법인은 처분청의 법인세 등 부과처분이 신의성실원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 신의성실의 원칙은 과세처분의 합법성을 희생하고라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하고 이를 적용함에 있어서는 특별한 사정이 인정되어야 할 것이므로 단순히 경정청구의 결정을 번복하였다거나 세법해석에 관한 공적인 견해표명을 하지 않았음에도 그러한 표명이 있었다는 사정만으로는 이를 판단할 수 없고, 구체적인 경위 및 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 할 것인바(○○○, 1995.6.16. 외 다수 같은 뜻), 처분청이 청구법인에게 한 경정통지나 ○○○지방국세청이 청구법인에게 한 세무조사결과통지는 당해 결정에 오류를 발견하고 경정결과를 통지한 것으로서 세액공제 및 세액감면의 적용순서에 관한 공적인 견해표명이라고 볼 수 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(8) 끝으로, 최저한세 적용대상인 임시투자세액공제 등 세액공제를 최저한세 적용대상이 아닌 외투법인감면보다 우선 적용한다고 하더라도, 임시투자세액공제 등 세액공제를 최저한세에 달할 때까지 무조건 전액 공제받아야 하는 것이 아니라 일부 포기하는 것이 납세자에게 유리할 때에는 이를 포기할 수 있다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 법인이 공제감면세액을 적용하여 계산한 감면후 세액이 최저한세에 미달하는 경우 최저한세 이상이 되도록 조세특례 및 감면을 배제하여야 하므로 공제감면세액의 배제순서는 법인이 신고 또는 수정신고의 절차를 통하여 유리한 방향으로 선택할 수 있을 것이나, 청구법인은 2005.5.19. 경정청구당시 임시투자세액공제 등 총 37억원의 세액공제를 신청하였고 그 후 경정청구나 수정신고의 절차를 통하여 세액공제 적용을 포기한다는 신청을 한 적이 없으므로, 처분청이 법인세를 경정함에 있어서는 임의로 배제할 수 없고 조특법 시행령 제126조 제4항에서 규정한 순서에 따라 조세특례 및 감면을 배제하여야 할 것이므로 이 부분 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.